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Investigation

Pneumococcus

Research Lines

Content with Investigacion Patogénesis e inmunidad viral .

Patogénesis e inmunidad viral

A) Desarrollo de metodología point of care frente a hepatitis virales en el reservorio del VIH

El tratamiento precoz de las hepatitis virales reduce el deterioro progresivo del hígado y evita el trasplante hepático. Resulta esencial disponer de métodos diagnóstico rápido, sencillos y coste-efectivos, para el cribado, en la vigilancia epidemiológica y el diagnóstico virológico temprano de enfermedades virales hepáticas. Línea de investigación llevada a cabo en colaboración con el Dr. Ricardo Madrid (BioAssays S.L).​

B) Impacto de la coinfección y eliminación de las hepatitis virales en el reservorio del VIH

La coinfección por el VHC impacta en el reservorio del VIH, principal obstáculo para eliminar esta infección. Se realizan distintos abordajes del estudio del reservorio del VIH en pacientes VIH+ con distinta exposición al VHC, y tras su eliminación espontánea o con antivirales de acción directa, con el objetivo de identificar y proponer nuevas estrategias de eliminación/curación del VIH. Esta línea de Investigación se desarrolla en el seno del Grupo Multidisciplinar COVIHEP (COinfección por VIH y HEPatitis). 

C) Identificación de marcadores de senescencia inducida por virus y estrategias paliativas​

Las infecciones virales inducen una senescencia acelerada cuyo impacto afecta a la evolución de la enfermedad y a posibles comorbilidades. Nuestro objetivo es profundizar en los mecanismos que desencadenan la inmunosenescencia y estrés oxidativo asociado a infecciones virales e identificar nuevas estrategias terapéuticas que palien el envejecimiento prematuro en estos pacientes.

D) Impacto de SARS-CoV-2 en la infección por el VIH y hepatitis virales

Se desconocen las complicaciones a largo plazo de la infección por SARS-CoV-2 en personas que viven con VIH y/o hepatitis virales que podrían experimentar un desarrollo clínico de la enfermedad más desfavorable. La identificación de biomarcadores de gravedad no invasivos (como en sangre/plasma) resulta de especial interés en estos pacientes.

E) Origen y Epidemiología de la enfermedad hepática

​Estudio del origen y la dinámica de transmisión espacio-temporal de los virus hepáticos, clave para el entendimiento de su evolución y propagación, así como en el análisis de la carga global de las enfermedades, lo que podría ayudar a desarrollar programas de Salud Pública encaminados a prevenir y frenar su transmisión.

F) Impacto de la viremia de bajo grado del VIH

Se desconoce tanto el origen como los mecanismos de la viremia de bajo grado, presente entre el 3 y 16% que las personas que viven con VIH. Su presencia podría desembocar en un mayor riesgo de sufrir comorbilidades relacionadas con enfermedades cardiovasculares, cáncer y trastornos metabólicos.

G) Calidad del aire y su impacto en poblaciones vulnerables

La contaminación del aire agrava las patologías infecciosas y la salud cardiovascular y respiratoria. La evolución de la enfermedad en personas con enfermedades crónicas con VIH y hepatitis puede verse agravada tras la inhalación continua de contaminantes ambientales. Línea de investigación llevada a cabo en colaboración con el CNSA y el CNE del ISCIII.

H) Coinfección por VHE y protistas entéricos en el reservorio humano y animal: vigilancia e investigación

La coinfección entre virus y protistas entéricos podría influir en la cotransmisión y patogenicidad de dichas especies. Línea de investigación, bajo el concepto “One Health” que se centra en la vigilancia y estudio de la coinfección del VHE y protistas entéricos. Colaboración con el grupo multidisciplinar COHEPROEN (COinfección HEpatitis y PROtistas ENtéricos). ​

Research projects

Content with Investigacion Patogénesis e inmunidad viral .

A)   Proyectos de investigación financiados en los últimos 10 años

  • Como investigadora principal

1. Impact of long-tem HCV eradication on HIV infection: integration of Immune-virologic HIV markers, host transcriptome, and plasma microbiome data. Ministerio de Ciencia (Proyectos de Generación de Conocimiento 2021). Expediente: PID2021-126781OB-I00 financiado por por MICIU/AEI /10.13039/501100011033 y por FEDER, UE Septiembre 2022 - agosto 2025. 157.300€.

2. Identificación de biomarcadores inmunológicos asociados a las infecciones virales crónicas hepatitis C y VIH relacionados con la infección por SARS-COV-2 y su pronóstico. Consejo de Educación e Investigación. Comunidad de Madrid. Doctorados Industriales. Expediente: IND2020/BMD-17373. 2021-2024. 150.000€.

3. Impacto de la erradicación y aclaramiento del VHC con los nuevos antivirales de acción directa, en pacientes coinfectados VIH/VHC en el reservorio VIH en sangre periférica y sistema inmune. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI18CIII/00020. 2019-2021. 154.000€. 

4. Desarrollo de un sistema de diagnóstico in vitro para la determinación del virus de la Hepatitis C mediante nanosondas. Organismo Financiador: Comunidad Autónoma de Madrid. Doctorados Industriales. Expediente: IND2017/BMD­7683. 2018-2020. 128.000€. 

5. Validación preclínica de un nuevo método de diagnóstico in vitro para la determinación de la infección por el virus de la hepatitis C en humanos. Organismo financiador: BioAssays SL. Expediente: MVP-325/19. 2019-2023. 193.400€. 

6. Estudio del reservorio VIH en sangre periférica y su relación con la infección por VHC, sistema inmune y perfil de microARNs. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI15CIII/00031. 2016-2018. 154.000€.

7. Development of a cell-based assay to characterize resistance mutations and drug susceptibility to protease inhibitors against hepatitis C virus and evaluation in vivo as predictors of failure. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: CP13/00098. 2014-2016. 120.000€.

  • ​Como investigadora asociada

1. URBANOME (Urban Observatory for Multi-participatory Enhancement of Health and Wellbeing). IP: Saúl García Dos Santos-Alves. Agencia Financiadora: Horizon 2020 H2020-SC1-BHC-2018-2020 / H2020-SC1-2020-Two-Stage-RTDework. Call topic: Innovative actions for improving urban health and wellbeing - addressing environment, climate and socioeconomic factors". Expediente: 945391. 01/04/2021 - 01/04/2025. 268.000 €.

2. Antibiotics, hormones, persistent and mobile organic contaminants and pathogens, the complex mixture in agriculture and livestock scenario. Risk to health or natural attenuation? (Nat4Health). IP: Ana de Santiago y Raffaella Meffe. Agencia Financiadora: Ministerio de ciencia e Innovación. Convocatoria: Proyectos I+D+i 2020. Modalidad: Retos Investigación. Expediente: PID2020-118521RB-I00. 01/09/2021 - 01/09/2025. 170.000 €.

3. Inmunopatogenía del VIH. Red Temática De Investigación Cooperativa (RIS). Expediente: RD16CIII/00025. IP: Salvador Resino. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2017-06/03/2022. 250.000 €.

4. Efectos de la erradicación del VHC en pacientes con cirrosis avanzada por VHC. Una aproximación traslacional. Investigador principal: Salvador Resino García. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI14/CIII/00011. 2016-2018. 154.000 €.

5. Desarrollo y mecanismo de acción de dendrímeros como microbicidas para frenar la infección por el VIH por transmisión sexual (vaginal y anal): prueba de concepto. IP: Mª Angeles Muñoz Fernández. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI13/02016. 2014-2016. 180.000 €.

6. Peptides-associated dendrimers in dendritic cells for the development of new nano-HIV vaccines. DENPEPTHIV. EuroNanoMed. IP: Mª Angeles Muñoz Fernández. Organismo financiador: Instituto de Salud Carlos III. Proyectos al amparo del Espacio Europeo de Investigación dentro del VII Programa Europeo. FP7 Cooperation Work Programme: Health-2010. Expediente: PS09102669. 2010-2013. 220.000 €.

Publications

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Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection

9. Nicole Espy; Unai Pérez-Sautu; Eva Ramírez de Arellano; Anabel Negredo; MR Wiley; S Bavari; Marta Díaz Manéndez; María Paz Sánchez-Seco; Gustavo Palacios. Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection. J Infect Dis. 217 - 12, pp. 1952 - 1956. 25/05/2018.

PUBMED DOI

Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain.

10. M Mora-Rillo, M Arsuaga, G Ramírez-Olivencia, F de la Calle, A M Borobia, P Sánchez-Seco, M Lago, J C Figueira, B Fernández-Puntero, A Viejo, A Negredo, C Nuñez, E Flores, A J Carcas, V Jiménez-Yuste, F Lasala, A García-de-Lorenzo, F Arnalich, J R Arribas, for the La Paz-Carlos III University Hospital Isolation Unit. Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain. Lancet Respir Med. 3-7, pp:554-562. 31/05/2015

PUBMED DOI

Viral infections of the central nervous system in Spain: a prospective study.

1. F. de Ory, A. Avellón, J.E. Echevarría, M.P. Sánchez-Seco, G. Trallero, M. Cabrerizo, I. Casas, F. Pozo, G. Fedele, D. Vicente, M. J. Pena, A. Moreno, J. Niubo, N. Rabella, G. Rubio, M. Pérez Ruiz, M. Rodríguez-Iglesias, C. Gimeno, J.M. Eiros, S. Melón, M. Blasco, I. López-Miragaya, E. Varela, A. Martinez-Sapiña, G. Rodríguez, M.Á. Marcos, M.I. Gegúndez, G. Cilla, I. Gabilondo, J.M. Navarro, J. Torres, C. Aznar, A. Castellanos, M.E. Guisasola, A.I. Negredo, A. Tenorio, S. Vázquez-Morón (2013). Viral Infections of the Central Nervous System in Spain: a prospective Study. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 554-562.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM

2. F. de Ory, T. Minguito, J.E. Echevarría, M.M. Mosquera, A. Fuertes (2014). Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM. APMIS 122: 223-229.

PUBMED DOI

Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM.

3. F. de Ory, T. Minguito, P. Balfagón, J.C. Sanz (2015). Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM. APMIS, 123: 648-651.

PUBMED DOI

First case of imported Zika virus infection in Spain

4. P. Bachiller-Luque, M. Dominguez-Gil-González, J. Alvarez-Manzanares, A. Vázquez, F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco Fariñas (2016). First case of Zika virus infection imported to Spain (original breve). ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA, 34: 243-246.

PUBMED DOI

Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

PUBMED DOI

Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG.

7. F. de Ory, M.E. Guisasola, P. Balfagón, J.C. Sanz. 2018. Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS; 32:e22203.

PUBMED DOI

Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015.

8. A.M. Gavilán, A. Fernández-García, A. Rueda, A. Castellanos, J. Masa-Calles, N. López-Perea, M.V. Torres de Mier, F. de Ory, J.E. Echevarría. 2018. Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. EUROSURVEILLANCE, 2018;23(15):pii=17-00349.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM.

9. F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco, A. Vázquez, M.D. Montero, E. Sulleiro, M.J. Martinez, L. Matas, F.J. Merino, and Working Group for the Study of Zika Virus Infections (WGSZVI). 2018. Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM. VIRUSES 10, 379

PUBMED DOI

Measles virus genotype D4 strains with non-standard genome lengths circulated during the large outbreaks in Spain in 2011-2012

10. H. Gil, A. Fernández-García, M.M. Mosquera, J.M. Hübschen, A. Castellanos, F. de Ory, J. Masa, J.E. Echevarria. 2018. Measles virus genotype D4 strains with non-standard length M-F non-coding region circulated during the major outbreaks of 2011-2012 in Spain. PLOS ONE July 16, 2018.

PUBMED DOI

Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms

• Muñoz-Chimeno M, Rodríguez-Paredes V, García-Lugo MA, Avellón A. Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms. Front Microbiol. 2022 Oct 6;13:1011662.

PUBMED DOI

Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267

PUBMED DOI

Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder.

• Muñoz-Chimeno M, Cenalmor A, García-Lugo MA, Hernandez M, David Rodríguez-Lazaro D, Avellón A. Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder. Microorganisms. 2020 Sep 15;8(9):1417.

PUBMED DOI

Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection.

• Avellón A, Ala A, Diaz A, Domingo D, González R, Hidalgo L, Kooner L, Loganathan S, Martin D, McPherson S, Muñoz-Chimeno M, Ryder S, Gabrielle Slapak G, Ryan P, Valbuena M, Kennedy PT. Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection. J Med Virol. 2020 Apr 9.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019.

• Muñoz-Chimeno M, Bartúren S, García-Lugo MA, Morago L, Rodríguez A, Galán JC, Pérez-Rivilla A, Rodríguez M, Millán R, Del Álamo M, Alonso R, Molina L, Aguinaga A, Avellón A. Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019. Euro Surveill. 2022 Jun;27(23):2100542.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe

• Adlhoch C, Avellón A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér A, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16.

PUBMED DOI

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit

2. Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.

PUBMED DOI

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.

3. Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.

PUBMED DOI

List of staff

Additional Information

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).

During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).

Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).

During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia).  He also belongs or has belonged to different national and international committees:  Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.

In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally. ​​​​​

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr

Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS