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Investigation

Hepatitis C and other RNA virus

Research Lines

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoBtuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

Publications

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Category

Prolonged Zika Virus Viremia during Pregnancy

7. Anna Suy; Elena Sulleiro; Carlota Rodó; Élida Vázquez; Cristina Bocanegra; Israel Molina; Juliana Esperalba; María P Sánchez Seco; Hector Boix; Tomás Pumarola; Elena Carreras. Prolonged Zika Virus Viremia during Pregnancy. The New England journal of medicine. 375 - 26, pp. 2611 - 2613. 29/12/2016. ISSN 1533-4406

PUBMED DOI

Real time PCR assay for detection of all known lineages of West Nile Virus

8. Vázquez A, Herrero L, Negredo AI, Hernández L, Sánchez-Seco MP, Tenorio A. Real time PCR assay for detection of all known lineages of West Nile Virus. J Virol Methods. 2016 Oct; 236:266-70. 27481597.

PUBMED DOI

Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection

9. Nicole Espy; Unai Pérez-Sautu; Eva Ramírez de Arellano; Anabel Negredo; MR Wiley; S Bavari; Marta Díaz Manéndez; María Paz Sánchez-Seco; Gustavo Palacios. Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection. J Infect Dis. 217 - 12, pp. 1952 - 1956. 25/05/2018.

PUBMED DOI

Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain.

10. M Mora-Rillo, M Arsuaga, G Ramírez-Olivencia, F de la Calle, A M Borobia, P Sánchez-Seco, M Lago, J C Figueira, B Fernández-Puntero, A Viejo, A Negredo, C Nuñez, E Flores, A J Carcas, V Jiménez-Yuste, F Lasala, A García-de-Lorenzo, F Arnalich, J R Arribas, for the La Paz-Carlos III University Hospital Isolation Unit. Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain. Lancet Respir Med. 3-7, pp:554-562. 31/05/2015

PUBMED DOI

Viral infections of the central nervous system in Spain: a prospective study.

1. F. de Ory, A. Avellón, J.E. Echevarría, M.P. Sánchez-Seco, G. Trallero, M. Cabrerizo, I. Casas, F. Pozo, G. Fedele, D. Vicente, M. J. Pena, A. Moreno, J. Niubo, N. Rabella, G. Rubio, M. Pérez Ruiz, M. Rodríguez-Iglesias, C. Gimeno, J.M. Eiros, S. Melón, M. Blasco, I. López-Miragaya, E. Varela, A. Martinez-Sapiña, G. Rodríguez, M.Á. Marcos, M.I. Gegúndez, G. Cilla, I. Gabilondo, J.M. Navarro, J. Torres, C. Aznar, A. Castellanos, M.E. Guisasola, A.I. Negredo, A. Tenorio, S. Vázquez-Morón (2013). Viral Infections of the Central Nervous System in Spain: a prospective Study. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 554-562.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM

2. F. de Ory, T. Minguito, J.E. Echevarría, M.M. Mosquera, A. Fuertes (2014). Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM. APMIS 122: 223-229.

PUBMED DOI

Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM.

3. F. de Ory, T. Minguito, P. Balfagón, J.C. Sanz (2015). Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM. APMIS, 123: 648-651.

PUBMED DOI

First case of imported Zika virus infection in Spain

4. P. Bachiller-Luque, M. Dominguez-Gil-González, J. Alvarez-Manzanares, A. Vázquez, F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco Fariñas (2016). First case of Zika virus infection imported to Spain (original breve). ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA, 34: 243-246.

PUBMED DOI

Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

PUBMED DOI

Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG.

7. F. de Ory, M.E. Guisasola, P. Balfagón, J.C. Sanz. 2018. Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS; 32:e22203.

PUBMED DOI

Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015.

8. A.M. Gavilán, A. Fernández-García, A. Rueda, A. Castellanos, J. Masa-Calles, N. López-Perea, M.V. Torres de Mier, F. de Ory, J.E. Echevarría. 2018. Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. EUROSURVEILLANCE, 2018;23(15):pii=17-00349.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM.

9. F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco, A. Vázquez, M.D. Montero, E. Sulleiro, M.J. Martinez, L. Matas, F.J. Merino, and Working Group for the Study of Zika Virus Infections (WGSZVI). 2018. Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM. VIRUSES 10, 379

PUBMED DOI

Measles virus genotype D4 strains with non-standard genome lengths circulated during the large outbreaks in Spain in 2011-2012

10. H. Gil, A. Fernández-García, M.M. Mosquera, J.M. Hübschen, A. Castellanos, F. de Ory, J. Masa, J.E. Echevarria. 2018. Measles virus genotype D4 strains with non-standard length M-F non-coding region circulated during the major outbreaks of 2011-2012 in Spain. PLOS ONE July 16, 2018.

PUBMED DOI

Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms

• Muñoz-Chimeno M, Rodríguez-Paredes V, García-Lugo MA, Avellón A. Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms. Front Microbiol. 2022 Oct 6;13:1011662.

PUBMED DOI

Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267

PUBMED DOI

Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder.

• Muñoz-Chimeno M, Cenalmor A, García-Lugo MA, Hernandez M, David Rodríguez-Lazaro D, Avellón A. Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder. Microorganisms. 2020 Sep 15;8(9):1417.

PUBMED DOI

Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection.

• Avellón A, Ala A, Diaz A, Domingo D, González R, Hidalgo L, Kooner L, Loganathan S, Martin D, McPherson S, Muñoz-Chimeno M, Ryder S, Gabrielle Slapak G, Ryan P, Valbuena M, Kennedy PT. Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection. J Med Virol. 2020 Apr 9.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019.

• Muñoz-Chimeno M, Bartúren S, García-Lugo MA, Morago L, Rodríguez A, Galán JC, Pérez-Rivilla A, Rodríguez M, Millán R, Del Álamo M, Alonso R, Molina L, Aguinaga A, Avellón A. Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019. Euro Surveill. 2022 Jun;27(23):2100542.

PUBMED DOI

Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe

• Adlhoch C, Avellón A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér A, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16.

PUBMED DOI

Content with Investigacion Taxonomía Bacteriana y Tuberculosis .

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