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Investigation

Toxoplasmosis and intestinal protozoa

Research Lines

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

Resistencia a Antibióticos

Nuestro objetivo general es aportar conocimiento precoz sobre cualquier mecanismo de resistencia a antibióticos emergente en nuestro país. Dicho aporte de conocimiento se fundamenta en unos objetivos transversales clave:

  1) La capacidad de adaptar la investigación a los problemas de resistencia emergentes

  2) La promoción de estudios de investigación cooperativos y multidisciplinares con diferentes centros españoles y extranjeros

  3) La transferencia ágil de los resultados de la investigación a la práctica clínica del Sistema Nacional de Salud

  4) El fomento de la interrelación de la investigación con la referencia, la asesoría, la formación y la divulgación.

Nuestros principales objetivos científicos son la caracterización de las bases moleculares de la resistencia a antibióticos en bacterias patógenas, el estudio de la epidemiología molecular y la estructura poblacional de las bacterias resistentes, la caracterización de los elementos genéticos móviles que portan los genes de resistencia, y el desarrollo de técnicas diagnósticas y alternativas terapéuticas frente a bacterias con resistencia extensa, basado en nuevas tecnologías como la secuenciación de genomas bacterianos. La investigación en las vías de diseminación de enterobacterias, Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa productores de carbapenemasas es uno de nuestros objetivos prioritarios.


Algunas iniciativas en las que participamos son la red europea de vigilancia de la resistencia a antibióticos (EARS-Net), el  sistema de la OMS desarrollado para apoyar el plan de acción mundial sobre la resistencia a los antimicrobianos (GLASS), la red española de investigación en patología infecciosa (REIPI), el Plan nacional contra la resistencia a antibióticos (PRAN), el Comité Coordinador de la red de laboratorios para la vigilancia de microorganismos resistentes, y la coordinación nacional de los proyectos CARBA-ES-2019 (nacional) y CCRE-survey (ECDC).

Líneas de investigación

- Detección y caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos emergentes, sobre todo a antibióticos de última línea como los antibióticos carbapenémicos y la colistina.


- Caracterización y trazabilidad interregional, mediante el análisis de secuencias de genomas completos (WGS), de clones de alto riesgo con múltiple resistencia a antibióticos, y de plásmidos epidémicos portadores de genes de resistencia.


- Identificación mediante recursos bio-informáticos de posibles dianas para el desarrollo de nuevos productos o moléculas relacionadas con el control de la resistencia a antibióticos (vacunas, pruebas diagnósticas, atenuantes de virulencia y otros).


- Análisis de las tendencias evolutivas de la resistencia a antibióticos en patógenos bacterianos productores de bacteriemia; European Antimicrobial Resistance Surveillance Net (EARS-Net) del ECDC y Global Antimicrobial Resistance Surveillance System (GLASS) de la OMS.


- Análisis del microbioma y resistoma del tracto gastrointestinal humano y su relación con la colonización por bacterias multi-resistentes y desarrollo de infecciones (metagenómica).

Investigación en infecciones multirresistentes

 

La emergencia y diseminación global de cepas bacterianas de diferentes especies con resistencia a distintas clases de antibióticos (cepas multirresistentes) supone una amenaza para la eficacia del tratamiento antibiótico. El Antibiotic Resistance Global Report publicado por la Organización Mundial de la Salud en 2014 destacó altas tasas de resistencia en varias especies de bacterias patógenas en cada una de las seis regiones incluidas en el estudio (WHO; 2014). Las infecciones causadas por bacterias resistentes están asociadas a una mortalidad significativa, produciendo más de 700.000 muertes al año, y se estima que esta cifra llegará a 10 millones de muertes anuales en 2050, si no cambia la tendencia actual (Antimicrobial Resistance Rev; 2015). En 2017, la Organización Mundial de la Salud identificó las especies bacterianas frente a las que deberían implementarse nuevas medidas de tratamiento y prevención (WHO 2017). En este informe se clasificaron las especies Gram negativas multirresistentes.

Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae con la prioridad más alta (Priority 1: Critical). Las tasas de resistencia a los antimicrobianos de primera línea de estas bacterias Gram-negativas multirresistentes se han incrementado a nivel global durante la última década, complicando significativamente el manejo clínico de las infecciones producidas por estos microorganismos. En este contexto, nuestro grupo está desarrollando las siguientes líneas de investigación:

1. Desarrollo de vacunas para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo del desarrollo preclínico de vacunas profilácticas y anticuerpos monoclonales terapéuticos para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes de difícil manejo clínico debido a la resistencia antimicrobiana. La investigación realizada en esta línea tiene como objetivo identificar y caracterizar antígenos de las bacterias multirresistentes (Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa) que sirvan para el desarrollo de anticuerpos monoclonales y vacunas a través de estudios epidemiológicos, genómicos y proteómicos.

2. Caracterización de tratamientos novedosos para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo identificar y caracterizar nuevos tratamientos basados en moléculas novedosas y/o combinaciones de antibióticos existentes para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes.  También se emplean técnicas moleculares y "omicas" para la identificación de nuevas dianas para el desarrollo de antibióticos novedosas. 

3. Desarrollo de vacunas frente a SARS-CoV-2

Debido la situación producida por la propagación del SARS-CoV-2 urge la realización de estudios que tienen como objetvo el desarrollo de vacunas profilácticas.  Nuestro grupo lidera el desarrollo de un prototipo de vacuna basado en ADN plasmídico que expresa antígenos de SARS-CoV-2 y la caracterización de la respuesta inmune inducida por esta vacuna en un modelo murino de inmunización.

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

A continuación se detallan los proyectos de investigación del grupo con vigencia en los últimos cinco años:

1. Título del proyecto: Terapias de RNA, Inmunoterapia y Diagnóstico Avanzado frente a las Resistencias Antimicrobianas. END-RAM (PLEC2024-011123).

Proyecto financiado por el CDTI y la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Transmisiones de 2024 (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez

2. Título del proyecto: AMIR: Inmunoterapia avanzada basada en macrófagos para infecciones resistentes a antibióticos (CPP2024-011561)

Proyecto financiado por la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Retos 2025 (vigencia 2026-2028). IP: Isabela Alonso González.

3. Título del proyecto: Desarrollo y Estandarización de un Banco de fagos para el tratamiento de Infecciones Pulmonares crónicas producidas por Bacterias Multirresistentes (DEBIPhage) (COOP24CIII/00021).

Proyecto financiado por el ISCIIII en la convocatoria COOPERA-ISCIII (AESi 2024) (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez.

4. Título del proyecto: Estudio comprehensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalocarbapenemasas a nivel nacional: Proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25 (PI24CIII/00044)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2024 (vigencia 2025-2027). IPs: María Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias; coordinadora: Eva Ramírez de Arellano.

5. Título del proyecto: Phage Therapy An-persister strategy (PHAGES-An-PERS) (JPIAMR-ACTION 2024)

Proyecto financiado por la JPIAMR-Action 2024 (vigencia 2025-2027) IP: María del Mar Tomás Carmona (H.U. A Coruña). IP del CNM: Jesús Oteo Iglesias.

6. Título del proyecto: Improving surveillance of antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa in Europe (ISARPAE) (JPIAMR_NC_2022-021)

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024) IP: Antonio Oliver Palomo (H.U Son Espases de Palma de Mallorca). Investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/isarpae/#network-partners

7. Título del proyecto: Bridging of Antimicrobial resistance Surveillance systems In Community Settings across Europe (BASICS) (JPIAMR_NC_2022-020).

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024). IP: Olivier Lemenand; investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/basics/

8. Título del proyecto: La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM (PMP22/00092)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria de Medicina Personalizada y de Precisión 2022 (vigencia 2023-junio 2026). IP: Jesús Oteo Iglesias.

9. Título del proyecto: Impact of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in patients infected by SARS-CoV-2: Prevalence and genomic characterization (PI21CIII/00039)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2020 (vigencia 2022-2024, prorrogado hasta 2025). IPs: María Dolores Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias.

10. Título del proyecto: Impacto de la hospitalización en UCI en el microbioma y resistoma intestinal, estudio de cohorte observacional (2018-T1/BMD-11581)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2019-2023). IP: Silvia García Cobos.

11. Título del proyecto: Metatranscriptomics to investigate the functional gut microbiome and resistome in critically ill patients (2022-5A/BMD-24243)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2023-2024). IP: Silvia García Cobos.

12. Título del proyecto: PROTECT, Inhibidores de carbapenemasas: actividad frente a Enterobacterales productores de carbapenemasas, mecanismos e impacto en la evolución de la resistencia antimicrobiana (PI22/01212).

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AES 2022 (vigencia 2023-2025). IP: Jorge Arca Suarez. Investigador colaborador del grupo: Maria Belén Aracil.

13. Título del proyecto: Incidencia y caracterización genómica de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productores de carbapenemasas aislados en hospitales españoles: Proyecto multicéntrico nacional CARB-ES-2019 (PI18CIII/00030)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IP: Jesús Oteo Iglesias.

14. Título del proyecto: Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistente (MPY 380/18)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IPs: María Pérez Vázquez y Michael McConnelly

15. Aunque no se trata de proyectos de investigación con financiación competitiva al uso, caben destacar los estudios de vigilancia mediante WGS que el ECDC a través de su red EURGen-Net está llevando a cabo en los últimos años, y que se estructuran a través de redes nacionales; la subred española está coordinada desde el CNM-ISCIII por nuestro grupo.

15.1. ECDC genomic-based survey of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in Europe (CRAb). Inicio 2025. Coordinación española: Belén Aracil García y Jared Sotelo Tascón

15.2. ECDC genomic surveillance of carbapenem-resistant Enterobacterales 2025 (CRE25 survey). Inicio 2025. Coordinación española Belén Aracil García y Javier Cañada García.

Financiación activa:

1. STOPINFECTIONS: Desarrollo de la primera vacuna válida internacional contra la neumonía resistente a antibióticos. Convocatoria ​Retos de Colaboración 2019. Proyecto RTC 2019-007058-1 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033.  

2. AMREADY: Desarrollo y fabricación de vacunas como soluciones y preparación ante la crisis sanitaria mundial por la resistencia a antibióticos. Convocatoria Proyectos I+D+i en líneas estratégicas, en colaboración público-privada 2021. Número de expediente PLEC2021-008078. Proyecto PLEC2021-008078 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR.


 

3. TRANSVAC DS: Design Study for a European Vaccine R&D Infrastructure. (Unión Europea; Horizonte 2020) Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2022. 1.900.000 €.

4. Development of a multiepitope vaccine for the prevention of COVID-19. (CaixaImpulse Program) CF01-0002. IP: Michael McConnell. 2020-2020. 300.000 €.

5. NANOVAX: Desarrollo de nanopartículas funcionalizadas para mejorar la respuesta a vacunas frente a enfermedades infecciosas. (DTS19CIII/0007) Instituto de Salud Carlos III. IP: Michael McConnell. 2020-2021. 86.000 €.

6.  Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistentes. Instituto de Salud Carlos III (FIS). Co-IP: Michael McConnell. 2019-2021. 97.700 €.

7. Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-COV-2 en España. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 325.909 €.

8. Investigación para el desarrollo de vectores de expresión de antígenos de Actinobacillus pleuropneumonia. IP: Michael McConnell. 2019-2022. 11.000 €.

9. Investigación de anticuerpos frente a Acinetobacter baumannii. Co-IP Michael McConnell. 2018-2021. 40.400 €.

10. KapaVax: Development of a trivalent vaccine for the prevention of infection caused by Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae. CARB-X. IP (ISCIII): Michael McConnell. 2019-2021. 89.615 €.

11. Estudio de la cinética y reactividad de los anticuerpos neutralizantes en pacientes recuperados de COVID-19. Fundación Mutua Madrileña. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 80.000 €.

12. STOP-Coronavirus: factores clínicos, inmunológicos, genómicos, virológicos y bioéticos de COVID-19. (ISCIII: COV20-00181). 2020-2021. 1.200.000€.

13. Desarrollo de herramientas computacionales basadas en "big data" genómico para el diagnóstico de precisión de sepsis bacteriana. (MPY 509/19). IP: Javier Martín Galiano. 2020-2022- 74,400 €.​

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

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Alastruey-Izquierdo A, Alcazar-Fuoli L, Rivero-Menéndez O, Ayats J, Castro C, García-Rodríguez J, Goterris-Bonet L, Ibáñez-Martínez E, Linares-Sicilia MJ, Martin-Gomez MT, Martín-Mazuelos E, Pelaez T, Peman J, Rezusta A, Rojo S, Tejero R, Anza DV, Viñuelas J, Zapico MS, Cuenca-Estrella M; the FILPOP2 Project from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular Identification and Susceptibility Testing of Molds Isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 Study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Aug 27;62(9):e00358-18. doi: 10.1128/AAC.00358-18. PMID: 29941643; PMCID: PMC6125503.

Alastruey-Izquierdo A, Alcazar-Fuoli L, Rivero-Menéndez O, Ayats J, Castro C, García-Rodríguez J, Goterris-Bonet L, Ibáñez-Martínez E, Linares-Sicilia MJ, Martin-Gomez MT, Martín-Mazuelos E, Pelaez T, Peman J, Rezusta A, Rojo S, Tejero R, Anza DV, Viñuelas J, Zapico MS, Cuenca-Estrella M; the FILPOP2 Project from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular Identification and Susceptibility Testing of Molds Isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 Study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Aug 27;62(9):e00358-18. doi: 10.1128/AAC.00358-18. PMID: 29941643; PMCID: PMC6125503.

PUBMED DOI

Gonçalves SM, Lagrou K, Rodrigues CS, Campos CF, Bernal-Martínez L, Rodrigues F, Silvestre R, Alcazar-Fuoli L, Maertens JA, Cunha C, Carvalho A. Evaluation of Bronchoalveolar Lavage Fluid Cytokines as Biomarkers for Invasive Pulmonary Aspergillosis in At-Risk Patients. Front Microbiol. 2017 Nov 29;8:2362. doi:10.3389/fmicb.2017.02362. PMID: 29238334; PMCID: PMC5712575.

Gonçalves SM, Lagrou K, Rodrigues CS, Campos CF, Bernal-Martínez L, Rodrigues F, Silvestre R, Alcazar-Fuoli L, Maertens JA, Cunha C, Carvalho A. Evaluation of Bronchoalveolar Lavage Fluid Cytokines as Biomarkers for Invasive Pulmonary Aspergillosis in At-Risk Patients. Front Microbiol. 2017 Nov 29;8:2362. doi:10.3389/fmicb.2017.02362. PMID: 29238334; PMCID: PMC5712575.

PUBMED DOI

Alcazar-Fuoli L, Buitrago M, Gomez-Lopez A, Mellado E. An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains. Virulence. 2015;6(4):376-84. doi: 10.1080/21505594.2015.1025192. PMID: 26065322; PMCID: PMC4601236.

Alcazar-Fuoli L, Buitrago M, Gomez-Lopez A, Mellado E. An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains. Virulence. 2015;6(4):376-84. doi: 10.1080/21505594.2015.1025192. PMID: 26065322; PMCID: PMC4601236.

PUBMED DOI

Alcazar-Fuoli L, Cairns T, Lopez JF, Zonja B, Pérez S, Barceló D, Igarashi Y, Bowyer P, Bignell E. A modified recombineering protocol for the genetic manipulation of gene clusters in Aspergillus fumigatus. PLoS One. 2014 Nov 5;9(11):e111875. doi: 10.1371/journal.pone.0111875. PMID: 25372385; PMCID:PMC4221250.

Alcazar-Fuoli L, Cairns T, Lopez JF, Zonja B, Pérez S, Barceló D, Igarashi Y, Bowyer P, Bignell E. A modified recombineering protocol for the genetic manipulation of gene clusters in Aspergillus fumigatus. PLoS One. 2014 Nov 5;9(11):e111875. doi: 10.1371/journal.pone.0111875. PMID: 25372385; PMCID:PMC4221250.

PUBMED DOI

Bertuzzi M, Schrettl M, Alcazar-Fuoli L, Cairns TC, Muñoz A, Walker LA, Herbst S, Safari M, Cheverton AM, Chen D, Liu H, Saijo S, Fedorova ND, Armstrong-James D, Munro CA, Read ND, Filler SG, Espeso EA, Nierman WC, Haas H, Bignell EM. The pH-responsive PacC transcription factor of Aspergillus fumigatus governs epithelial entry and tissue invasion during pulmonary aspergillosis. PLoS Pathog. 2014 Oct 16;10(10):e1004413. doi: 10.1371/journal.ppat.1004413.

Bertuzzi M, Schrettl M, Alcazar-Fuoli L, Cairns TC, Muñoz A, Walker LA, Herbst S, Safari M, Cheverton AM, Chen D, Liu H, Saijo S, Fedorova ND, Armstrong-James D, Munro CA, Read ND, Filler SG, Espeso EA, Nierman WC, Haas H, Bignell EM. The pH-responsive PacC transcription factor of Aspergillus fumigatus governs epithelial entry and tissue invasion during pulmonary aspergillosis. PLoS Pathog. 2014 Oct 16;10(10):e1004413. doi: 10.1371/journal.ppat.1004413.

DOI

Yasmin S, Alcazar-Fuoli L, Gründlinger M, Puempel T, Cairns T, Blatzer M, Lopez JF, Grimalt JO, Bignell E, Haas H. Mevalonate governs interdependency of ergosterol and siderophore biosyntheses in the fungal pathogen Aspergillus fumigatus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Feb 21;109(8):E497-504. doi: 10.1073/pnas.1106399108. Epub 2011 Nov 21. PMID: 22106303; PMCID: PMC3286978.

Yasmin S, Alcazar-Fuoli L, Gründlinger M, Puempel T, Cairns T, Blatzer M, Lopez JF, Grimalt JO, Bignell E, Haas H. Mevalonate governs interdependency of ergosterol and siderophore biosyntheses in the fungal pathogen Aspergillus fumigatus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Feb 21;109(8):E497-504. doi: 10.1073/pnas.1106399108. Epub 2011 Nov 21. PMID: 22106303; PMCID: PMC3286978.

PUBMED DOI

Impaired Cytotoxic Response in PBMCs From Patients With COVID-19 Admitted to the ICU: Biomarkers to Predict Disease Severity.

Impaired Cytotoxic Response in PBMCs From Patients With COVID-19 Admitted to the ICU: Biomarkers to Predict Disease Severity. Vigón L, Fuertes D, García-Pérez J, Torres M, Rodríguez-Mora S, Mateos E, Corona M, Saez-Marín AJ, Malo R, Navarro C, Murciano-Antón MA, Cervero M, Alcamí J, García-Gutiérrez V, Planelles V, López-Huertas MR, Coiras M (AC). Front Immunol. 2021 May 26;12:665329. doi: 10.3389/fimmu.2021.665329. eCollection 2021. PMID: 34122423.

PUBMED DOI

Identification of Immunological Parameters as Predictive Biomarkers of Relapse in Patients with Chronic Myeloid Leukemia on Treatment-Free Remission

Identification of Immunological Parameters as Predictive Biomarkers of Relapse in Patients with Chronic Myeloid Leukemia on Treatment-Free Remission. Vigón L, Luna A, Galán M, Rodríguez-Mora S, Fuertes D, Mateos E, Piris-Villaespesa M, Bautista G, San José E, Rivera-Torres J, Steegmann JL, de Ory F, Pérez-Olmeda M, Alcamí J, Planelles V, López-Huertas MR, García-Gutiérrez V, Coiras M (AC). J Clin Med. 2020 Dec 25;10(1):42. doi: 10.3390/jcm10010042. PMID: 33375572.

PUBMED DOI

Cytotoxic cell populations developed during treatment with tyrosine kinase inhibitors protect autologous CD4+ T cells from HIV-1 infection

Cytotoxic cell populations developed during treatment with tyrosine kinase inhibitors protect autologous CD4+ T cells from HIV-1 infection. Vigón L, Rodríguez-Mora S, Luna A, Sandonís V, Mateos E, Bautista G, Steegmann JL, Climent N, Plana M, Pérez-Romero P, de Ory F, Alcamí J, García-Gutierrez V, Planelles V, López-Huertas MR, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2020 Dec;182:114203. doi: 10.1016/j.bcp.2020.114203. PMID: 32828803.

PUBMED DOI

Tyrosine Kinase Inhibition: a New Perspective in the Fight against HIV

Tyrosine Kinase Inhibition: a New Perspective in the Fight against HIV. Rodríguez-Mora S, Spivak AM, Szaniawski MA, López-Huertas MR, Alcamí J, Planelles V, Coiras M (AC). Curr HIV/AIDS Rep. 2019 Oct;16(5):414-422. doi: 10.1007/s11904-019-00462-5. PMID: 31506864. Review.

PUBMED DOI

Dasatinib protects humanized mice from acute HIV-1 infection

Dasatinib protects humanized mice from acute HIV-1 infection. Salgado M, Martinez-Picado J, Gálvez C, Rodríguez-Mora S, Rivaya B, Urrea V, Mateos E, Alcamí J, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2020 Apr;174:113625. doi: 10.1016/j.bcp.2019.113625. PMID: 31476293.

PUBMED DOI

Evaluation of resistance to HIV-1 infection ex vivo of PBMCs isolated from patients with chronic myeloid leukemia treated with different tyrosine kinase inhibitors.

Evaluation of resistance to HIV-1 infection ex vivo of PBMCs isolated from patients with chronic myeloid leukemia treated with different tyrosine kinase inhibitors. Bermejo M, Ambrosioni J, Bautista G, Climent N, Mateos E, Rovira C, Rodríguez-Mora S, López-Huertas MR, García-Gutiérrez V, Steegmann JL, Duarte R, Cervantes F, Plana M, Miró JM, Alcamí J, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2018 Oct;156:248-264. doi: 10.1016/j.bcp.2018.08.031. PMID: 30142322.

PUBMED DOI

Staphylococcus aureus Nasal Colonization in Spanish Children. The COSACO Nationwide Surveillance Study.

Staphylococcus aureus Nasal Colonization in Spanish Children. The COSACO Nationwide Surveillance Study. Del Rosal T, Méndez-Echevarría A, Garcia-Vera C, Escosa-Garcia L, Agud M, Chaves F, Román F, Gutierrez-Fernandez J, Ruiz de Gopegui E, Ruiz-Carrascoso G, Ruiz-Gallego MDC, Bernet A, Quevedo SM, Fernández-Verdugo AM, Díez-Sebastian J, Calvo C; COSACO Study Group.

PUBMED

Antimicrobial Resistance and Distribution of Staphylococcus spp. Pulsotypes Isolated from Goat and Sheep Bulk Tank Milk in Southern Spain

Antimicrobial Resistance and Distribution of Staphylococcus spp. Pulsotypes Isolated from Goat and Sheep Bulk Tank Milk in Southern Spain. Barrero-Domínguez B, Luque I, Galán-Relaño Á, Vega-Pla JL, Huerta B, Román F, Astorga RJ. Foodborne Pathog Dis. 2019 Oct;16(10):723-730. doi: 10.1089/fpd.2018.2593. Epub 2019 Jun 3.Foodborne Pathog Dis. 2019. PMID: 31157980

PUBMED

Prevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain

Prevalence of pSCFS7-like vectors among cfr-positive staphylococcal population in Spain. Nguyen LTT*, Román F*, Morikawa K, Trincado P, Marcos C, Rojo-Martín MD, Cafini F. Int J Antimicrob Agents. 2018 Aug;52(2):305-306.

PUBMED

Methodology for the Study of Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus.

Methodology for the Study of Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus. Cafini F, Thi Le Thuy N, Román F, Prieto J, Dubrac S, Msadek T, Morikawa K. J Vis Exp. 2017 Mar 10;(121).

PUBMED

Emergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis.

Emergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis. de Dios Caballero J, Pastor MD, Vindel A, Máiz L, Yagüe G, Salvador C, Cobo M, Morosini MI, del Campo R, Cantón R; GEIFQ Study Group. Antimicrob Agents Chemother. 2015 Dec 14;60(3):1878-82.

PUBMED

Molecular epidemiology of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Spain: 2004-12.

Molecular epidemiology of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Spain: 2004-12. Vindel A, Trincado P, Cuevas O, Ballesteros C, Bouza E, Cercenado E. J Antimicrob Chemother. 2014 Nov;69(11):2913-9.

PUBMED

Draft Genome Sequence of Strain SA_ST125_MupR of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST125, a Major Clone in Spain.

Draft Genome Sequence of Strain SA_ST125_MupR of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST125, a Major Clone in Spain. Barrado L, Viedma E, Vindel A, Otero JR, Chaves F. Genome Announc. 2013 Aug 8;1(4).

PUBMED

Detection of linezolid-resistant Staphylococcus aureus with 23S rRNA and novel L4 riboprotein mutations in a cystic fibrosis patient in Spain.

Detection of linezolid-resistant Staphylococcus aureus with 23S rRNA and novel L4 riboprotein mutations in a cystic fibrosis patient in Spain. Román F, Roldán C, Trincado P, Ballesteros C, Carazo C, Vindel A. Antimicrob Agents Chemother. 2013 May;57(5):2428-9.

PUBMED

9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Ca

9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Carmen M, Zakikhany K, Dyrdak R, Nielsen X, Madsen T, Paul J, Moore C, von Eije K, Piralla A, Carlier M, Vanoverschelde L, Poelman R, Anton A, López-Labrador FX, Pellegrinelli L, Keeren K, Maier M, Cassidy H, Derdas S, Savolainen-Kopra C, Diedrich S, Nordbø S, Buesa J, Bailly JL, Baldanti F, MacAdam A, Mirand A, Dudman S, Schuffenecker I, Kadambari S, Neyts J, Griffiths MJ, Richter J, Margaretto C, Govind S, Morley U, Adams O, Krokstad S, Dean J, Pons-Salort M, Prochazka B, Cabrerizo M, Majumdar M, Nebbia G, Wiewel M, Cottrell S, Coyle P, Martin J, Moore C, Midgley S, Horby P, Wolthers K, Simmonds P, Niesters H, Fischer TK. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol. 2018 Apr; 101:11-17. doi: 10.1016/j.jcv.2018.01.008. Epub 2018 Feb 6. PMID: 29414181.

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii. García-Quintanilla M, Caro-Vega JM, Pulido MR, Moreno-Martínez P, Pachón J, McConnell MJ. Antimicrob Agents Chemother. 2016 Jul 22;60(8):5076-9. doi: 10.1128/AAC.00407-16.

PUBMED

New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections.

4. Valero C, de la Cruz-Villar L, Zaragoza O, Buitrago MJ. New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections. J Clin Microbiol. 2016 Dec;54(12):2910-2918. doi: 10.1128/JCM.01580-16. Epub 2016 Sep 14. PMID: 27629898.

DOI

A Multiplex Real-Time PCR Assay for Identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in Samples from AIDS Patients with Opportunistic Pneumonia

6. Gago S, Esteban C, Valero C, Zaragoza O, Puig de la Bellacasa J, Buitrago MJ. A multiplex real-time PCR assay for identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in samples from AIDS patients with opportunistic pneumonia. J Clin Microbiol. 2014 Apr;52(4):1168-76. doi: 10.1128/JCM.02895-13. Epub 2014 Jan 29. PMID: 24478409.

PUBMED DOI

Analysis of strain relatedness using High Resolution Melting in a case of recurrent candiduria

7. Gago S, Lorenzo B, Gomez-Lopez A, Cuesta I, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. Analysis of strain relatedness using high resolution melting in a case of recurrent candiduria. BMC Microbiol. 2013 Jan 23;13:13. doi: 10.1186/1471-2180-13-13. PMID: 23343107.

PUBMED DOI

High-Resolution Melting Analysis for Identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii Complex

8. Gago S, Zaragoza Ó, Cuesta I, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Buitrago MJ. High-resolution melting analysis for identification of the Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii complex. J Clin Microbiol. 2011 Oct;49(10):3663-6. doi: 10.1128/JCM.01091-11. Epub 2011 Aug 10. PMID: 21832024.

PUBMED DOI

Performance of Panfungal- and Specific-PCR-Based Procedures for Etiological Diagnosis of Invasive Fungal Diseases on Tissue Biopsy Specimens with Proven Infection: a 7-Year Retrospective Analysis from a Reference Laboratory

9. Buitrago MJ, Bernal-Martinez L, Castelli MV, Rodriguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M Performance of panfungal--and specific-PCR-based procedures for etiological diagnosis of invasive fungal diseases on tissue biopsy specimens with proven infection: a 7-year retrospective analysis from a reference laboratory. J Clin Microbiol. 2014 May;52(5):1737-40. doi: 10.1128/JCM.00328-14. Epub 2014 Feb 26.PMID: 24574295.

PUBMED DOI

Epidemiología actual y diagnóstico de laboratorio de las micosis endémicas en España

11. Buitrago MJ, Cuenca-Estrella M. [Current epidemiology and laboratory diagnosis of endemic mycoses in Spain]. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012 Aug;30(7):407-13. doi: 10.1016/j.eimc.2011.09.014. Epub 2011 Nov 29. PMID: 22130575 Review. Spanish.

PUBMED DOI

A matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry reference database for the identification of Histoplasma capsulatum

12. Buitrago MJ, Bernal-Martínez L, Castelli MV, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M. Histoplasmosis and paracoccidioidomycosis in a non-endemic area: a review of cases and diagnosis. J Travel Med. 2011 Jan-Feb;18(1):26-33. doi: 10.1111/j.1708-8305.2010.00477.x. Epub 2010 Nov 28. PMID: 21199139.

PUBMED DOI

Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens

13. Valero C, Buitrago MJ, Gago S, Quiles-Melero I, García-Rodríguez J. A matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry reference database for the identification of Histoplasma capsulatum. Med Mycol. 2018 Apr 1;56 (3):307-314. doi: 10.1093/mmy/myx047. PMID: 28992262.

PUBMED DOI

Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens

14. Valero C, Buitrago MJ, Gits-Muselli M, Benazra M, Sturny-Leclère A, Hamane S, Guigue N, Bretagne S, Alanio A. Copy Number Variation of Mitochondrial DNA Genes in Pneumocystis jirovecii According to the Fungal Load in BAL Specimens. Front Microbiol. 2016 Sep 12;7:1413. doi: 10.3389/fmicb.2016.01413. eCollection 2016. PMID: 27672381.

PUBMED DOI

Identification of Off-Patent Compounds That Present Antifungal Activity Against the Emerging Fungal Pathogen Candida auris

2: de Oliveira HC, Monteiro MC, Rossi SA, Pemán J, Ruiz-Gaitán A, Mendes- Giannini MJS, Mellado E, Zaragoza O. Identification of Off-Patent Compounds That Present Antifungal Activity Against the Emerging Fungal Pathogen Candida auris. Front Cell Infect Microbiol. 2019 Apr 2;9:83. PMCID: PMC6454888.

PUBMED DOI

Cryptococcus neoformans can form titan-like cells in vitro in response to multiple signals

Trevijano-Contador N, de Oliveira HC, García-Rodas R, Rossi SA, Llorente I, Zaballos Á, Janbon G, Ariño J, Zaragoza Ó. Cryptococcus neoformans can form titan-like cells in vitro in response to multiple signals. PLoS Pathog. 2018 May 18;14(5):e1007007. PMCID: PMC6454888.

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Cell Wall Changes in Amphotericin B-Resistant Strains from Candida tropicalis and Relationship with the Immune Responses Elicited by the Host

5: Mesa-Arango AC, Rueda C, Román E, Quintin J, Terrón MC, Luque D, Netea MG, Pla J, Zaragoza O. Cell Wall Changes in Amphotericin B-Resistant Strains from Candida tropicalis and Relationship with the Immune Responses Elicited by the Host. Antimicrob Agents Chemother. 2016 Mar 25;60(4):2326-35. PMCID: PMC4808153.

PUBMED DOI

The production of reactive oxygen species is a universal action mechanism of Amphotericin B against pathogenic yeasts and contributes to the fungicidal effect of this drug

8: Mesa-Arango AC, Trevijano-Contador N, Román E, Sánchez-Fresneda R, Casas C, Herrero E, Argüelles JC, Pla J, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O. The production of reactive oxygen species is a universal action mechanism of Amphotericin B against pathogenic yeasts and contributes to the fungicidal effect of this drug. Antimicrob Agents Chemother. 2014 Nov;58(11):6627-38. PMCID: PMC4249417.

PUBMED DOI

Capsule Growth in Cryptococcus neoformans Is Coordinated with Cell Cycle Progression

9: García-Rodas R, Cordero RJ, Trevijano-Contador N, Janbon G, Moyrand F, Casadevall A, Zaragoza O. Capsule growth in Cryptococcus neoformans is coordinated with cell cycle progression. mBio. 2014 Jun 17;5(3):e00945-14. PMCID: PMC4056547.

PUBMED DOI

The interaction between Candida krusei and murine macrophages results in multiple outcomes, including intracellular survival and escape from killing

12: García-Rodas R, González-Camacho F, Rodríguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Zaragoza O. The interaction between Candida krusei and murine macrophages results in multiple outcomes, including intracellular survival and escape from killing. Infect Immun. 2011 Jun;79(6):2136-44. PMCID: PMC3125833.

PUBMED DOI

Fungal Cell Gigantism during Mammalian Infection

13: Zaragoza O, García-Rodas R, Nosanchuk JD, Cuenca-Estrella M, Rodríguez- Tudela JL, Casadevall A. Fungal cell gigantism during mammalian infection. PLoS Pathog. 2010 Jun 17;6(6):e1000945. PMCID: PMC2887474.

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Human IgM Inhibits the Formation of Titan-Like Cells in Cryptococcus neoformans

14: Trevijano-Contador N, Pianalto KM, Nichols CB, Zaragoza O, Alspaugh JA, Pirofski LA. Human IgM Inhibits the Formation of Titan-Like Cells in Cryptococcus neoformans. Infect Immun. 2020 Mar 23;88(4):e00046-20. PMCID: PMC7093138.

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The lymphocyte scavenger receptor CD5 plays a nonredundant role in fungal infection

15: Velasco-de-Andrés M, Català C, Casadó-Llombart S, Simões I, Zaragoza O, Carreras E, Lozano F. The lymphocyte scavenger receptor CD5 plays a nonredundant role in fungal infection. Cell Mol Immunol. 2020 Apr 24.

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Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

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Additional Information

Our group carries out research studies in the diagnosis, reference and epidemiology of zoonoses and emerging diseases, both indigenous and imported, caused by protozoa. Coordinates the study in the human field with the relevance of the animal field and the environment (One Health initiative), with special interest in Toxoplasmosis, a highly prevalent zoonosis (WHO lists it as the 3rd food-borne zoonosis in Europe), presents a complex epidemiological cycle and causes neurological, ocular and systemic symptoms. We carry out diagnostic and characterization studies of Toxoplasma gondii from human and animal cases, to obtain greater epidemiological information and analyze the possible relationship with virulence and pathology.

Cryptosporidium, Giardia, Blastocystis and Entamoeba histolytica cause gastrointestinal diseases, affecting children, immunosuppressed people and travelers. They can cause outbreaks.  We develop diagnostic and characterization studies of isolates from humans and animals, from different areas and countries, to establish the presence of the main species and genotypes and the epidemiological situation. We are beginning the study of associations between these parasites and the intestinal microbiota.

The pathogenic Free-Living Amoebas, Acanthamoeba, Naegleria fowleri and Balamuthia mandrillaris, cause emerging diseases, highlighting the importance of the environment in transmission. They cause underdiagnosed neurological and ocular cases. The diagnostic and genotyping study of human and animal isolates that we are carrying out aims to establish the real prevalence, transmission routes and epidemiology.

Our group carries out research studies in the diagnosis, reference and epidemiology of zoonoses and emerging diseases, both indigenous and imported, caused by protozoa. Coordinates the study in the human field with the relevance of the animal field and the environment (One Health initiative), with special interest in Toxoplasmosis, a highly prevalent zoonosis (WHO lists it as the 3rd food-borne zoonosis in Europe), presents a complex epidemiological cycle and causes neurological, ocular and systemic symptoms. We carry out diagnostic and characterization studies of Toxoplasma gondii from human and animal cases, to obtain greater epidemiological information and analyze the possible relationship with virulence and pathology.

Cryptosporidium, Giardia, Blastocystis and Entamoeba histolytica cause gastrointestinal diseases, affecting children, immunosuppressed people and travelers. They can cause outbreaks.  We develop diagnostic and characterization studies of isolates from humans and animals, from different areas and countries, to establish the presence of the main species and genotypes and the epidemiological situation. We are beginning the study of associations between these parasites and the intestinal microbiota.

The pathogenic Free-Living Amoebas, Acanthamoeba, Naegleria fowleri and Balamuthia mandrillaris, cause emerging diseases, highlighting the importance of the environment in transmission. They cause underdiagnosed neurological and ocular cases. The diagnostic and genotyping study of human and animal isolates that we are carrying out aims to establish the real prevalence, transmission routes and epidemiology.

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