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Investigation
AIDS Immunopathology
Research Lines
Content with Investigacion .
Hepatitis
- Diseño de métodos diagnósticos para el estudio de los virus de las hepatitis (VH) A, B, C, D, E: Diseñamos sistemas de PCR para su detección y caracterización.
- Evaluación de métodos diagnósticos de los VH. Colaboramos con empresas para estudios de sensibilidad y especificidad de equipos diagnósticos.
- Estudios de Seroprevalencia de los virus de las hepatitis.
- Epidemiología genómica de genomas completos de VHA, VHB, VHC, VHD y VHE en colaboración con el ECDC. Estudios de trazabilidad del VHE.
- Caracterización molecular de virus de las hepatitis mediante secuenciación masiva: a) VHB: mutantes de escape HBsAg (prevalencia y efectos en la detección del HBsAg). Estudio de mutaciones en epítopos de estimulación inmune y mutaciones asociadas a evolución clínica desfavorable.
- b) VHC: resistencias a los antivirales de acción directa. Análisis molecular de subtipos poco frecuentes.
c) Estudios filogenéticos del VHD.
d) Análisis genómico del VHE.
e) Investigación etiológica de hepatitis no filiadas mediante estudios de metagenómica.
- b) VHC: resistencias a los antivirales de acción directa. Análisis molecular de subtipos poco frecuentes.
Research projects
Content with Investigacion .
1. Proyecto CIBEREPS 2022. Microbiological and genomic investigation of hepatitis in children by metagenomic approach in case and control subjects (IP: Ana Avellón).
2023-2024. En colaboración con el Hospital San Joan de Deu de Barcelona.
2. MPY 501-19: Tracking hepatitis E virus infection by means of epidemiological research and whole genome sequencing. Project TrazHE. (IP: Ana Avellón). 2020-2024.
3. Proyecto CIBEREPS 2021 Metagenomic sequencing to identify viral aetiologies in undiagnosed paediatric cases of meningitis and encephalitis (IP: D. Tarragó). 2021-2022.
4. MPY 383/19 (PEJ2018-004446-A). Ayudas para la promoción de empleo joven e implantación de la garantía juvenil en I+D+I. análisis de la complejidad de secuencias de los virus de la hepatitis A, B, C; D y E (VHA, VHB, VHC, VHD y VHE) mediante técnicas de secuenciación masiva. (IP: Ana Avellón). 2020-2021.
5. MPY 1285/16 Movilidad "Salvador de Madariaga" programa estatal de promoción de talento y su empleabilidad. (IP: Ana Avellón). 2016.
Publications
Where are we with monoclonal antibodies for multidrug-resistant infections?
Where are we with monoclonal antibodies for multidrug-resistant infections? McConnell MJ. Drug Discov Today. 2019 May;24(5):1132-1138. doi: 10.1016/j.drudis.2019.03.002.
PUBMEDPeptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii
Peptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii. Gil-Marqués ML, Moreno-Martínez P, Costas C, Pachón J, Blázquez J, McConnell MJ. J Antimicrob Chemother. 2018 Nov 1;73(11):2960-2968. doi: 10.1093/jac/dky289.
PUBMEDImmunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection
Immunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection. Pulido MR, García-Quintanilla M, Pachón J, McConnell MJ. Vaccine. 2018 Jul 5;36(29):4153-4156. doi: 10.1016/j.vaccine.2018.05.113.
PUBMEDPhenotypic changes associated with Colistin resistance due to Lipopolysaccharide loss in Acinetobacter baumannii
Phenotypic changes associated with Colistin resistance due to Lipopolysaccharide loss in Acinetobacter baumannii. Carretero-Ledesma M, García-Quintanilla M, Martín-Peña R, Pulido MR, Pachón J, McConnell MJ. Virulence. 2018 Dec 31;9(1):930-942. doi: 10.1080/21505594.2018.1460187.
PUBMEDCurso de Gestión de Calidad y Buenas Prácticas de Laboratorio. Ed. 3
Grammatico JP, Cuevas L (Edits.) y Grupo de expertos de la Organización Panamericana de la Salud OPS/OMS. Curso de Gestión de Calidad y Buenas Prácticas de Laboratorio. Ed. 3. OPS/OMS;. Washington, D.C., 2016. Disponible en: “http://iris.paho.org/xmlui/handle/123456789/31168”. ISBN: 978-92-75-11906-8
Gestión de la Calidad para laboratorios de ensayo. 1ª ed.
Grammatico JP, Cuevas L (Edits.). Gestión de la Calidad para laboratorios de ensayo. 1ª ed. Conicet-Madri+d; Buenos Aires, 2011. Disponible en: “http://www.madrimasd.org/Laboratorios/Documentos/Red-Laboratorios/documentos/Gest_Calidad_Ensayo.pdf”. ISBN: 978-950-692-095-1
Curso de Gestión de Calidad y Buenas Prácticas de Laboratorio.
Grupo de expertos de la Organización Panamericana de la Salud OPS/OMS. Curso de Gestión de Calidad y Buenas Prácticas de Laboratorio. OPS; Documentos Técnicos THR/HT 2009/001. Washington, D.C., 2009. ISBN: 978-92-75-32977-1
Guía Latinoamericana para la implementación de Código de Ética en los laboratorios de salud.
Grupo de expertos de la Organización Panamericana de la Salud (OPS/OMS). Guía Latinoamericana para la implementación de Código de Ética en los laboratorios de salud. Organización Panamericana de la Salud. Documentos Técnicos. Políticas y Regulación. THS/EV-2007/001; 2007. ISBN: 92-7-532702-5
HCV eradication with DAAs differently affects HIV males and females: A whole miRNA sequencing characterization
Valle-Millares D; Brochado-Kith O; Gómez-Sanz A; et al; Fernández-Rodríguez A (AC). (17/17). 2021. Biomedicine and Pharmacotherapy. Elsevier.
DOIIdentification of HIV-1 circulating BF1 recombinant form (CRF75_BF1) of Brazilian origin that also circulates in Southwestern Europe
Bacqué J, Delgado E, Gil H, Ibarra S, Benito S, García-Arata I, Moreno-Lorenzo M, Sáez de Arana E, Gómez-González C, Sánchez M, Montero V and Thomson MM. Front Microbiol. 2023. 14: 1301374
PUBMED DOIFactors associated with HIV-1 resistance to integrase strand transfer inhibitors in Spain: Implications for dolutegravir-containing regimens.
Gil H, Delgado E, Benito S, Moreno-Lorenzo M, Thomson MM and Spanish Group for the study of antirretroviral drug Resistance. Front Microbiol. 2022. 13:1051096
PUBMED DOITransmission clusters, predominantly associated with men who have sex with men, play a main role in the propagation of HIV-1 in Northern Spain (2013-2018).
Gil H, Delgado E, Benito S, Georgalis L, Montero V, Sánchez M, Cañada-García JE, García-Bodas E, Diaz A, Thomson MM and Spanish group of the study of new HIV diagnoses. Front Microbiol. 2022. 13:782609
PUBMED DOIPotent Induction of Envelope-Specific Antibody Responses by Virus-Like Particle Immunogens Based on HIV-1 Envelopes from Patients with Early Broadly Neutralizing Responses
Beltran-Pavez C, Bontjer I, Gonzalez N, Pernas M, Merino-Mansilla A, Olvera A, Miro JM, Brander C, Alcami J, Sanders RW, Sanchez-Merino V, Yuste E; J Virol. 2022 Jan 12;96(1):e0134321.
PUBMED DOIPermanent control of HIV-1 pathogenesis in exceptional elite controllers: a model of spontaneous cure
Casado C, Galvez C, Pernas M, Tarancon-Diez L, Rodriguez C, Sanchez-Merino V, Vera M, Olivares I, De Pablo-Bernal R, Merino-Mansilla A, Del Romero J, Lorenzo-Redondo R, Ruiz-Mateos E, Salgado M, Martinez-Picado J, Lopez-Galindez C; Sci Rep. 2020 Feb 5;10(1):1902
PUBMED DOIGuiding the humoral response against HIV-1 toward a MPER adjacent region by immunization with a VLP-formulated antibody-selected envelope variant
Beltran-Pavez C, Ferreira CB, Merino-Mansilla A, Fabra-Garcia A, Casadella M, Noguera-Julian M, Paredes R, Olvera A, Haro I, Brander C, Garcia F, Gatell JM, Yuste E, Sanchez-Merino V; PLoS One. 2018 Dec 19;13(12):e0208345
PUBMED DOIDetection of Broadly Neutralizing Activity within the First Months of HIV-1 Infection
Sanchez-Merino V, Fabra-Garcia A, Gonzalez N, Nicolas D, Merino-Mansilla A, Manzardo C, Ambrosioni J, Schultz A, Meyerhans A, Mascola JR, Gatell JM, Alcami J, Miro JM, Yuste E; J Virol. 2016 May 12;90(11):5231-5245
PUBMED DOIAdditional Information
The AIDS Immunopathology Unit has been coordinated since 2000 by Dr. José Alcamí, bringing together during its history more than 20 independent researchers who collaboratively study different aspects of HIV infection. During this years, more than 30 visiting researchers and more than 50 national and international students have passed through the unit. From the beginning of the year 2025, Javier García Pérez and Francisco Díez Fuertes assumed the coordination of the AIDS Immunopathology Unit, with the aim of projecting its scientific competitiveness following multidisciplinary approaches and through the maintenance of the current close collaborations, as well as the promotion of participation in new national and international research networks.
Historically, the current members of the unit have focused on different lines of basic research that include the study of antibodies and the development of vaccines against HIV-1, the study of viral entry and tropism of the virus or the study of the host through the genomic characterization of populations with an extreme phenotype. Currently, the activity of our unit in the field of HIV-1 is focused on three main lines:
1. Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).
2. Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.
3. Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.
A partir del año 2020, nuestra unidad se vuelca con la investigación sobre COVID-19, participando y liderando diferentes proyectos de investigación aplicada y clínica. Fruto de esta fuerte implicación en el campo, en la actualidad se mantienen diferentes estudios sobre la caracterización de la respuesta inmune frente a SARS-CoV-2, integrando diferentes técnicas de virología molecular, estrategias de inteligencia epidemiológica y tecnologías de célula única.
We also participate in different research consortiums and networks, such as the Spanish AIDS Research Network or the Center for Biomedical Research in Infectious Diseases Network (CIBER-INFEC), in which we participate as researchers in different lines and work packages within the research programs “Global Health, emerging and re-emerging infections” as well as “HIV/AIDS and sexually transmitted infections”.
Supervised doctoral theses
1. GENOMIC AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF HIV-1 PROTECTION PARAMETERS IN PATIENTS WITH SLOW PROGRESSION OF INFECTION.
Student: Erick de la Torre Tarazona.
Supervisors: José Alcamí and Francisco Díez Fuertes.
Academic entity: Universidad Autónoma de Madrid.
Defense date: July 14th, 2020.
2. ANALYSIS OF MIARN EXPRESSION PROFILES AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION IN HIV-POSITIVE INDIVIDUALS WITH DIFFERENT PROGRESSION TO AIDS.
Student: Rubén Ayala Suárez.
Supervisors: José Alcamí and Francisco Díez Fuertes.
Academic entity: Universidad de Alcalá.
Defense date: June 12nd, 2023.
The AIDS Immunopathology Unit has been coordinated since 2000 by Dr. José Alcamí, bringing together during its history more than 20 independent researchers who collaboratively study different aspects of HIV infection. During this years, more than 30 visiting researchers and more than 50 national and international students have passed through the unit. From the beginning of the year 2025, Javier García Pérez and Francisco Díez Fuertes assumed the coordination of the AIDS Immunopathology Unit, with the aim of projecting its scientific competitiveness following multidisciplinary approaches and through the maintenance of the current close collaborations, as well as the promotion of participation in new national and international research networks.
Historically, the current members of the unit have focused on different lines of basic research that include the study of antibodies and the development of vaccines against HIV-1, the study of viral entry and tropism of the virus or the study of the host through the genomic characterization of populations with an extreme phenotype. Currently, the activity of our unit in the field of HIV-1 is focused on three main lines:
1. Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).
2. Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.
3. Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.
A partir del año 2020, nuestra unidad se vuelca con la investigación sobre COVID-19, participando y liderando diferentes proyectos de investigación aplicada y clínica. Fruto de esta fuerte implicación en el campo, en la actualidad se mantienen diferentes estudios sobre la caracterización de la respuesta inmune frente a SARS-CoV-2, integrando diferentes técnicas de virología molecular, estrategias de inteligencia epidemiológica y tecnologías de célula única.
We also participate in different research consortiums and networks, such as the Spanish AIDS Research Network or the Center for Biomedical Research in Infectious Diseases Network (CIBER-INFEC), in which we participate as researchers in different lines and work packages within the research programs “Global Health, emerging and re-emerging infections” as well as “HIV/AIDS and sexually transmitted infections”.
Supervised doctoral theses
1. GENOMIC AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF HIV-1 PROTECTION PARAMETERS IN PATIENTS WITH SLOW PROGRESSION OF INFECTION.
Student: Erick de la Torre Tarazona.
Supervisors: José Alcamí and Francisco Díez Fuertes.
Academic entity: Universidad Autónoma de Madrid.
Defense date: July 14th, 2020.
2. ANALYSIS OF MIARN EXPRESSION PROFILES AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION IN HIV-POSITIVE INDIVIDUALS WITH DIFFERENT PROGRESSION TO AIDS.
Student: Rubén Ayala Suárez.
Supervisors: José Alcamí and Francisco Díez Fuertes.
Academic entity: Universidad de Alcalá.
Defense date: June 12nd, 2023.