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Investigation

Microbial Immunology and Immunogenetics

Research Lines

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Taxonomía Bacteriana

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Research projects

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A continuación se detallan los proyectos de investigación del grupo con vigencia en los últimos cinco años:

1. Título del proyecto: Terapias de RNA, Inmunoterapia y Diagnóstico Avanzado frente a las Resistencias Antimicrobianas. END-RAM (PLEC2024-011123).

Proyecto financiado por el CDTI y la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Transmisiones de 2024 (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez

2. Título del proyecto: AMIR: Inmunoterapia avanzada basada en macrófagos para infecciones resistentes a antibióticos (CPP2024-011561)

Proyecto financiado por la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Retos 2025 (vigencia 2026-2028). IP: Isabela Alonso González.

3. Título del proyecto: Desarrollo y Estandarización de un Banco de fagos para el tratamiento de Infecciones Pulmonares crónicas producidas por Bacterias Multirresistentes (DEBIPhage) (COOP24CIII/00021).

Proyecto financiado por el ISCIIII en la convocatoria COOPERA-ISCIII (AESi 2024) (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez.

4. Título del proyecto: Estudio comprehensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalocarbapenemasas a nivel nacional: Proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25 (PI24CIII/00044)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2024 (vigencia 2025-2027). IPs: María Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias; coordinadora: Eva Ramírez de Arellano.

5. Título del proyecto: Phage Therapy An-persister strategy (PHAGES-An-PERS) (JPIAMR-ACTION 2024)

Proyecto financiado por la JPIAMR-Action 2024 (vigencia 2025-2027) IP: María del Mar Tomás Carmona (H.U. A Coruña). IP del CNM: Jesús Oteo Iglesias.

6. Título del proyecto: Improving surveillance of antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa in Europe (ISARPAE) (JPIAMR_NC_2022-021)

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024) IP: Antonio Oliver Palomo (H.U Son Espases de Palma de Mallorca). Investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/isarpae/#network-partners

7. Título del proyecto: Bridging of Antimicrobial resistance Surveillance systems In Community Settings across Europe (BASICS) (JPIAMR_NC_2022-020).

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024). IP: Olivier Lemenand; investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/basics/

8. Título del proyecto: La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM (PMP22/00092)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria de Medicina Personalizada y de Precisión 2022 (vigencia 2023-junio 2026). IP: Jesús Oteo Iglesias.

9. Título del proyecto: Impact of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in patients infected by SARS-CoV-2: Prevalence and genomic characterization (PI21CIII/00039)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2020 (vigencia 2022-2024, prorrogado hasta 2025). IPs: María Dolores Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias.

10. Título del proyecto: Impacto de la hospitalización en UCI en el microbioma y resistoma intestinal, estudio de cohorte observacional (2018-T1/BMD-11581)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2019-2023). IP: Silvia García Cobos.

11. Título del proyecto: Metatranscriptomics to investigate the functional gut microbiome and resistome in critically ill patients (2022-5A/BMD-24243)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2023-2024). IP: Silvia García Cobos.

12. Título del proyecto: PROTECT, Inhibidores de carbapenemasas: actividad frente a Enterobacterales productores de carbapenemasas, mecanismos e impacto en la evolución de la resistencia antimicrobiana (PI22/01212).

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AES 2022 (vigencia 2023-2025). IP: Jorge Arca Suarez. Investigador colaborador del grupo: Maria Belén Aracil.

13. Título del proyecto: Incidencia y caracterización genómica de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productores de carbapenemasas aislados en hospitales españoles: Proyecto multicéntrico nacional CARB-ES-2019 (PI18CIII/00030)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IP: Jesús Oteo Iglesias.

14. Título del proyecto: Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistente (MPY 380/18)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IPs: María Pérez Vázquez y Michael McConnelly

15. Aunque no se trata de proyectos de investigación con financiación competitiva al uso, caben destacar los estudios de vigilancia mediante WGS que el ECDC a través de su red EURGen-Net está llevando a cabo en los últimos años, y que se estructuran a través de redes nacionales; la subred española está coordinada desde el CNM-ISCIII por nuestro grupo.

15.1. ECDC genomic-based survey of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in Europe (CRAb). Inicio 2025. Coordinación española: Belén Aracil García y Jared Sotelo Tascón

15.2. ECDC genomic surveillance of carbapenem-resistant Enterobacterales 2025 (CRE25 survey). Inicio 2025. Coordinación española Belén Aracil García y Javier Cañada García.

Financiación activa:

1. STOPINFECTIONS: Desarrollo de la primera vacuna válida internacional contra la neumonía resistente a antibióticos. Convocatoria ​Retos de Colaboración 2019. Proyecto RTC 2019-007058-1 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033.  

2. AMREADY: Desarrollo y fabricación de vacunas como soluciones y preparación ante la crisis sanitaria mundial por la resistencia a antibióticos. Convocatoria Proyectos I+D+i en líneas estratégicas, en colaboración público-privada 2021. Número de expediente PLEC2021-008078. Proyecto PLEC2021-008078 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR.


 

3. TRANSVAC DS: Design Study for a European Vaccine R&D Infrastructure. (Unión Europea; Horizonte 2020) Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2022. 1.900.000 €.

4. Development of a multiepitope vaccine for the prevention of COVID-19. (CaixaImpulse Program) CF01-0002. IP: Michael McConnell. 2020-2020. 300.000 €.

5. NANOVAX: Desarrollo de nanopartículas funcionalizadas para mejorar la respuesta a vacunas frente a enfermedades infecciosas. (DTS19CIII/0007) Instituto de Salud Carlos III. IP: Michael McConnell. 2020-2021. 86.000 €.

6.  Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistentes. Instituto de Salud Carlos III (FIS). Co-IP: Michael McConnell. 2019-2021. 97.700 €.

7. Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-COV-2 en España. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 325.909 €.

8. Investigación para el desarrollo de vectores de expresión de antígenos de Actinobacillus pleuropneumonia. IP: Michael McConnell. 2019-2022. 11.000 €.

9. Investigación de anticuerpos frente a Acinetobacter baumanniiCo-IP Michael McConnell. 2018-2021. 40.400 €.

10. KapaVax: Development of a trivalent vaccine for the prevention of infection caused by Acinetobacter baumanniiPseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae. CARB-X. IP (ISCIII): Michael McConnell. 2019-2021. 89.615 €.

11. Estudio de la cinética y reactividad de los anticuerpos neutralizantes en pacientes recuperados de COVID-19. Fundación Mutua Madrileña. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 80.000 €.

12. STOP-Coronavirus: factores clínicos, inmunológicos, genómicos, virológicos y bioéticos de COVID-19. (ISCIII: COV20-00181). 2020-2021. 1.200.000€.

13. Desarrollo de herramientas computacionales basadas en "big data" genómico para el diagnóstico de precisión de sepsis bacteriana. (MPY 509/19). IP: Javier Martín Galiano. 2020-2022- 74,400 €.​

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoBtuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

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Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM.

3. F. de Ory, T. Minguito, P. Balfagón, J.C. Sanz (2015). Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM. APMIS, 123: 648-651.

PUBMED DOI

First case of imported Zika virus infection in Spain

4. P. Bachiller-Luque, M. Dominguez-Gil-González, J. Alvarez-Manzanares, A. Vázquez, F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco Fariñas (2016). First case of Zika virus infection imported to Spain (original breve). ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA, 34: 243-246.

PUBMED DOI

Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

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