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Arbovirus y Enfermedades víricas importadas

​El laboratorio de Arbovirus y Enfermedades Víricas Importadas (AEVI) del CNM desarrolla su trabajo dentro de la línea de investigación “Virus emergentes transmitidos por vector y/o reservorio, de importancia en salud pública”, que se sustenta en las áreas de epidemiología molecular, desarrollo metodológico, detección en vectores y reservorios y, otros aspectos relacionados con estas zoonosis con una aplicación clara hacia la investigación, prevención, preparación, control y respuesta a las amenazas o brotes causados por  estos virus.
Arbovirus como Dengue, Chikungunya o Zika son virus endémicos en todo el cordón tropical/sub-tropical del planeta en continua expansión a latitudes más lejanas debido al calentamiento global y a la dispersión y colonización de nuevos hábitats llevada a cabo por sus vectores artrópodos y son transportados a otras zonas del planeta a través de pacientes virémicos por lo que si, como ocurre en España, se cuenta con vectores transmisores establecidos, se puede propiciar el establecimiento de circulación autóctona. Además de estos virus exóticos, en España circulan endémicamente los arbovirus Toscana, West Nile y el virus de la Fiebre hemorrágica de Crimea-Congo, entre otros.
La OMS elaboró un listado en 2019 con las 10 amenazas para la Salud Global que consideraron más importantes, entre las que se  encuentran los virus Dengue, Ébola y Zika. El principal temor es que la falta de preparación cause una epidemia. Además, algunos de estos virus como Dengue y Chikungunya son considerados también “Enfermedades Tropicales Desatendidas” que ponen en peligro la salud de muchas personas en países empobrecidos sin que se estudien con los recursos necesarios.


La importancia para la salud pública de estos patógenos, y la necesidad de prepararse frente a ellos, se refleja también en la lista de actividades prioritarias de investigación y desarrollo de la OMS que actualmente incluye, entre otros, el Ébola, el virus de la Fiebre Hemorrágica de Crimea Congo, el virus de Zika y la enfermedad por el virus de Nipah,  debido a la amenaza que suponen para la Salud Pública por su potencial epidémico o porque no hay medidas de control suficientes. Además del peligro real que representan en zonas endémicas, algunos de los virus mencionados (Ébola, Zika, West Nile, Crimea-Congo y Dengue) han supuesto, y continúan siendo, una amenaza para nuestro país habiendo producido casos esporádicos o brotes localizados de infección autóctona. El riesgo para España de las enfermedades transmitidas por vectores está aumentando de manera muy clara como se ha podido observar en los últimos años, y la previsión es que siga aumentando.
Todos estos virus son virus zoonóticos emergentes y nuestro grupo de investigación lleva décadas trabajando en diferentes aspectos en relación con estos patógenos. El riesgo de emergencia y expansión de estos virus se basa de sus ciclos complejos de transmisión, por lo que nuestros estudios se basan tanto en el ser humano, como en los reservorios y los vectores que los transmiten. De esta base, parten transversalmente las líneas de actuación que van enfocadas a estudios de epidemiología molecular, desarrollo metodológico, detección de virus en vectores y hospedadores, caracterización de los mismos y estudios de competencia vectorial, con una aplicación dirigida hacia la investigación, prevención y respuesta a las amenazas o brotes causados por estos virus. El trabajo que desarrollamos se articula en torno a 3 objetivos principales:

Objetivo 1. Búsqueda y caracterización de virus emergentes en vectores y/o reservorios. Se lleva a cabo mediante herramientas moleculares incluyendo las nuevas estrategias de NGS, de virus emergentes en vectores y reservorios. De los virus detectados se realiza una caracterización molecular y serológica, llevando a cabo estudios de epidemiología molecular y de relaciones genéticas y antigénicas con virus relacionados.

Objetivo 2. Desarrollo metodológico para detección, identificación y caracterización de virus emergentes. Los métodos desarrollados pueden transferirse al SNS, explotarse comercialmente y/o utilizarse en la Cartera de Servicios del CNM. Estos desarrollos moleculares, y/o serológicos, refuerzan al CNM en su papel como Laboratorio Nacional de Referencia de Zoonosis, con un aporte de herramientas útiles y necesarias para la detección y caracterización de estos agentes. De igual forma, el desarrollo de herramientas tipo flujo lateral, las denominadas “Point Of Care” es una de las necesidades que pretendemos dar solución.

Objetivo 3. Eco-epidemiología de viriasis emergentes.  Debido a los complejos ciclos biológicos de los arbovirus, el estudio de las especies de vectores implicados en nuestro país, así como el origen y evolución de los agentes circulantes, es crucial a la hora de entenderlos y responder a las amenazas que generan. Para ello estudiamos la presencia de estos virus tanto en muestras humanas como de vectores y posibles hospedadores, lo que nos permite, con un enfoque de “Una Salud”, entender los mecanismos que controlan su circulación y que puedan estar implicados en su patogenicidad.

Research projects

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​Concesión del Proyecto de la Convocatoria 2019 de RETOS-COLABORACIÓN: Desarrollo de kits diagnósticos mediante PCR multiplex en tiempo real en formato líquido y gelificado para la detección de enfermedades víricas y sepsis. RTC2019-007023-1 / MPY 292/20. IPs: Inmaculada Casas y Giovanni Fedele. 2020-2023. 442.653 €. Investigadoras colaboradoras: Mª Paz Sánchez-Seco, Ana Vázquez, Anabel Negredo.

Título del Proyecto: VIRUS DE LA FIEBRE HEMORRÁGICA DE CRIMEA-CONGO EN ESPAÑA: PAPEL DE LAS AVES MIGRATORIAS Y GARRAPATAS EN LA DIVERSIDAD VIRAL Y SUS EFECTOS EN LAS PRESENTACIONES CLÍNICAS EN EL HOMBRE
Entidad financiadora: ISCIII.     Expediente: PI21CIII/0001    Centro: CNM
Duración desde: 01/01/2022        hasta: 31/12/2024    
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco        Financiación: 171.190,84 €

Título del Proyecto: Development of New Technologies to Track Emerging Infectious Threats in Wildlife and the Environment (NEXTHREAT)
Entidad financiadora: Ministerio de Ciencia e Innovación.  Convocatoria Proyectos de I+D+i en líneas estratégicas, en colaboración público-privada 2021. Expediente: Proyecto PLEC2021-007968 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/ PRTR.    Centro: ISCIII
Duración desde: 20/12/2021        hasta:     30/09/2025
Investigador principal: Ana Vázquez         Financiación: 301.191 €

Título del Proyecto: Measuring the real impact of West Nile virus infection in Spain
Entidad financiadora: Convocatoria Intramural de Proyectos de Investigación 2022 pertenecientes a CIBERESP.   Expediente: ESP22PI05/2022  Centro: ISCIII
Duración desde: 01/05/2022        hasta:     01/05/2024
Investigador principal: Ana Vázquez         Financiación: 48.000 €

Título del Proyecto: Microsoft Premonition
Entidad financiadora: ISCIII.   Expediente: MPY241-22   Centro: ISCIII
Duración desde: 01/07/2022        hasta:     30/06/2024
Investigador principal: Ana Vázquez         Financiación: 160.000 €

Título del Proyecto: CIBER (Centro de Investigación Biomédica En Red) de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC). CB21/13/00110.
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Centro: CNM, ISCIII
Duración desde: 01/01/2022        hasta:     
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco        Financiación: 60.000 €/año

Título del Proyecto: Acción Estratégica Monkeypox
Entidad financiadora: CIBER (Centro de Investigación Biomédica En Red) de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC). Instituto de Salud Carlos III. Centro: Multicéntrico
Duración desde: 01/09/2022        hasta: 15/04/2023    
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco        Financiación: 214.000 €

Título del Proyecto: INVESTIGACION Y VIGILANCIA INTEGRADA DE LOS ARBOVIRUS EMERGENTES WEST NILE, TOSCANA Y DENGUE EN ALGUNAS ZONAS DE ESPAÑA
Entidad financiadora: ISCIII         Expediente: PI19CIII/00014    Centro: ISCIII
Duración desde: 01/01/2020        hasta:     01/01/2022
Investigador principal: Ana Vázquez        Financiación: 122.000 €

Título del Proyecto: RED TEMÁTICA DE INVESTIGACIÓN COOPERATIVA EN ENFERMEDADES TROPICALES
Entidad financiadora: ISCIII    Expediente: RD16CIII/0003/0003.  Centro: ISCIII
Duración desde: 2017        hasta:     2021
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco        Financiación: 195.000 €

Título del Proyecto: INVESTIGACIÓN APLICADA AL DIAGNÓSTICO Y TRATAMIENTO DE LOS VIRUS ZIKA, DENGUE Y CHIKUNGUNYA
Entidad financiadora: ISCIII         Expediente: PI16CIII/00037   Centro: ISCIII
Duración desde: 01/01/2017        hasta:     31/12/2020 (Incluida prórroga de un año)
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco        Financiación: 145.000 €

Título del Proyecto: SHARP: Strengthened International HeAlth Regulations and Preparedness in the EU
Entidad financiadora: UE        Centro: ISCIII
Duración desde: 01/10/2019        hasta:     01/10/2020
Investigador principal: Mª Paz Sánchez-Seco    Financiación: 22.000 €

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High SARS-CoV-2 viral load and low CCL5 expression levels in the upper respiratory tract are associated with COVID-19 severity.

Pérez-García F, Martin-Vicente M, Rojas-García RL, Castilla-García L, Muñoz-Gomez MJ, Hervás Fernández I, González Ventosa V, Vidal-Alcántara EJ, Cuadros-González J, Bermejo-Martin JF, Resino S#, Martínez I#. High SARS-CoV-2 viral load and low CCL5 expression levels in the upper respiratory tract are associated with COVID-19 severity. J Infect Dis. 2022 Mar 15;225(6):977-982. doi: 10.1093/infdis/jiab604. PMID: 34910814 (A; FI= 7.759; Q1 Microbiology; JCR 2021).

PUBMED

Neighborhood environmental factors linked to hospitalizations of older people for viral lower respiratory tract infections in Spain: a case-crossover study.

Álvaro-Meca A, Sepúlveda-Crespo D#, Resino R, Ryan P, Martínez I#, Resino S#. Neighborhood environmental factors linked to hospitalizations of older people for viral lower respiratory tract infections in Spain: a case-crossover study. Environ Health. 2022 Nov 8;21(1):107. doi: 10.1186/s12940-022-00928-x. PMID: 36348411.

PUBMED

Diagnostic Performance of the HCV Core Antigen Test To Identify Hepatitis C in HIV-Infected Patients: a Systematic Review and Meta-Analysis.

Sepúlveda-Crespo D, Treviño-Nakoura A, Bellon JM, Jiménez-Sousa MA, Ryan P, Martínez I#, Fernández-Rodríguez A#, Resino S#. Diagnostic Performance of the HCV Core Antigen Test To Identify Hepatitis C in HIV-Infected Patients: a Systematic Review and Meta-Analysis. J Clin Microbiol. 2023 Jan 26; 61(1):e0133122. doi: 10.1128/jcm.01331-22. PMID: 36537787.

PUBMED

HCV Cure With Direct-Acting Antivirals Improves Liver and Immunological Markers in HIV/HCV-Coinfected Patients.

Brochado-Kith Ó, Martínez I*, Berenguer J, González-García J, Salgüero S, Sepúlveda-Crespo D, Díez C, Hontañón V, Ibañez-Samaniego L, Pérez-Latorre L, Fernández-Rodríguez A, Ángeles Jiménez-Sousa M, Resino S*. HCV Cure With Direct-Acting Antivirals Improves Liver and Immunological Markers in HIV/HCV-Coinfected Patients. Front Immunol. 2021 Aug 23;12:723196. doi: 10.3389/fimmu.2021.723196. eCollection 2021.PMID: 34497613 (A; FI= 8.786; Q1 Immunology; JCR 2021).​

PUBMED

HIV screening and retention in care in people who use drugs in Madrid, Spain: a prospective study

Ryan P, Valencia J, Cuevas G; Troya J; Torres-Macho J; Muñoz-Gómez MJ, Muñoz-Rivas N, Canorea I, Vázquez-Morón S (‡), Resino S (‡ *). HIV screening and retention in care in people who use drugs in Madrid, Spain: A prospective study. Infect Dis Poverty. 2021; 10(1): 111. (A; FI= 10.49; D1, Tropical Medicine; JCR 2021). PMID: 34412695. DOI: 10.1186/s40249-021-00894-5.

PUBMED

Obesity-related SNPs and weight gain following first-line antiretroviral therapy.

Berenguer J (*), Jarrín I, Bellón JM, Díez C, Jiménez-Sousa MA, Roca C, González-García J, Dalmau D, Olalla J, Herrero C, Villarroya F, Domingo P, Resino S. Obesity-related SNPs and weight gain following first-line antiretroviral therapy. Clin Inf Dis. 2023; In press. (A; FI= 20.99; D1, Infectious Diseases; JCR 2021).

PUBMED DOI

Mild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study.

García-Broncano P, Medrano LM, Berenguer J, Brochado O, González-García J, Jiménez-Sousa MA, Quereda C, Sanz J, Téllez MJ, Díaz L, Jiménez JL, Muñoz-Fernández MA, Resino S (*). Mild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study. J Infect 2020; 80(1):99-110. (A; FI= 6.07; Q1, Infectious Diseases; JCR 2020). PMID: 31585189. DOI: 10.1016/j.jinf.2019.09.020.

PUBMED

Evaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia

Rueda C, Puig-Asensio M, Guinea J, Almirante B, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O; CANDIPOP Project from GEIH-GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Evaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia. Clin Microbiol Infect. 2017 Jan;23(1):49.e1-49.e8.

PUBMED DOI

Identification of Off-Patent Drugs That Show Synergism with Amphotericin B or That Present Antifungal Action against Cryptococcus neoformans and Candida spp

Rossi SA, de Oliveira HC, Agreda-Mellon D, Lucio J, Mendes-Giannini MJS, García-Cambero JP, Zaragoza O. Identification of Off-Patent Drugs That Show Synergism with Amphotericin B or That Present Antifungal Action against Cryptococcus neoformans and Candida spp. Antimicrob Agents Chemother. 2020 Mar 24;64(4):e01921-19. PMCID: PMC7179310.

PUBMED DOI

Paradoxical Growth of Candida albicans in the Presence of Caspofungin Is Associated with Multiple Cell Wall Rearrangements and Decreased Virulence

Rueda C, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O. Paradoxical growth of Candida albicans in the presence of caspofungin is associated with multiple cell wall rearrangements and decreased virulence. Antimicrob Agents Chemother. 2014;58(2):1071-83. PMCID: PMC3910852.

PUBMED DOI

HCV cure with direct-acting antivirals improves liver and immunological markers in HIV/HCV-coinfected patients.

Brochado-Kith O, Martínez I, Berenguer J, González-García J, Salgüero S, Sepúlveda-Crespo D, Díez C, Hontañón V, Ibañez-Samaniego L, Pérez-Latorre L, Fernández-Rodríguez A (‡), Jiménez-Sousa MA (‡), Resino S (‡ *). HCV cure with direct-acting antivirals improves liver and immunological markers in HIV/HCV-coinfected patients. Front immunol. 2021; 12:723196. (A; FI= 8.79; Q1, Immunology; JCR 2021). PMID: 34497613. DOI: 10.3389/fimmu.2021.723196.

PUBMED

Cryptococcus neoformans induces antimicrobial responses and behaves as a facultative intracellular pathogen in the non mammalian model Galleria mellonella

Trevijano-Contador N, Herrero-Fernández I, García-Barbazán I, Scorzoni L, Rueda C, Rossi SA, García-Rodas R, Zaragoza O. Cryptococcus neoformans induces antimicrobial responses and behaves as a facultative intracellular pathogen in the non mammalian model Galleria mellonella. Virulence. 2015;6(1):66-74. PMCID: PMC4603429.

PUBMED DOI

The formation of titan cells in Cryptococcus neoformans depends on the mouse strain and correlates with induction of Th2-type responses

García-Barbazán I, Trevijano-Contador N, Rueda C, de Andrés B, Pérez-Tavárez R, Herrero-Fernández I, Gaspar ML, Zaragoza O. The formation of titan cells in Cryptococcus neoformans depends on the mouse strain and correlates with induction of Th2-type responses. Cell Microbiol. 2016 Jan;18(1):111-24.

PUBMED DOI

Frequency of hepatitis B virus 'a' determinant variant in unselected Spanish chronic carriers.

• Avellón A, Echevarria JM. Frequency of hepatitis B virus 'a' determinant variant in unselected Spanish chronic carriers. J Med Virol. 2006 Jan;78(1):24-36.

PUBMED DOI

Prevalence and undiagnosed fraction of hepatitis C infection in 2018 in Spain: results from a national population-based survey.

• Estirado Gómez A, Justo-Gil S, Limia A, Avellón A, Arce-Arnáez A, González-Rubio R, Diaz A, Del Amo J; Prevalence and undiagnosed fraction of hepatitis C infection in 2018 in Spain: results from a national population-based survey. Sci Rep. 2018 Jan 30;8(1):1858.

PUBMED DOI

Comparative Analysis of Aspergillus fumigatus Strains: The Reference Genome as a Matter of Concern.

Buitrago MJ, Martín-Gómez T. Timely Diagnosis of Histoplasmosis in Non-endemic Countries: A Laboratory Challenge. Front Microbiol. 2020 Mar 24; 11:467. doi: 10.3389/fmicb.2020.00467. eCollection 2020. PMID: 32269555.

PUBMED DOI

Identification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene.

Matamala N, Aggarwal N, Iadarola P, Fumagalli M, Gomez-Mariano G, Lara B, Martinez MT, Cuesta I, Stolk J, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. Identification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene. PLoS One. 2017 Jan 20;12(1):e0170533.

PUBMED DOI

A case of respiratory toxigenic diphtheria: Contact tracing results and considerations following a 30-year disease-free interval, Catalonia, Spain, 2015.

Jané, M., Vidal, M.J., Camps, N., Campins, M., Martínez, A., Balcells, J., Martin-Gomez, M.T., Bassets, G., Herrera-Leon, S., Foguet, A., Maresma, M., Follia, N., Uriona, S., Pumarola, T. A case of respiratory toxigenic diphtheria: Contact tracing results and considerations following a 30-year disease-free interval, Catalonia, Spain, 2015. (2018) Eurosurveillance, 23 (13).

PUBMED DOI

Development of three multiplex PCR assays targeting the 21 most clinically relevant serogroups associated with Shiga toxin-producing E. coli infection in humans

Sánchez, S., Llorente, M.T., Echeita, M.A., Herrera-León, S. Development of three multiplex PCR assays targeting the 21 most clinically relevant serogroups associated with Shiga toxin-producing E. coli infection in humans (2015) PLoS ONE, 10 (1).

PUBMED DOI

Shiga toxin-producing Escherichia coli and atypical enteropathogenic E. coli infection in a Spanish household

Sánchez, S., Cenoz, M.G., Martín, C., Beristain, X., Llorente, M.T., Herrera-León, S. Cluster investigation of mixed O76:H19 Shiga toxin-producing Escherichia coli and atypical enteropathogenic E. coli infection in a Spanish household (2014) Epidemiology and Infection, 142 (5), pp. 1029-1033.

PUBMED DOI

Off-label use of maraviroc in HIV-1-infected paediatric patients in clinical practice.

Palladino C, Navarro Gomez ML, Soler-Palacin P, Gonzalez-Tome MI, Jiménez de Ory S, Espiau M, Pérez-Hoyos S, León-Leal JA, Méndez M, Moreno-Pérez D, Fortuny C, uer A, Pocheville I, Moreno S, Briz V, on behalf of the CoRISpe Working Group. Off-label use of maraviroc in HIV-1-infected paediatric patients in clinical practice. AIDS 2015; 29-16, pp.2155-2159. (A; FI= 4,407; Q1 Infectious Disease).

PUBMED DOI

Comparative sensitivity of commercial tests for hepatitis E genotype 3 virus antibody detection.

Comparative sensitivity of commercial tests for hepatitis E genotype 3 virus antibody detection. Avellon A, Morago L, Garcia-Galera del Carmen M, Munoz M, Echevarría JM. J Med Virol. 2015 Nov;87(11):1934-9. Epub 2015 May 29.

PUBMED DOI

Relative telomere length impact on mortality of COVID-19: sex differences.

Virseda-Berdices A, Concostrina-Martinez L, Martínez-González O, Blancas R, Resino S, Ryan P, De Juan C, Moreira-Escriche P, Martin-Vicente M, Brochado-Kith O, Blanca-López N, Jiménez-Sousa MA (‡,*), Fernández-Rodríguez A (‡). Relative telomere length impact on mortality of COVID-19: sex differences. J Med Virol 2023; 98 (1): e28368 (A; FI= 20.96; D1, Virology; JCR 2021).

PUBMED

Activity of host antimicrobials against multidrug resistant Acinetobacter baumannii acquiring colistin resistance through loss of lipopolysaccharide

García-Quintanilla, M., Pulido, M. R., Moreno-Martínez, P., Martín-Peña, R., López-Rojas, R., Pachón, J. and McConnell, M.J.* Activity of host antimicrobials against multidrug resistant Acinetobacter baumannii acquiring colistin resistance through loss of lipopolysaccharide. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 2014. May;58(5):2972-5.

PUBMED DOI

Characterization of broadly neutralizing antibody responses to HIV-1 in a cohort of long term non-progressors

Characterization of broadly neutralizing antibody responses to HIV-1 in a cohort of long term non-progressors. González N, McKee K, Lynch RM, Georgiev IS, Jimenez L, Grau E, Yuste E, Kwong PD, Mascola JR, Alcamí J. PLoS One. 2018;13:e0193773.

PUBMED DOI

Diverse large HIV-1 non-subtype B clusters are spreading among men who have sex with men in Spain

Delgado E, Benito S, Montero V, Cuevas MT, Fernández-García A, Sánchez-Martínez M, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Gil H, Cañada J, Carrera C, Martínez-López J, Sintes M, Pérez-Álvarez L, Thomson MM; Spanish Group for the Study of New HIV Diagnoses. Diverse large HIV-1 non-subtype B clusters are spreading among men who have sex with men in Spain. Front Microbiol. 2019; 3;10:655.

PUBMED DOI

Improvement of HIV-1 coreceptor tropism prediction by employing selected nucleotide positions of the env gene in a Bayesian network classifier.

Díez-Fuertes F, Delgado E, Vega Y, Fernández-García A, Cuevas MT, Pinilla M, García V, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Improvement of HIV-1 coreceptor tropism prediction by employing selected nucleotide positions of the env gene in a Bayesian network classifier. J Antimicrob Chemother. 2013; 68:1471-1485.

PUBMED DOI

Predominance of CXCR4 tropism in HIV-1 CRF14_BG strains from newly diagnosed infections.

Pérez-Álvarez L, Delgado E, Vega Y, Montero V, Cuevas T, Fernández-García A, García-Riart B, Pérez-Castro S, Rodríguez-Real R, López-Álvarez MJ, Fernández-Rodríguez R, Lezaun MJ, Ordóñez P, Ramos C, Bereciartua E, Calleja S, Sánchez-García AM, Thomson MM. Predominance of CXCR4 tropism in HIV-1 CRF14_BG strains from newly diagnosed infections. J Antimicrob Chemother. 2014; 69:246-253.

PUBMED DOI

Molecular epidemiology, phylogeny, and phylodynamics of CRF63_02A1, a recently originated HIV-1 circulating recombinant form spreading in Siberia.

Shcherbakova NS, Shalamova LA, Delgado E, Fernández-García A, Vega Y, Karpenko LI, Ilyichev AA, Sokolov YV, Shcherbakov DN, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Molecular epidemiology, phylogeny, and phylodynamics of CRF63_02A1, a recently originated HIV-1 circulating recombinant form spreading in Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014; 30:912-919.

PUBMED DOI

Epidemiological surveillance of HIV-1 transmitted drug resistance in Spain in 2004-2012: relevance of transmission clusters in the propagation of resistance mutations.

Vega Y, Delgado E, Fernández-García A, Cuevas MT, Thomson MM, Montero V, Sánchez M, Sánchez AM, Pérez-Álvarez L; Spanish Group for the Study of New HIV-1 Diagnoses in Galicia and Basque Country. Epidemiological surveillance of HIV-1 transmitted drug resistance in Spain in 2004-2012: relevance of transmission clusters in the propagation of resistance mutations. PLoS One. 2015; 10:e0125699.

PUBMED DOI

Phylogeny and phylogeography of a recent HIV-1 subtype F outbreak among men who have sex with men in Spain deriving from a cluster with a wide geographic circulation in Western Europe.

Delgado E, Cuevas MT, Domínguez F, Vega Y, Cabello M, Fernández-García A, Pérez-Losada M, Castro MÁ, Montero V, Sánchez M, Mariño A, Álvarez H, Ordóñez P, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, López-Álvarez MJ, Rodríguez R, Trigo M, Diz-Arén J, Hinojosa C, Bachiller P, Hernáez-Crespo S, Cisterna R, Garduño E, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Phylogeny and phylogeography of a recent HIV-1 subtype F outbreak among men who have sex with men in Spain deriving from a cluster with a wide geographic circulation in Western Europe. PLoS One. 2015; 10:e0143325.

PUBMED DOI

Identification of an HIV-1 BG intersubtype recombinant form (CRF73_BG), partially related to CRF14_BG, which Is circulating in Portugal and Spain.

Fernández-García A, Delgado E, Cuevas MT, Vega Y, Montero V, Sánchez M, Carrera C, López-Álvarez MJ, Miralles C, Pérez-Castro S, Cilla G, Hinojosa C, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Identification of an HIV-1 BG intersubtype recombinant form (CRF73_BG), partially related to CRF14_BG, which Is circulating in Portugal and Spain. PLoS One. 2016; 11:e0148549.

PUBMED DOI

Sequence analysis of in vivo-expressed HIV-1 spliced RNAs reveals the usage of new and unusual splice sites by viruses of different subtypes

Vega Y, Delgado E, de la Barrera J, Carrera C, Zaballos Á, Cuesta I, Mariño A, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, Álvarez H, López-Miragaya I, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Thomson MM. Sequence analysis of in vivo-expressed HIV-1 spliced RNAs reveals the usage of new and unusual splice sites by viruses of different subtypes. PLoS One. 2016; 11:e0158525.

PUBMED DOI

HIV-1 genetic diversity in recently diagnosed infections in Moscow: predominance of AFSU, frequent branching in clusters, and circulation of the Iberian subtype G variant.

Karamov E, Epremyan K, Siniavin A, Zhernov Y, Cuevas MT, Delgado E, Sánchez-Martínez M, Carrera C, Kornilaeva G, Turgiev A, Bacqué J, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. HIV-1 genetic diversity in recently diagnosed infections in Moscow: predominance of AFSU, frequent branching in clusters, and circulation of the Iberian subtype G variant. AIDS Res Hum Retroviruses. 2018; 34:629-634.

PUBMED DOI

Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union's countries.

Díez-Fuertes F, Cabello M, Thomson MM. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union's countries. Infect Genet Evol. 2015; 33:197-205.

PUBMED DOI

Alcazar-Fuoli L, Clavaud C, Lamarre C, Aimanianda V, Seidl-Seiboth V, Mellado E, Latgé JP. Functional analysis of the fungal/plant class chitinase family in Aspergillus fumigatus.

Alcazar-Fuoli L, Clavaud C, Lamarre C, Aimanianda V, Seidl-Seiboth V, Mellado E, Latgé JP. Functional analysis of the fungal/plant class chitinase family in Aspergillus fumigatus. Fungal Genet Biol. 2011 Apr;48(4):418-29. doi: 10.1016/j.fgb.2010.12.007. Epub 2010 Dec 22. PMID: 21184840.

PUBMED DOI

Impact of DARC rs12075 Variants on Liver Fibrosis Progression in Patients with Chronic Hepatitis C: A Retrospective Study.

Jiménez-Sousa MA (AC); Gómez-Moreno AZ; Pineda-Tenor D; et al. (1/9) Impact of DARC rs12075 Variants on Liver Fibrosis Progression in Patients with Chronic Hepatitis C: A Retrospective Study. Biomolecules 2019; 9(4).​

DBP rs16846876 and rs12512631 polymorphisms are associated with progression to AIDS naïve HIV-infected patients: a retrospective study.

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TRPM5 rs886277 Polymorphism Predicts Hepatic Fibrosis Progression in Non-Cirrhotic HCV-Infected Patients.Journal of Clinical Medicine.

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Plasma metabolomic fingerprint of advanced cirrhosis stages among HIV/HCV-coinfected and HCV-monoinfected patients

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Telomere Length Increase in HIV/HCV-Coinfected Patients with Cirrhosis after HCV Eradication with Direct-Acting Antivirals JOURNAL OF CLINICAL MEDICINE.

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Treatment of Chronic Pulmonary Aspergillosis: Current Standards and Future Perspectives. Respiration. 2018 Jul

Alastruey-Izquierdo A, Cadranel J, Flick H, Godet C, Hennequin C, Hoenigl M, Kosmidis C, Lange C, Munteanu O, Page I, Salzer HJF; on behalf of CPAnet. Treatment of Chronic Pulmonary Aspergillosis: Current Standards and Future Perspectives. Respiration. 2018 Jul 6:1-12. doi: 10.1159/000489474. [Epub ahead of print] Review. PMID: 29982245.

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The Diagnostic Laboratory Hub: A New Health Care System Reveals the Incidence and Mortality of Tuberculosis, Histoplasmosis, and Cryptococcosis of PWH in Guatemala. Open Forum Infect Dis. 2019 Dec

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Fungired. Comparative performance of the laboratory assays used by a Diagnostic Laboratory Hub for opportunistic infections in people living with HIV. AIDS. 2020 Sep 1

Medina N, Alastruey-Izquierdo A, Mercado D, Bonilla O, Pérez JC, Aguirre L, Samayoa B, Arathoon E, Denning DW, Rodriguez-Tudela JL; Fungired. Comparative performance of the laboratory assays used by a Diagnostic Laboratory Hub for opportunistic infections in people living with HIV. AIDS. 2020 Sep 1;34(11):1625-1632. doi: 10.1097/QAD.0000000000002631. PMID: 32694415.

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Population-Based Program of filamentous fungi and Antifungal Resistance in Spain (FILPOP STUDY). Antimicrob Agents Chemother. 2013 Jul

Ana Alastruey-Izquierdo*, Emilia Mellado, Teresa Pelaez, Javier Pemán, Soledad Zapico, María Álvarez, Juan L Rodriguez-Tudela, Manuel Cuenca-Estrella Population-Based Program of filamentous fungi and Antifungal Resistance in Spain (FILPOP STUDY). Antimicrob Agents Chemother. 2013 Jul;57(7):3380-7. doi: 10.1128/AAC.01287-13. PMID: 28319466

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The global problem of antifungal resistance: prevalence, mechanisms, and management. Lancet Infect Dis. 2017 Dec

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Sequence Analysis of In Vivo-Expressed HIV-1 Spliced RNAs Reveals the Usage of New and Unusual Splice Sites by Viruses of Different Subtypes.

Vega Y, Delgado E, de la Barrera J, Carrera C, Zaballos Á, Cuesta I, Mariño A, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, Álvarez H, López-Miragaya I, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Thomson MM. Sequence Analysis of In Vivo-Expressed HIV-1 Spliced RNAs Reveals the Usage of New and Unusual Splice Sites by Viruses of Different Subtypes. PLoS One. 2016 Jun 29;11(6):e0158525.

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Y155H amino acid substitution in influenza A(H1N1)pdm09 viruses does not confer a phenotype of reduced susceptibility to neuraminidase inhibitors

Perez-Sautu U, Pozo F, Cuesta I, Monzon S, Calderon A, Gonzalez M, Molinero M, Lopez-Miragaya I, Rey S, Cañizares A, Rodriguez G, Gonzalez-Velasco C, Lackenby A, Casas I. Y155H amino acid substitution in influenza A(H1N1)pdm09 viruses does not confer a phenotype of reduced susceptibility to neuraminidase inhibitors. Euro Surveill. 2014 Jul 10;19(27):14-20.

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Comparison of two highly discriminatory typing methods to analyze Aspergillus fumigatus azole resistance

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Evaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia.

Rueda C, Puig-Asensio M, Guinea J, Almirante B, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O. Evaluation of the possible influence of trailing and paradoxical effects on the clinical outcome of patients with candidemia. CANDIPOP Project from GEIH-GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Clin Microbiol Infect. 2017 Jan; 23(1):49.e1-49.e8.

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Development and Validation of a High-Resolution Melting Assay To Detect Azole Resistance in Aspergillus fumigatus.

Bernal-Martínez L, Gil H, Rivero-Menéndez O, Gago S, Cuenca-Estrella M, Mellado E, Alastruey-Izquierdo A. Development and Validation of a High-Resolution Melting Assay To Detect Azole Resistance in Aspergillus fumigatus. Antimicrob Agents Chemother. 2017 Nov 22;61(12). pii: e01083-17.

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Cervicofacial lymphadenitis due Mycobacterium mantenii: rapid and reliable identification by MALDI-TOF MS.

Nebreda T, Andres AG, Fuentes S, Calleja R, Jimenez MS. Cervicofacial lymphadenitis due Mycobacterium mantenii: rapid and reliable identification by MALDI-TOF MS. New Microbes and New Infections .2018. March 22:1-3.

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In-depth analysis of the genome sequence of a clinical, extensively drug-resistant Mycobacterium bovis strain.

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Structure and immunogenicity of pre-fusion-stabilized human metapneumovirus F glycoprotein.

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Generation and Characterization of ALX-0171, a Potent Novel Therapeutic Nanobody for the Treatment of Respiratory Syncytial Virus Infection

Detalle L, Stohr T, Palomo C, Piedra PA, Gilbert BE, Mas V, et al. Generation and Characterization of ALX-0171, a Potent Novel Therapeutic Nanobody for the Treatment of Respiratory Syncytial Virus Infection. Antimicrob Agents Chemother. 2016;60(1):6-13.

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Characterization of an enhanced antigenic change in the pandemic 2009 H1N1 influenza virus haemagglutinin

Garcia-Barreno B, Delgado T, Benito S, Casas I, Pozo F, Cuevas MT, et al. Characterization of an enhanced antigenic change in the pandemic 2009 H1N1 influenza virus haemagglutinin. J Gen Virol. 2014;95(Pt 5):1033-42.

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Epidemic history of hepatitis C virus genotypes and subtypes in Portugal.

Palladino C, Ezeonwumelu IJ, Marcelino R, Briz V, Moranguinho I, Serejo F, Velosa JF, Tato Marinho R, Borrego P, Taveira N. 2018. Epidemic history of hepatitis C virus genotypes and subtypes in Portugal. Sci Rep. 2018; 8:12266. (A; FI= 4.12; Q1 Multidisciplinary Sciences; DOI:10.1038/s41598-018-30528-0).

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Low frequency of NS5A relevant resistance-associated substitutions to Elbasvir among hepatitis C virus genotype 1a in Spain: a cross-sectional study.

Palladino C, Sanchez-Carrillo M, Mate-Cano I, Vazquez-Morón S, Jiménez-Sousa MA, Gutiérrez-Rivas M, Resino S, Briz V. Low frequency of NS5A relevant resistance-associated substitutions to Elbasvir among hepatitis C virus genotype 1a in Spain: a cross-sectional study. Sci Rep. 2017; 7(1):2892. (A; FI= 4.12; Q1 Multidisciplinary Sciences).

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Plasma miRNA profile at COVID-19 onset predicts severity status and mortality.

Fernández-Pato A; Virseda-Berdices A, Ryan P; Martínez-González O, Peréz-García F, Resino S, Martin-Vicente M, Valle-Millares D, Brochado-Kith O; Blancas R; Ceballos FC; Bartolome-Sánchez S; Vidal-Alcántara EJ; Alonso-Menchén D, Blanca-López N; Ramirez Martinez-Acitores I, Rava M, Jiménez-Sousa MA (‡ *), Amanda Fernández-Rodríguez (‡ *). Plasma miRNA profile at COVID-19 onset predicts severity status and mortality. Emerg Microbes Infect 2022; 11(1):676-688 (A; FI= 19.57; D1, Infectious Diseases; JCR 2021).

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Mild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study.

García-Broncano P, Medrano LM, Berenguer J, Brochado O, González-García J, Jiménez-Sousa MA, Quereda C, Sanz J, Téllez MJ, Díaz L, Jiménez JL, Muñoz-Fernández MA, Resino S (*). Mild profile improvement of immune biomarkers in HIV/HCV-coinfected patients who removed hepatitis C after HCV treatment: a prospective study. J Infect 2020; 80(1):99-110. (A; FI= 6.07; Q1, Infectious Diseases; JCR 2020).

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