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Investigación

Virus entéricos

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Virus entéricos .

Virus entéricos

1. Vigilancia microbiológica y epidemiológica a nivel nacional de las infecciones causadas por enterovirus y parechovirus y de los casos de parálisis flácida aguda en menores de 15 años. Caracterización, asociación clínica y epidemiología molecular.

2. Investigación de los enterovirus y parechovirus que causan infecciones neurológicas y sistémicas severas en población pediátrica. Estudio de los factores virológicos implicados en la patogenicidad.

3. Estudio virológico de muestras ambientales (aguas residuales y tratadas para consumo) de la CAM.

4. Estudio virológico (diagnóstico y caracterización) de las infecciones gastrointestinales causadas por virus (norovirus, rotavirus y otros). Epidemiología molecular y caracterización de brotes.

Investigación y vigilancia de los poliovirus y la poliomielitis

El Laboratorio de Enterovirus (actualmente de Virus Entéricos) del CNM fue designado Laboratorio Nacional de Poliovirus en 1998 y desde entonces es certificado anualmente por la OMS, como parte del Plan Global de Erradicación de la Poliomielitis. Es responsable, junto a 3 laboratorios primarios en 3 CCAA, de la vigilancia de la poliomielitis a nivel nacional, estudiando e investigando (clínica, epidemiológica y virológicamente) todos los casos compatibles, incluidos los de parálisis flácida aguda en menores de 15 años (enfermedad de notificación obligatoria) para descartar la presencia y circulación de poliovirus en España.

Además, desde 1999 (y gracias a un convenio con el CYII) posee toda la infraestructura y metodología necesaria para realizar vigilancia medioambiental en aguas, tanto para medir la calidad de las aguas potables de ETAP, como para monitorizar la excreción de virus por parte de la población con el estudio de la presencia de poliovirus y otros enterovirus en aguas residuales de EDAR. Esto ha permitido que, a partir de marzo de este año, se estén realizando, además, ensayos de presencia de SARS-CoV-2 en las muestras procedentes de diferentes EDAR situadas en la CAM.

Investigación y referencia en infecciones por enterovirus y parechovirus

El Laboratorio también es Laboratorio de Referencia para las infecciones por Enterovirus y Parechovirus realizando: 1) el diagnostico virológico en muestras clínicas; 2) la caracterización de todos los enterovirus y parechovirus detectados (Programa de Vigilancia Microbiológica del CNM); 3) el desarrollo, mantenimiento y transferencia de métodos de diagnóstico y tipado, tanto moleculares como de cultivo viral; y 4) la investigación para profundizar en el conocimiento de aquellos virus implicados en casos de excepcional importancia clínica o epidemiológica. La larga experiencia del grupo en la propagación de cultivos virales de enterovirus y en técnicas celulares y moleculares de caracterización, ha permitido que el CNM posea una amplia colección de cepas, muy valiosa para la investigación de estos virus.

Investigación y referencia en infecciones gastrointestinales causadas por virus

Desde 2016, el laboratorio realiza: 1) el diagnostico virológico de Norovirus, Rotavirus, Adenovirus 40/41, Astrovirus y otros virus productores de gastroenteritis aguda en muestras clínicas; 2) el genotipado de los virus detectados y la caracterización de brotes; 3) el desarrollo y mantenimiento de métodos de diagnóstico y genotipado; y 4) la investigación básica y epidemiológica de aquellos virus de mayor importancia clínica.

Proyectos de investigación

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Proyectos de investigación financiados en los últimos 5 años

- Investigación de las infecciones neurológicas graves en niños causadas por enterovirus emergentes en España: EV-A71 y EV-D68 (PI18CIII/00017). Financiación: ISCIII. 2019-2021. IP: M. Cabrerizo

- Metagenomic sequencing to identify viral etiologies in undiagnosed cases of meningitis and encephalitis (PI20CIII/00005). Financiación: ISCIII. 2021-2023. IP: M.D. Fernández-García

- Investigación en infecciones por enterovirus y parechovirus que causan patologías neurológicas y sistémicas graves en población infantil (PI15CIII/00020). Financiación: ISCIII. 2016-2019. IP: M. Cabrerizo

- Aplicación de la secuenciación masiva para el diagnóstico de infecciones neurológicas de origen vírico no filiadas (PI-0216-2019). Financiación: Junta de Andalucía, Consejería de Salud y Familias. 2019-2021. IP: M.D. Fernández-García (2019)/ Ana Belen Pérez-Jiménez (2020-21)

- Epidemiología y patogenia molecular de los enterovirus y parechovirus asociados a sepsis e infecciones neurológicas en población infantil en España (PI12/00904). Financiación: ISCIII. 2013-2016. IP: M. Cabrerizo

Otros proyectos de investigación relevantes en los que ha colaborado o colabora el grupo

- Dinámica de colonización e infección por E. coli enteroagregativo en poblaciones pediátricas y su asociación con la composición de la microbiota intestinal mediante análisis metagenómico (PI18CIII/00043). Financiación: ISCIII. 2019-2021. IP: S. Sánchez

- Paving the way for implementing a syndromic diagnostic scheme at the CNM for the diagnosis of diarrhoea-causing pathogens in stool samples based on molecular and metagenomics methods (PI19CIII/00029). Financiación: ISCIII. 2020-2022. IP: D. Carmena

- Engineering lactobacilli for intranasal immunization against the emerging enterovirus D68 (EV-D68) infections and prevention of acute flaccid myelitis. Financiación: ESCMID. 2019-2020. IP: M.C. Póvoa-Cabral

- Análisis epidemiológico y virológico de los agentes virales incluidos en la vacuna triple vírica: nuevos retos (PI15CIII/00023). Financiación: ISCIII. 2016-2019. IP: F. de Ory/A. Fernández

- Epidemiología general y molecular de la hepatitis E en España: ¿una zoonosis emergente? (PI080865). Financiación: ISCIII. 2009-2012. IP: M. Fogeda

- Etiología de las meningitis y encefalitis víricas en España (PI07/90154). Financiación: ISCIII. 2008-2010. IP: F. de Ory

- Investigation of the dynamics and geography of the spread of recombinant forms of human enteroviruses (WT081173MA). Financiación: Wellcome Trust. 2007-2010. IP: P. Simmonds.

Convenios

- Servicios para la realización de estudios virológicos previstos en el agua procedentes para Canal de Isabel II-Gestión (MVP-207/18). Financiación: Canal de Isabel II. 2018-2021. IP: M. Cabrerizo

- Análisis virológico en muestras de aguas procedentes del Canal de Isabel II (MVI-1005/99). Financiación: Canal de Isabel II. 2016-2017. IP: M. Cabrerizo

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Publicaciones destacadas

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Immunization with lipopolysaccharide-deficient whole cells provides protective immunity in an experimental mouse model of Acinetobacter baumannii infection.

9. García-Quintanilla M., Pulido M.R., Pachón J. and McConnell, M.J.* Immunization with lipopolysaccharide-deficient whole cells provides protective immunity in an experimental mouse model of Acinetobacter baumannii infection. PLOS One. 2014 Dec 8;9(12).

PUBMED DOI

Varicella-zoster virus clades circulating in Spain over two decades.

I. González; A. Molina-Ortega; P. Pérez-Romero; J.E. Echevarría; L. He; D. Tarragó. Varicella-zoster virus clades circulating in Spain over two decades. Journal of Clinical Virology. 110, pp. 17- 21. 2019.

PUBMED DOI

Human herpesvirus 8-associated inflammatory cytokine syndrome.

M. Prieto-Barrios; R. Aragón-Miguel; D. Tarragó-Asensio; A. Lalueza; C. Zarco-Olivo. Human herpesvirus 8-associated inflammatory cytokine syndrome. JAMA Dermatology. 154 - 2, pp. 228 - 230. 2018.

PUBMED DOI

Encephalitis associated with human herpesvirus-7 infection in an immunocompetent adult.

M. Parra; A. Alcala; C. Amoros; A. Baeza; A. Galiana; D. Tarragó; M.Á. García-Quesada; V. Sánchez-Hellín. Encephalitis associated with human herpesvirus-7 infection in an immunocompetent adult. Virology Journal. 14 - 1, 2017.

PUBMED DOI

Molecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain.

M. Cabrerizo; M. Díaz-Cerio; C. Muñoz-Almagro; N. Rabella; D. Tarragó; M.P. Romero; M.J. Pena; C. Calvo; S. Rey-Cao; A. Moreno-Docón; I. Martínez-Rienda; A. Otero; G. Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain. J Med Virol. 2017 Mar;89(3):435-442.

PUBMED DOI

Viral epidemic outbreaks and public health alerts studied at the National Centre of Microbiology during a two-year period (2012-2013).

J.M. Echevarría Mayo; A.A. Avellón Calvo; M. Cabrerizo Sanz; I. Casas Flecha; J.E. Echevarría Mayo; Fd.eO. de Ory Manchón; A. Negredo Antón; F. Pozo Sánchez; M.P. Sánchez-Seco Fariñas; D. Tarragó Asensio; G. Trallero Masó. Viral epidemic outbreaks and public health alerts studied at the National Centre of Microbiology during a two-year period (2012-2013). Revista española de salud pública. 90, pp. E16 - E16. 2016

PUBMED

Application of a commercial immunoblot to define EBV IgG seroprofiles.

F. de Ory; E. Guisasola; D. Tarragó; J.C. Sanz. Application of a commercial immunoblot to define EBV IgG seroprofiles. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 29 - 1, pp. 47 - 51. 2015.

PUBMED DOI

Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain.

M. Cabrerizo; D. Tarragó; C. Muñoz-Almagro; E. del Amo; M. Domínguez-Gil; J.M.-S. Eiros; I. López-Miragaya; C. Pérez; J. Reina; A. Otero; I. González; J.E. Echevarría; G. Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain. Clinical Microbiology and Infection. 20 - 3, pp. O150 - O156. 2014.

PUBMED DOI

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Listado de personal

Información adicional

Este grupo constituye el Laboratorio Nacional de Poliovirus (Plan de Erradicación de la Poliomielitis), integrado en red europea WHO/EURO Polio Laboratory Network y coordinando, a su vez, la Red Nacional de Laboratorios para el estudio de casos de parálisis en  La investigación sobre infecciones por enterovirus y parechovirus en población pediátrica se financia desde 2013 a través de proyectos de investigación (PI PI12/00904; PI15CIII/00020; PI18CIII/00017), de los cuales María Cabrerizo es IP y en los que participan epidemiólogos (CNE) y pediatras y microbiólogos de más de 20 hospitales del SNS. La IP pertenece al grupo de investigación consolidado RITIP-IdiPaz y al CIBERESP. El grupo realiza desde 1999 el estudio virológico de muestras ambientales (aguas residuales y tratadas para consumo) de la CAM, a través de un contrato con el CYII. Por último, el grupo es responsable del diagnóstico y caracterización de las infecciones gastrointestinales causadas por virus (norovirus, rotavirus y otros) y de la investigación de brotes (CS del CNM).

