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Investigación

Pneumococcus

Líneas de investigación

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Neumococos

Vigilancia epidemiológica de los serotipos y genotipos que causan enfermedad neumocócica invasiva (ENI) en España. Caracterización molecular de factores de virulencia de neumococo. Identificación y caracterización de proteínas de neumococo candidatas a vacuna. Evaluación de mecanismos de evasión de la respuesta inmune en Streptococcus pneumoniae. Impacto de los biofilms bacterianos en la persistencia del tracto respiratorio. Mecanismos de cronicidad de aislados clínicos de neumococo en pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica.

Proyectos de investigación

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1: Título del proyecto: Desarrollo de enzibióticos para combatir infecciones en pacientes con fibrosis quística provocadas por los patógenos Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus: CF-TREAT

Referencia: CPP2022-009574 / MPY 375/23

Agencia Financiadora: Agencia Estatal de Investigación. MICINN.

Fecha Inicio:    01/12/2023
Fecha Fin:    30/11/2026
Financiación: 238.938 Euros
Investigadores principales: Roberto Díez Martínez, José E. Yuste Lobo y Pilar García Suárez

 

2: Título del proyecto: Desarrollo de enzibióticos para combatir infecciones humanas producidas por Enterococcus faecium resistente a vancomicina (ANTI‐VRE).
Ayuda CPP2021-009054 financiada por Ministerio de Ciencia e Innovación

Investigadores principales: Roberto Díez Martínez, Jose Yuste Lobo y Mirian Domenech

Periodo: 18/11/2022 - 17/11/2025

Cuantía total: 231.455 €

3: Título del proyecto: Mecanismos de virulencia en patógenos respiratorios.
Entidad financiadora: Ministerio de Ciencia e Innovación, Agencia Estatal de Investigación (Convocatoria «Proyectos I+D+I» 2020 - Modalidades «Retos Investigación» y «Generación de Conocimiento»). Referencia: PID2020-119298RB-I00

Investigador principal: Jose Yuste Lobo

Periodo: 01/09/2021 - 30/08/2024

Cuantía total: 121.000 €

4: Título del proyecto: Efectividad de la vacuna antineumocócica conjugada 13-valente frente a la hospitalización por neumonía adquirida en la comunidad en adultos de 60 años o mayores, mediante un estudio de casos y controles modificado. Estudio CIBELES.

Investigadores principales: Jose Yuste Lobo y Ángel Gil de Miguel
Entidad financiadora: PFIZER. Referencia: MVP 249/20
Periodo: 23/02/2021 - 22/02/2025
Cuantía total: 168.000 €

5: Título del proyecto: Evolution of Invasive Pneumococcal Disease in Spain with special focus on the pathogenesis of serotypes 3, 8, 11A, 19A, 22F and 33F. Investigadores principales: Jose Yuste Lobo y Mirian Domenech.
Entidad financiadora: Merck Sharp & Dohme USA. Referencia: MVP 132/21
Período: 16/06/2021 - 15/12/2023
Cuantía total: 157.448€

6: Título del proyecto: Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram-positivas causantes de enfermedad respiratoria y bacteriemia
Investigador principal: Jose Yuste Lobo
Entidad financiadora: MINECO. Referencia: SAF2017-83388-R
Periodo: 31/12/2017 - 30/06/2021
Cuantía total: 145.200 €

7: Título del proyecto: Characterization of susceptibility to cefditoren investigating penicillin resistant clinical isolates of Streptococcus pneumoniae.
Investigadores: Jose Yuste Lobo y Mirian Domenech Lucas
Entidad financiadora: Tedec Meiji Farma, S.A. Referencia: MVP 119/20
Periodo: 11/07/2020 – 10-07-2022
Cuantía total: 76.517 €

8: Título del proyecto: Impact of clinical isolates of serotypes 22F and 33F in the epidemiology and pathogenesis of Streptococcus pneumoniae.
Investigador principal: Jose Yuste Lobo
Entidad financiadora: Merck Sharp & Dohme España, S.A. Referencia: MVE 213/18
Periodo: 10/05/2018 - 30/05/2021
Cuantía total: 157.604 €

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Fernandez-Garcia MD, Volle R, Joffret ML, Sadeuh-Mba SA, Gouandjika-Vasilache I, Kebe O, Wiley MR, Majumdar M, Simon-Loriere E, Sakuntabhai A, Palacios G, Martin J, Delpeyroux F, Ndiaye K, Bessaud M. Genetic Characterization of Enterovirus A71 Circulating in Africa.

Fernandez-Garcia MD, Volle R, Joffret ML, Sadeuh-Mba SA, Gouandjika-Vasilache I, Kebe O, Wiley MR, Majumdar M, Simon-Loriere E, Sakuntabhai A, Palacios G, Martin J, Delpeyroux F, Ndiaye K, Bessaud M. Genetic Characterization of Enterovirus A71 Circulating in Africa. Emerg Infect Dis. 2018 Apr;24(4):754-757. doi: 10.3201/eid2404.171783. PMID: 29553325; PMCID: PMC5875259.

Leon KE, Schubert RD, Casas-Alba D, Hawes IA, Ramachandran PS, Ramesh A, Pak JE, Wu W, Cheung CK, Crawford ED, Khan LM, Launes C, Sample HA, Zorn KC, Cabrerizo M, Valero-Rello A, Langelier C, Muñoz-Almagro C, DeRisi JL, Wilson MR. Genomic and serologic characterization of enterovirus A71 brainstem encephalitis. Neurol Neuroimmunol Neuroinflamm. 2020

Leon KE, Schubert RD, Casas-Alba D, Hawes IA, Ramachandran PS, Ramesh A, Pak JE, Wu W, Cheung CK, Crawford ED, Khan LM, Launes C, Sample HA, Zorn KC, Cabrerizo M, Valero-Rello A, Langelier C, Muñoz-Almagro C, DeRisi JL, Wilson MR. Genomic and serologic characterization of enterovirus A71 brainstem encephalitis. Neurol Neuroimmunol Neuroinflamm. 2020 Mar 5;7(3):e703. doi: 10.1212/NXI.0000000000000703. PMID: 32139440; PMCID: PMC7136061.

González-Sanz R, Casas-Alba D, Launes C, Muñoz-Almagro C, Ruiz-García MM, Alonso M, González-Abad MJ, Megías G, Rabella N, Del Cuerpo M, Gozalo-Margüello M, González-Praetorius A, Martínez-Sapiña A, Goyanes-Galán MJ, Romero MP, Calvo C, Antón A, Imaz M, Aranzamendi M, Hernández-Rodríguez Á, Moreno-Docón A, Rey- Cao S, Navascués A, Otero A, Cabrerizo M. Molecular epidemiology of an enterovirus A71 outbreak associated with severe neurological disease, Spain, 2016. Euro Surveill. 2019

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Spanish Afp Surveillance Working Group. Acute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years' experience, Spain, 1998 to 2015. Euro Surveill.

Spanish Afp Surveillance Working Group. Acute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years' experience, Spain, 1998 to 2015. Euro Surveill. 2018 Nov;23(47):1700423. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.47.1700423. PMID: 30482263; PMCID: PMC6341937.

Molecular Epidemiology of Human Parechoviruses in Children With Acute Respiratory Infection in Spain

M Cabrerizo*, C Calvo, G Trallero, ML García-García, M Arroyas, V Sánchez, F Pozo, I Casas. Molecular epidemiology of human parechoviruses children with acute respiratory infection in Spain. Pediatric Infect Dis J 32:802-3 (2013).

PUBMED DOI

Identification of novel Betaherpesviruses in iberian bats reveals parallel evolution

Pozo F, Juste J, Vázquez-Morón S., Aznar-López C, Ibáñez C, Garin I, Aihartza J, Casa I, Tenorio A, Echevarría JE. Identification of novel Betaherpesviruses in iberian bats reveals parallel evolution. PLoS ONE. 2016. 11(12): e0169153. doi:10.1371/journal.pone.0169153

PUBMED DOI

Detection of Rhabdovirus viral RNA in oropharyngeal swabs and ectoparasites of Spanish bats

Aznar C, Vazquez-Moron S, Martson D, Juste J, Ibáñez C, Berciano JM, Salsamendi E, Aihartza J, Banyard AC, McElhinney L, Fooks AR, Echevarria JE. Detection of Rhabdovirus viral RNA in oropharyngeal swabs and ectoparasites of Spanish bats. Journal of General Virology. 2013. 94: 69-75.

PUBMED DOI

Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015

Gavilán AM, Fernández-García A*, Rueda A, Castellanos A, Masa J, López-Perea N, Torres de Mier MV, de Ory F, Echevarría JE. Non-coding sequences reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. Eurosurveillance,2018, 23(15): 1-8. *Corresponding author.

PUBMED DOI

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List of staff

Información adicional

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).

During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).

Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).

During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia).  He also belongs or has belonged to different national and international committees:  Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.

In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally. ​​​​​

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

 Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

 Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr
​ Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

 Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex
​ Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer
​ Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

 Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP
​ Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias
​ Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS
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