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Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases

Research Lines

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoBtuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

Publications

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Roles of the multiplex real-time PCR assay and β-D-glucan in a high-risk population for intra-abdominal candidiasis (IAC)

Fortún J, Buitrago MJ, Gioia F, Gómez-Gª de la Pedrosa E, Alvarez ME, Martín-Dávila P, Pintado V, Cobeta P, Martinez-Castro N, Soriano C, Moreno I, Corral S, Muñoz P, Moreno-Jimenez G, Cuenca-Estrella M, Moreno-Guillen S. Med Mycol. 2020 Aug 1;58(6):789-796.

PUBMED DOI

African histoplasmosis: new clinical and microbiological insights

Valero C; Gago S; Monteiro MC; Alastruey-Izquierdo A; Buitrago MJ. Med Mycol. 2018 Jan 1; 56(1):51-59.

PUBMED DOI

New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections. Journal of Clinical Microbiology

Valero C; L de la Cruz Villar; Ó Zaragoza; M J Buitrago. Journal of Clinical Microbiology. 54-12, pp. 2910 - 2918. 12/2016.

PUBMED DOI

Usefulness of techniques based on real time PCR for the identification of onychomycosis-causing species

Hafirassou AZ, Valero C, Gassem N, Mihoubi I, Buitrago MJ. Mycoses. 2017 Oct;60(10):638-644. doi: 10.1111/myc.12629. Epub 2017 May 16.

PUBMED DOI

European collaborative evaluation of the Enzygnost HBsAg 6.0 assay: performance on hepatitis B virus surface antigen variants

• Avellón A, Echevarría JM, Weber B, Weik M, Schobel U, Willems WR, Gerlich WH. European collaborative evaluation of the Enzygnost HBsAg 6.0 assay: performance on hepatitis B virus surface antigen variants. J Med Virol. 2011 Jan;83(1):95-100.

PUBMED DOI

Prevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain.

Prevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain. Nguyen LTT*, Román F*, Morikawa K, Trincado P, Marcos C, Rojo-Martín MD, Cafini F. Int J Antimicrob Agents. 2018 Aug;52(2):305-306.

PUBMED DOI

Zoonotic pathogens in fluctuating common vole (Microtus arvalis) populations: occurrence and dynamics

Rodriguez-Pastor, Ruth; Escudero, Raquel; Lambin, Xavier; Vidal, M Dolors; Gil, Horacio; Jado, Isabel; Rodriguez-Vargas, Manuela; Luque-Larena, Juan Jose; Mougeot, Francois. Zoonotic pathogens in fluctuating common vole (Microtus arvalis) populations: occurrence and dynamics. Parasitology. pp. 1 - 10. 24/09/2018.

PUBMED DOI

Long-range dispersal moved Francisella tularensis into Western Europe from the East

Dwibedi, Chinmay; Birdsell, Dawn; Larkeryd, Adrian; Myrtennas, Kerstin; Ohrman, Caroline; Nilsson, Elin; Karlsson, Edvin; Hochhalter, Christian; Rivera, Andrew; Maltinsky, Sara; Bayer, Brittany; Keim, Paul; Scholz, Holger C; Tomaso, Herbert; Wittwer, Matthias; Beuret, Christian; Schuerch, Nadia; Pilo, Paola; Hernandez Perez, Marta; Rodriguez-Lazaro, David; Escudero, Raquel; Anda, Pedro; Forsman, Mats; Wagner, David M; Larsson, Par; Johansson, Anders. Long-range dispersal moved Francisella tularensis into Western Europe from the East. Microbial genomics. 2 - 12, pp. e000100. 01/01/2016.

PUBMED DOI

Francisella species in ticks and animals, Iberian Peninsula

Lopes de Carvalho, I.; Toledo, A.; Carvalho, C. L.; Barandika, J. F.; Respicio-Kingry, L. B.; Garcia-Amil, C.; Garcia-Perez, A. L.; Olmeda, A. S.; Ze-Ze, L.; Petersen, J. M.; Anda, P.; Nuncio, M. S.; Escudero, R. Francisella species in ticks and animals, Iberian Peninsula. Ticks and Tick-Borne Diseases. 7 - 1, pp. 159 - 165. Elsevier GMBH, Urban & Fischer Verlag, 01/01/2016.

PUBMED DOI

Stable levels of Coxiella burnetii prevalence in dairy sheep flocks but changes in genotype distribution after a 10-year period in northern Spain

Álvarez-Alonso R, Barandika JF, Ruiz-Fons F, Ortega-Araiztegi I, Jado I, Hurtado A, García-Pérez AL. Stable levels of Coxiella burnetii prevalence in dairy sheep flocks but changes in genotype distribution after a 10-year period in northern Spain. Acta Vet Scand. 2018 Nov 20;60(1):75.

PUBMED DOI

First case of a naturally acquired human infection with Plasmodium cynomolgi

Ta TH, Hisam S, Lanza M, Jiram AI, Ismail N, Rubio JM. (2014). First case of a naturally acquired human infection with Plasmodium cynomolgi. Malar J. 2014 Feb 24;13(1):68.

PUBMED DOI

Evidence for Suppression of Onchocerciasis Transmission in Bioko Island, Equatorial Guinea

Moya L, Herrador Z, Ta-Tang TH, Rubio JM, Perteguer MJ, Hernandez-González A, García B, Nguema R, Nguema J, Ncog P, Garate T, Benito A, Sima A and Aparicio P. Evidence for Suppression of Onchocerciasis Transmission in Bioko Island, Equatorial Guinea.PLoS Negl Trop Dis, 2016; 10(7): e0004829.

PUBMED DOI

LAMP kit for diagnosis of non-falciparum malaria in Plasmodium ovale infected patients

Cuadros J, Martin Ramírez A, González IJ, Ding XC, Perez Tanoira R, Rojo-Marcos G, Gómez-Herruz P, Rubio JM. LAMP kit for diagnosis of non-falciparum malaria in Plasmodium ovale infected patients. Malar J. 2017 Jan 7;16(1):20.

PUBMED DOI

Plasmodium species differentiation by non-expert on-line volunteers for remote malaria field diagnosis

Ortiz-Ruiz A, Postigo M, Gil-Casanova S, Cuadrado D, Bautista JM, Rubio JM, Luengo-Oroz M, Linares M. Plasmodium species differentiation by non-expert on-line volunteers for remote malaria field diagnosis. Malar J. 2018 Jan 30;17(1):54.

PUBMED DOI

Study of the diagnostic accuracy of microbiological techniques in the diagnosis of malaria in the immigrant population in Madrid

Martín-Díaz A, Rubio JM, Herrero-Martínez JM, Lizasoain M, Ruiz-Giardin JM, Jaqueti J, Cuadros J, Rojo-Marcos G, Martín-Rabadán P, Calderón M, Campelo C, Velasco M, Pérez-Ayala A. Study of the diagnostic accuracy of microbiological techniques in the diagnosis of malaria in the immigrant population in Madrid. Malar J. 2018 Aug 29;17(1):314.

PUBMED DOI

pective comparative multi-centre study on imported Plasmodium ovale wallikeri and Plasmodium ovale curtisi infections.

Rojo-Marcos G, Rubio-Muñoz JM, Angheben A, Jaureguiberry S, García-Bujalance S, Tomasoni LR, Rodríguez-Valero N, Ruiz-Giardín JM, Salas-Coronas J, Cuadros-González J, García-Rodríguez M, Molina-Romero I, López-Vélez R, Gobbi F, Calderón-Moreno M, Martin-Echevarría E, Elía-López M, Llovo-Taboada J; TropNet Plasmodium ovale investigator group. Prospective comparative multi-centre study on imported Plasmodium ovale wallikeri and Plasmodium ovale curtisi infections. Malar J. 2018 Oct 30;17(1):399.

PUBMED DOI

Imported and autochthonous malaria in West Saudi Arabia: results from a reference hospital

Soliman RH, Garcia-Aranda P, Elzagawy SM, Hussein BE, Mayah WW, Martin Ramirez A, Ta-Tang TH, Rubio JM. Imported and autochthonous malaria in West Saudi Arabia: results from a reference hospital. Malar J. 2018 Aug 7;17(1):286.

PUBMED DOI

Cryptosporidium hominis genotypes involved in increased incidence and clusters of cases, Navarra, Spain, 2012.

Fuentes, I., Martín, C., Beristain, X; Mazón,A, Saugar, JM, Blanco, A; García M, Cenoz, Valle-Cristia, Ezpeleta, C., Castilla, J. 2015. Cryptosporidium hominis genotypes involved in increased incidence and clusters of cases, Navarra, Spain, 2012. Epidemiology and Infection; 143:1033-6

PUBMED DOI

Molecular genotyping of Giardia duodenalis isolates from symptomatic individuals attending two major public hospitals in Madrid, Spain.

Lucio A, Martínez-Ruiz R, Merino FJ, Bailo B, Aguilera M, Fuentes I, Carmena D. 2015. Molecular genotyping of Giardia duodenalis isolates from symptomatic individuals attending two major public hospitals in Madrid, Spain. PLoS One. 10 (12): e0143981.

PUBMED DOI

Occurrence and subtype distribution of Blastocystis sp. in humans, dogs, and cats sharing household in northern Spain and assessment of zoonotic transmission risk.

Paulos S, Köster PC, de Lucio A, Hernández-de-Mingo M, Cardona GA, Fernández-Crespo JC, Stensvold RC, Carmena D. 2018. Occurrence and subtype distribution of Blastocystis sp. in humans, dogs, and cats sharing household in northern Spain and assessment of zoonotic transmission risk. Zoonoses and Public Health, 65:993-1002.

PUBMED DOI

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