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Investigación

Mycobacteria

Líneas de investigación

Content with Investigacion Micobacterias .

Micobacterias

• Estudio taxonómico.

• Estudio de la sensibilidad fenotípica a nuevos fármacos antituberculosos.

• Análisis de las bases moleculares de la resistencia a fármacos antituberculosos.

• Epidemiología molecular de la tuberculosis. • Desarrollo de nuevos métodos de identificación y detección de resistencias en micobacterias.

 

​La tuberculosis (TB) es una enfermedad infecciosa, provocada por un grupo de micobacterias incluidas en el grupo Mycobacterium tuberculosis complex, que puede afectar tanto al hombre como a los animales. Se caracteriza por la formación de tubérculos o nódulos en los tejidos infectados. Su trasmisión es por vía aérea, pero puede afectar a diferentes órganos del cuerpo.
La TB fue declarada emergencia sanitaria mundial por la Asamblea de la Organización Mundial de la Salud (OMS) en el año 1991 y continúa siendo una de las enfermedades infecciosas con mayor incidencia y tasa de mortalidad. Un tercio de la población mundial está infectada, constituyendo el reservorio de la enfermedad. En el año 2019 se estimó que 10 millones de personas contrajeron la enfermedad con 1,2 millones de fallecimientos. En España, el Plan Nacional para la Prevención y Control de la TB fue aprobado en 2019. Recoge los desafíos actuales que giran en torno a la detección precoz de la enfermedad, la realización de estudios de sensibilidad a todas las cepas aisladas, la mejora en el cumplimiento del tratamiento, la realización de estudios de contactos y la aplicación de marcadores epidemiológicos para la detección de brotes.
La aparición de cepas resistentes representa una amenaza para los planes de control y erradicación propuestos por la OMS. La TB multirresistente (MDR) causada por cepas resistentes al menos a Isoniacida y Rifampicina (los fármacos más activos frente a M. tuberculosis complex), requieren para su tratamiento drogas alternativas menos eficaces y peor toleradas, implicando regímenes terapéuticos más prolongados, aumentando la toxicidad y reduciendo las probabilidades de curación. En 2019 se estimó que más de medio millón de personas desarrollaron una TB causada por cepas MDR-TB. La OMS los términos pre-XDR para la TB pre-extemadamente resistente (causada por cepas MDR-TB que además son resistentes a Quinolonas), y XDR (cepas MDR-TB que son resistentes a cualquier Quinolona y al menos a Linezolid o Bedaquilina). Estas cepas producen una TB de muy difícil tratamiento, con escasa probabilidad de curación y terapias muy costosas que agravan el problema de la TB.
Las micobacterias no tuberculosas (MNT) son bacterias ubicuas que se encuentran en el medio ambiente siendo éste su reservorio y la fuente de infección. Taxonómicamente las MNT forman un grupo de especial complejidad por el gran número de especies y por la diversidad biológica entre ellas, que se traduce en una elevada heterogeneidad intraespecífica tanto fenotípica como genotípica, lo que hace que por economía, rentabilidad y organización el Centro Europeo de Control de Enfermedades (ECDC) recomiende la centralización de las labores de identificación y estudios de sensibilidad en laboratorios con un alto grado de especialización y que dispongan de las medidas de bioseguridad adecuadas para el manejo de estas cepas.
El número de casos causado por estas micobacterias, ha sufrido un aumento muy importante en la última década, al utilizar medios de cultivo mejor diseñados para su aislamiento, al uso de técnicas quirúrgicas más agresivas que favorecen la infección por bacterias oportunistas, la utilización de fármacos inmunosupresores, la mayor supervivencia de los pacientes con inmunodeficiencias y, sobre todo a la aparición del VIH.

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López D, García-Peydró M. “Immunoinformatics lessons on the current COVID-19 pandemic and future coronavirus zoonoses”. Frontiers in Immunology 14:1118267 (2023).

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Predicted HLA Class I and Class II Epitopes From Licensed Vaccines Are Largely Conserved in New SARS-CoV-2 Omicron Variant of Concern.

López, D. 2022. Predicted HLA Class I and Class II Epitopes From Licensed Vaccines Are Largely Conserved in New SARS-CoV-2 Omicron Variant of Concern. Front Immunol. 13:832889.

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Garcia-Arriaza, J., M. Esteban, and D. López. 2021

Garcia-Arriaza, J., M. Esteban, and D. López. 2021. Modified Vaccinia Virus Ankara as a Viral Vector for Vaccine Candidates against Chikungunya Virus. Biomedicines. 9.

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Cross-Recognition of SARS-CoV-2 B-Cell Epitopes with Other Betacoronavirus Nucleoproteins

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Abundance, Betweenness Centrality, Hydrophobicity, and Isoelectric Points Are Relevant Factors in the Processing of Parental Proteins of the HLA Class II Ligandome.

Lorente, E., A. J. Martín-Galiano, D. M. Kadosh, A. Barriga, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2022. Abundance, Betweenness Centrality, Hydrophobicity, and Isoelectric Points Are Relevant Factors in the Processing of Parental Proteins of the HLA Class II Ligandome. J.Proteome.Res. 21:164-171.

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López, D. 2022. Prediction of Conserved HLA Class I and Class II Epitopes from SARS-CoV-2 Licensed Vaccines Supports T-Cell Cross-Protection against SARS-CoV-1. Biomedicines. 10.

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Predicted Epitope Abundance Supports Vaccine-Induced Cytotoxic Protection Against SARS-CoV-2 Variants of Concern.

Martín-Galiano, A. J., F. Diez-Fuertes, M. J. McConnell, and D. López. 2021. Predicted Epitope Abundance Supports Vaccine-Induced Cytotoxic Protection Against SARS-CoV-2 Variants of Concern. Front Immunol. 12:732693.

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de la Sota, P. G., E. Lorente, L. Notario, C. Mir, O. Zaragoza, and D. López. 2021. Mitoxantrone Shows In Vitro, but Not In Vivo Antiviral Activity against Human Respiratory Syncytial Virus. Biomedicines. 9.

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Lorente, E., M. Marcilla, P. G. de la Sota, A. Quijada-Freire, C. Mir, and D. López. 2021. Acid Stripping after Infection Improves the Detection of Viral HLA Class I Natural Ligands Identified by Mass Spectrometry. Int.J.Mol.Sci. 22.

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Redondo-Anton, J., M. G. Fontela, L. Notario, R. Torres-Ruiz, S. Rodriguez-Perales, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2020. Functional Characterization of a Dual Enhancer/Promoter Regulatory Element Leading Human CD69 Expression. Front Genet. 11:552949.

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Lorente, E., E. Barnea, C. Mir, A. Admon, and D. López. 2020. The HLA-DP peptide repertoire from human respiratory syncytial virus is focused on major structural proteins with the exception of the viral polymerase. J Proteomics. 221:103759.

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Lorente, E., M. G. Fontela, E. Barnea, A. J. Martín-Galiano, C. Mir, B. Galocha, A. Admon, P. Lauzurica, and D. López. 2020. Modulation of Natural HLA-B*27:05 Ligandome by Ankylosing Spondylitis-associated Endoplasmic Reticulum Aminopeptidase 2 (ERAP2). Mol.Cell Proteomics. 19:994-1004.

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Marquez, A., M. Gomez-Fontela, S. Lauzurica, R. Candorcio-Simon, D. Munoz-Martín, M. Morales, M. Ubago, C. Toledo, P. Lauzurica, and C. Molpeceres. 2020. Fluorescence enhanced BA-LIFT for single cell detection and isolation. Biofabrication. 12:025019.

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Lorente, E., C. Palomo, E. Barnea, C. Mir, V. M. Del, A. Admon, and D. López. 2019a. Natural Spleen Cell Ligandome in Transporter Antigen Processing-Deficient Mice. J.Proteome.Res. 18:3512-3520.

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Lorente, E., J. Redondo-Anton, A. Martín-Esteban, P. Guasp, E. Barnea, P. Lauzurica, A. Admon, and J. A. López de Castro. 2019. Substantial Influence of ERAP2 on the HLA-B*40:02 Peptidome: Implications for HLA-B*27-Negative Ankylosing Spondylitis. Mol.Cell Proteomics. 18:2298-2309.

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Brait, V. H., F. Miro-Mur, I. Perez-de-Puig, L. Notario, B. Hurtado, J. Pedragosa, M. Gallizioli, F. Jimenez-Altayo, M. Arbaizar-Rovirosa, A. Otxoa-de-Amezaga, J. Monteagudo, M. Ferrer-Ferrer, l. R. de, X, E. Bonfill-Teixidor, A. Salas-Perdomo, A. Hernandez-Vidal, P. Garcia-de-Frutos, P. Lauzurica, and A. M. Planas. 2019. CD69 Plays a Beneficial Role in Ischemic Stroke by Dampening Endothelial Activation. Circ.Res. 124:279-291.

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DOI

López, D., A. Barriga, E. Lorente, and C. Mir. 2019. Immunoproteomic Lessons for Human Respiratory Syncytial Virus Vaccine Design. J.Clin.Med. 8.

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PUBMED DOI

Lorente, E., A. Barriga, E. Barnea, C. Palomo, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2019. Immunoproteomic analysis of a Chikungunya poxvirus-based vaccine reveals high HLA class II immunoprevalence. PLoS.Negl.Trop.Dis. 13:e0007547.

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Computational characterization of the peptidome in transporter associated with antigen processing (TAP)-deficient cells.

Martin-Galiano, A. J. and Lopez, D. (2019) Computational characterization of the peptidome in transporter associated with antigen processing (TAP)-deficient cells. PLoS.ONE. 14, e0210583.

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Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells.

Lorente, E., Martin-Galiano, A. J., Barnea, E., Barriga, A., Palomo, C., Garcia-Arriaza, J., Mir, C., Lauzurica, P., Esteban, M., Admon, A., and Lopez, D. (2019) Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells. J.Proteome.Res. 18(9):3512-3520

PUBMED DOI

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Información adicional

• Taxonomic study. Objective: Association of already described species to new clinical processes. Description of new bacterial species. 

• Sensitivity studies against new antituberculous drugs: Objective: To evaluate the antimicrobial activity of new compounds for human use in clinical strains of Mycobacterium tuberculosis and in other species of non-tuberculous mycobacteria, for subsequent application in the treatment of these infections. 

• Molecular epidemiology of tuberculosis. Objectives: Molecular characterization of the members of the M. tuberculosis complex. Transmission studies with special surveillance of MDR/XDR tuberculosis. 

• Development of new methods of identification and detection of resistance in mycobacteria. Objectives: Optimization and development of molecular techniques for the diagnosis and detection of resistance.

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