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Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases

Research Lines

Content with Investigacion Susceptibilidad del huésped a las infecciones fúngicas invasoras .

Susceptibilidad del huésped a las infecciones fúngicas invasoras


Se estima que más de un millón y medio de personas mueren al año en el mundo debido a una enfermedad fúngica invasora (EFI). Los tratamientos con inmunosupresores, terapias con corticoides, trasplantes de células hematopoyéticas y órgano sólido así como tratamientos quimioterapéuticos contra el cáncer han favorecido el aumento de estas infecciones fúngicas. El género Aspergillus es la principal causa de EFI por hongos filamentosos, siendo A. fumigatus la especie principalmente aislada en la mayoría de los casos y más frecuentemente asociada a Aspergilosis Invasora. 
Muchas de estas infecciones están infra-diagnosticadas debido, tanto a la falta de sospecha clínica como a las limitaciones diagnósticas. Esta línea de investigación tiene como principal objetivo mejorar el pronóstico de la infecciones en pacientes con riesgo de desarrollar infecciones invasoras por hongos. Para ello se estudian marcadores del individuo (denominados biomarcadores del hospedador) que puedan ser detectados de forme temprana en muestras de pacientes en riesgo y que nos permita estratificar a los mismos en función de la susceptibilidad a desarrollar una infección invasora por hongos. Además, estudios realizados en los últimos años muestran que el fondo genético del hospedador está asociado con la predisposición al desarrollo de este tipo de enfermedades. En concreto se han identificado polimorfismos genéticos de nucleótido simple (“Single Nucleotide Polymorphism”- SNP) en genes que codifican para componentes celulares que interaccionan con estructuras  fúngicas y/o que están involucradas en la respuesta inmune del huésped frente a agentes infecciosos como Aspergillus. En este sentido se han estandarizado y aplicado herramientas para la detección de SNPs en humanos de genes diana asociados concretamente con la susceptibilidad a la Aspergilosis Invasora.

Estudio de los mecanismos de virulencia en Aspergillus fumigatus


En paralelo al estudio de la respuesta del hospedador se sigue una línea cuyo objetivo es caracterizar mecanismos de virulencia en A. fumigatus. Uno de los principales mecanismos por los que A. fumigatus es capaz de causar enfermedad en humanos es su capacidad de adaptarse a las condiciones ambientales del hospedador. Entre las moléculas y los genes que se han relacionado con la virulencia de este hongo se encuentran componentes de la pared celular, genes y moléculas relacionadas con la evasión de la respuesta inmune, sistemas de detoxificación de los compuestos derivados del oxígeno, la producción de toxinas, la obtención de nutrientes como hierro, fósforo, nitrógeno y la adaptación a pH y temperatura del hospedador.  Estos estudios permiten profundizar en el conocimiento sobre la patogenicidad de este hongo e identificar nuevas dianas terapéuticas

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Content with Investigacion Susceptibilidad del huésped a las infecciones fúngicas invasoras .

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Provirus reactivation is impaired in HIV-1 infected individuals on treatment with dasatinib and antiretroviral therapy.

Provirus reactivation is impaired in HIV-1 infected individuals on treatment with dasatinib and antiretroviral therapy. Vigón L, Martínez-Román P, Rodríguez-Mora S, Torres M, Puertas MC, Mateos E, Salgado M, Navarro A, Sánchez-Conde M, Ambrosioni J, Cervero M, Wyen C, Hoffmann C, Miró JM, Alcamí J, Podzamczer D, García-Gutiérrez V, Martínez-Picado J, Briz V, Rosa López-Huertas M, Planelles V, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2021 Oct;192:114666. doi: 10.1016/j.bcp.2021.114666. PMID: 34186065.

PUBMED DOI

T-Cell-Specific Loss of the PI-3-Kinase p110α Catalytic Subunit Results in Enhanced Cytokine Production and Antitumor Response.

1. Aragoneses-Fenoll L, Ojeda G, Montes-Casado M, Acosta-Ampudia Y, Dianzani U, Portolés P, Rojo JM. T-Cell-Specific Loss of the PI-3-Kinase p110α Catalytic Subunit Results in Enhanced Cytokine Production and Antitumor Response. Front. Immunol. 2018 Feb 27;9:332.

PUBMED DOI

ETP-46321, a dual p110α/δ class IA phosphoinositide 3-kinase inhibitor modulates T lymphocyte activation and collagen-induced arthritis.

2. Aragoneses-Fenoll L, Montes-CasadoM, Ojeda G, Acosta YY, Herranz J, Martínez S, Blanco-Aparicio C, Criado G, Pastor J, Dianzani U, Portolés P, Rojo JM. ETP-46321, a dual p110α/δ class IA phosphoinositide 3-kinase inhibitor modulates T lymphocyte activation and collagen-induced arthritis. Biochem. Pharmacol. 2016 Apr 15;106:56-69. Epub 2016 Feb 13.

PUBMED DOI

Suppression of CD4+ T lymphocyte activation in vitro and experimental encephalomyelitis in vivo by the phosphatidyl inositol 3-kinase inhibitor PIK-75.

3. Acosta YY, Montes-Casado M, Aragoneses-Fenoll L, Dianzani U, Portoles P, Rojo JM. Suppression of CD4+ T lymphocyte activation in vitro and experimental encephalomyelitis in vivo by the phosphatidyl inositol 3-kinase inhibitor PIK-75. Int. J. Immunopathol. Pharmacol. 2014 Jan-Mar;27(1):53-67.

PUBMED DOI

Effects of 3D nanocomposite bioceramic scaffolds on the immune response

4. Cicuendez M., Portolés P., Montes-Casado M., Izquierdo-Barba I., Vallet-Regı M., and Portolés M.T. Effects of 3D nanocomposite bioceramic scaffolds on the immune response. J. Mater. Chem. B, 2014, 2 (22), 3469-3479.

DOI

Characteristics of TCR/CD3 complex CD3 chains of regulatory CD4+ T (Treg) lymphocytes: Role in Treg differentiation in vitro and impact on Treg in vivo.

5. Rojo, J. M., G. Ojeda, Y. Y. Acosta, M. Montes-Casado, G. Criado, and P. Portoles. Characteristics of TCR/CD3 complex CD3 chains of regulatory CD4+ T (Treg) lymphocytes: Role in Treg differentiation in vitro and impact on Treg in vivo. J. Leukoc. Biol. 2014, 95 (3): 441-450.

PUBMED DOI

Dissociation of actin polymerization and lipid raft accumulation by ligation of the Inducible Costimulator (ICOS, CD278)

6. Y. Acosta, G. Ojeda, M. P. Zafra, I. Seren-Bernardone, A. Sánchez, U. Dianzani, P. Portolés y J. M. Rojo. Dissociation of actin polymerization and lipid raft accumulation by ligation of the Inducible Costimulator (ICOS, CD278). Inmunología, 2012, 31 (1): 4-12.

DOI

Complement regulatory protein Crry/p65 costimulation expands natural Treg cells with enhanced suppressive properties in proteoglycan-induced arthritis.

7. Ojeda G., Pini E., Eguiluz C., Montes-Casado M., Broere F., van Eden W., Rojo J.M., and Portolés P. Complement regulatory protein Crry/p65 costimulation expands natural Treg cells with enhanced suppressive properties in proteoglycan-induced arthritis. Arthritis Rheum. 2011 Jun;63(6):1562-72.

PUBMED DOI

Biased binding of class IA phosphatidyl inositol 3-kinase subunits to inducible costimulator (CD278)

8. Acosta Y.Y., Zafra M.P., Ojeda G., Bernardone I.S., Dianzani U., Portolés P., Rojo J.M. Biased binding of class IA phosphatidyl inositol 3-kinase subunits to inducible costimulator (CD278). Cell. Mol. Life Sci. 2011 Sep;68(18):3065-79.

PUBMED DOI

Structure and Immunogenicity of the Human Metapneumovirus F Protein in the Postfusion Conformation.

5. Mas V, Rodriguez L, Olmedillas E, Cano O, Palomo C, Terron MC, et al. Engineering, Structure and Immunogenicity of the Human Metapneumovirus F Protein in the Postfusion Conformation. PLoS Pathog. 2016;12(9):e1005859.

PUBMED DOI

Essential in vitro diagnostics for advanced HIV and serious fungal diseases: international experts' consensus recommendations. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2019 Sep

Bongomin F, Govender NP, Chakrabarti A, Robert-Gangneux F, Boulware DR, Zafar A, Oladele RO, Richardson MD, Gangneux JP, Alastruey-Izquierdo A, Bazira J, Boyles TH, Sarcarlal J, Nacher M, Obayashi T, Worodria W, Pasqualotto AC, Meya DB, Cheng B, Sriruttan C, Muzoora C, Kambugu A, Rodriguez Tudela JL, Jordan A, Chiller TM, Denning DW. Essential in vitro diagnostics for advanced HIV and serious fungal diseases: international experts' consensus recommendations. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2019 Sep;38(9):1581-1584. doi: 10.1007/s10096-019-03600-4. PMID: 31175479.

PUBMED DOI

Godet C, Alastruey-Izquierdo A, Flick H, Hennequin C, Mikilps-Mikgelbs R, Munteanu O, Page I, Seidel D, Salzer HJF. A CPAnet consensus statement on research priorities for chronic pulmonary aspergillosis: a neglected fungal infection that requires attention. J Antimicrob Chemother. 2018 ​

Godet C, Alastruey-Izquierdo A, Flick H, Hennequin C, Mikilps-Mikgelbs R, Munteanu O, Page I, Seidel D, Salzer HJF. A CPAnet consensus statement on research priorities for chronic pulmonary aspergillosis: a neglected fungal infection that requires attention. J Antimicrob Chemother. 2018 Feb 1;73(2):280-286. doi: 10.1093/jac/dkx390. PMID: 29126309.​

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Brucella spp.: Whole Genome Sequencing-Based Approach for the Determination of Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat Profiles

Pelerito A, Nunes A, Grilo T, Isidro J, Silva C, Ferreira AC, Valdezate S, Núncio MS, Georgi E, Gomes JP. (2021) Genetic Characterization of Brucella spp.: Whole Genome Sequencing-Based Approach for the Determination of Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat Profiles. 2021. Front Microbiol. 12;12:740068

PUBMED DOI

Saezia sanguinis gen. nov., sp. nov., a Betaproteobacteria member of order Burkholderiales, isolated from human blood

Medina-Pascual MJ, Monzón S, Villalón P, Cuesta I, González-Romo F, Valdezate S. (2020). Saezia sanguinis gen. nov., sp. nov., a Betaproteobacteria member of order Burkholderiales, isolated from human blood. Int J Syst Evol Microbiol.70:2016-25.

PUBMED DOI

Dynamics of a Sporadic Nosocomial Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii Complex Population

Villalón P, Ortega M, Sáez-Nieto JA, Carrasco G, Medina-Pascual MJ, Garrido N, Valdezate S. (2019). Dynamics of a Sporadic Nosocomial Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii Complex Population. 2019. Front Microbiol. 22;10:593

PUBMED DOI

Epidemiology and susceptibility to antimicrobial agents of the main Nocardia species in Spain.

Valdezate S, Garrido N, Carrasco G, Medina-Pascual MJ, Villalón P, Navarro AM, Saéz-Nieto JA. Epidemiology and susceptibility to antimicrobial agents of the main Nocardia species in Spain. J Antimicrob Chemother. 2017;72(3):754-761.

PUBMED DOI

Paenibacillus spp. isolated from human and environmental samples in Spain: detection of 11 new species.

Sáez-Nieto JA, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Garrido N, Fernandez-Torres MA, Villalón P, Valdezate S. Paenibacillus spp. isolated from human and environmental samples in Spain: detection of 11 new species. New Microbes New Infect. 2017. 24;19:19-27.

PUBMED DOI

Increase in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis.

Medina-Pascual MJ, Valdezate S, Carrasco G, Villalón P, Garrido N, Saéz-Nieto JA. (2015) Increase in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis. Clin Microbiol Infect. ;21(2):150-6

PUBMED DOI

Resistance gene pool to co-trimoxazole in non-susceptible Nocardia strains

Valdezate S, Garrido N, Carrasco G, Villalón P, Medina-Pascual MJ, Saéz-Nieto JA. (2015). Resistance gene pool to co-trimoxazole in non-susceptible Nocardia strains. Front Microbiol. 2015 Apr 28;6:376

PUBMED DOI

Genomic Background and Phylogeny of cfiA-Positive Bacteroides fragilis Strains Resistant to Meropenem-EDTA

Medina-Pascual MJ, Valdezate S, Carrasco G, Villalón P, Garrido N, Saéz-Nieto JA. (2015) Increase in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis. Clin Microbiol Infect. ;21(2):150-6.

PUBMED DOI

Epidemiology of the Acinetobacter-derived cephalosporinase, carbapenem-hydrolysing oxacillinase and metallo-beta-lactamase genes, and of common insertion sequences, in epidemic clones of Acinetobacter baumannii from Spain

Villalón P, Valdezate S, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Vindel A, Saez-Nieto JA. Epidemiology of the Acinetobacter-derived cephalosporinase, carbapenem-hydrolysing oxacillinase and metallo-beta-lactamase genes, and of common insertion sequences, in epidemic clones of Acinetobacter baumannii from Spain. J Antimicrob Chemother. 2013;68(3):550-3.

PUBMED DOI

Shortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species

Carrasco G, de Dios Caballero J, Garrido N, Valdezate S, Cantón R, Sáez-Nieto JA. Shortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species. Front Microbiol. 2016 21;7:542.

PUBMED DOI

Kinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy.

Sevilla E; González LM; Luque D; Gray J; Montero E. 2018. Kinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy. Scientific Reports. 8:14116.DOI: 10.1038/s41598-018-32349-7

PUBMED DOI

Misdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014.

2. Arsuaga M; González LM; Salvador Padial E; Woubshet Dinkessa A; Sevilla E; Trigo E; Puente S; Gray J; Montero E. 2018. Misdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014. Emerging Infectious Diseases.24-8, pp.1588-1589.

PUBMED DOI

A fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain

3. Asensi V; González LM; Fernández-Suárez J; Sevilla E; Navascués RÁ; Suárez ML; Lauret ME; Bernardo A; Carton JA; Montero E. 2018. A fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain. Ticks Tick Borne Dis.9-3, pp.730-734.

PUBMED DOI

First report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain.

Arsuaga M*; Gonzalez LM*; Lobo CA; Calle F; Bautista JM; Azcárate IG; Puente S; Montero E. 2016. First report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain. Vector Borne Zoonotic Dis.16-10, pp.677-679. (*)= contribuyeron igualmente en este trabajo.

PUBMED DOI

First record of Babesia sp. in Antarctic penguins.

5. Montero E; González LM; Chaparro A; Benzal J; Bertellotti M; Masero JA; Colominas-Ciuró R; Vidal V; Barbosa A. 2016. First record of Babesia sp. in Antarctic penguins. Ticks Tick Borne Dis.7-3, pp.498-501.

PUBMED DOI

Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite

6. Del Carmen Terrón M; González-Camacho F; González LM; Luque D; Montero E. 2016. Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite.Ticks Tick Borne Dis.7-6, pp.1274-1279.

PUBMED DOI

First report of Babesia divergens infection in an HIV patient

7. González LM; Castro E; Lobo CA; Richart A; Ramiro R; González-Camacho F; Luque D; Velasco AC; Montero E. 2015. First report of Babesia divergens infection in an HIV patient. Int J Infect Dis. 33:202-4.

PUBMED DOI

Severe babesiosis in immunocompetent man, Spain

9. González LM, Rojo S, González-Camacho F, Luque D, Lobo CA, Montero E. 2014. Severe babesiosis in immunocompetent man, Spain. Emerging Infectious Disease. 20(4):724-726.

PUBMED DOI

The efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets

Castro E, González LM, Rubio JM, Ramiro R, Gironés N, Montero E. 2014. The efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets. Transfusion. 54(9): 2207-2216.

PUBMED DOI

Pneumoviridae fusion proteins as immunogens to induce cross-neutralizing antibody responses

Olmedillas E, Cano O, Martinez I, Luque D, Terron MC, McLellan JS, et al. Chimeric Pneumoviridae fusion proteins as immunogens to induce cross-neutralizing antibody responses. EMBO Mol Med. 2018;10(2):175-87.

PUBMED DOI

Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite

Terrón M.C, González-Camacho F., González L.M., Luque D.*, Montero E. 2016. Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite. Ticks Tick Borne Diseases. 7(6):1274-1279. *Corresponding author. IF: 3.23, Q1.

PUBMED DOI

High-Quality Draft Genome of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis.

8. Cuesta I; González LM; Estrada K; Grande R; Zaballos A; Lobo CA; Barrera J; Sanchez-Flores A; Montero E. 2014. High-Quality Draft Genome of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis. Genome Announcement. 2: e01194-14.

PUBMED DOI

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.

PUBMED

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit.

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.

PUBMED

Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak

Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. mSphere. 2024 Mar 26;9(3):e0072923

PUBMED DOI

Co-occurrence of the cephalosporinase cepA and carbapenemase cfiA genes in a Bacteroides fragilis division II strain, an unexpected finding

Valdezate S, Medina-Pascual MJ, Villalón P, Garrido N, Monzón S, Cuesta I, Cobo F (2024). Co-occurrence of the cephalosporinase cepA and carbapenemase cfiA genes in a Bacteroides fragilis division II strain, an unexpected finding. J Antimicrobial Chem. 2024 Jul 1;79(7):1683-1687

PUBMED DOI

Exploring the genetic background of the botulism neurotoxin BoNT/B2 in Spain

Valdezate S, Carrasco G, Medina MJ, Garrido N, Del Pino S, Valiente M, Pallarés MP, Villalon P. (2023). Exploring the genetic background of the botulism neurotoxin BoNT/B2 in Spain. Microbiol Spectr. Sep 26;11(5):e0238023

PUBMED DOI

Focusing on Gordonia Infections: Distribution, Antimicrobial Susceptibilities and Phylogeny

Pino-Rosa S, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Garrido N, Villalón P, Valiente M, Valdezate S. (2023). Focusing on Gordonia Infections: Distribution, Antimicrobial Susceptibilities and Phylogeny. Antibiotics (Basel). 26;12(11):1568

PUBMED DOI

List of staff

Additional Information

The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).

During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).

Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).

During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia).  He also belongs or has belonged to different national and international committees:  Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.

In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally. ​​​​​

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr

Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS