Antibiotic Resistance
Research Lines
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Serología
El laboratorio de Arbovirus y Enfermedades Víricas Importadas (AEVI) del CNM desarrolla su trabajo dentro de la línea de investigación “Virus emergentes transmitidos por vector y/o reservorio, de importancia en salud pública”, que se sustenta en las áreas de epidemiología molecular, desarrollo metodológico, detección en vectores y reservorios y, otros aspectos relacionados con estas zoonosis con una aplicación clara hacia la investigación, prevención, preparación, control y respuesta a las amenazas o brotes causados por estos virus.
Arbovirus como Dengue, Chikungunya o Zika son virus endémicos en todo el cordón tropical/sub-tropical del planeta en continua expansión a latitudes más lejanas debido al calentamiento global y a la dispersión y colonización de nuevos hábitats llevada a cabo por sus vectores artrópodos y son transportados a otras zonas del planeta a través de pacientes virémicos por lo que si, como ocurre en España, se cuenta con vectores transmisores establecidos, se puede propiciar el establecimiento de circulación autóctona. Además de estos virus exóticos, en España circulan endémicamente los arbovirus Toscana, West Nile y el virus de la Fiebre hemorrágica de Crimea-Congo, entre otros.
La OMS elaboró un listado en 2019 con las 10 amenazas para la Salud Global que consideraron más importantes, entre las que se encuentran los virus Dengue, Ébola y Zika. El principal temor es que la falta de preparación cause una epidemia. Además, algunos de estos virus como Dengue y Chikungunya son considerados también “Enfermedades Tropicales Desatendidas” que ponen en peligro la salud de muchas personas en países empobrecidos sin que se estudien con los recursos necesarios.
La importancia para la salud pública de estos patógenos, y la necesidad de prepararse frente a ellos, se refleja también en la lista de actividades prioritarias de investigación y desarrollo de la OMS que actualmente incluye, entre otros, el Ébola, el virus de la Fiebre Hemorrágica de Crimea Congo, el virus de Zika y la enfermedad por el virus de Nipah, debido a la amenaza que suponen para la Salud Pública por su potencial epidémico o porque no hay medidas de control suficientes. Además del peligro real que representan en zonas endémicas, algunos de los virus mencionados (Ébola, Zika, West Nile, Crimea-Congo y Dengue) han supuesto, y continúan siendo, una amenaza para nuestro país habiendo producido casos esporádicos o brotes localizados de infección autóctona. El riesgo para España de las enfermedades transmitidas por vectores está aumentando de manera muy clara como se ha podido observar en los últimos años, y la previsión es que siga aumentando.
Todos estos virus son virus zoonóticos emergentes y nuestro grupo de investigación lleva décadas trabajando en diferentes aspectos en relación con estos patógenos. El riesgo de emergencia y expansión de estos virus se basa de sus ciclos complejos de transmisión, por lo que nuestros estudios se basan tanto en el ser humano, como en los reservorios y los vectores que los transmiten. De esta base, parten transversalmente las líneas de actuación que van enfocadas a estudios de epidemiología molecular, desarrollo metodológico, detección de virus en vectores y hospedadores, caracterización de los mismos y estudios de competencia vectorial, con una aplicación dirigida hacia la investigación, prevención y respuesta a las amenazas o brotes causados por estos virus. El trabajo que desarrollamos se articula en torno a 3 objetivos principales:
Objetivo 1. Búsqueda y caracterización de virus emergentes en vectores y/o reservorios. Se lleva a cabo mediante herramientas moleculares incluyendo las nuevas estrategias de NGS, de virus emergentes en vectores y reservorios. De los virus detectados se realiza una caracterización molecular y serológica, llevando a cabo estudios de epidemiología molecular y de relaciones genéticas y antigénicas con virus relacionados.
Objetivo 2. Desarrollo metodológico para detección, identificación y caracterización de virus emergentes. Los métodos desarrollados pueden transferirse al SNS, explotarse comercialmente y/o utilizarse en la Cartera de Servicios del CNM. Estos desarrollos moleculares, y/o serológicos, refuerzan al CNM en su papel como Laboratorio Nacional de Referencia de Zoonosis, con un aporte de herramientas útiles y necesarias para la detección y caracterización de estos agentes. De igual forma, el desarrollo de herramientas tipo flujo lateral, las denominadas “Point Of Care” es una de las necesidades que pretendemos dar solución.
Objetivo 3. Eco-epidemiología de viriasis emergentes. Debido a los complejos ciclos biológicos de los arbovirus, el estudio de las especies de vectores implicados en nuestro país, así como el origen y evolución de los agentes circulantes, es crucial a la hora de entenderlos y responder a las amenazas que generan. Para ello estudiamos la presencia de estos virus tanto en muestras humanas como de vectores y posibles hospedadores, lo que nos permite, con un enfoque de “Una Salud”, entender los mecanismos que controlan su circulación y que puedan estar implicados en su patogenicidad.
Research projects
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Proyectos en los que el Laboratorio ha participado como IP en los últimos años
- "La Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-CoV2 en España"
- “Estudio ENE_COVID_SENIOR: Prospective study to establish the immune status in the elderly after receiving a full course of vaccination”
- “Respuesta inmune frente a la infección por SARS-CoV-2: efecto en vacunados naive y en seropositivos frente a las variantes más transmisibles y relevancia de la genética del hospedador”.
- “Estudio de Seroprevalencia de Crimea-Congo”
Proyectos como colaboradores científicos
- “Multi-center, Adaptive, Randomized Clinical Trial of Convalescent Plasma Therapy Versus Standard of Care for the Treatment of COVID-19 in Hospitalized Patients”
- “Investigación y vigilancia integrada de los arbovirus emergentes West nile, toscana y dengue en algunas zonas de España”
- “Análisis epidemiológico y virológico de los agentes virales incluidos en la vacuna triple vírica: nuevos retos”
- “Estudio de Seroprevalencia de Crimea-Congo en poblaciones de riesgo”
- “Estudio ENE_COVID_SENIOR II: Prospective study to establish the immune status in the elderly after receiving a full course of vaccination”
Estudios relevantes
- “2º estudio de seroprevalencia en España”
- “Estudio Nacional de sero-epidemiología de la infección por SARS-Cov-2 en España, Estudio ENE-COVID”
- “A Phase 2, Comparative, Randomised, Adaptive Trial to Evaluate the immunogenicity against SARS-Cov2 and safety of boosted vaccination with COMIRNATY in subjects having received prime vaccination with VAXZERIA”. Estudio CombiVacs.
- “Estudio de respuesta de inmunogenicidad de las vacunas autorizadas contra la COVID-19 en sujetos que han recibido previamente una vacuna experimental”
- “Prospective study to establish the immune status in the elderly after receiving a full course of vaccination. ENE-COVID SENIOR I y II”
- “Estudio de Seroprevalencia de Crimea-Congo en grupos de riesgo”
Convenios y contratos de los últimos años
-“Estudio de sensibilidad y la especificidad clínica del ensayo Access SARS-CoV-2 IgG en el instrumento access2 de Beckman Coulter”
“Evaluación de ensayos de serología mediante la técnica de quimioluminiscencia flash con el analizador liaison XL”
“ENE-COVID SENIOR II Prospective study to establish the immune status in the elderly after receiving a full course of vaccination.”
Publications
Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit
2. Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.
PUBMED DOIHorizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.
3. Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.
PUBMED DOIEmergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis.
4. Emergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis. de Dios Caballero J, Pastor MD, Vindel A, Máiz L, Yagüe G, Salvador C, Cobo M, Morosini MI, del Campo R, Cantón R; GEIFQ Study Group. Antimicrob Agents Chemother. 2015 Dec 14;60(3):1878-82.
PUBMED DOIThe dynamic changes of dominant clones of Staphylococcus aureus causing bloodstream infections in the European region: results of a second structured survey.
5. The dynamic changes of dominant clones of Staphylococcus aureus causing bloodstream infections in the European region: results of a second structured survey. Grundmann H, Schouls LM, Aanensen DM, Pluister GN, Tami A, Chlebowicz M, Glasner C, Sabat AJ, Weist K, Heuer O, Friedrich AW; ESCMID Study Group on Molecular Epidemiological Markers; European Staphylococcal Reference Laboratory Working Group. Euro Surveill. 2014 Dec 11;19(49).
PUBMED DOIPeptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii.
6. Gil-Marqués ML, Moreno-Martínez P, Costas C, Pachón J, Blázquez J, McConnell M.J.* Peptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2018 Nov 1;73(11):2960-2968.
PUBMED DOIImmunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection.
7. Pulido MR, García-Quintanilla M, Pachón J, McConnell M.J.* Immunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection. Vaccine. 2018 Jul 5;36(29):4153-4156.
PUBMED DOIInhibition of LpxC increases antibiotic susceptibility in Acinetobacter baumannii.
8. García-Quintanilla M, Caro-Vega JM, Pulido MR, Moreno-Martínez P, Pachón J, McConnell M.J.* Inhibition of LpxC increases antibiotic susceptibility in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2016 Jul 22;60(8):5076-9.
PUBMED DOIImmunization with lipopolysaccharide-deficient whole cells provides protective immunity in an experimental mouse model of Acinetobacter baumannii infection.
9. García-Quintanilla M., Pulido M.R., Pachón J. and McConnell, M.J.* Immunization with lipopolysaccharide-deficient whole cells provides protective immunity in an experimental mouse model of Acinetobacter baumannii infection. PLOS One. 2014 Dec 8;9(12).
PUBMED DOIEncephalitis associated with human herpesvirus-7 infection in an immunocompetent adult.
M. Parra; A. Alcala; C. Amoros; A. Baeza; A. Galiana; D. Tarragó; M.Á. García-Quesada; V. Sánchez-Hellín. Encephalitis associated with human herpesvirus-7 infection in an immunocompetent adult. Virology Journal. 14 - 1, 2017.
PUBMED DOIMolecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain.
M. Cabrerizo; M. Díaz-Cerio; C. Muñoz-Almagro; N. Rabella; D. Tarragó; M.P. Romero; M.J. Pena; C. Calvo; S. Rey-Cao; A. Moreno-Docón; I. Martínez-Rienda; A. Otero; G. Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain. J Med Virol. 2017 Mar;89(3):435-442.
PUBMED DOIViral epidemic outbreaks and public health alerts studied at the National Centre of Microbiology during a two-year period (2012-2013).
J.M. Echevarría Mayo; A.A. Avellón Calvo; M. Cabrerizo Sanz; I. Casas Flecha; J.E. Echevarría Mayo; Fd.eO. de Ory Manchón; A. Negredo Antón; F. Pozo Sánchez; M.P. Sánchez-Seco Fariñas; D. Tarragó Asensio; G. Trallero Masó. Viral epidemic outbreaks and public health alerts studied at the National Centre of Microbiology during a two-year period (2012-2013). Revista española de salud pública. 90, pp. E16 - E16. 2016
PUBMEDMolecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain.
M. Cabrerizo; D. Tarragó; C. Muñoz-Almagro; E. del Amo; M. Domínguez-Gil; J.M.-S. Eiros; I. López-Miragaya; C. Pérez; J. Reina; A. Otero; I. González; J.E. Echevarría; G. Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain. Clinical Microbiology and Infection. 20 - 3, pp. O150 - O156. 2014.
PUBMED DOIMolecular epidemiology of the first Spanish enterovirus A71 outbreak associated with severe neurological diseases, 2016.
R Gonzalez-Sanz*, D Casas-Alba, C Launes, C Muñoz-Almagro, M Ruiz-García, MJ Gonzalez-Abad, M Alonso, G Megias, N Rabella, M del Cuerpo, M Gozalo-Margüello, A González-Praetorius, A Martínez-Sapiña, MJ Goyanes-Galán, MP Romero, C Calvo, A Antón, M Imaz, M Aranzamendi, Á Hernandez, A Moreno-Docón, S Rey Cao, A Navascuences, A Otero, M Cabrerizo. Molecular epidemiology of the first Spanish enterovirus A71 outbreak associated with severe neurological diseases, 2016. Euro Surveill. 2019 Feb;24(7).
PUBMED DOIAcute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years’ experience, Spain, 1998 to 2015.
J Masa-Calles, N Torner, N López-Perea, MV Torres de Mier, B Fernández-Martínez, M Cabrerizo, V Gallardo-García, C Malo, M Margolles, M Portell, N Abadía, A Blasco, S García-Hernández, H Marcos, N Rabella, C Marín, A Fuentes, I Losada, A Nieto, V García Ortúzar, M García Cenoz, JM Arteagoitia, Á Blanco Martínez, A Rivas, D Castrillejo, Spanish AFP Surveillance Working Group. Acute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years’ experience, Spain, 1998 to 2015. EuroSurveill 2018 23(47):pii=1700423.
PUBMED DOIRecommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe.
H Harvala, E Broberg, K Benschop, N Berginc, S Ladhani, P Susi, C Christiansen, J McKenna, D Allen, P Makiello, G McAllister, M Carmen, M Sveinsdottir, K Zakikhany, T Gunnarsdottir, R Dyrdak, X Nielsen, T Madsen, J Paul, C Moore, K von Eije, A Piralla , M Strutt, M Carileir, L Vanoverschelde, R Poelman, A Anton, X López-Labrador, C Galli, K Keeren, M Maier, H Cassidy, S Derdas, C Savolainen-Kopra, S Diedrich, S Nordbø, P Minor, J Buesa, H Yu, Q Liao, JL Bailly, F Baldanti, A MacAdam, N Grossly, A Mirand, S Dudman, I Schuffenecker, S Kadamba, n Neyts, M Griffiths, J Richter, C Margaretto, S Govind, U Morley, S Krokstad, J Dean, M Salort, B Prochazka, H-R Honkanen, M Cabrerizo, M Majumdar, L Pellegrinelli, G Nebbia, M Wiewel, S Cottrell, P Coyle, O Adams, J Martin, S Midgley, P Horby, K Wolthers, B Hubert Niesters, P Simmonds and TK Fischer. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol 101: 11-17 (2018).
PUBMED DOIMolecular surveillance of norovirus, 2005-16: an epidemiological analysis of data collected from the NoroNet network.
4. J van Beek, M de Graaf, H Al-Hhello, DJ Allen, K Ambert-Balay, N Botteldoorn, M Brytting, J Buesa, M Cabrerizo, M Chan, F Cloak, I Di Bartolo, S Guix, J Hewitt, N Iritani, M Jin, R Johne, I Lederer, J Mans, V Martella, L Maunula, G McAllister, S Niendorf, HG Niesters, AT Podkolzin, M Poljsak-Prijatelj, L Dam Rasmussen, G Reuter, G Tuite, A Kroneman, H Vennema, MPG Koopmans, on behalf of NoroNet. Molecular surveillance of norovirus, 2005-16: an epidemiological analysis of data collected from the NoroNet network. Lancet Infect Dis 18:545-553 (2018)
PUBMED DOIFirst Cases of Severe Flaccid Paralysis Associated with Enterovirus D68 Infection in Spain, 2015-2016.
M Cabrerizo*, JP García-Iñiguez, F Munell, A Amado, P Madurga-Revilla, C Rodrigo, S Pérez, A Martínez-Sapiña, A Antón, G Suárez, N Rabella, V Del Campo, A Otero, J Masa-Calles. First Cases of Severe Flaccid Paralysis Associated with Enterovirus D68 Infection in Spain, 2015-2016. Pediatric Infect Dis J; 36: 1214-1216 (2017).
PUBMED DOIContent with Investigacion .
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Isabel Jado García
Científico Titular OPIS, Director laboratorio
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Raquel Escudero Nieto
Científico Titular OPIS, Director laboratorio
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Escolástica Chaparro Tercero
Técnico de Laboratorio
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Ave María Vila-Coro Laviña
Auxiliar de Investigación
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María Elena Andrés Galván
Ayudante de Investigación.
Técnico superior en laboratorio de diagnóstico clínico en 2013 y Técnico superior en laboratorio de análisis y control de calidad en 2015. Lleva vinculada a la Unidad de Neumococos desde 2022 como ayudante de investigación y es personal de plantilla. Anteriormente estuvo contratada en el Instituto de recursos naturales y agrobiología de Salamanca (IRNASA) del CSIC.
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Our general objective is to provide early knowledge about any emerging antibiotic resistance mechanism in our country. This contribution of knowledge is based on transversal objectives that we consider key, such as 1) the ability to adapt research to emerging resistance problems, 2) the promotion of cooperative and multidisciplinary research studies working in networks with different Spanish and foreign centers, 3) the transfer of research results in an agile way to the clinical practice of the national health system, and 4) the promotion of the interrelation of research with reference, advice, training and dissemination seeking the empowerment of all.
More specifically, our main scientific objectives are the characterization of the molecular bases of antibiotic resistance in pathogenic bacteria, the study of the molecular epidemiology and population structure of resistant bacteria, the characterization of the mobile genetic elements that carry resistance genes, and the development of diagnostic techniques and therapeutic alternatives against bacteria with extensive resistance to antibiotics. In this sense, research into the dissemination pathways of Enterobacteriaceae, Acinetobacter baumannii and carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa (as a paradigm of extensive resistance and pan-resistance) is one of our current priority objectives.
Our general objective is to provide early knowledge about any emerging antibiotic resistance mechanism in our country. This contribution of knowledge is based on transversal objectives that we consider key, such as 1) the ability to adapt research to emerging resistance problems, 2) the promotion of cooperative and multidisciplinary research studies working in networks with different Spanish and foreign centers, 3) the transfer of research results in an agile way to the clinical practice of the national health system, and 4) the promotion of the interrelation of research with reference, advice, training and dissemination seeking the empowerment of all.
More specifically, our main scientific objectives are the characterization of the molecular bases of antibiotic resistance in pathogenic bacteria, the study of the molecular epidemiology and population structure of resistant bacteria, the characterization of the mobile genetic elements that carry resistance genes, and the development of diagnostic techniques and therapeutic alternatives against bacteria with extensive resistance to antibiotics. In this sense, research into the dissemination pathways of Enterobacteriaceae, Acinetobacter baumannii and carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa (as a paradigm of extensive resistance and pan-resistance) is one of our current priority objectives.