Hepatitis C and VIH/VHC coinfection
Research Lines
Content with Investigacion .
Caracterización molecular de los estafilococcus
El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:
Estafilococos coagulasa negativa
Identificación:
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
Perfil por PFGE
SSC
mec
MLST
Detección de genes
Genes mec
Genes de resistencia
Mecanismos de resistencia al linezolid
Dominio V del gen 23S ARNr
Gen rplC (riboproteína L3)
Gen rplD (riboproteína L4)
Gen rplV (riboproteína L22)
Staphylococcus aureus
Identificación:
PCR del gen Sau
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
PFGE
MLST
SSC
mec
Spa-tipo
Detección de genes
Genes mec
Gen PVL
Toxinas exfoliativas (SST)
Toxina del Shock Tóxico (TSST)
Research projects
Content with Investigacion .
En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.
Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.
Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.
Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.
Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.
También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia".
Publications
Immunoescape of HIV-1 in Env-EL9 CD8 + T cell response restricted by HLA-B*14:02 in a Non progressor who lost twenty-seven years of HIV-1 control
Moyano A, Blanch-Lombarte O, Tarancon-Diez L, Pedreño-Lopez N, Arenas M, Alvaro T, Casado C, Olivares I, Vera M, Rodriguez C, Del Romero J, López-Galíndez C, Ruiz-Mateos E, Prado JG, Pernas M. Retrovirology. 2022 Mar 26,19(1):6
PUBMED DOIThe Characteristics of the HIV-1 Env Glycoprotein Are Linked with Viral Pathogenesis
Pérez-Yanes S, Pernas M, Marfil S, Cabrera-Rodríguez R, Ortiz R, Urrea V, Rovirosa C, Estévez-Herrera J, Olivares I, Casado C, Lopez-Galindez C, Blanco J, Valenzuela-Fernández A. Front Microbiol. 2022 Mar 24, 3:763039.
PUBMED DOIAnalysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps.
Ramón Lorenzo‐Redondo, Soledad Delgado, Federico Morán, and Cecilio Lopez‐Galindez. Analysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps. (2014) PLoS One. 9(2): e88579.
PUBMED DOICharacterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread.
1. Characterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread. Dahdouh E, Gómez-Marcos L, Cañada-García JE, de Arellano ER, Sánchez-García A, Sánchez-Romero I, López-Urrutia L, de la Iglesia P, Gonzalez-Praetorius A, Sotelo J, Valle-Millares D, Alonso-González I, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Cercenado E, Aracil B, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M; Spanish Eco-Carba Study Group. Revista: Front Cell Infect Microbiol 2024 May 16;14:1390966.
PUBMED DOIAn increase in erythromycin resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus from blood correlates with the use of macrolide/lincosamide/streptogramin antibiotics. EARS-Net Spain (2004-2020).
4. An increase in erythromycin resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus from blood correlates with the use of macrolide/lincosamide/streptogramin antibiotics. EARS-Net Spain (2004-2020). Autores: El Mammery A, Ramírez de Arellano E, Cañada-García JE, Cercenado E, Villar-Gómara L, Casquero-García V, García-Cobos S, Lepe JA, Ruiz de Gopegui Bordes E, Calvo-Montes J, Larrosa Escartín N, Cantón R, Pérez-Vázquez M, Aracil B, Oteo-Iglesias J. Revista: Front Microbiol. 2023 Sep 26;14:1220286.
PUBMED DOIWidespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands.
11. Widespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands. Autores: Jati AP, Sola-Campoy PJ, Bosch T, Schouls LM, Hendrickx APA, Bautista V, Lara N, Raangs E, Aracil B, Rossen JWA, Friedrich AW, Navarro Riaza AM, Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M, García-Cobos S; Dutch and Spanish Collaborative Working Groups on Surveillance on Carbapenemase-Producing Enterobacterales; Sánchez AMF, Pulido MA, Armas M. Revista: Microbiol Spectr. 2023 Aug 17;11(4):e0471622.
PUBMED DOIClinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak.
2. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. Autores: Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Revista: mSphere. 2024 Mar 26;9(3):e0072923.
PUBMED DOIPhenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii.
5. Phenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii. Autores: Cañada-García JE, Grippo N, de Arellano ER, Bautista V, Lara N, Navarro AM, Cabezas T, Martínez-Ramírez NM, García-Cobos S, Calvo J, Cercenado E, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; Spanish IMP Study Group. Revista: Front Microbiol. 2022 Sep 28;13:1000787.
DOICARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3.
6. CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3. Autores: Cañada-García JE, Moure Z, Sola-Campoy PJ, Delgado-Valverde M, Cano ME, Gijón D, González M, Gracia-Ahufinger I, Larrosa N, Mulet X, Pitart C, Rivera A, Bou G, Calvo J, Cantón R, González-López JJ, Martínez-Martínez L, Navarro F, Oliver A, Palacios-Baena ZR, Pascual Á, Ruiz-Carrascoso G, Vila J, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; GEMARA/GEIRAS-SEIMC/REIPI CARB-ES-19 Study Group. Revista: Front Microbiol. 2022 Jun 30;13:918362.
DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types.
3. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types. Autores: Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Jiménez-Orellana M, Viedma E, Sánchez A, Alhambra A, Villa J, Delgado-Iribarren A, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Aracil B, Cercenado E, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J. Revista: Antibiotics (Basel). 2023 Jan 6;12(1):107.
DOIInterregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes.
7. Interregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes. Autores: Moure Z, Lara N, Marín M, Sola-Campoy PJ, Bautista V, Gómez-Bertomeu F, Gómez-Dominguez C, Pérez-Vázquez M, Aracil B, Campos J, Cercenado E, Oteo-Iglesias J; Spanish Linezolid-Resistant Enterococci Collaborating Group. Revista: Int J Antimicrob Agents. 2020 Jun;55(6):105977.
PUBMED DOICarbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high-risk clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2.
8. Carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high-risk clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2. Autores: Pérez-Vázquez M, Sola-Campoy PJ, Zurita ÁM, Ávila A, Gómez-Bertomeu F, Solís S, López-Urrutia L, Gónzalez-Barberá EM, Cercenado E, Bautista V, Lara N, Aracil B, Oliver A, Campos J, Oteo-Iglesias J; Spanish Antibiotic Resistance Surveillance Program collaborating Group. Revista: Int J Antimicrob Agents. 2020 Jul;56(1):106026.
PUBMED DOIMultidrug-resistant gram-negative bacteria in Spanish ICU patients: clinical and microbiological characterization (MURAN-UCI Project).
9. Multidrug-resistant gram-negative bacteria in Spanish ICU patients: clinical and microbiological characterization (MURAN-UCI Project). Autores: Ramirez de Arellano E, López-Causapé C, Delgado-Valverde M, Arroyo Muñoz FJ, Alemparte-Pardavila E, Arca-Suárez J, Ayestarán I, Calvo Montes J, Cañada-Garcia J, Garcia-Cobos S, García-Fernández S, Gijón Cordero D, González-López JJ, Mir-Cros A, Nuvials X, Pérez-Vázquez M, Pomares-de la Peña A, Pampín-Garcia M, Riazzo C, Rodríguez-Gómez J, Rojo-Molinero E, Ruiz-Garbajosa P, Soriano C, Suberviola Cañas B, Taltavull B, Garnacho-Montero J, Oliver Palomo A, Oteo-Iglesias J; MURAN-UCI Spanish group. Revista: Microbiol Spectr. 2026 Feb 3;14(2):e0298725.
PUBMED DOIGenomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study.
10. Genomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study. Autores: García-Cobos S, Seco Alberca N, Bravo-Queipo-de-Llano B, Casquero-García V, Ramírez de Arellano E, Calvo C, Ruíz-Carrascoso G, Falces-Romero I, Larrosa Escartín N, Viñado-Perez B, Martínez-López MÁ, Melendo Pérez S, Ruíz de Gopegui E, Pérez Vázquez S, Carrasco-Colom J, Aracil García B, Pérez-Vázquez M, Méndez-Echevarría A, Oteo Iglesias Revista: J. Front Microbiol. 2025 May 9;16:1534840.
PUBMED DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types.
13. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types. Autores: Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Jiménez-Orellana M, Viedma E, Sánchez A, Alhambra A, Villa J, Delgado-Iribarren A, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Aracil B, Cercenado E, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J. Revista: Antibiotics (Basel). 2023 Jan 6;12(1):107.
PUBMED DOIHypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management
12. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management. Autores: García-Cobos S, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2025 Feb;43(2):102-109.
PUBMED DOIRapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022
15. Rapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022. Autores: Linkevicius M, Bonnin RA, Alm E, Svartström O, Apfalter P, Hartl R, Hasman H, Roer L, Räisänen K, Dortet L, Pfennigwerth N, Hans JB, Tóth Á, Buzgó L, Cormican M, Delappe N, Monaco M, Giufrè M, Hendrickx AP, Samuelsen Ø, Pöntinen AK, Caniça M, Manageiro V, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M, Westmo K, Mäkitalo B, Palm D, Monnet DL, Kohlenberg A. Revista: Euro Surveill. 2023 May;28(19):2300209.
PUBMED DOICharacterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017.
18. Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017. Autores: Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Sola-Campoy PJ, Carrizo-Manzoni H, Bautista V, Lara N, Aracil B, Alhambra A, Martínez-Martínez L, Campos J; Spanish Antibiotic Resistance Surveillance Program Collaborating Group. Revista: Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24;63(6): e02529-18.
PUBMED DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1.
16. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1. Autores: Raro OHF, da Silva RMC, Filho EMR, Sukiennik TCT, Stadnik C, Dias CAG, Oteo Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Front Microbiol. 2020 Jul 15;11:1563.
PUBMED DOIDissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023
17. Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023. Autores: Witteveen S, Hans JB, Izdebski R, Hasman H, Samuelsen Ø, Dortet L, Pfeifer Y, Delappe N, Oteo-Iglesias J, Żabicka D, Cormican M, Sandfort M, Reichert F, Pöntinen AK, Fischer MA, Verkaik N, Pérez-Vazquez M, Pfennigwerth N, Hammerum AM, Hallstrøm S, Biedrzycka M, Räisänen K, Wielders CC, Urbanowicz P, de Haan A, Westmo K, Landman F, van der Heide HG, Lansu S, Zwittink RD, Notermans DW, Guzek A, Kondratiuk V, Salmanov A, Haller S, Linkevicius M, Gatermann S, Kohlenberg A, Gniadkowski M, Werner G, Hendrickx AP. Revista: Euro Surveill. 2024 Jun;29(23):2300616.
PUBMED DOISpread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024.
19. Spread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024. Autores: Roer L, Yin N, Denis O, Vendrik KE, Zwittink RD, Notermans DW, Perrin M, Khonyongwa K, Tristan A, Youenou B, Layer-Nicolaou F, Werner G, Enger H, Eikrem ECH, Darenberg J, Mäkitalo B, Paulsson M, Björkman J, Fang H, Hallbäck ET, Sundqvist M, Lindholm L, Moganeradj K, García-Cobos S, Cañada-García JE, Holzknecht BJ, Eriksen HB, Hoppe M, Bartels MD, Samaniego Castruita JA, Urth TR, Larsen AR, Petersen A. Revista: Euro Surveill. 2025 Jul;30(28):2500452.
DOICarbapenemase-producing Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high risk-clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2
14. Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. Autores: Pérez-Vázquez M, Sola Campoy PJ, Ortega A, Bautista V, Monzón S, Ruiz-Carrascoso G, Mingorance J, González-Barberá EM, Gimeno C, Aracil B, Sáez D, Lara N, Fernández S, González-López JJ, Campos J, Kingsley RA, Dougan G, Oteo-Iglesias J; Spanish NDM Study Group. Revista: J Antimicrob Chemother. 2019 Dec 1;74(12):3489-3496.
PUBMED DOIContent with Investigacion .
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Carmen Marcos Moreno
Ayudante de Investigación de OPIs
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Federico Román Alonso
Científico Titular de OPIs
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Verónica Casquero García
Técnico Superior Especializado de OPIs
ORCID code: 0000-0002-2365-394X
Verónica Casquero García es Licenciada en Bioquímica y en Biología, con amplia experiencia en técnicas de biología molecular, incluyendo aislamiento de ADN y ARN, PCR, RT- y qPCR, clonaje, mutagénesis dirigida, silenciamiento génico mediante shRNA y edición génica con CRISPR-Cas9. Posee experiencia en cultivo y manipulación de células madre embrionarias de ratón, células primarias de ratón y humano y líneas celulares, así como en técnicas de bioquímica de proteínas y en microscopía. Su trayectoria investigadora abarca varios centros incluyendo CSIC, CNIC y CNIO. Desde su incorporación al CNM en el Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS ha sido clave en la actualización y desarrollo de técnicas moleculares y pruebas diagnósticas del Programa de Vigilancia en Infecciones Estafilocócicas. Domina la extracción de ADN/ARN bacteriano de distintos tipos de muestras y la preparación de librerías para secuenciación genómica, metagenómica y metatranscriptómica.
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