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Investigation

Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases

Research Lines

Content with Investigacion Patogenia Inmune y Reservorio Viral .

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1.    Estudio de los procesos de latencia y reactivación del VIH-1: principales mecanismos homeostáticos responsables de la latencia proviral y la generación de los reservorios virales que imposibilitan la erradicación de la enfermedad.
2.    Estudio de dianas terapéuticas para impedir la replicación viral activa durante la infección aguda o primaria y para interferir con la renovación del reservorio viral: análisis de fármacos inhibidores de las kinasas de linfocitos PKC o kinasas de la familia Src como p56Lck.
3.    Análisis de los mecanismos de transactivación responsables de la replicación viral activa en linfocitos T CD4+: mecanismos virales implicados en reactivación del provirus.
4.    Estudio de mecanismos que impidan la infección y replicación viral eficaz en células del reservorio viral secundario como son los monocitos/macrófagos.
5.    Análisis de la resistencia a la infección por VIH-1 en linfocitos T CD4+ aislados de pacientes con distrofia muscular de cintura escapulohumeral/pélvica 1F (LGMD1F), que portan un defecto en el gen de la transportina-3 (tnpo3).
6.    Estudio de la sinergia NF-B/Tat para la identificación de nuevas dianas terapéuticas.
7.    Estudio de cambios de expresión en el transcriptoma y modificaciones postraduccionales en el proteoma de linfocitos T CD4+ que expresan Tat intracelular y su impacto sobre la estructura del citoesqueleto celular: mecanismo potencial de supervivencia de los reservorios virales.
8.    Análisis de los mecanismos de degradación de p65/RelA (NF-B) y su importancia en la infección por VIH-1.

9.    Estudio de las modificaciones en el metabolismo del RNA inducidas por la expresión intracelular de Tat y su papel en los mecanismos de supervivencia celular y aumento de la replicación viral.

 

Otras líneas de investigación

1.    Estudio de la respuesta humoral y celular desarrollada en pacientes con Long COVID o COVID persistente.
2.    Análisis de biomarcadores predictivos de gravedad en pacientes con distintas presentaciones de COVID-19.
3.    Estudio de la respuesta inmune frente a la infección natural por SARS-CoV-2 o por la vacunación frente al COVID-19 desarrollada por pacientes con enfermedades oncohematológicas en estado de inmunodeficiencia.
4.    Definición de biomarcadores predictivos de recaída en pacientes con leucemia mieloide crónica que hayan interrumpido el tratamiento con inhibidores de tirosina kinasas.

Research projects

Content with Investigacion Patogenia Inmune y Reservorio Viral .

​1. Título del proyecto: Estudio del efecto de la inmunoterapia y el tratamiento antirretroviral a largo plazo sobre la evolución del reservorio del VIH durante la infección crónica: Búsqueda de nuevas estrategias para una cura funcional.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Plan Estatal de Investigación Científica, Técnica y de Innovación 2021-2023.
Financiación: 275.000€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/09/2023 – 31/08/2027
Expediente contrato/proyecto: PID2022-141317OB-I00 (MPY 345/23)

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2. Título del proyecto: Estudio longitudinal de la evolución de parámetros inmunológicos en personas con COVID persistente: definición de biomarcadores de persistencia.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Acción Estratégica en Salud Intramural.
Financiación: 92.000€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/01/2023 – 31/12/2025
Expediente contrato/proyecto: PI22CIII/00059 (MPY 354/22)

3. Título del proyecto: Nuevas estrategias terapéuticas basadas en inhibidores de tirosina kinasas para la eliminación del reservorio latente del VIH-1.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Ministerio de Ciencia e Innovación, Convocatoria del Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad.
Financiación: 157.300€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/06/2020 – 31/05/2023
Contratación de personal: 1 licenciado en prácticas (2 años)
Expediente contrato/proyecto: PID2019-110275RB-I00 (MPY 274/20)
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4. Título del proyecto: Identification of predictive biomarkers associated with immune responses against SARS-CoV-2 (Work Package 4, dentro de la Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-CoV2 en España).
Investigadoras principales: María Teresa Coiras López (Investigadora principal Work package 4); Inmaculada Casas Flecha (coordinadora proyecto general).
Agencia financiadora: FONDO–COVID19, en el marco del Real Decreto-ley 8/2020, de 17 de marzo, de medidas urgentes extraordinarias para hacer frente al impacto económico y social de la enfermedad COVID-19
Financiación: 23.000€ (WP4); 325.909€ (proyecto general)
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 31/03/2020 – 01/11/2021
Contratación de personal: 1 licenciado por obra y servicio (6 meses)
Expediente contrato/proyecto: COV20_00679 (MPY 222/20)

5. Título del proyecto: Identification of predictive biomarkers associated with immune responses against SARS-CoV-2 (Work Package 4, dentro de la Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-CoV2 en España).
Investigadoras principales: María Teresa Coiras López (Investigadora principal Work package 4); Inmaculada Casas Flecha (coordinadora proyecto general).
Agencia financiadora: CHIESI ESPAÑA, S.A.U.
Financiación: 50.000€ (donación específica al WP4, aceptada por el ISCIII el 09/07/2020)
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 09/07/20 – 01/11/2021
Expediente contrato/proyecto: COV20_00679 (MPY 222/20)

6. Título del proyecto: Tyrosine Kinase inhibition: The New Front in HIV Cure Efforts
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: NIH Research Project Grant Program (R01).
Financiación: 598.181,47€
Entidades participantes: ISCIII/Universidad de Utah
Duración: 31/10/2018 - 31/10/2024
Contratación de personal: 1 contrato de doctor por la Ley de la Ciencia (4,5 años); 1 contrato de licenciado por obra y servicio (3 años)
Expediente contrato/proyecto: R01-AI143567 (MPY 230/19)

7. Título del proyecto: Estudio de compuestos inhibidores de tirosina kinasas para impedir la formación del reservorio latente del VIH-1 en linfocitos T CD4+
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Convocatoria del Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad.
Financiación: 157.300€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 31/12/2016 - 31/12/2019
Contratación de personal: un técnico de laboratorio por obra y servicio (2,5 años)
Expediente contrato/proyecto: SAF2016-78480-R (MPY 1361/16)
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8. Título del proyecto: PKC theta y Lck como potenciales dianas terapéuticas para la disminución del reservorio viral durante la infección aguda por VIH-1 en linfocitos T CD4.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Convocatoria del Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad.
Financiación: 163.350€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/01/2014 - hasta: 30/09/2017
Contratación de personal: un técnico de laboratorio por obra y servicio (2 años)
Expediente contrato/proyecto: SAF2013-44677-R (MPY 1250/14)
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9. Título del proyecto: Dasatinib preserves the activity of the antiviral factor SAMHD1 in human CD4+ T cells: potential use for the control of HIV-1 replication in patients with acute (primary) infection and prevention of the establishment of viral reservoirs.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Bristol-Myers Squibb (BMS). Non-Clinical Research Proposal
Financiación: 74.000€
Entidades participantes: ISCIII, BMS
Duración: 01-01-14 - 31-12-14
Expediente contrato/proyecto: AI471-041

10. Título del proyecto: Análisis de fármacos inhibidores selectivos de la protein kinasa C (PKC) theta para el bloqueo de la replicación del VIH durante la infección primaria.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: ISCIII
Financiación: 63.104€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 31/12/2012 - hasta: 30/09/2015
Contratación de personal: un técnico de laboratorio por obra y servicio (2 años)
Expediente contrato/proyecto: MPY 1371/12

11. Título del proyecto: Análisis de fármacos inhibidores selectivos de la protein kinasa C (PKC) theta para el bloqueo de la replicación del VIH durante la infección primaria.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad.
Financiación: 51.510€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/03/2012 - hasta: 01/10/2013
Contratación de personal: un técnico de laboratorio por obra y servicio (1 año)
Expediente contrato/proyecto: EC11-285 (MPY 1046/12)

12. Título del proyecto: Papel de PKC theta en la infección por VIH-1 y búsqueda de nuevas dianas terapéuticas.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Fundación para la Investigación y Prevención del SIDA en España (FIPSE), convocatoria XI. Premio FIPSE como joven investigadora del año, (30/05/11)
Financiación: 129.746€
Entidades participantes: ISCIII/Universidad Rey Juan Carlos (URJC)
Duración: 15/01/2011 - 15/07/2014
Contratación de personal: un técnico de laboratorio por obra y servicio (3 años)
Expediente contrato/proyecto: 360924/10 (MPY 1044/11)

13. Título del proyecto: Análisis de las modificaciones postraduccionales inducidas por la expresión intracelular de la proteina Tat del VIH-1 en linfocitos T y efecto sobre el metabolismo del RNA.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Ministerio de Ciencia e Innovación, convocatoria 2010.
Financiación: 67.760€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 31/12/2010 - 31/12/2013
Expediente contrato/proyecto: SAF2010-18388 (MPY 1401/10)

14. Título del proyecto: Papel de PKC theta en la infección por VIH-1 y búsqueda de nuevas dianas terapéuticas
Investigadoras principales: María Teresa Coiras López (ISCIII); Gema Díaz Gil (URJC)
Agencia financiadora: CAM-URJC (Programa de creación y consolidación de grupos de investigación cofinanciada por la Universidad Rey Juan Carlos y la Comunidad de Madrid, convocatoria 2009)
Financiación: 18.900€
Entidades participantes: ISCIII y URJC
Duración: 01/01/2011 - 31/12/2011
Expediente contrato/proyecto: CCG10-URJC/SAL-5020.

15. Título del proyecto: Estudio de la degradación de p65/RelA en linfocitos T humanos.
Investigadora principal: María Teresa Coiras López
Agencia financiadora: Fundación para la Investigación y Prevención del SIDA en España (FIPSE), convocatoria VIII.
Financiación: 36.139€
Entidades participantes: ISCIII
Duración: 01/01/2008 – 01/01/2011
Expediente contrato/proyecto: 36633/07 (MPY 1471/07)

Publications

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Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection

9. Nicole Espy; Unai Pérez-Sautu; Eva Ramírez de Arellano; Anabel Negredo; MR Wiley; S Bavari; Marta Díaz Manéndez; María Paz Sánchez-Seco; Gustavo Palacios. Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection. J Infect Dis. 217 - 12, pp. 1952 - 1956. 25/05/2018.

PUBMED DOI

Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain.

10. M Mora-Rillo, M Arsuaga, G Ramírez-Olivencia, F de la Calle, A M Borobia, P Sánchez-Seco, M Lago, J C Figueira, B Fernández-Puntero, A Viejo, A Negredo, C Nuñez, E Flores, A J Carcas, V Jiménez-Yuste, F Lasala, A García-de-Lorenzo, F Arnalich, J R Arribas, for the La Paz-Carlos III University Hospital Isolation Unit. Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain. Lancet Respir Med. 3-7, pp:554-562. 31/05/2015

PUBMED DOI

Viral infections of the central nervous system in Spain: a prospective study.

1. F. de Ory, A. Avellón, J.E. Echevarría, M.P. Sánchez-Seco, G. Trallero, M. Cabrerizo, I. Casas, F. Pozo, G. Fedele, D. Vicente, M. J. Pena, A. Moreno, J. Niubo, N. Rabella, G. Rubio, M. Pérez Ruiz, M. Rodríguez-Iglesias, C. Gimeno, J.M. Eiros, S. Melón, M. Blasco, I. López-Miragaya, E. Varela, A. Martinez-Sapiña, G. Rodríguez, M.Á. Marcos, M.I. Gegúndez, G. Cilla, I. Gabilondo, J.M. Navarro, J. Torres, C. Aznar, A. Castellanos, M.E. Guisasola, A.I. Negredo, A. Tenorio, S. Vázquez-Morón (2013). Viral Infections of the Central Nervous System in Spain: a prospective Study. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 554-562.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM

2. F. de Ory, T. Minguito, J.E. Echevarría, M.M. Mosquera, A. Fuertes (2014). Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM. APMIS 122: 223-229.

PUBMED DOI

Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM.

3. F. de Ory, T. Minguito, P. Balfagón, J.C. Sanz (2015). Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM. APMIS, 123: 648-651.

PUBMED DOI

First case of imported Zika virus infection in Spain

4. P. Bachiller-Luque, M. Dominguez-Gil-González, J. Alvarez-Manzanares, A. Vázquez, F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco Fariñas (2016). First case of Zika virus infection imported to Spain (original breve). ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA, 34: 243-246.

PUBMED DOI

Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

PUBMED DOI

Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG.

7. F. de Ory, M.E. Guisasola, P. Balfagón, J.C. Sanz. 2018. Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS; 32:e22203.

PUBMED DOI

Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015.

8. A.M. Gavilán, A. Fernández-García, A. Rueda, A. Castellanos, J. Masa-Calles, N. López-Perea, M.V. Torres de Mier, F. de Ory, J.E. Echevarría. 2018. Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. EUROSURVEILLANCE, 2018;23(15):pii=17-00349.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM.

9. F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco, A. Vázquez, M.D. Montero, E. Sulleiro, M.J. Martinez, L. Matas, F.J. Merino, and Working Group for the Study of Zika Virus Infections (WGSZVI). 2018. Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM. VIRUSES 10, 379

PUBMED DOI

Measles virus genotype D4 strains with non-standard genome lengths circulated during the large outbreaks in Spain in 2011-2012

10. H. Gil, A. Fernández-García, M.M. Mosquera, J.M. Hübschen, A. Castellanos, F. de Ory, J. Masa, J.E. Echevarria. 2018. Measles virus genotype D4 strains with non-standard length M-F non-coding region circulated during the major outbreaks of 2011-2012 in Spain. PLOS ONE July 16, 2018.

PUBMED DOI

Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms

• Muñoz-Chimeno M, Rodríguez-Paredes V, García-Lugo MA, Avellón A. Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms. Front Microbiol. 2022 Oct 6;13:1011662.

PUBMED DOI

Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267

PUBMED DOI

Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder.

• Muñoz-Chimeno M, Cenalmor A, García-Lugo MA, Hernandez M, David Rodríguez-Lazaro D, Avellón A. Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder. Microorganisms. 2020 Sep 15;8(9):1417.

PUBMED DOI

Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection.

• Avellón A, Ala A, Diaz A, Domingo D, González R, Hidalgo L, Kooner L, Loganathan S, Martin D, McPherson S, Muñoz-Chimeno M, Ryder S, Gabrielle Slapak G, Ryan P, Valbuena M, Kennedy PT. Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection. J Med Virol. 2020 Apr 9.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019.

• Muñoz-Chimeno M, Bartúren S, García-Lugo MA, Morago L, Rodríguez A, Galán JC, Pérez-Rivilla A, Rodríguez M, Millán R, Del Álamo M, Alonso R, Molina L, Aguinaga A, Avellón A. Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019. Euro Surveill. 2022 Jun;27(23):2100542.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe

• Adlhoch C, Avellón A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér A, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16.

PUBMED DOI

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit

2. Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.

PUBMED DOI

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.

3. Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.

PUBMED DOI

List of staff

Additional Information

The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).

During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).

Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).

During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia).  He also belongs or has belonged to different national and international committees:  Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.

In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally. ​​​​​

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr

Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS