We protect your health through science
Investigation
Hepatitis C and other RNA virus
Research Lines
Content with Investigacion .
Biomarcadores y Multiómicas
A) Inmunopatogenia de hepatitis víricas
Historia natural de la hepatitis C crónica e impacto de la eliminación del virus de la hepatitis C (VHC) en pacientes coinfectados VIH/VHC:
La progresión de la historia natural de la infección por el VHC es más acelerada en pacientes coinfectados por el VIH. En estos pacientes, aunque el tratamiento de la infección por VHC con antivirales de acción directa (DAAs) reduce el riesgo de complicaciones hepáticas y muerte, los cambios fisiopatológicos no se normalizan por completo y persiste el riesgo residual de complicaciones hepáticas y no hepáticas. Por tanto, es de vital importancia, estudiar el impacto de la eliminación del VHC sobre la evolución de la enfermedad hepática a largo plazo, así como el efecto sobre las comorbilidades asociadas.
Eventos no definitorios de SIDA en personas VIH: Impacto de la hepatitis B y D.
La infección por VIH promueve una disfunción inmunitaria caracterizada por una activación inmunitaria exacerbada e inflamación crónica. El tratamiento antirretroviral no restaura completamente la salud ya que las personas viviendo con VIH en tratamiento tienen un mayor riesgo que la población general de desarrollar eventos adversos clínicos. En este contexto, las hepatitis B y D parecen promover estos eventos, sin embargo, todavía existe poca información sobre su potencial impacto. Esta línea está enfocada al estudio de biomarcadores pronósticos del desarrollo de eventos extrahepáticos.
- B) Enfoques ómicos para potenciar la medicina de precisión
Determinantes genéticos: susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas:
La susceptibilidad a la infección y progresión de las enfermedades infecciosas es variable entre individuos con factores de riesgo similares, lo que sugiere que el background genético es un factor importante. Sin embargo, todavía a día de hoy se desconocen muchos de los factores genéticos implicados en la variabilidad interpersonal en la respuesta a enfermedades infecciosas, siendo de alta relevancia impulsar este campo.
Huella metabolómica implicada en la susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas
La metabolómica constituye una herramienta poderosa para identificar nuevos biomarcadores de diagnóstico y pronóstico. También implica el monitoreo en tiempo real de los fenotipos metabólicos a lo largo del tiempo y en respuesta a los tratamientos, para informar mejor sobre la toma de decisiones clínicas. Las hepatitis víricas, así como otras infecciones contribuyen a una cascada de alteraciones metabólicas sistémicas en el huésped que pueden tener un fuerte impacto en la progresión de la enfermedad.
Impacto del microbioma en enfermedades infecciosas
Los avances en las tecnologías de secuenciación han acelerado la investigación sobre el microbioma humano, con hallazgos prometedores que muestran un gran potencial para revolucionar el conocimiento fisiopatológico de enfermedades, así como su prevención y tratamiento. Cuando aumenta la permeabilidad intestinal, o hay un crecimiento excesivo de bacterias, puede producirse translocación de bacterias derivadas del intestino a la sangre que provocan la activación de células inmunes contribuyendo a un estado de inflamación y activación inmunitaria persistente.
Integración de ómicas e identificación de biomarcadores moleculares tempranos en enfermedades infecciosas.
El uso de un enfoque multiómico es un campo emergente para obtener conocimientos profundos sobre los sistemas biológicos y lograr un progreso significativo en la comprensión de la interacción huésped-patógeno. Se espera que las plataformas de análisis multiómicos revolucionen el diagnóstico y la clasificación de enfermedades infecciosas, ya que la integración de datos y conocimientos es clave para desentrañar los factores de riesgo y la construcción de mejores modelos predictivos de enfermedad. Este enfoque se está aplicando a diferentes enfermedades infecciosas tales como la infección por el VHC, VHB, VHD, VIH, y COVID-19, entre otros.
Research projects
Content with Investigacion .
1. PI21CIII/00033 - Título: Análisis multi-ómico para evaluar el impacto a largo plazo de la erradicación del VHC en pacientes coinfectados por VIH/VHC con cirrosis. Investigador principal: María Ángeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2021. Financiación: 92.000 euros. Duración: 2022-2024 (3 años).
2. COV20/0114 - Título: Integración de ómicas frente al COVID-19. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa / Amanda Fernández Rodríguez. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Financiación: 131.969 euros. Duración: 2020-2021 (1 año).
3. CP17CIII/00007 - Título: Impacto del metaboloma, microbioma bacteriano y viroma en la evolución de pacientes cirróticos, con y sin VIH, que eliminan el VHC con tratamiento antiviral. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2017. Financiación: 100.000 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).
4. PI18CIII/00028: Enfermedad hepática avanzada en pacientes cirróticos infectados por el VHC: Análisis metabolómico. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2018. Financiación: 26.900 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).
Formando parte del equipo investigador:
1. 925.581 - Título: Estudio de los factores genéticos asociados al desarrollo de secuelas en el paciente crítico post-COVID. Investigador principal: Rafael Blancas Gómez-Casero. Organismo Financiador: FUAX-Santander 2022. Financiación: 27.000 euros. Duración: 1/04/2022-31/03/2023 (1 año).
2. IISP 60091 - Título: Genetic contribution to weight gain after initiation of antiretroviral therapy in patients with HIV infection RIS EPICLIN 01-2020. Organismo Financiador: Merck Sharp & Dohme Corp. Importe: 68.701 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 18 meses. Investigador principal: Juan Berenguer; HGU "Gregorio Marañón", Unidad de Enfermedades Infecciosas/VIH.
3. COV20/00622 - Título: Determinantes genéticos y biomarcadores genómicos de riesgo en pacientes con infección por coronavirus SARS-COV-2. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Importe: 597.900 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 1 año. Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez; Universidad de Santiago de Compostela.
4. CIVP19A5953: Búsqueda de biomarcadores en vesículas extracelulares para el diagnóstico y pronóstico del shock séptico post-quirúrgico. IP: Eduardo Tamayo Gómez;.Fundación Ramón Areces. 2019-2021. 70.567€.
La Dra. María Angeles Jiménez Sousa lidera tres subproyectos del consorcio “Spanish COalition to Unlock Research on host Genetics on COVID-19 (http://www.scourge-covid.org/)" que surgió a partir de uno de los proyectos del fondo COVID-ISCIII (REF:COV20_00622). Esta propuesta engloba a más de 60 grupos españoles, 9 biobancos y 22 grupos de investigación de distintos países Latinoaméricanos (México, Cuba, República Dominicana, Nicaragua, Colombia, Ecuador, Perú, Paraguay, Brasil, Uruguay y Argentina) y está alineada con el “The COVID-9 Host Genetics Initiative" (https://www.covid19hg.org/).
Publications
Alcazar-Fuoli L, Mellado E, Cuenca-Estrella M, Sanglard D. Probing the role of point mutations in the cyp51A gene from Aspergillus fumigatus in the model yeast Saccharomyces cerevisiae. Med Mycol. 2011 Apr
Alcazar-Fuoli L, Mellado E, Cuenca-Estrella M, Sanglard D. Probing the role of point mutations in the cyp51A gene from Aspergillus fumigatus in the model yeast Saccharomyces cerevisiae. Med Mycol. 2011 Apr;49(3):276-84. doi: 10.3109/13693786.2010.512926. Epub 2010 Sep 10. PMID: 20831364.
PUBMED DOIAlcazar-Fuoli L, Cuesta I, Rodriguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Sanglard D, Mellado E. Three-dimensional models of 14α-sterol demethylase (Cyp51A) from Aspergillus lentulus and Aspergillus fumigatus: an insight into differences in voriconazole interaction. Int J Antimicrob Agents. 2011 Nov
Alcazar-Fuoli L, Cuesta I, Rodriguez-Tudela JL, Cuenca-Estrella M, Sanglard D, Mellado E. Three-dimensional models of 14α-sterol demethylase (Cyp51A) from Aspergillus lentulus and Aspergillus fumigatus: an insight into differences in voriconazole interaction. Int J Antimicrob Agents. 2011 Nov;38(5):426-34. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2011.06.005. Epub 2011 Aug 25. PMID: 21871783.
PUBMED DOIAlcazar-Fuoli L, Mellado E. Ergosterol biosynthesis in Aspergillus fumigatus: its relevance as an antifungal target and role in antifungal drug resistance.
Alcazar-Fuoli L, Mellado E. Ergosterol biosynthesis in Aspergillus fumigatus: its relevance as an antifungal target and role in antifungal drug resistance. Front Microbiol. 2013 Jan 10;3:439. doi: 10.3389/fmicb.2012.00439. PMID: 23335918; PMCID: PMC3541703.
PUBMED DOIBernal-Martínez L, Alcazar Fuoli L, Miguel-Revilla B, Carvalho A, Cuétara Garcia MS, Garcia-Rodriguez J, Cunha C, Gómez-García de la Pedrosa E, Gomez-Lopez A. High-Resolution Melting Assay for Genotyping Variants of the CYP2C19 Enzyme and Predicting Voriconazole Effectiveness. Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24
Bernal-Martínez L, Alcazar Fuoli L, Miguel-Revilla B, Carvalho A, Cuétara Garcia MS, Garcia-Rodriguez J, Cunha C, Gómez-García de la Pedrosa E, Gomez-Lopez A. High-Resolution Melting Assay for Genotyping Variants of the CYP2C19 Enzyme and Predicting Voriconazole Effectiveness. Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24;63(6):e02399-18. doi: 10.1128/AAC.02399-18. PMID: 30910893; PMCID:PMC6535561.
PUBMED DOILupiañez CB, Martínez-Bueno M, Sánchez-Maldonado JM, Badiola J, Cunha C, Springer J, Lackner M, Segura-Catena J, Canet LM, Alcazar-Fuoli L, López-Nevot MA, Fianchi L, Aguado JM, Pagano L, López-Fernández E, Alarcón-Riquelme M, Potenza L, Gonçalves SM, Luppi M, Moratalla L, Solano C, Sampedro A, González-Sierra P, Cuenca-Estrella M, Lagrou K, Maertens JA, Lass-Flörl C, Einsele H, Vazquez L; PCRAGA Study Group, Loeffler J, Ríos-Tamayo R, Carvalho A, Jurado M, Sainz J. Polymorphisms within the ARNT2 and CX3CR1 Genes Are Associated with the Risk of Developing Invasive Aspergillosis. Infect Immun. 2020 Mar 23
Lupiañez CB, Martínez-Bueno M, Sánchez-Maldonado JM, Badiola J, Cunha C, Springer J, Lackner M, Segura-Catena J, Canet LM, Alcazar-Fuoli L, López-Nevot MA, Fianchi L, Aguado JM, Pagano L, López-Fernández E, Alarcón-Riquelme M, Potenza L, Gonçalves SM, Luppi M, Moratalla L, Solano C, Sampedro A, González-Sierra P, Cuenca-Estrella M, Lagrou K, Maertens JA, Lass-Flörl C, Einsele H, Vazquez L; PCRAGA Study Group, Loeffler J, Ríos-Tamayo R, Carvalho A, Jurado M, Sainz J. Polymorphisms within the ARNT2 and CX3CR1 Genes Are Associated with the Risk of Developing Invasive Aspergillosis. Infect Immun. 2020 Mar 23;88(4):e00882-19. doi: 10.1128/IAI.00882-19. PMID: 31964743; PMCID: PMC7093133.
PUBMED DOIAre Reduced Levels of Coagulation Proteins Upon Admission Linked to COVID-19 Severity and Mortality? Front Med (Laussane).
Ceballos FC; Ryan P; Blancas R; et al; Jiménez-Sousa MÁ (20/20). Are Reduced Levels of Coagulation Proteins Upon Admission Linked to COVID-19 Severity and Mortality? Front Med (Laussane). 2021; 8:718053. PMID: 34660629. doi: 10.3389/fmed.2021.718053.
T allele was linked to non-AIDS progression in ART-naïve HIV-infected patients: a retrospective study.
Jiménez-Sousa MA; Jiménez JL; Bellón JM; et al (1/10). CYP27B1 rs10877012 T allele was linked to non-AIDS progression in ART-naïve HIV-infected patients: a retrospective study. J Acquir Immune Defic Syndr 2020 ;85(5):659-664. doi: 10.1097/QAI.0000000000002485.
PBMCs gene expression signature of advanced cirrhosis with high risk for clinically significant portal hypertension in HIV/HCV coinfected patients
Salguero, Sergio; Brochado-Kith, Oscar; Verdices, Ana Virseda; et al; Jiménez-Sousa María A (‡, AC); Resino, Salvador (‡, AC). (12/12). 2023. PBMCs gene expression signature of advanced cirrhosis with high risk for clinically significant portal hypertension in HIV/HCV coinfected patients: A cross-control study. Biomedicine & pharmacotherapy. 159, pp.114220. ISSN 1950-6007.
Relative telomere length impact on mortality of COVID-19: Sex differences.Journal of medical virology.
Virseda-Berdices, Ana; Concostrina-Martinez, Leyre; Martinez-Gonzalez, Oscar; et al; Fernandez-Rodriguez, Amanda (‡), Jiménez-Sousa María A (‡). (14/14). 2023. Relative telomere length impact on mortality of COVID-19: Sex differences.Journal of medical virology. 95-1, pp.e28368. ISSN 1096-9071.
Plasma miRNA profile at COVID-19 onset predicts severity status and mortality.
Fernandez-Pato, Asier; Virseda-Berdices, Ana; Resino, Salvador; et al; Jiménez-Sousa María A (‡, AC); Fernandez-Rodriguez, Amanda (‡). (20/20). 2022. Plasma miRNA profile at COVID-19 onset predicts severity status and mortality. EMERGING MICROBES & INFECTIONS. 11(1):676-688. doi: 10.1080/22221751.2022.2038021.
Blood microbiome is associated with changes in portal hypertension after successful direct-acting antiviral therapy in patients with HCV-related cirrhosis.The Journal of antimicrobial chemotherapy.
Virseda-Berdices, Ana; Brochado-Kith, Oscar; Diez, Cristina; et al; Jimenez-Sousa, Maria Angeles. (16/16). 2021. Blood microbiome is associated with changes in portal hypertension after successful direct-acting antiviral therapy in patients with HCV-related cirrhosis.The Journal of antimicrobial chemotherapy. 77(3):719-726. doi: 10.1093/jac/dkab444. ISSN 1460-2091.
Chronic pulmonary aspergillosis update: A year in review. Med Mycol. 2019 Apr 1
Barac A, Kosmidis C, Alastruey-Izquierdo A, Salzer HJF; CPAnet. Chronic pulmonary aspergillosis update: A year in review. Med Mycol. 2019 Apr 1;57(Supplement_2):S104-S109. doi: 10.1093/mmy/myy070. PMID: 30816975.
PUBMED DOILaursen CB, Davidsen JR, Van Acker L, Salzer HJF, Seidel D, Cornely OA, Hoenigl M, Alastruey-Izquierdo A, Hennequin C, Godet C, Barac A, Flick H, Munteanu O, Van Braeckel E. CPAnet Registry-An International Chronic Pulmonary Aspergillosis Registry. J Fungi (Basel). 2020 Jun
Laursen CB, Davidsen JR, Van Acker L, Salzer HJF, Seidel D, Cornely OA, Hoenigl M, Alastruey-Izquierdo A, Hennequin C, Godet C, Barac A, Flick H, Munteanu O, Van Braeckel E. CPAnet Registry-An International Chronic Pulmonary Aspergillosis Registry. J Fungi (Basel). 2020 Jun 29;6(3):E96. doi: 10.3390/jof6030096. PMID: 32610566.
PUBMED DOIProject from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular identification and susceptibility testing of molds isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Jun
Alastruey-Izquierdo A*, Alcazar-Fuoli L, Rivero-Menéndez O, Ayats J, Castro C, García-Rodríguez J, Goterris-Bonet L, Ibáñez-Martínez E, Linares-Sicilia MJ, Martin-Gomez MT, Martín-Mazuelos E, Pelaez T, Peman J, Rezusta A, Rojo S, Tejero R, Vicente Anza D, Viñuelas J, Zapico MS, Cuenca-Estrella M; members of the FILPOP2 Project from GEMICOMED (SEIMC) and REIPI. Molecular identification and susceptibility testing of molds isolated in a Prospective Surveillance of Triazole Resistance in Spain (FILPOP2 study). Antimicrob Agents Chemother. 2018 Jun 25. doi: 10.1128/AAC.00358-18. PMID: 29941643.
PUBMED DOIIn vitro activity of APX001A against rare moulds using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 May 1
Rivero-Menendez O, Cuenca-Estrella M, Alastruey-Izquierdo A.* In vitro activity of APX001A against rare moulds using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 May 1;74(5):1295-1299. doi: 10.1093/jac/dkz022. PMID: 30753499.
PUBMED DOIIn vitro activity of olorofim (F901318) against clinical isolates of cryptic species of Aspergillus by EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 Jun 1
Rivero-Menendez O, Cuenca-Estrella M, Alastruey-Izquierdo A.* In vitro activity of olorofim (F901318) against clinical isolates of cryptic species of Aspergillus by EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2019 Jun 1;74(6):1586-1590. doi: 10.1093/jac/dkz078. PMID: 30891600.
PUBMED DOIMolecular Identification, Antifungal Susceptibility Testing, and Mechanisms of Azole Resistance in Aspergillus Species Received within a Surveillance Program on Antifungal Resistance in Spain. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Aug 23
Rivero-Menendez O, Soto-Debran JC, Medina N, Lucio J, Mellado E, Alastruey-Izquierdo A*. Molecular Identification, Antifungal Susceptibility Testing, and Mechanisms of Azole Resistance in Aspergillus Species Received within a Surveillance Program on Antifungal Resistance in Spain. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Aug 23;63(9). doi: 10.1128/AAC.00865-19. PMID: 31285229.
PUBMED DOIClinical and Laboratory Development of Echinocandin Resistance in Candida glabrata: Molecular Characterization. Front Microbiol. 2019 Jul 11
Rivero-Menendez O, Navarro-Rodriguez P, Bernal-Martinez L, Martin-Cano G, Lopez-Perez L, Sanchez-Romero I, Perez-Ayala A, Capilla J, Zaragoza O, Alastruey-Izquierdo A*. Clinical and Laboratory Development of Echinocandin Resistance in Candida glabrata: Molecular Characterization. Front Microbiol. 2019 Jul 11;10:1585. doi: 10.3389/fmicb.2019.01585. PMID: 31354675.
PUBMED DOIIn vitro activity of olorofim against clinical isolates of Scedosporium species and Lomentospora prolificans using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2020 Aug 28
Rivero-Menendez O, Cuenca-Estrella M, Alastruey-Izquierdo A.* In vitro activity of olorofim against clinical isolates of Scedosporium species and Lomentospora prolificans using EUCAST and CLSI methodologies. J Antimicrob Chemother. 2020 Aug 28. doi: 10.1093/jac/dkaa351. PMID:32856079.
PUBMED DOIEarly innate immune response triggered by the human respiratory syncytial virus and its regulation by ubiquitination/deubiquitination processes.
Martín-Vicente M*, Resino S#, Martínez I#*. Early innate immune response triggered by the human respiratory syncytial virus and its regulation by ubiquitination/deubiquitination processes. J Biomed Sci. 2022 Feb 13;29(1):11. doi: 10.1186/s12929-022-00793-3. PMID: 35152905 (R; FI= 12.771; D1 Medicine, Research & Experimental; JCR 2021).
PUBMED