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Investigación

Genética Bacteriana

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Genética Bacteriana .

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Nuestro grupo estudia desde hace más de 30 años los mecanismos de resistencia a antibióticos en Streptococcus pneumoniae (Spn). Nuestros objetivos son conocer las bases moleculares de la acción de antimicrobianos, buscar nuevas dianas de acción y nuevos compuestos. La seconeolitsina (SCN) es uno de estos nuevos compuestos que tiene como diana la topoisomerasa I (Topo I). En cuanto a la búsqueda de nuevas dianas, nuestra investigación se ha centrado en los últimos años en los factores que organizan la topología del cromosoma, permitiendo una compactación (de unas 1.000-veces) óptima para armonizar su replicación, segregación cromosómica y expresión génica. Dicha compactación está mediada tanto por el nivel de superenrollamiento del DNA (Sc) como por la asociación a proteínas de unión al nucleoide (NAPs). El nivel de Sc depende principalmente de las actividades enzimáticas de sus DNA topoisomerasas, alcanzándose un equilibrio homeostático por las actividades opuestas de las topoisomerasas que relajan el DNA (Topo I y Topo IV), y de la girasa, que introduce Sc negativo.

Nuestro grupo ha caracterizado las 3 topoisomerasas de Spn y 2 NAPs: HU y SatR. Asimismo, la disponibilidad de antibacterianos que inhiben cada una de las topoisomerasas de Spn, nos ha permitido analizar su transcriptoma en condiciones de cambio local o global del nivel de Sc y definir dominios de genes de transcripción coordinada y funciones similares. Las fluoroquinolonas, que inhiben la Topo IV y la girasa, producen cambios locales del Sc que inducen alteraciones del 6% del transcriptoma, alterando rutas metabólicas que originan un incremento de especies reactivas de oxígeno (ROS) que contribuyen a la letalidad, de acuerdo con el mecanismo general de los antibióticos bactericidas. Por otra parte, la inducción de cambios globales en Sc por novobiocina (NOV, inhibidor de la girasa), o por SCN (inhibidor de Topo I), nos ha permitido definir dominios topológicos (ver apartado A en la figura). Los cambios globales del Sc (ver apartado B en la figura) incluyen la regulación de los genes de las topoisomerasas: su disminución activa la transcripción de los genes de la girasa (gyrA, gyrB) e inhibe los de la de Topo IV (parEC) y la Topo I (topA); el aumento del Sc regula la expresión de topA. La disminución del Sc afecta al 37% del genoma, con >68% de los genes agrupados en 15 dominios. El incremento del Sc afecta al 10% del genoma, con 25% de los genes agrupados en 12 dominios. El contenido en AT en el genoma se correlaciona con los dominios, siendo más alto en los dominios UP que en los DOWN. Los genes de los diferentes dominios tienen características funcionales comunes, lo que indica que han estado sometidos a una presión selectiva de carácter topológico para determinar la localización de genes implicados en metabolismo, virulencia y competencia.

Los objetivos actuales del grupo son:
1.    Identificación de los factores que estabilizan la topología del cromosoma: NAPs, ncRNAs, interacciones intracromosómicas.
2.    Regulación de la transcripción en respuesta a estrés topológico: localización in vivo de DNA topoisomerasas, RNA polimerasa y NAPs.
3.    Topo I como nueva diana antimicrobiana y acción de SCN.
4.    Diseño de RNAs antisentido y utilización del sistema CRISPR como nuevos agentes antibacterianos.

Proyectos de investigación

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1: Título del proyecto: Interacción entre superenrollamiento del DNA y la transcripción en el patógeno humano Streptococcus pneumoniae.

Investigador Principal: Adela González de la Campa
Entidad financiadora: Ministerio de Ciencia e Innovación, Agencia Estatal de Investigación (Convocatoria «Proyectos I+D+I» 2020 - Modalidades «Retos Investigación» y «Generación de Conocimiento»). Referencia: PID2021-124738OB-100. 2022-2025. Importe 108.900€
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2: Título del proyecto: Estudio de los factores que organizan el cromosoma de Streptococcus pneumoniae: nuevas dianas de antibióticos y mecanismos de resistencia.

Investigador Principal: Adela González de la Campa
Entidad financiadora: Ministerio de Economía, Industria y Competitividad. Agencia Estatal de Investigación. Referencia: BIO2017-82951-R. 2018-2020. Importe 169.400€

 

3: Título del proyecto: Papel de las DNA topoisomerasas y de las proteínas de unión al nucleoide en la organización del cromosoma de Streptococcus pneumoniae: respuesta a antibióticos y virulencia.

Investigador Principal: Adela González de la Campa
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad. Secretaría de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación. Referencia: BIO2014-55462. 2015-2017. Importe 193.600€

 

4: Título del proyecto: The control of supercoiling level in Streptococcus pneumoniae as an antimicrobial target

Investigador Principal: Adela González de la Campa
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad. Secretaría de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación. Referencia: BIO2011-25343. 2012-2015. Importe: 209.000€

 

5: Título del proyecto: Papel de los pequeños RNAs no codificantes en la patogenicidad de Streptococcus pneumoniae.

Investigador Principal: Mónica Amblar Esteban
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad. Acción Estratégica de Salud (AES). Referencia: PI11/00656. 2012-2015. Importe 198.714€

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Yuste E, Bixby J, Lifson J, Sato S, Johnson W, Desrosiers R*. 2008. J Virol 82:12472-86.

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Yuste E, Johnson W, Pavlakis GN, Desrosiers RC; J Virol. 2005 Oct;79(19):12455-63.

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Fungal burden assessment in hospital zones with different protection degrees

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DOI

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CD69 targeting enhances anti-Vaccinia virus immunity

Notario L., Redondo-Antón J., Alari-Pahissa E., Albentosa A., Leiva M., López D., Sabio G., and Lauzurica P. (2019) CD69 targeting enhances anti-Vaccinia virus immunity. Journal of Virology 12;93(19). pii: e00553-19.

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Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells.

Lorente, E., Martin-Galiano, A. J., Barnea, E., Barriga, A., Palomo, C., Garcia-Arriaza, J., Mir, C., Lauzurica, P., Esteban, M., Admon, A., and Lopez, D. (2019) Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells. J.Proteome.Res. 18(9):3512-3520

PUBMED DOI

Brait, V. H., F. Miro-Mur, I. Perez-de-Puig, L. Notario, B. Hurtado, J. Pedragosa, M. Gallizioli, F. Jimenez-Altayo, M. Arbaizar-Rovirosa, A. Otxoa-de-Amezaga, J. Monteagudo, M. Ferrer-Ferrer, l. R. de, X, E. Bonfill-Teixidor, A. Salas-Perdomo, A. Hernandez-Vidal, P. Garcia-de-Frutos, P. Lauzurica, and A. M. Planas. 2019. CD69 Plays a Beneficial Role in Ischemic Stroke by Dampening Endothelial Activation. Circ.Res. 124:279-291.

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DOI

Lorente, E., A. Barriga, E. Barnea, C. Palomo, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2019. Immunoproteomic analysis of a Chikungunya poxvirus-based vaccine reveals high HLA class II immunoprevalence. PLoS.Negl.Trop.Dis. 13:e0007547.

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PUBMED DOI

Lorente, E., C. Palomo, E. Barnea, C. Mir, V. M. Del, A. Admon, and D. López. 2019a. Natural Spleen Cell Ligandome in Transporter Antigen Processing-Deficient Mice. J.Proteome.Res. 18:3512-3520.

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PUBMED

Redondo-Anton, J., M. G. Fontela, L. Notario, R. Torres-Ruiz, S. Rodriguez-Perales, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2020. Functional Characterization of a Dual Enhancer/Promoter Regulatory Element Leading Human CD69 Expression. Front Genet. 11:552949.

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PUBMED DOI

Fontela, M. G., L. Notario, E. Alari-Pahissa, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2019

Fontela, M. G., L. Notario, E. Alari-Pahissa, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2019. The Conserved Non-Coding Sequence 2 (CNS2) Enhances CD69 Transcription through Cooperation between the Transcription Factors Oct1 and RUNX1. Genes (Basel) 10.

PUBMED DOI

Immunoinformatics lessons on the current COVID-19 pandemic and future coronavirus zoonoses

López D, García-Peydró M. “Immunoinformatics lessons on the current COVID-19 pandemic and future coronavirus zoonoses”. Frontiers in Immunology 14:1118267 (2023).

PUBMED DOI

Marquez, A., M. Gomez-Fontela, S. Lauzurica, R. Candorcio-Simon, D. Munoz-Martín, M. Morales, M. Ubago, C. Toledo, P. Lauzurica, and C. Molpeceres. 2020. Fluorescence enhanced BA-LIFT for single cell detection and isolation. Biofabrication. 12:025019.

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PUBMED DOI

de la Sota, P. G., E. Lorente, L. Notario, C. Mir, O. Zaragoza, and D. López. 2021. Mitoxantrone Shows In Vitro, but Not In Vivo Antiviral Activity against Human Respiratory Syncytial Virus. Biomedicines. 9.

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PUBMED DOI

Predicted Epitope Abundance Supports Vaccine-Induced Cytotoxic Protection Against SARS-CoV-2 Variants of Concern.

Martín-Galiano, A. J., F. Diez-Fuertes, M. J. McConnell, and D. López. 2021. Predicted Epitope Abundance Supports Vaccine-Induced Cytotoxic Protection Against SARS-CoV-2 Variants of Concern. Front Immunol. 12:732693.

PUBMED DOI

Abundance, Betweenness Centrality, Hydrophobicity, and Isoelectric Points Are Relevant Factors in the Processing of Parental Proteins of the HLA Class II Ligandome.

Lorente, E., A. J. Martín-Galiano, D. M. Kadosh, A. Barriga, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2022. Abundance, Betweenness Centrality, Hydrophobicity, and Isoelectric Points Are Relevant Factors in the Processing of Parental Proteins of the HLA Class II Ligandome. J.Proteome.Res. 21:164-171.

DOI

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Listado de personal

Información adicional

Streptococcus pneumoniae es un patógeno humano que, a pesar del desarrollo de vacunas, continúa siendo una importante causa de mortalidad y morbilidad. Nosotros investigamos los mecanismos de resistencia a antibióticos en esta bacteria. Por una parte identificando nuevas dianas terapéuticas y por otra investigando las bases moleculares de la acción de antibióticos ya utilizados en clínica (las fluoroquinolonas levofloxacina y moxifloxacina) o todavía no utilizados (seconeolitsina). Para ello utilizamos un análisis multidisciplinar implicando genómica, transcriptómica y proteómica para conocer la organización del cromosoma de S. pneumoniae y la identificación de los factores que estabilizan dicha organización, incluyendo ncRNAs. Cambios en el nivel de superenrollamiento global, bien por inhibición de la girasa (disminución) o por inhibición de la topoisomerasa I (incremento) altera el transcriptoma. Los genes modulados se localizan en dominios, cuyos genes muestran características funcionales específicas. Se pretende identificar nuevos factores esenciales para la fisiología de S. pneumoniae y caracterizar la regulación de la transcripción en respuesta a estrés topológico. Además, se utilizará la tecnología del RNA de interferencia y sistemas CRISPR como nuevos antibacterianos. Estos estudios sentarán las bases para una investigación translacional dirigida al desarrollo de nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades neumocócicas.

Streptococcus pneumoniae es un patógeno humano que, a pesar del desarrollo de vacunas, continúa siendo una importante causa de mortalidad y morbilidad. Nosotros investigamos los mecanismos de resistencia a antibióticos en esta bacteria. Por una parte identificando nuevas dianas terapéuticas y por otra investigando las bases moleculares de la acción de antibióticos ya utilizados en clínica (las fluoroquinolonas levofloxacina y moxifloxacina) o todavía no utilizados (seconeolitsina). Para ello utilizamos un análisis multidisciplinar implicando genómica, transcriptómica y proteómica para conocer la organización del cromosoma de S. pneumoniae y la identificación de los factores que estabilizan dicha organización, incluyendo ncRNAs. Cambios en el nivel de superenrollamiento global, bien por inhibición de la girasa (disminución) o por inhibición de la topoisomerasa I (incremento) altera el transcriptoma. Los genes modulados se localizan en dominios, cuyos genes muestran características funcionales específicas. Se pretende identificar nuevos factores esenciales para la fisiología de S. pneumoniae y caracterizar la regulación de la transcripción en respuesta a estrés topológico. Además, se utilizará la tecnología del RNA de interferencia y sistemas CRISPR como nuevos antibacterianos. Estos estudios sentarán las bases para una investigación translacional dirigida al desarrollo de nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades neumocócicas.

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