Este grupo constituye el Laboratorio Nacional de Poliovirus (Plan de Erradicación de la Poliomielitis), integrado en red europea WHO/EURO Polio Laboratory Network y coordinando, a su vez, la Red Nacional de Laboratorios para el estudio de casos de parálisis en  La investigación sobre infecciones por enterovirus y parechovirus en población pediátrica se financia desde 2013 a través de proyectos de investigación (PI PI12/00904; PI15CIII/00020; PI18CIII/00017), de los cuales María Cabrerizo es IP y en los que participan epidemiólogos (CNE) y pediatras y microbiólogos de más de 20 hospitales del SNS. La IP pertenece al grupo de investigación consolidado RITIP-IdiPaz y al CIBERESP. El grupo realiza desde 1999 el estudio virológico de muestras ambientales (aguas residuales y tratadas para consumo) de la CAM, a través de un contrato con el CYII. Por último, el grupo es responsable del diagnóstico y caracterización de las infecciones gastrointestinales causadas por virus (norovirus, rotavirus y otros) y de la investigación de brotes (CS del CNM).

El centro está dirigido por el Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

El Dr. José Miguel Rubio es licenciado en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid (1986) y doctor en Ciencias Biológicas por la misma universidad (1992). Realizó su tesis doctoral en el Departamento de Genética de la Universidad Autónoma de Madrid, en calidad de Profesor Asociado de Universidad (1988-1989), y en la Facultad de Biología de la Universidad de East Anglia en Norwich, Reino Unido, como Senior Research Assistant (1989-1992).
Durante su etapa postdoctoral obtuvo una Beca de la Comisión Europea dentro del Programa Human Capital and Mobility  a desarrollar en la Universidad de “La Sapienza” de Roma, Italia y el Instituto de Biología Molecular y Biotecnología en Creta, Grecia (1993-1994). Con posterioridad realizó una nueva estancia subvencionada por la OMS y la propia universidad en el departamento de Entomología de la Universidad de Wageningen, Países Bajos (1994-1996).

Desde 1997 es miembro del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), donde se incorpora al Departamento de Parasitología del Centro Nacional de Microbiología, como postdoctoral UE-INCO y posteriormente con una beca de la Comunidad Autónoma de Madrid (CAM). Formo parte del grupo fundador del Centro Nacional de Medicina Tropical (2003-2006)  y de la Unidad de Alertas y Emergencias 24/7 (2006-2018) y actualmente es Responsable de la Unidad de Malaria y Parasitosis Emergentes del Centro Nacional de Microbiología y forma parte, como personal investigador, del Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC/ISCIII).

En su carrera científica ha sido Científico Visitante del Centro Leonidas e Marie Dean (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaos, Brasil) y es Consultor Externo de los Departamentos de Parasitología de la Universidad del Cairo (Egipto) y del Centro de Investigación Médica (MRC) de Kuala Lumpur (Malasia).  Además, pertenece o ha pertenecido a diferentes comités nacionales e internacionales:  Miembro del grupo de expertos para el control de malaria del Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2011; Experto-Evaluador para los programas de salud de la Comisión Europea desde 2004; Representante español (comisionado por el ISCIII y el MSC) en el Comité Científico Técnico del TDR (OMS) 2007-2008; Adjunto Focal Point  español para microbiología en el Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2012 hasta 2020; y, miembro del Comité de Ética para la Investigación del ISCIII hasta 2019.

En este periodo ha publicado más de 100 artículos en revistas indexadas internacionales, 10 capítulos de libros y ha sido coeditor de dos libros dentro del área de malaria, medicina tropical y enfermedades olvidadas. Ha participado en 58 proyectos de investigación de financiación competitiva, 20 de ellos internacionales, habiendo sido el investigador principal en 8 nacionales y en 11 internacionales como IP del proyecto o líder de WP. Además, ha dirigido cinco convenios con empresas. Actualmente tiene concedidos cuatro sexenios de investigación, presentándose este año 2025 al quinto. En el ámbito docente participa en distintos programas de postgrado en las áreas de microbiología y parasitología, habiendo dirigido siete tesis doctorales y más de 20 trabajos fin de Master o Grado, tanto a nivel nacional como internacional. 

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

 Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

 Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr
​ Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

 Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex
​ Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer
​ Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

 Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP
​ Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias
​ Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS