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Investigation
Adaptation of pathogenic fungi to the host and development of new antifungal therapies
Research Lines
Content with Investigacion .
Herramientas transcriptómicas aplicadas al diagnóstico y pronóstico de enfermedades infecciosas
A) Papel regulador de smallARNs en infecciones virales: Los microARNs (miARNs) son excelentes biomarcadores de diagnóstico en enfermedades infecciosas, por su gran estabilidad, aparición temprana durante el periodo de incubación y papel central en la regulación de la respuesta inmune. Las células infectadas muestran un perfil de expresión específico según el patógeno. Su análisis masivo permite identificar ARNs cortos tanto celulares como virales o bacterianos, y analizar su asociación con la evolución clínica de la enfermedad y aspectos inmunovirológicos. Actualmente se analizan ARNs cortos menos conocidos (como piwiRNA, snoRNA, snRNA, etc), utilizando y/o desarrollando herramientas bioinformáticas adaptadas a su estudio en enfermedades infecciosas.
B) Desarrollo de herramientas y estudio de ARNs cortos exógenos: un elevado porcentaje de secuencias de ARNs cortos en muestra clínica corresponden a ARN no humano. Estas secuencias corresponden principalmente a potenciales co-infecciones, microbiota, o incluso procedentes de la dieta. El análisis de estas secuencias permite conocer mejor las bases moleculares de las enfermedades infecciosas, así como identificar nuevos biomarcadores o estrategias terapéuticas, ya que son moléculas de aparición temprana e interaccionan con el sistema inmune del paciente. Por ello desarrollamos herramientas para su estudio y analizamos los ARNs cortos exógenos en distintas patologías infecciosas.
C) Estudio de vesículas extracelulares como fuente de biomarcadores de diagnóstico y pronóstico en enfermedades
Infecciosas: Los ARNs cortos están presentes tanto en la célula de origen como en el interior de vesículas extracelulares (VE) formando parte de un mecanismo de comunicación intersistémica. Las VE están presentes en prácticamente todos los fluidos biológicos. Su contenido está relacionado con el estadio fisiopatológico de una célula infectada, conteniendo biomarcadores con interés tanto diagnóstico como pronóstico en enfermedades infecciosas. Por ello analizamos los ARN relacionados con la evolución clínica en distintas patologías infecciosas como VIH, VHC y sepsis y también los ADN contenidos en VE que puedan proporcionar información sobre el reservorio del VIH.
D) Identificación de marcadores de senescencia inducida por virus y estrategias paliativas: Las infecciones tanto crónicas como agudas inducen una senescencia acelerada en el paciente cuyo impacto afecta tanto a la evolución de la enfermedad como a posibles comorbilidades. No existen estudios a largo plazo sobre la evolución de los pacientes tras la infección por VHC o administración de AADs, por lo que estamos evaluando los mecanismos que desencadenan la inmunosenescencia y estrés oxidativo asociado a la infección por el VIH, VHC y otras infecciones virales para identificar nuevas estrategias terapéuticas que palien el envejecimiento prematuro en estos pacientes.
E) Impacto de la coinfección por hepatitis virales en el reservorio del VIH: La coinfección por el VHC impacta en el reservorio del VIH, principal obstáculo para eliminar esta infección a día de hoy. Se realizan distintos abordajes del estudio del reservorio de viral VIH en grupos de pacientes VIH con distinta exposición al VHC y otras infecciones, y su asociación con otros marcadores inmunológicos con el objetivo de identificar y proponer nuevas estrategias de eliminación/curación del VIH.
F) Integración de ómicas frente al COVID-19: Debido a que la enfermedad causada por la infección por SARS-CoV-2 representa un espectro variado de gravedad clínica, en esta línea de investigación, aplicamos tecnologías ómicas de manera integrada que incluyen un análisis de asociación de genoma completo, secuenciación masiva de microRNAs y análisis metabolómico y de marcadores de inflamación y coagulación, además del estudio del microbioma sanguíneo, con el objetivo de identificar al inicio de la infección los pacientes con peor pronóstico, contribuyendo a una intervención temprana y medidas terapéuticas efectivas.
Research projects
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PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN FINANCIADOS EN LOS ÚLTIMOS 10 AÑOS
1.TÍTULO: Sur8/Shoc2 como nuevo actor en envejecimiento y fragilidad.
CONVOCATORIA: COOPERA ISCIII 2024
ENTIDAD FINANCIADORA: Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: COOP24CIII/00030
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez
INICIO/FINALIZACIÓN: 2025 - agosto 2028
FINANCIACIÓN: 130.600€
2.TÍTULO: Algoritmo predictivo para aNTicipar una retIrada preCoz y segura del tratamiento AntIbiótico en sePsis Abdominal basado en marcadores clínicos y transcriptómicos (ANTICIPA).
CONVOCATORIA: CIBERINFEC 2023
ENTIDAD FINANCIADORA: Centro de Investigación Biomédica en Red, CIBER, Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: INFEC24PI01 S.N/2024
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez, IP coordinador
INICIO/FINALIZACIÓN: 2024-2025
FINANCIACIÓN: 120.000€
3.TÍTULO: Optimización de la duración del tratamiento antibiótico en la sepsis abdominal basado en la cinética de biomarcadores transcriptomicos y clínicos (Estudio GENOTIME-COHORT)).
CONVOCATORIA: AESI 2023
ENTIDAD FINANCIADORA: Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: PI23CIII/00010
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez, IP coordinador
INICIO/FINALIZACIÓN: 2024-2026
FINANCIACIÓN: 128.750€
4.TÍTULO: Impact of long-tem HCV eradication on HIV infection: integration of Immune-virologic HIV markers, host transcriptome, and plasma microbiome data
CONVOCATORIA: Proyectos de Generación de Conocimiento
ENTIDAD FINANCIADORA: Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades.
REFERENCIA: PID2021-126781OB-I00 financiado por por MICIU/AEI /10.13039/501100011033 y por FEDER, UE
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández y Verónica Briz
INICIO/FINALIZACIÓN: Septiembre 2022 - agosto 2025
FINANCIACIÓN: 157.300€
5.TÍTULO: Determinación de biomarcadores de senescencia tras la eliminación del virus de la hepatitis C con antivirales de acción directa
CONVOCATORIA: X Convocatoria Proyectos de Investigación Santander UAX.
ENTIDAD FINANCIADORA: Fundación Universidad Alfonso X El Sabio
REFERENCIA: 1.010.932
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández
INICIO/FINALIZACIÓN: 2019 - 2022
FINANCIACIÓN: 90.000€
6.TÍTULO: Impacto de la erradicación y aclaramiento del VHC con los nuevos antivirales de acción directa, en pacientes coinfectados VIH/VHC en el reservorio VIH en sangre periférica y sistema inmune.
CONVOCATORIA: AESI 2018
ENTIDAD FINANCIADORA: Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: PI18CIII/00020
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez
INICIO/FINALIZACIÓN: 2020-2021
FINANCIACIÓN: 92.000 €
7. TÍTULO Integración de ómicas frente al COVID-19.
CONVOCATORIA: Fondo SARS-CoV-2 y enfermedad COVID19
ENTIDAD FINANCIADORA: Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: COV20/01144
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez
INICIO/FINALIZACIÓN: 2020-2021
FINANCIACIÓN: 131.970 €
8. TÍTULO: Estudio de los efectos de la clarificación del VHC en pacientes coinfectados VIH/VHC: impacto en el reservorio VIH, subpoblaciones de LT y en el perfil de microRNAs.
CONVOCATORIA: AESI 2015
ENTIDAD FINANCIADORA: Instituto de Salud Carlos III
REFERENCIA: PI15CIII/00031
INVESTIGADOR PRINCIPAL: Amanda Fernández Rodríguez y Verónica Briz
INICIO/FINALIZACIÓN: 2019-2019
FINANCIACIÓN: 54.800 €
Formando parte del equipo investigador:
1. 101157269. The ENVironmental ExpoSOME and health (ENVESOME) Entidad Financiadora: HORIZON EUROPE (Horizon), Horizon Research and Innovation Actions IP: Coordinador ETHNIKO IDRYMA EREVNON Duración: 1 December 2024 – 30 November 2028; Presupuesto: total 7 999 798,58 €, ISCIII 447 500,00 €; Grant agreement ID: 101157269
2. 925.581: Estudio de los factores genéticos asociados al desarrollo de secuelas en el paciente crítico post COVID. Fundación Universidad Alfonso X el Sabio-Santander. Abril 2022-prorrogable hasta marzo 2025. 81.000€; IP: Rafael Blancas Gómez-Casero
2. COV20_00622: Determinantes genéticos y biomarcadores genómicos de riesgo en pacientes con infección por coronavirus SARS-Cov-2. Instituto de Salud Carlos III, Fondo COVID-19. 01/05/2020-30/04/2021. 597.900 €; IP: Ángel Carracedo
3. CIVP19A5953: Búsqueda de biomarcadores en vesículas extracelulares para el diagnóstico y pronóstico del shock séptico post-quirúrgico. Fundación Ramón Areces. 2019-2021. 70.567€; IP: Eduardo Tamayo Gómez
4. VA321P18: Búsqueda de biomarcadores en vesículas extracelulares para el diagnóstico y pronóstico del shock séptico post-quirúrgico. Gerencia Regional de Salud. Consejería de Sanidad. Comunidad de Castilla y León. 2019-2021. 120.000€; IP: Eduardo Tamayo Gómez
La Dra. Fernández lidera tres subproyectos del consorcio “Spanish COalition to Unlock Research on host Genetics on COVID-19 (http://www.scourge-covid.org/)" que surgió a partir de uno de los proyectos del fondo COVID-ISCIII (REF:COV20_00622). Esta propuesta engloba a más de 60 grupos españoles, 9 biobancos y 22 grupos de investigación de distintos países Latinoaméricanos (México, Cuba, República Dominicana, Nicaragua, Colombia, Ecuador, Perú, Paraguay, Brasil, Uruguay y Argentina) y está alineada con el “The COVID-9 Host Genetics Initiative" (https://www.covid19hg.org/).
Publications
Alastruey-Izquierdo A, Alcazar-Fuoli L, Rivero-Menéndez O, Ayats J, Castro C, García-Rodríguez J, Goterris-Bonet L, Ibáñez-Martínez E, Linares-Sicilia MJ, Martin-Gomez MT, Martín-Mazuelos E, Pelaez T, Peman J, Rezusta A, Rojo S, Tejero R, Anza DV, Viñuelas J, Zapico MS, Cuenca-Estrella M; the FILPOP2 Project from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular Identification and Susceptibility Testing of Molds Isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 Study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Aug 27;62(9):e00358-18. doi: 10.1128/AAC.00358-18. PMID: 29941643; PMCID: PMC6125503.
Alastruey-Izquierdo A, Alcazar-Fuoli L, Rivero-Menéndez O, Ayats J, Castro C, García-Rodríguez J, Goterris-Bonet L, Ibáñez-Martínez E, Linares-Sicilia MJ, Martin-Gomez MT, Martín-Mazuelos E, Pelaez T, Peman J, Rezusta A, Rojo S, Tejero R, Anza DV, Viñuelas J, Zapico MS, Cuenca-Estrella M; the FILPOP2 Project from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular Identification and Susceptibility Testing of Molds Isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 Study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Aug 27;62(9):e00358-18. doi: 10.1128/AAC.00358-18. PMID: 29941643; PMCID: PMC6125503.
PUBMED DOIGonçalves SM, Lagrou K, Rodrigues CS, Campos CF, Bernal-Martínez L, Rodrigues F, Silvestre R, Alcazar-Fuoli L, Maertens JA, Cunha C, Carvalho A. Evaluation of Bronchoalveolar Lavage Fluid Cytokines as Biomarkers for Invasive Pulmonary Aspergillosis in At-Risk Patients. Front Microbiol. 2017 Nov 29;8:2362. doi:10.3389/fmicb.2017.02362. PMID: 29238334; PMCID: PMC5712575.
Gonçalves SM, Lagrou K, Rodrigues CS, Campos CF, Bernal-Martínez L, Rodrigues F, Silvestre R, Alcazar-Fuoli L, Maertens JA, Cunha C, Carvalho A. Evaluation of Bronchoalveolar Lavage Fluid Cytokines as Biomarkers for Invasive Pulmonary Aspergillosis in At-Risk Patients. Front Microbiol. 2017 Nov 29;8:2362. doi:10.3389/fmicb.2017.02362. PMID: 29238334; PMCID: PMC5712575.
PUBMED DOIAlcazar-Fuoli L, Buitrago M, Gomez-Lopez A, Mellado E. An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains. Virulence. 2015;6(4):376-84. doi: 10.1080/21505594.2015.1025192. PMID: 26065322; PMCID: PMC4601236.
Alcazar-Fuoli L, Buitrago M, Gomez-Lopez A, Mellado E. An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains. Virulence. 2015;6(4):376-84. doi: 10.1080/21505594.2015.1025192. PMID: 26065322; PMCID: PMC4601236.
PUBMED DOIAlcazar-Fuoli L, Cairns T, Lopez JF, Zonja B, Pérez S, Barceló D, Igarashi Y, Bowyer P, Bignell E. A modified recombineering protocol for the genetic manipulation of gene clusters in Aspergillus fumigatus. PLoS One. 2014 Nov 5;9(11):e111875. doi: 10.1371/journal.pone.0111875. PMID: 25372385; PMCID:PMC4221250.
Alcazar-Fuoli L, Cairns T, Lopez JF, Zonja B, Pérez S, Barceló D, Igarashi Y, Bowyer P, Bignell E. A modified recombineering protocol for the genetic manipulation of gene clusters in Aspergillus fumigatus. PLoS One. 2014 Nov 5;9(11):e111875. doi: 10.1371/journal.pone.0111875. PMID: 25372385; PMCID:PMC4221250.
PUBMED DOIBertuzzi M, Schrettl M, Alcazar-Fuoli L, Cairns TC, Muñoz A, Walker LA, Herbst S, Safari M, Cheverton AM, Chen D, Liu H, Saijo S, Fedorova ND, Armstrong-James D, Munro CA, Read ND, Filler SG, Espeso EA, Nierman WC, Haas H, Bignell EM. The pH-responsive PacC transcription factor of Aspergillus fumigatus governs epithelial entry and tissue invasion during pulmonary aspergillosis. PLoS Pathog. 2014 Oct 16;10(10):e1004413. doi: 10.1371/journal.ppat.1004413.
Bertuzzi M, Schrettl M, Alcazar-Fuoli L, Cairns TC, Muñoz A, Walker LA, Herbst S, Safari M, Cheverton AM, Chen D, Liu H, Saijo S, Fedorova ND, Armstrong-James D, Munro CA, Read ND, Filler SG, Espeso EA, Nierman WC, Haas H, Bignell EM. The pH-responsive PacC transcription factor of Aspergillus fumigatus governs epithelial entry and tissue invasion during pulmonary aspergillosis. PLoS Pathog. 2014 Oct 16;10(10):e1004413. doi: 10.1371/journal.ppat.1004413.
DOIYasmin S, Alcazar-Fuoli L, Gründlinger M, Puempel T, Cairns T, Blatzer M, Lopez JF, Grimalt JO, Bignell E, Haas H. Mevalonate governs interdependency of ergosterol and siderophore biosyntheses in the fungal pathogen Aspergillus fumigatus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Feb 21;109(8):E497-504. doi: 10.1073/pnas.1106399108. Epub 2011 Nov 21. PMID: 22106303; PMCID: PMC3286978.
Yasmin S, Alcazar-Fuoli L, Gründlinger M, Puempel T, Cairns T, Blatzer M, Lopez JF, Grimalt JO, Bignell E, Haas H. Mevalonate governs interdependency of ergosterol and siderophore biosyntheses in the fungal pathogen Aspergillus fumigatus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Feb 21;109(8):E497-504. doi: 10.1073/pnas.1106399108. Epub 2011 Nov 21. PMID: 22106303; PMCID: PMC3286978.
PUBMED DOIImpaired Cytotoxic Response in PBMCs From Patients With COVID-19 Admitted to the ICU: Biomarkers to Predict Disease Severity.
Impaired Cytotoxic Response in PBMCs From Patients With COVID-19 Admitted to the ICU: Biomarkers to Predict Disease Severity. Vigón L, Fuertes D, García-Pérez J, Torres M, Rodríguez-Mora S, Mateos E, Corona M, Saez-Marín AJ, Malo R, Navarro C, Murciano-Antón MA, Cervero M, Alcamí J, García-Gutiérrez V, Planelles V, López-Huertas MR, Coiras M (AC). Front Immunol. 2021 May 26;12:665329. doi: 10.3389/fimmu.2021.665329. eCollection 2021. PMID: 34122423.
PUBMED DOIIdentification of Immunological Parameters as Predictive Biomarkers of Relapse in Patients with Chronic Myeloid Leukemia on Treatment-Free Remission
Identification of Immunological Parameters as Predictive Biomarkers of Relapse in Patients with Chronic Myeloid Leukemia on Treatment-Free Remission. Vigón L, Luna A, Galán M, Rodríguez-Mora S, Fuertes D, Mateos E, Piris-Villaespesa M, Bautista G, San José E, Rivera-Torres J, Steegmann JL, de Ory F, Pérez-Olmeda M, Alcamí J, Planelles V, López-Huertas MR, García-Gutiérrez V, Coiras M (AC). J Clin Med. 2020 Dec 25;10(1):42. doi: 10.3390/jcm10010042. PMID: 33375572.
PUBMED DOICytotoxic cell populations developed during treatment with tyrosine kinase inhibitors protect autologous CD4+ T cells from HIV-1 infection
Cytotoxic cell populations developed during treatment with tyrosine kinase inhibitors protect autologous CD4+ T cells from HIV-1 infection. Vigón L, Rodríguez-Mora S, Luna A, Sandonís V, Mateos E, Bautista G, Steegmann JL, Climent N, Plana M, Pérez-Romero P, de Ory F, Alcamí J, García-Gutierrez V, Planelles V, López-Huertas MR, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2020 Dec;182:114203. doi: 10.1016/j.bcp.2020.114203. PMID: 32828803.
PUBMED DOITyrosine Kinase Inhibition: a New Perspective in the Fight against HIV
Tyrosine Kinase Inhibition: a New Perspective in the Fight against HIV. Rodríguez-Mora S, Spivak AM, Szaniawski MA, López-Huertas MR, Alcamí J, Planelles V, Coiras M (AC). Curr HIV/AIDS Rep. 2019 Oct;16(5):414-422. doi: 10.1007/s11904-019-00462-5. PMID: 31506864. Review.
PUBMED DOIDasatinib protects humanized mice from acute HIV-1 infection
Dasatinib protects humanized mice from acute HIV-1 infection. Salgado M, Martinez-Picado J, Gálvez C, Rodríguez-Mora S, Rivaya B, Urrea V, Mateos E, Alcamí J, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2020 Apr;174:113625. doi: 10.1016/j.bcp.2019.113625. PMID: 31476293.
PUBMED DOIEvaluation of resistance to HIV-1 infection ex vivo of PBMCs isolated from patients with chronic myeloid leukemia treated with different tyrosine kinase inhibitors.
Evaluation of resistance to HIV-1 infection ex vivo of PBMCs isolated from patients with chronic myeloid leukemia treated with different tyrosine kinase inhibitors. Bermejo M, Ambrosioni J, Bautista G, Climent N, Mateos E, Rovira C, Rodríguez-Mora S, López-Huertas MR, García-Gutiérrez V, Steegmann JL, Duarte R, Cervantes F, Plana M, Miró JM, Alcamí J, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2018 Oct;156:248-264. doi: 10.1016/j.bcp.2018.08.031. PMID: 30142322.
PUBMED DOIStaphylococcus aureus Nasal Colonization in Spanish Children. The COSACO Nationwide Surveillance Study.
Staphylococcus aureus Nasal Colonization in Spanish Children. The COSACO Nationwide Surveillance Study. Del Rosal T, Méndez-Echevarría A, Garcia-Vera C, Escosa-Garcia L, Agud M, Chaves F, Román F, Gutierrez-Fernandez J, Ruiz de Gopegui E, Ruiz-Carrascoso G, Ruiz-Gallego MDC, Bernet A, Quevedo SM, Fernández-Verdugo AM, Díez-Sebastian J, Calvo C; COSACO Study Group.
PUBMEDAntimicrobial Resistance and Distribution of Staphylococcus spp. Pulsotypes Isolated from Goat and Sheep Bulk Tank Milk in Southern Spain
Antimicrobial Resistance and Distribution of Staphylococcus spp. Pulsotypes Isolated from Goat and Sheep Bulk Tank Milk in Southern Spain. Barrero-Domínguez B, Luque I, Galán-Relaño Á, Vega-Pla JL, Huerta B, Román F, Astorga RJ. Foodborne Pathog Dis. 2019 Oct;16(10):723-730. doi: 10.1089/fpd.2018.2593. Epub 2019 Jun 3.Foodborne Pathog Dis. 2019. PMID: 31157980
PUBMEDPrevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain
Prevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain. Nguyen LTT*, Román F*, Morikawa K, Trincado P, Marcos C, Rojo-Martín MD, Cafini F. Int J Antimicrob Agents. 2018 Aug;52(2):305-306.
PUBMEDMethodology for the Study of Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus.
Methodology for the Study of Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus. Cafini F, Thi Le Thuy N, Román F, Prieto J, Dubrac S, Msadek T, Morikawa K. J Vis Exp. 2017 Mar 10;(121).
PUBMEDEmergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis.
Emergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis. de Dios Caballero J, Pastor MD, Vindel A, Máiz L, Yagüe G, Salvador C, Cobo M, Morosini MI, del Campo R, Cantón R; GEIFQ Study Group. Antimicrob Agents Chemother. 2015 Dec 14;60(3):1878-82.
PUBMEDMolecular epidemiology of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Spain: 2004-12.
Molecular epidemiology of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Spain: 2004-12. Vindel A, Trincado P, Cuevas O, Ballesteros C, Bouza E, Cercenado E. J Antimicrob Chemother. 2014 Nov;69(11):2913-9.
PUBMEDDraft Genome Sequence of Strain SA_ST125_MupR of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST125, a Major Clone in Spain.
Draft Genome Sequence of Strain SA_ST125_MupR of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST125, a Major Clone in Spain. Barrado L, Viedma E, Vindel A, Otero JR, Chaves F. Genome Announc. 2013 Aug 8;1(4).
PUBMEDDetection of linezolid-resistant Staphylococcus aureus with 23S rRNA and novel L4 riboprotein mutations in a cystic fibrosis patient in Spain.
Detection of linezolid-resistant Staphylococcus aureus with 23S rRNA and novel L4 riboprotein mutations in a cystic fibrosis patient in Spain. Román F, Roldán C, Trincado P, Ballesteros C, Carazo C, Vindel A. Antimicrob Agents Chemother. 2013 May;57(5):2428-9.
PUBMED9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Ca
9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Carmen M, Zakikhany K, Dyrdak R, Nielsen X, Madsen T, Paul J, Moore C, von Eije K, Piralla A, Carlier M, Vanoverschelde L, Poelman R, Anton A, López-Labrador FX, Pellegrinelli L, Keeren K, Maier M, Cassidy H, Derdas S, Savolainen-Kopra C, Diedrich S, Nordbø S, Buesa J, Bailly JL, Baldanti F, MacAdam A, Mirand A, Dudman S, Schuffenecker I, Kadambari S, Neyts J, Griffiths MJ, Richter J, Margaretto C, Govind S, Morley U, Adams O, Krokstad S, Dean J, Pons-Salort M, Prochazka B, Cabrerizo M, Majumdar M, Nebbia G, Wiewel M, Cottrell S, Coyle P, Martin J, Moore C, Midgley S, Horby P, Wolthers K, Simmonds P, Niesters H, Fischer TK. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol. 2018 Apr; 101:11-17. doi: 10.1016/j.jcv.2018.01.008. Epub 2018 Feb 6. PMID: 29414181.
Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii
Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii. García-Quintanilla M, Caro-Vega JM, Pulido MR, Moreno-Martínez P, Pachón J, McConnell MJ. Antimicrob Agents Chemother. 2016 Jul 22;60(8):5076-9. doi: 10.1128/AAC.00407-16.
PUBMEDNew Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections.
4. Valero C, de la Cruz-Villar L, Zaragoza O, Buitrago MJ. New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections. J Clin Microbiol. 2016 Dec;54(12):2910-2918. doi: 10.1128/JCM.01580-16. Epub 2016 Sep 14. PMID: 27629898.
DOIA Multiplex Real-Time PCR Assay for Identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in Samples from AIDS Patients with Opportunistic Pneumonia
6. Gago S, Esteban C, Valero C, Zaragoza O, Puig de la Bellacasa J, Buitrago MJ. A multiplex real-time PCR assay for identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in samples from AIDS patients with opportunistic pneumonia. J Clin Microbiol. 2014 Apr;52(4):1168-76. doi: 10.1128/JCM.02895-13. Epub 2014 Jan 29. PMID: 24478409.
PUBMED DOIAnalysis of strain relatedness using High Resolution Melting in a case of recurrent candiduria
7. Gago S, Lorenzo B, Gomez-Lopez A, Cuesta I, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. Analysis of strain relatedness using high resolution melting in a case of recurrent candiduria. BMC Microbiol. 2013 Jan 23;13:13. doi: 10.1186/1471-2180-13-13. PMID: 23343107.
PUBMED DOIHigh-Resolution Melting Analysis for Identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii Complex
8. Gago S, Zaragoza Ó, Cuesta I, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. High-resolution melting analysis for identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii complex. J Clin Microbiol. 2011 Oct;49(10):3663-6. doi: 10.1128/JCM.01091-11. Epub 2011 Aug 10. PMID: 21832024.
PUBMED DOIPerformance of Panfungal- and Specific-PCR-Based Procedures for Etiological Diagnosis of Invasive Fungal Diseases on Tissue Biopsy Specimens with Proven Infection: a 7-Year Retrospective Analysis from a Reference Laboratory
9. Buitrago MJ, Bernal-Martinez L, Castelli MV, Rodriguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M Performance of panfungal--and specific-PCR-based procedures for etiological diagnosis of invasive fungal diseases on tissue biopsy specimens with proven infection: a 7-year retrospective analysis from a reference laboratory. J Clin Microbiol. 2014 May;52(5):1737-40. doi: 10.1128/JCM.00328-14. Epub 2014 Feb 26.PMID: 24574295.
PUBMED DOIEpidemiología actual y diagnóstico de laboratorio de las micosis endémicas en España
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