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Investigation

Hepatitis C and other RNA virus

Research Lines

Content with Investigacion Hepatitis C y otros virus RNA .

Hepatitis C y otros virus RNA

A) Respuesta de anticuerpos neutralizantes frente al virus de la Hepatitis C (VHC) en pacientes infectados.

Aproximadamente 58 millones de personas están infectadas crónicamente con el VHC en el mundo. Estas personas tienen un riesgo elevado de desarrollar cirrosis y carcinoma hepático. Diversos estudios apuntan a que los anticuerpos neutralizantes de amplio espectro frente al VHC tienen un papel importante en la protección frente a la infección.

El objetivo de esta línea es analizar las características (título, avidez, capacidad neutralizante, amplitud) de la respuesta de anticuerpos frente al VHC, tanto en personas infectadas solo con el VHC como en pacientes coinfectados con VHC y VIH. También estudiamos la duración de esa respuesta después de la eliminación del VHC mediante tratamiento antiviral. Determinar cuáles son los títulos, la amplitud y la duración de los anticuerpos neutralizantes después del tratamiento es esencial para diseñar estrategias encaminadas a proteger a las personas de la infección por VHC.

B) Desarrollo de pruebas diagnósticas rápidas para detectar la proteína “core" del VHC en sangre de individuos infectados.

En las etapas iniciales, la hepatitis C es asintomática, por lo que menos del 20% de las personas infectadas con el VHC a nivel mundial son conscientes de que lo están. Por lo tanto, es fundamental detectar esas personas infectadas para evitar que la enfermedad progrese y que contagien a otras.

El objetivo d​e esta línea es el desarrollo de una prueba de diagnóstico rápido para facilitar la detección y el control del VHC. Nuestro propósito es que sea un ensayo fácil de usar en el punto de atención, sensible, fiable, rápido y económico, y que detecte infección activa. Este ensayo se basará en la detección del antígeno “core" del VHC en sangre mediante ensayos de cromatografía de flujo lateral y nanosistemas dendríticos.  

C) Regulación de la respuesta inmune innata frente al virus respiratorio sincitial (VRS) y al coronavirus tipo 2 del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV-2) en pacientes infectados.

El VRS produce bronquiolitis y neumonía principalmente en niños pequeños y ancianos. A nivel mundial, aproximadamente 33 millones de niños sufren infecciones del tracto respiratorio inferior al año debidas a este virus. Una respuesta inmune caracterizada por un exceso de inflamación parece estar relacionada con la patología asociada a las infecciones graves.

El objetivo de esta línea es analizar cómo se inicia y cómo se regula esa respuesta inflamatoria en las células epiteliales respiratorias infectadas. Esta información puede ser relevante para desarrollar nuevos tratamientos que modulen la respuesta inmune frente al VRS y así evitar la inmunopatología asociada a la infección.

Estudios similares se están llevando a cabo en pacientes infectados con el SARS-CoV-2. El objetivo es analizar la respuesta inmune innata tanto en el tracto respiratorio superior como en sangre para encontrar biomarcadores que se asocien con gravedad.

D) Respuesta de anticuerpos frente al SARS-CoV-2 en pacientes infectados.

Los anticuerpos neutralizantes son fundamentales en la protección de numerosas infecciones, incluida la del SARS-CoV-2. Nuestro objetivo es estudiar la respuesta de anticuerpos (títulos, capacidad neutralizante, afinidad, duración, etc.) en diferentes cohortes de pacientes infectados con este virus (mujeres embarazadas, immunodeprimidos), lo que proporcionará una valiosa información sobre cuáles son los niveles y características de los anticuerpos que confieren protección frente al SARS-CoV-2.​

Research projects

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Proyectos como investigador principal

 

1.- Título del proyecto: Desarrollo de un ensayo de diagnóstico rápido para el cribado de la infección activa del virus de la hepatitis C basado en la detección del “core" (VHCAgc). Duración: 01/01/2020 - 31/12/2022. Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (PI19CIII/00009). Cuantía de la subvención: 53.000 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez                

2.- Título del proyecto: Ubiquitinación/deubiquitinación: control del equilibrio entre inflamación y replicación viral en infecciones por el virus respiratorio sincitial humano. Duración: 01/01/2016 - 31/12/2019. Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (PI15CIII/00024). Cuantía de la subvención: 81.500 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez                                           

3.- Título del proyecto: Regulación por deubiquitinasas de la respuesta inflamatoria inducida por el virus respiratorio sincitial humano. Duración: 01/01/2012 - 31/12/ 2015. Entidad financiadora: Fondo de Investigaciones Sanitarias (PI11/00590). Cuantía de la subvención: 86.212 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez

4.- Título del proyecto: Interacciones entre el virus respiratorio sincitial humano y la célula huésped: El sistema del activador del plasminógeno (uroquinasa) y su receptor. Duración: 01/01/2009 - 31/12/2012. Entidad financiadora: Fondo de Investigaciones Sanitarias (PI08/0702). Cuantía de la subvención: 114.950 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez  

5.- Título del proyecto: Cambios en la expresión de genes celulares tras la infección por el virus respiratorio sincitial humano: Relevancia patológica. Duración: 01/01/2005 - 31/12/ 2007. Entidad financiadora: Fondo de Investigaciones Sanitarias (PI04/0864). Cuantía de la subvención: 97.750 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez                                           

6.- Título del proyecto: Cambios en la expresión de genes celulares tras la infección por el virus respiratorio sincitial humano: Relevancia patológica. Duración: 01/11/2003 - 30/09/ 2007. Entidad financiadora: Ministerio de Ciencia y Tecnología (Progama Ramón y Cajal). Cuantía de la subvención: 135.697,59 €. Investigador responsable: Isidoro Martínez

Proyectos como investigador asociado

 

1.- Título del proyecto: CIBER de Enfermedades Infecciosas. Duración: 5 años (2022-2026). Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (CB21/13/00044). Cuantía de la subvención: 300.000 €. Investigador responsable: Salvador Resino.

2.- Título del proyecto: Identification of Biomarkers that Predict Severity in COVID-19 patients. Duración: 3 años 1 mes (1 marzo 2020-31 marzo 2023). Entidad financiadora: Canadian Institutes of Health Research (CIHR) (OV2-170357). Cuantía de la subvención: 1.000.000 $. Investigador responsable: David Kelvin.

3.- Título del proyecto: Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora de actividades frente a la pandemia por SARS-COV2 en España. Duración: 12 meses. Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (COV20_00679). Cuantía de la subvención: 325.909,46 €. Investigador responsable: Inmaculada Casas.

4.- Título del proyecto: Infección por COVID-19 en pacientes infectados por VIH incluídos en CoRIS. Duración: 12 meses. Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (COV20_00108). Cuantía de la subvención: 67.885,00 €. Investigador responsable: Juan Berenguer                      

5.- Título del proyecto: Factores de riesgo, pronóstico personalizados y seguimiento a un año de los enfermos ingresados en las unidades de Cuidados Intensivos Españolas infectados por el virus COVID19: CIBERESUCICOVID. Duración: 12 meses. Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III (COV20_00110). Cuantía de la subvención: 1.750.000,00 €. Investigador responsable: Antoni Torres Martí​         

Publications

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Category

Analysis of strain relatedness using High Resolution Melting in a case of recurrent candiduria

7. Gago S, Lorenzo B, Gomez-Lopez A, Cuesta I, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. Analysis of strain relatedness using high resolution melting in a case of recurrent candiduria. BMC Microbiol. 2013 Jan 23;13:13. doi: 10.1186/1471-2180-13-13. PMID: 23343107.

PUBMED DOI

High-Resolution Melting Analysis for Identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii Complex

8. Gago S, Zaragoza Ó, Cuesta I, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. High-resolution melting analysis for identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii complex. J Clin Microbiol. 2011 Oct;49(10):3663-6. doi: 10.1128/JCM.01091-11. Epub 2011 Aug 10. PMID: 21832024.

PUBMED DOI

Performance of Panfungal- and Specific-PCR-Based Procedures for Etiological Diagnosis of Invasive Fungal Diseases on Tissue Biopsy Specimens with Proven Infection: a 7-Year Retrospective Analysis from a Reference Laboratory

9. Buitrago MJ, Bernal-Martinez L, Castelli MV, Rodriguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M Performance of panfungal--and specific-PCR-based procedures for etiological diagnosis of invasive fungal diseases on tissue biopsy specimens with proven infection: a 7-year retrospective analysis from a reference laboratory. J Clin Microbiol. 2014 May;52(5):1737-40. doi: 10.1128/JCM.00328-14. Epub 2014 Feb 26.PMID: 24574295.

PUBMED DOI

Epidemiología actual y diagnóstico de laboratorio de las micosis endémicas en España

11. Buitrago MJ, Cuenca-Estrella M. [Current epidemiology and laboratory diagnosis of endemic mycoses in Spain]. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012 Aug;30(7):407-13. doi: 10.1016/j.eimc.2011.09.014. Epub 2011 Nov 29. PMID: 22130575 Review. Spanish.

PUBMED DOI

A matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry reference database for the identification of Histoplasma capsulatum

12. Buitrago MJ, Bernal-Martínez L, Castelli MV, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M. Histoplasmosis and paracoccidioidomycosis in a non-endemic area: a review of cases and diagnosis. J Travel Med. 2011 Jan-Feb;18(1):26-33. doi: 10.1111/j.1708-8305.2010.00477.x. Epub 2010 Nov 28. PMID: 21199139.

PUBMED DOI

Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens

13. Valero C, Buitrago MJ, Gago S, Quiles-Melero I, García-Rodríguez J. A matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry reference database for the identification of Histoplasma capsulatum. Med Mycol. 2018 Apr 1;56 (3):307-314. doi: 10.1093/mmy/myx047. PMID: 28992262.

PUBMED DOI

Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens

14. Valero C, Buitrago MJ, Gits-Muselli M, Benazra M, Sturny-Leclère A, Hamane S, Guigue N, Bretagne S, Alanio A. Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens. Front Microbiol. 2016 Sep 12;7:1413. doi: 10.3389/fmicb.2016.01413. eCollection 2016. PMID: 27672381.

PUBMED DOI

Identification of Off-Patent Compounds That Present Antifungal Activity Against the Emerging Fungal Pathogen Candida auris

2: de Oliveira HC, Monteiro MC, Rossi SA, Pemán J, Ruiz-Gaitán A, Mendes- Giannini MJS, Mellado E, Zaragoza O. Identification of Off-Patent Compounds That Present Antifungal Activity Against the Emerging Fungal Pathogen Candida auris. Front Cell Infect Microbiol. 2019 Apr 2;9:83. PMCID: PMC6454888.

PUBMED DOI

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List of staff

Additional Information

The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).

During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).

Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).

During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia).  He also belongs or has belonged to different national and international committees:  Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.

In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally. ​​​​​

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr

Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS