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Bacterial Genetics

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Content with Investigacion Susceptibilidad del huésped a las infecciones fúngicas invasoras .

Susceptibilidad del huésped a las infecciones fúngicas invasoras


Se estima que más de un millón y medio de personas mueren al año en el mundo debido a una enfermedad fúngica invasora (EFI). Los tratamientos con inmunosupresores, terapias con corticoides, trasplantes de células hematopoyéticas y órgano sólido así como tratamientos quimioterapéuticos contra el cáncer han favorecido el aumento de estas infecciones fúngicas. El género Aspergillus es la principal causa de EFI por hongos filamentosos, siendo A. fumigatus la especie principalmente aislada en la mayoría de los casos y más frecuentemente asociada a Aspergilosis Invasora. 
Muchas de estas infecciones están infra-diagnosticadas debido, tanto a la falta de sospecha clínica como a las limitaciones diagnósticas. Esta línea de investigación tiene como principal objetivo mejorar el pronóstico de la infecciones en pacientes con riesgo de desarrollar infecciones invasoras por hongos. Para ello se estudian marcadores del individuo (denominados biomarcadores del hospedador) que puedan ser detectados de forme temprana en muestras de pacientes en riesgo y que nos permita estratificar a los mismos en función de la susceptibilidad a desarrollar una infección invasora por hongos. Además, estudios realizados en los últimos años muestran que el fondo genético del hospedador está asociado con la predisposición al desarrollo de este tipo de enfermedades. En concreto se han identificado polimorfismos genéticos de nucleótido simple (“Single Nucleotide Polymorphism”- SNP) en genes que codifican para componentes celulares que interaccionan con estructuras  fúngicas y/o que están involucradas en la respuesta inmune del huésped frente a agentes infecciosos como Aspergillus. En este sentido se han estandarizado y aplicado herramientas para la detección de SNPs en humanos de genes diana asociados concretamente con la susceptibilidad a la Aspergilosis Invasora.

Estudio de los mecanismos de virulencia en Aspergillus fumigatus


En paralelo al estudio de la respuesta del hospedador se sigue una línea cuyo objetivo es caracterizar mecanismos de virulencia en A. fumigatus. Uno de los principales mecanismos por los que A. fumigatus es capaz de causar enfermedad en humanos es su capacidad de adaptarse a las condiciones ambientales del hospedador. Entre las moléculas y los genes que se han relacionado con la virulencia de este hongo se encuentran componentes de la pared celular, genes y moléculas relacionadas con la evasión de la respuesta inmune, sistemas de detoxificación de los compuestos derivados del oxígeno, la producción de toxinas, la obtención de nutrientes como hierro, fósforo, nitrógeno y la adaptación a pH y temperatura del hospedador.  Estos estudios permiten profundizar en el conocimiento sobre la patogenicidad de este hongo e identificar nuevas dianas terapéuticas

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Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management

12. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management. Autores: García-Cobos S, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2025 Feb;43(2):102-109.

PUBMED DOI

Rapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022

15. Rapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022. Autores: Linkevicius M, Bonnin RA, Alm E, Svartström O, Apfalter P, Hartl R, Hasman H, Roer L, Räisänen K, Dortet L, Pfennigwerth N, Hans JB, Tóth Á, Buzgó L, Cormican M, Delappe N, Monaco M, Giufrè M, Hendrickx AP, Samuelsen Ø, Pöntinen AK, Caniça M, Manageiro V, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M, Westmo K, Mäkitalo B, Palm D, Monnet DL, Kohlenberg A. Revista: Euro Surveill. 2023 May;28(19):2300209.

PUBMED DOI

Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017.

18. Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017. Autores: Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Sola-Campoy PJ, Carrizo-Manzoni H, Bautista V, Lara N, Aracil B, Alhambra A, Martínez-Martínez L, Campos J; Spanish Antibiotic Resistance Surveillance Program Collaborating Group. Revista: Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24;63(6): e02529-18.

PUBMED DOI

Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1.

16. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1. Autores: Raro OHF, da Silva RMC, Filho EMR, Sukiennik TCT, Stadnik C, Dias CAG, Oteo Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Front Microbiol. 2020 Jul 15;11:1563.

PUBMED DOI

Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023

17. Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023. Autores: Witteveen S, Hans JB, Izdebski R, Hasman H, Samuelsen Ø, Dortet L, Pfeifer Y, Delappe N, Oteo-Iglesias J, Żabicka D, Cormican M, Sandfort M, Reichert F, Pöntinen AK, Fischer MA, Verkaik N, Pérez-Vazquez M, Pfennigwerth N, Hammerum AM, Hallstrøm S, Biedrzycka M, Räisänen K, Wielders CC, Urbanowicz P, de Haan A, Westmo K, Landman F, van der Heide HG, Lansu S, Zwittink RD, Notermans DW, Guzek A, Kondratiuk V, Salmanov A, Haller S, Linkevicius M, Gatermann S, Kohlenberg A, Gniadkowski M, Werner G, Hendrickx AP. Revista: Euro Surveill. 2024 Jun;29(23):2300616.

PUBMED DOI

Spread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024.

19. Spread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024. Autores: Roer L, Yin N, Denis O, Vendrik KE, Zwittink RD, Notermans DW, Perrin M, Khonyongwa K, Tristan A, Youenou B, Layer-Nicolaou F, Werner G, Enger H, Eikrem ECH, Darenberg J, Mäkitalo B, Paulsson M, Björkman J, Fang H, Hallbäck ET, Sundqvist M, Lindholm L, Moganeradj K, García-Cobos S, Cañada-García JE, Holzknecht BJ, Eriksen HB, Hoppe M, Bartels MD, Samaniego Castruita JA, Urth TR, Larsen AR, Petersen A. Revista: Euro Surveill. 2025 Jul;30(28):2500452.

DOI

Carbapenemase-producing Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high risk-clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2

14. Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. Autores: Pérez-Vázquez M, Sola Campoy PJ, Ortega A, Bautista V, Monzón S, Ruiz-Carrascoso G, Mingorance J, González-Barberá EM, Gimeno C, Aracil B, Sáez D, Lara N, Fernández S, González-López JJ, Campos J, Kingsley RA, Dougan G, Oteo-Iglesias J; Spanish NDM Study Group. Revista: J Antimicrob Chemother. 2019 Dec 1;74(12):3489-3496.

PUBMED DOI

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Streptococcus pneumoniae is a human pathogen that, despite the development of vaccines, continues to be an important cause of mortality and morbidity. We investigate the mechanisms of antibiotic resistance in this bacterium. On the one hand by identifying new therapeutic targets and on the other hand by investigating the molecular basis of the action of antibiotics already used in clinical practice (the fluoroquinolones levofloxacin and moxifloxacin) or not yet used (seconeolitsine). For this purpose, we used a multidisciplinary analysis involving genomics, transcriptomics and proteomics to understand the organization of the S. pneumoniae chromosome and the identification of the factors that stabilize this organization, including ncRNAs. Changes in the level of global supercoiling, either by inhibition of gyrase (decrease) or by inhibition of topoisomerase I (increase) alter the transcriptome. The modulated genes are located in domains, whose genes show specific functional characteristics. The aim is to identify new factors essential for S. pneumoniae physiology and to characterize transcriptional regulation in response to topological stress. In addition, RNA interference technology and CRISPR systems will be used as novel antibacterials. These studies will establish the bases for translational research aimed at the development of new therapeutic targets for the treatment of pneumococcal diseases.

Streptococcus pneumoniae is a human pathogen that, despite the development of vaccines, continues to be an important cause of mortality and morbidity. We investigate the mechanisms of antibiotic resistance in this bacterium. On the one hand by identifying new therapeutic targets and on the other hand by investigating the molecular basis of the action of antibiotics already used in clinical practice (the fluoroquinolones levofloxacin and moxifloxacin) or not yet used (seconeolitsine). For this purpose, we used a multidisciplinary analysis involving genomics, transcriptomics and proteomics to understand the organization of the S. pneumoniae chromosome and the identification of the factors that stabilize this organization, including ncRNAs. Changes in the level of global supercoiling, either by inhibition of gyrase (decrease) or by inhibition of topoisomerase I (increase) alter the transcriptome. The modulated genes are located in domains, whose genes show specific functional characteristics. The aim is to identify new factors essential for S. pneumoniae physiology and to characterize transcriptional regulation in response to topological stress. In addition, RNA interference technology and CRISPR systems will be used as novel antibacterials. These studies will establish the bases for translational research aimed at the development of new therapeutic targets for the treatment of pneumococcal diseases.

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