Pneumococcus
Research Lines
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Infecciones Víricas e Inmunidad en Enfermos Inmunodeprimidos
Nuestras líneas de investigación se centran en distintas áreas del conocimiento relacionadas con hepatitis virales crónicas (Hepatitis B, C y D), VIH, y SARS-CoV-2:
- Inmunopatogenia de las infecciones virales y su relación con eventos clínicos.
- Impacto en el organismo del control o eliminación de la infección viral.
- Biopsia líquida y ómicas: biomarcadores de enfermedad en infección viral.
- Resistencia a la infección viral y aclaramiento espontáneo.
- Cribado de infección viral y epidemiología molecular de los virus.
- Desarrollo de kits de diagnóstico rápido.
- Respuesta inmune a vacunas.
Infección por CMV en pacientes trasplantados
En los últimos años en nuestro grupo hemos estudiado la cinética de infección por CMV y el desarrollo de la respuesta inmune protectora específica frente a CMV. Como resultados de estos estudios hemos sido capaces de caracterizar la cinética y magnitud de la adquisición de la respuesta inmune frente a CMV y establecer puntos de corte de inmunidad específica que se relacionan con la protección frente a la infección.
El objetivo de esta línea de investigación en los últimos años ha sido definir parámetros relacionados con la respuesta inmune específica frente a CMV y con factores genéticos que puedan estar relacionados con el control de la infección y enfermedad por CMV. El estudio de estas variables de forma conjunta como marcadores de predicción del riesgo de desarrollo de infección/enfermedad y de la evolución de la infección tras el trasplante permitirían establecer un algoritmo para el manejo de los pacientes. Además, permitirían definir niveles mínimos de protección que sirvan de endpoints para el desarrollo de una vacuna. Esta línea de investigación se enmarca dentro del programa de Infecciones en Transplantes de la Red Española de Investigación en Patologías Infecciosas (REIPI), como parte del WP2 denominado Optimización de la prevención de la enfermedad por CMV.
Desarrollo preclínico de vacunas protectoras frente a CMV
La vacuna ideal frente a CMV debería estar compuesta por múltiples antígenos y ser capaz de imitar el efecto producido por la infección natural, y estimular una respuesta inmune específica combinada tanto de células T como de anticuerpos neutralizantes. Sin embargo, a pesar de los esfuerzos realizados y los progresos de los últimos años, los resultados obtenidos en el desarrollo de una vacuna frente a CMV no han mostrado resultados definitivos.
Por tanto, el objetivo de esta línea de investigación es promover aproximaciones innovadoras para el diseño y desarrollo de una vacuna frente a la infección por CMV. Para ello se ha puesto en marcha una aproximación a través de la construcción de un plásmido optimizado para generar una respuesta inmune combinada y amplia específica frente a CMV y la búsqueda de los antígenos candidatos, a través del estudio de la inmunogenicidad in vivo del proteoma completo de CMV.
Desarrollo preclínico de alternativas terapéuticas frente a CMV basadas en la inmunoterapia
La inmunidad mediada por células T constituye una respuesta adaptativa fundamental y representa el mecanismo de defensa más importante frente a la infección viral. Por otra parte, la presencia en suero de anticuerpos neutralizantes se han asociado con tasas más bajas de transmisión del CMV de la madre al feto y en los receptores de trasplante de órgano sólido.
El presente proyecto propone un enfoque novedoso a través de la identificación y caracterización de la respuesta inmune tanto celular como de anticuerpos en pacientes que han sido inmunizados de forma natural y están protegidos frente a la infección por CMV, para abordar el desarrollo preclínico de alternativas terapéuticas basadas en la transferencia adoptiva de células T CD8+ citotóxicas y de anticuerpos monoclonales específicos de CMV con el objetivo de desarrollar una nueva estrategia terapéutica para el tratamiento frente a la infección por este patógeno.
Estudio del desarrollo de inmunidad frente a SARS-CoV-2
Dada la situación producida como consecuencia de la propagación del SARS-CoV-2 urge la realización de estudios serológicos que nos ayuden a determinar el alcance y la duración de la inmunidad adquirida por la población infectada por SARS-CoV-2 que ha superado la enfermedad. En este sentido el estudio de los anticuerpos neutralizantes, que son aquellos que reconocen las proteínas del virus implicadas en el reconocimiento del receptor celular bloqueando su capacidad infectiva, en pacientes recuperados de la infección por SARS-CoV-2 podrían ser clave para explicar el pronóstico de la enfermedad en estos pacientes. Además son necesarios estudios que estudien la cinética de la inmunidad de anticuerpos específicos frente a coronavirus y su relación con la evolución de la enfermedad que nos permitan establecer estrategias de manejo de los pacientes en base a su patrón inmunológico.
También participamos en el desarrollo de un prototipo de vacuna basado en ADN plasmídico que expresa antígenos de SARS-CoV-2 y la caracterización de la respuesta inmune inducida por esta vacuna en un modelo murino de inmunización.
Research projects
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Proyectos del Plan Nacional.
1. Título del proyecto: Characterization of the antibody immune response against CMV in transplant patients for vaccine design.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Expediente: PI20CIII/00009
Financiación: 92.000 € + 1 contrato de Técnico Superior 2 años Duración: 2021-2024
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero
2. Título del proyecto: STOP-Coronavirus: factores clínicos, inmunológicos, genómicos, virológicos y bioéticos de COVID-19.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Expediente: COV20/00181
Financiación: 1.200.000,00 € Duración: 2020-2021
3. Título del proyecto: Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-COV2 en España.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Expediente: COV20/00679
Financiación: 325.909,46€ Duración: 2020-2021
4. Título del proyecto: Desarrollo preclínico de vacunas de ADN frente a CMV a través de análisis inmunogénico del proteoma completo de CMV.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (Proyecto de Desarrollo Tecnológico)
Expediente: DTS18CIII/00005
Financiación: 98.400€ Duración: 2019-2021
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero
5. Título del proyecto: Score integrado de factores inmunológicos y genotípicos de predicción del riesgo y evolución de la infección por CMV en pacientes con trasplante renal.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Expediente: P17CIII/00016
Financiación: 94.700€ Duración: 2018-2021
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero
6. Título del proyecto: ACINETOCLINIC: Transición a fase clínica de investigación para licencia de la primera vacuna contra Acinetobacter baumannii drogorresistente.
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad
Expediente: RTC-2016-5161-1
Financiación: 147.104,40€ Duración: 2016-2019
Co-Investigadores Principales: Pilar Pérez Romero, Michael McConnell, Jerónimo Pachón
7. Título del proyecto: Búsqueda de antígenos virales capaces de estimular una respuesta inmune protectora frente a la infección por CMV para el diseño de una vacuna.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Expediente: PI14/01291
Financiación: 121.000€ Duración: 2015-2017
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero
Otros proyectos.
1. Título del Proyecto: Estudio de la cinética y reactividad de los anticuerpos neutralizantes en pacientes recuperados de COVID-19.
Entidad financiadora: Fundación Mutua Madrileña
Financiación: 80.000 € Duración: 2020-2021
Investigador Principal: José Mª Aguado y Pilar Pérez Romero
2. Título del Proyecto: SARSVAX: Development of a multi-epitope vaccine for SARS-CoV-2 using the PLASMIVAX vaccine platform.
Entidad financiadora: Caixa-Impulse
Financiación: 300.000 € Duración: 2020-2021
3. Título del Proyecto: Investigación de anticuerpos frente a Acinetobacter baumannii.
Entidad financiadora: Vaxdyn S.L
Expediente: MVP 210/18
Financiación: 40.400 € Duración: 2018-2020
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero y Michael McConnell
4. Título del proyecto: Caracterización físico-química y biológica de principio activo conteniendo antígenos virales.
Entidad financiadora: Bionaturis SL.
Financiación: 57.290 €. Duración: 2015-2017
Investigadora Principal: Pilar Pérez Romero
5. Título del Proyecto: BIOMAP: Biomolecules design through multivariate analysis process for obtaining active compounds.
Entidad financiadora: CDTI Ministerio de Ciencia e Innovación Programa INNTERCONECTA Expediente:ITC-20151294
Financiación (IBiS): 107.000 € Duración: 2015-2017
6. Título del proyecto: Diseño y desarrollo preclínico de una vacuna trivalente frente a la infección por citomegalovirus.
Entidad financiadora: Consejería de Economía, Ciencia y Empresa, Junta de Andalucía
Expediente: CTS 1909
Financiación: 43.100 € Duración: 2014-2017
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero.
7. Título del Proyecto: ADELIS: "Andalusian Drug Delivery Injectable Systems"
Entidad financiadora: CDTI Ministerio de Ciencia e Innovación Programa INNTERCONECTA
Expediente: ITC-20131036
Financiación (IBiS): 1,3M € Duración: 2013-2015
Investigador Principal: Pilar Pérez Romero.
Publications
In vitro activity of olorofim (F901318) against clinical isolates of cryptic species of Aspergillus by EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 Jun 1
Rivero-Menendez O, Cuenca-Estrella M, Alastruey-Izquierdo A.* In vitro activity of olorofim (F901318) against clinical isolates of cryptic species of Aspergillus by EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 Jun 1;74(6):1586-1590. doi: 10.1093/jac/dkz078. PMID: 30891600.
PUBMED DOIMolecular Identification, Antifungal Susceptibility Testing, and Mechanisms of Azole Resistance in Aspergillus Species Received within a Surveillance Program on Antifungal Resistance in Spain. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Aug 23
Rivero-Menendez O, Soto-Debran JC, Medina N, Lucio J, Mellado E, Alastruey-Izquierdo A*. Molecular Identification, Antifungal Susceptibility Testing, and Mechanisms of Azole Resistance in Aspergillus Species Received within a Surveillance Program on Antifungal Resistance in Spain. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Aug 23;63(9). doi: 10.1128/AAC.00865-19. PMID: 31285229.
PUBMED DOIClinical and Laboratory Development of Echinocandin Resistance in Candida glabrata: Molecular Characterization. Front Microbiol. 2019 Jul 11
Rivero-Menendez O, Navarro-Rodriguez P, Bernal-Martinez L, Martin-Cano G, Lopez-Perez L, Sanchez-Romero I, Perez-Ayala A, Capilla J, Zaragoza O, Alastruey-Izquierdo A*. Clinical and Laboratory Development of Echinocandin Resistance in Candida glabrata: Molecular Characterization. Front Microbiol. 2019 Jul 11;10:1585. doi: 10.3389/fmicb.2019.01585. PMID: 31354675.
PUBMED DOIIn vitro activity of olorofim against clinical isolates of Scedosporium species and Lomentospora prolificans using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2020 Aug 28
Rivero-Menendez O, Cuenca-Estrella M, Alastruey-Izquierdo A.* In vitro activity of olorofim against clinical isolates of Scedosporium species and Lomentospora prolificans using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2020 Aug 28. doi: 10.1093/jac/dkaa351. PMID:32856079.
PUBMED DOIEarly innate immune response triggered by the human respiratory syncytial virus and its regulation by ubiquitination/deubiquitination processes.
Martín-Vicente M*, Resino S#, Martínez I#*. Early innate immune response triggered by the human respiratory syncytial virus and its regulation by ubiquitination/deubiquitination processes. J Biomed Sci. 2022 Feb 13;29(1):11. doi: 10.1186/s12929-022-00793-3. PMID: 35152905 (R; FI= 12.771; D1 Medicine, Research & Experimental; JCR 2021).
PUBMEDHigh SARS-CoV-2 viral load and low CCL5 expression levels in the upper respiratory tract are associated with COVID-19 severity.
Pérez-García F, Martin-Vicente M, Rojas-García RL, Castilla-García L, Muñoz-Gomez MJ, Hervás Fernández I, González Ventosa V, Vidal-Alcántara EJ, Cuadros-González J, Bermejo-Martin JF, Resino S#, Martínez I#. High SARS-CoV-2 viral load and low CCL5 expression levels in the upper respiratory tract are associated with COVID-19 severity. J Infect Dis. 2022 Mar 15;225(6):977-982. doi: 10.1093/infdis/jiab604. PMID: 34910814 (A; FI= 7.759; Q1 Microbiology; JCR 2021).
PUBMEDNeighborhood environmental factors linked to hospitalizations of older people for viral lower respiratory tract infections in Spain: a case-crossover study.
Álvaro-Meca A, Sepúlveda-Crespo D#, Resino R, Ryan P, Martínez I#, Resino S#. Neighborhood environmental factors linked to hospitalizations of older people for viral lower respiratory tract infections in Spain: a case-crossover study. Environ Health. 2022 Nov 8;21(1):107. doi: 10.1186/s12940-022-00928-x. PMID: 36348411.
PUBMEDDiagnostic Performance of the HCV Core Antigen Test To Identify Hepatitis C in HIV-Infected Patients: a Systematic Review and Meta-Analysis.
Sepúlveda-Crespo D, Treviño-Nakoura A, Bellon JM, Jiménez-Sousa MA, Ryan P, Martínez I#, Fernández-Rodríguez A#, Resino S#. Diagnostic Performance of the HCV Core Antigen Test To Identify Hepatitis C in HIV-Infected Patients: a Systematic Review and Meta-Analysis. J Clin Microbiol. 2023 Jan 26; 61(1):e0133122. doi: 10.1128/jcm.01331-22. PMID: 36537787.
PUBMEDHCV Cure With Direct-Acting Antivirals Improves Liver and Immunological Markers in HIV/HCV-Coinfected Patients.
Brochado-Kith Ó, Martínez I*, Berenguer J, González-García J, Salgüero S, Sepúlveda-Crespo D, Díez C, Hontañón V, Ibañez-Samaniego L, Pérez-Latorre L, Fernández-Rodríguez A, Ángeles Jiménez-Sousa M, Resino S*. HCV Cure With Direct-Acting Antivirals Improves Liver and Immunological Markers in HIV/HCV-Coinfected Patients. Front Immunol. 2021 Aug 23;12:723196. doi: 10.3389/fimmu.2021.723196. eCollection 2021.PMID: 34497613 (A; FI= 8.786; Q1 Immunology; JCR 2021).
PUBMEDHIV screening and retention in care in people who use drugs in Madrid, Spain: a prospective study
Ryan P, Valencia J, Cuevas G; Troya J; Torres-Macho J; Muñoz-Gómez MJ, Muñoz-Rivas N, Canorea I, Vázquez-Morón S (‡), Resino S (‡ *). HIV screening and retention in care in people who use drugs in Madrid, Spain: A prospective study. Infect Dis Poverty. 2021; 10(1): 111. (A; FI= 10.49; D1, Tropical Medicine; JCR 2021). PMID: 34412695. DOI: 10.1186/s40249-021-00894-5.
PUBMEDObesity-related SNPs and weight gain following first-line antiretroviral therapy.
Berenguer J (*), Jarrín I, Bellón JM, Díez C, Jiménez-Sousa MA, Roca C, González-García J, Dalmau D, Olalla J, Herrero C, Villarroya F, Domingo P, Resino S. Obesity-related SNPs and weight gain following first-line antiretroviral therapy. Clin Inf Dis. 2023; In press. (A; FI= 20.99; D1, Infectious Diseases; JCR 2021).
PUBMED DOIMild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study.
García-Broncano P, Medrano LM, Berenguer J, Brochado O, González-García J, Jiménez-Sousa MA, Quereda C, Sanz J, Téllez MJ, Díaz L, Jiménez JL, Muñoz-Fernández MA, Resino S (*). Mild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study. J Infect 2020; 80(1):99-110. (A; FI= 6.07; Q1, Infectious Diseases; JCR 2020). PMID: 31585189. DOI: 10.1016/j.jinf.2019.09.020.
PUBMEDEvaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia
Rueda C, Puig-Asensio M, Guinea J, Almirante B, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O; CANDIPOP Project from GEIH-GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Evaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia. Clin Microbiol Infect. 2017 Jan;23(1):49.e1-49.e8.
PUBMED DOIIdentification of Off-Patent Drugs That Show Synergism with Amphotericin B or That Present Antifungal Action against Cryptococcus neoformans and Candida spp
Rossi SA, de Oliveira HC, Agreda-Mellon D, Lucio J, Mendes-Giannini MJS, García-Cambero JP, Zaragoza O. Identification of Off-Patent Drugs That Show Synergism with Amphotericin B or That Present Antifungal Action against Cryptococcus neoformans and Candida spp. Antimicrob Agents Chemother. 2020 Mar 24;64(4):e01921-19. PMCID: PMC7179310.
PUBMED DOIParadoxical Growth of Candida albicans in the Presence of Caspofungin Is Associated with Multiple Cell Wall Rearrangements and Decreased Virulence
Rueda C, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O. Paradoxical growth of Candida albicans in the presence of caspofungin is associated with multiple cell wall rearrangements and decreased virulence. Antimicrob Agents Chemother. 2014;58(2):1071-83. PMCID: PMC3910852.
PUBMED DOIHCV cure with direct-acting antivirals improves liver and immunological markers in HIV/HCV-coinfected patients.
Brochado-Kith O, Martínez I, Berenguer J, González-García J, Salgüero S, Sepúlveda-Crespo D, Díez C, Hontañón V, Ibañez-Samaniego L, Pérez-Latorre L, Fernández-Rodríguez A (‡), Jiménez-Sousa MA (‡), Resino S (‡ *). HCV cure with direct-acting antivirals improves liver and immunological markers in HIV/HCV-coinfected patients. Front immunol. 2021; 12:723196. (A; FI= 8.79; Q1, Immunology; JCR 2021). PMID: 34497613. DOI: 10.3389/fimmu.2021.723196.
PUBMEDCryptococcus neoformans induces antimicrobial responses and behaves as a facultative intracellular pathogen in the non mammalian model Galleria mellonella
Trevijano-Contador N, Herrero-Fernández I, García-Barbazán I, Scorzoni L, Rueda C, Rossi SA, García-Rodas R, Zaragoza O. Cryptococcus neoformans induces antimicrobial responses and behaves as a facultative intracellular pathogen in the non mammalian model Galleria mellonella. Virulence. 2015;6(1):66-74. PMCID: PMC4603429.
PUBMED DOIThe formation of titan cells in Cryptococcus neoformans depends on the mouse strain and correlates with induction of Th2-type responses
García-Barbazán I, Trevijano-Contador N, Rueda C, de Andrés B, Pérez-Tavárez R, Herrero-Fernández I, Gaspar ML, Zaragoza O. The formation of titan cells in Cryptococcus neoformans depends on the mouse strain and correlates with induction of Th2-type responses. Cell Microbiol. 2016 Jan;18(1):111-24.
PUBMED DOIPrevalence and undiagnosed fraction of hepatitis C infection in 2018 in Spain: results from a national population-based survey.
• Estirado Gómez A, Justo-Gil S, Limia A, Avellón A, Arce-Arnáez A, González-Rubio R, Diaz A, Del Amo J; Prevalence and undiagnosed fraction of hepatitis C infection in 2018 in Spain: results from a national population-based survey. Sci Rep. 2018 Jan 30;8(1):1858.
PUBMED DOIComparative Analysis of Aspergillus fumigatus Strains: The Reference Genome as a Matter of Concern.
Buitrago MJ, Martín-Gómez T. Timely Diagnosis of Histoplasmosis in Non-endemic Countries: A Laboratory Challenge. Front Microbiol. 2020 Mar 24; 11:467. doi: 10.3389/fmicb.2020.00467. eCollection 2020. PMID: 32269555.
PUBMED DOIIdentification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene.
Matamala N, Aggarwal N, Iadarola P, Fumagalli M, Gomez-Mariano G, Lara B, Martinez MT, Cuesta I, Stolk J, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. Identification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene. PLoS One. 2017 Jan 20;12(1):e0170533.
PUBMED DOIA case of respiratory toxigenic diphtheria: Contact tracing results and considerations following a 30-year disease-free interval, Catalonia, Spain, 2015.
Jané, M., Vidal, M.J., Camps, N., Campins, M., Martínez, A., Balcells, J., Martin-Gomez, M.T., Bassets, G., Herrera-Leon, S., Foguet, A., Maresma, M., Follia, N., Uriona, S., Pumarola, T. A case of respiratory toxigenic diphtheria: Contact tracing results and considerations following a 30-year disease-free interval, Catalonia, Spain, 2015. (2018) Eurosurveillance, 23 (13).
PUBMED DOIDevelopment of three multiplex PCR assays targeting the 21 most clinically relevant serogroups associated with Shiga toxin-producing E. coli infection in humans
Sánchez, S., Llorente, M.T., Echeita, M.A., Herrera-León, S. Development of three multiplex PCR assays targeting the 21 most clinically relevant serogroups associated with Shiga toxin-producing E. coli infection in humans (2015) PLoS ONE, 10 (1).
PUBMED DOIShiga toxin-producing Escherichia coli and atypical enteropathogenic E. coli infection in a Spanish household
Sánchez, S., Cenoz, M.G., Martín, C., Beristain, X., Llorente, M.T., Herrera-León, S. Cluster investigation of mixed O76:H19 Shiga toxin-producing Escherichia coli and atypical enteropathogenic E. coli infection in a Spanish household (2014) Epidemiology and Infection, 142 (5), pp. 1029-1033.
PUBMED DOIOff-label use of maraviroc in HIV-1-infected paediatric patients in clinical practice.
Palladino C, Navarro Gomez ML, Soler-Palacin P, Gonzalez-Tome MI, Jiménez de Ory S, Espiau M, Pérez-Hoyos S, León-Leal JA, Méndez M, Moreno-Pérez D, Fortuny C, uer A, Pocheville I, Moreno S, Briz V, on behalf of the CoRISpe Working Group. Off-label use of maraviroc in HIV-1-infected paediatric patients in clinical practice. AIDS 2015; 29-16, pp.2155-2159. (A; FI= 4,407; Q1 Infectious Disease).
PUBMED DOIComparative sensitivity of commercial tests for hepatitis E genotype 3 virus antibody detection.
Comparative sensitivity of commercial tests for hepatitis E genotype 3 virus antibody detection. Avellon A, Morago L, Garcia-Galera del Carmen M, Munoz M, Echevarría JM. J Med Virol. 2015 Nov;87(11):1934-9. Epub 2015 May 29.
PUBMED DOIRelative telomere length impact on mortality of COVID-19: sex differences.
Virseda-Berdices A, Concostrina-Martinez L, Martínez-González O, Blancas R, Resino S, Ryan P, De Juan C, Moreira-Escriche P, Martin-Vicente M, Brochado-Kith O, Blanca-López N, Jiménez-Sousa MA (‡,*), Fernández-Rodríguez A (‡). Relative telomere length impact on mortality of COVID-19: sex differences. J Med Virol 2023; 98 (1): e28368 (A; FI= 20.96; D1, Virology; JCR 2021).
PUBMEDActivity of host antimicrobials against multidrug resistant Acinetobacter baumannii acquiring colistin resistance through loss of lipopolysaccharide
García-Quintanilla, M., Pulido, M. R., Moreno-Martínez, P., Martín-Peña, R., López-Rojas, R., Pachón, J. and McConnell, M.J.* Activity of host antimicrobials against multidrug resistant Acinetobacter baumannii acquiring colistin resistance through loss of lipopolysaccharide. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 2014. May;58(5):2972-5.
PUBMED DOICharacterization of broadly neutralizing antibody responses to HIV-1 in a cohort of long term non-progressors
Characterization of broadly neutralizing antibody responses to HIV-1 in a cohort of long term non-progressors. González N, McKee K, Lynch RM, Georgiev IS, Jimenez L, Grau E, Yuste E, Kwong PD, Mascola JR, Alcamí J. PLoS One. 2018;13:e0193773.
PUBMED DOIDiverse large HIV-1 non-subtype B clusters are spreading among men who have sex with men in Spain
Delgado E, Benito S, Montero V, Cuevas MT, Fernández-García A, Sánchez-Martínez M, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Gil H, Cañada J, Carrera C, Martínez-López J, Sintes M, Pérez-Álvarez L, Thomson MM; Spanish Group for the Study of New HIV Diagnoses. Diverse large HIV-1 non-subtype B clusters are spreading among men who have sex with men in Spain. Front Microbiol. 2019; 3;10:655.
PUBMED DOIImprovement of HIV-1 coreceptor tropism prediction by employing selected nucleotide positions of the env gene in a Bayesian network classifier.
Díez-Fuertes F, Delgado E, Vega Y, Fernández-García A, Cuevas MT, Pinilla M, García V, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Improvement of HIV-1 coreceptor tropism prediction by employing selected nucleotide positions of the env gene in a Bayesian network classifier. J Antimicrob Chemother. 2013; 68:1471-1485.
PUBMED DOIPredominance of CXCR4 tropism in HIV-1 CRF14_BG strains from newly diagnosed infections.
Pérez-Álvarez L, Delgado E, Vega Y, Montero V, Cuevas T, Fernández-García A, García-Riart B, Pérez-Castro S, Rodríguez-Real R, López-Álvarez MJ, Fernández-Rodríguez R, Lezaun MJ, Ordóñez P, Ramos C, Bereciartua E, Calleja S, Sánchez-García AM, Thomson MM. Predominance of CXCR4 tropism in HIV-1 CRF14_BG strains from newly diagnosed infections. J Antimicrob Chemother. 2014; 69:246-253.
PUBMED DOIMolecular epidemiology, phylogeny, and phylodynamics of CRF63_02A1, a recently originated HIV-1 circulating recombinant form spreading in Siberia.
Shcherbakova NS, Shalamova LA, Delgado E, Fernández-García A, Vega Y, Karpenko LI, Ilyichev AA, Sokolov YV, Shcherbakov DN, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Molecular epidemiology, phylogeny, and phylodynamics of CRF63_02A1, a recently originated HIV-1 circulating recombinant form spreading in Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014; 30:912-919.
PUBMED DOIEpidemiological surveillance of HIV-1 transmitted drug resistance in Spain in 2004-2012: relevance of transmission clusters in the propagation of resistance mutations.
Vega Y, Delgado E, Fernández-García A, Cuevas MT, Thomson MM, Montero V, Sánchez M, Sánchez AM, Pérez-Álvarez L; Spanish Group for the Study of New HIV-1 Diagnoses in Galicia and Basque Country. Epidemiological surveillance of HIV-1 transmitted drug resistance in Spain in 2004-2012: relevance of transmission clusters in the propagation of resistance mutations. PLoS One. 2015; 10:e0125699.
PUBMED DOIPhylogeny and phylogeography of a recent HIV-1 subtype F outbreak among men who have sex with men in Spain deriving from a cluster with a wide geographic circulation in Western Europe.
Delgado E, Cuevas MT, Domínguez F, Vega Y, Cabello M, Fernández-García A, Pérez-Losada M, Castro MÁ, Montero V, Sánchez M, Mariño A, Álvarez H, Ordóñez P, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, López-Álvarez MJ, Rodríguez R, Trigo M, Diz-Arén J, Hinojosa C, Bachiller P, Hernáez-Crespo S, Cisterna R, Garduño E, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Phylogeny and phylogeography of a recent HIV-1 subtype F outbreak among men who have sex with men in Spain deriving from a cluster with a wide geographic circulation in Western Europe. PLoS One. 2015; 10:e0143325.
PUBMED DOIIdentification of an HIV-1 BG intersubtype recombinant form (CRF73_BG), partially related to CRF14_BG, which Is circulating in Portugal and Spain.
Fernández-García A, Delgado E, Cuevas MT, Vega Y, Montero V, Sánchez M, Carrera C, López-Álvarez MJ, Miralles C, Pérez-Castro S, Cilla G, Hinojosa C, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Identification of an HIV-1 BG intersubtype recombinant form (CRF73_BG), partially related to CRF14_BG, which Is circulating in Portugal and Spain. PLoS One. 2016; 11:e0148549.
PUBMED DOISequence analysis of in vivo-expressed HIV-1 spliced RNAs reveals the usage of new and unusual splice sites by viruses of different subtypes
Vega Y, Delgado E, de la Barrera J, Carrera C, Zaballos Á, Cuesta I, Mariño A, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, Álvarez H, López-Miragaya I, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Thomson MM. Sequence analysis of in vivo-expressed HIV-1 spliced RNAs reveals the usage of new and unusual splice sites by viruses of different subtypes. PLoS One. 2016; 11:e0158525.
PUBMED DOIHIV-1 genetic diversity in recently diagnosed infections in Moscow: predominance of AFSU, frequent branching in clusters, and circulation of the Iberian subtype G variant.
Karamov E, Epremyan K, Siniavin A, Zhernov Y, Cuevas MT, Delgado E, Sánchez-Martínez M, Carrera C, Kornilaeva G, Turgiev A, Bacqué J, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. HIV-1 genetic diversity in recently diagnosed infections in Moscow: predominance of AFSU, frequent branching in clusters, and circulation of the Iberian subtype G variant. AIDS Res Hum Retroviruses. 2018; 34:629-634.
PUBMED DOIBayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union's countries.
Díez-Fuertes F, Cabello M, Thomson MM. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union's countries. Infect Genet Evol. 2015; 33:197-205.
PUBMED DOIAdditional Information
The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen.
Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria.
Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.
The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen.
Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria.
Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.




