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Investigación
Virología Molecular
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Líneas de investigación:
1. Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).
2. Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.
3. Caracterización de la memoria inmunitaria frente a SARS-CoV-2 en población mayor de 65 años.
4. Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.
5. Estudio de la entrada viral y el tropismo del VIH en virus de especial relevancia epidemiológica en España.
6. Mecanismos genéticos de protección y control de la infección del VIH-1 en poblaciones con fenotipos extremos.
Estudios clínicos:
1. Ensayo clínico de fase 1 para evaluar la seguridad e inmunogenicidad de la vacuna 763SIP8/MPLA-5 basada en la envoltura del VIH-1 como vacuna preventiva en adultos sanos no infectados.
2. ENE-COVID-Senior: Estudio observacional prospectivo en una cohorte de personas residentes en residencias de mayores para establecer su estado inmunológico después de recibir una pauta completa de vacunación.
Implementación de nuevas tecnologías:
1. Identificación de sitios de integración del VIH-1 mediante secuenciación masiva
2. Transcriptómica de célula única con secuenciación simultánea del TCR/BCR
3. Inteligencia epidemiológica para la predicción de variantes de SARS-CoV-2 con probabilidad de emerger en diferentes contextos de vacunación.
Proyectos de investigación
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1. Respuesta inmune frente a la infección por SARS-CoV-2: Efecto en vacunados naive y en seropositivos frente a las variantes más transmisibles y relevancia de la genética del hospedador.
Investigador principal: Javier García Pérez.
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2021(ISCIII)
Financiación: 135.000 €
Duración: 2022-2025.
Nº de Expediente: PI21CIII/00025.
2. Diseño y generación de stocks virales de las nuevas variantes de SARS-CoV-2 (subvariantes ómicron) y análisis de su susceptibilidad a la neutralización por anticuerpos.
Investigador principal: Javier García Pérez.
Organismo financiador: Hipra Scientific S.L.U.
Financiación: 103.771 €
Duración: 2023-2025.
Nº de Expediente: MVP 198/23.
3. Caracterización de una mutación en transportina 3 que protege de la infección por VIH: mecanismos moleculares y descubrimiento de nuevos fármacos.
Investigadores principales: José Alcamí y Javier García Pérez.
Organismo financiador: Proyectos de I+D+I, Generación de Conocimiento y Retos Investigación de la Agencia Estatal de Investigación.
Financiación: 240.000 €
Duración: 2022-2026.
Nº de Expediente: Proyecto PID2021-125978OB-C21financiado por MICIU/AEI/10.13039/501100011033 y por FEDER, UE
4. Generación de inmunógenos basados en envueltas de VIH-1 procedentes de individuos con infección aguda y respuesta neutralizante amplia frente a virus fundadores.
Investigador principal: Nuria González Fernández.
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2023 (ISCIII)
Financiación: 82.000 €
Duración: 2024-2026.
Nº de Expediente: PI23CIII/00039.
5. Ensayo clínico de fase 1 para evaluar la seguridad e inmunogenicidad de la vacuna 763SIP8/MPLA-5 basada en la envoltura del VIH-1.
Investigador principal: Josep Mallolas Masferrer.
Organismo financiador: Proyectos de Investigación Clínica Independiente, Acción Estratégica en Salud 2021-2023 (ISCIII).
Financiación: 173.200 €
Duración: 2024-2026.
Nº de Expediente: ICI23/00025.
6. Servicio de determinaciones inmunológicas del protocolo ENE-COVID SENIOR II.
Investigador principal: Mayte Pérez Olmeda y Javier García Pérez.
Organismo financiador: fundación para la investigación biomédica del Hospital Universitario La Paz
Financiación: 185.037 €
Duración: 2024-2025.
Nº de Expediente: MOTR 219/24.
7. Caracterización de la memoria inmunitaria frente a SARS-CoV-2 en población mayor de 65 años mediante transcriptómica de célula única. Investigador principal: Javier García Pérez y Francisco Díez Fuertes.
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2021(ISCIII)
Financiación: 152.000 €
Duración: 2025-2027.
Nº de Expediente: PI24CIII/00058<
8. Evaluación de rimonabant y análogos de cannbinooides en la infección por VIH y la latencia viral. Investigador principal: Luis Miguel Bedoya del Olmo.
Organismo financiador: Universidad Complutense de Madrid
Financiación: 12.000 €
Duración: 2024-2025.
Nº de Expediente: PR12/24-31553.
9. Descubrimiento de nuevos inhibidores de la biogénesis del ARN del VIH-1 basados en el bloqueo de la ribonucleoproteína RRE-Rev.
Investigador principal: José Gallego Sala. Investigador Asociado: Luis Miguel Bedoya del Olmo
Organismo financiador: Consellería de Innnovación, Universidades, Ciencia y Sociedad Digital. Generalitat Valenciana.
Financiación: 543.683,84 €
Duración: 2025-2027.
Nº de Expediente: PROMETEO/2021/036.
Publicaciones destacadas
Broth microdilution protocol for determining antimicrobial susceptibility of Legionella pneumophila to clinically relevant antimicrobials
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PUBMED DOITrends in invasive bacterial diseases during the first 2 years of the COVID-19 pandemic: analyses of prospective surveillance data from 30 countries and territories in the IRIS Consortium
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PUBMED DOIPaenibacillus spp. isolated from human and environmental samples in Spain: detection of 11 new species.
Sáez-Nieto JA, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Garrido N, Fernandez-Torres MA, Villalón P, Valdezate S. Paenibacillus spp. isolated from human and environmental samples in Spain: detection of 11 new species. New Microbes New Infect. 2017. 24;19:19-27.
PUBMED DOIGenomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study.
10. Genomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study. Autores: García-Cobos S, Seco Alberca N, Bravo-Queipo-de-Llano B, Casquero-García V, Ramírez de Arellano E, Calvo C, Ruíz-Carrascoso G, Falces-Romero I, Larrosa Escartín N, Viñado-Perez B, Martínez-López MÁ, Melendo Pérez S, Ruíz de Gopegui E, Pérez Vázquez S, Carrasco-Colom J, Aracil García B, Pérez-Vázquez M, Méndez-Echevarría A, Oteo Iglesias Revista: J. Front Microbiol. 2025 May 9;16:1534840.
PUBMED DOIDefinition of the viral targets of protective HIV-1-specific T cell responses
Mothe B, Llano A, Ibarrondo J, Daniels M, Miranda C, Zamarreno J, Bach V, Zuniga R, Perez-Alvarez S, Berger CT, Puertas MC, Martinez-Picado J, Rolland M, Farfan M, Szinger JJ, Hildebrand WH, Yang OO, Sanchez-Merino V, Brumme CJ, Brumme ZL, Heckerman D, Allen TM, Mullins JI, Gomez G, Goulder PJ, Walker BD, Gatell JM, Clotet B, Korber BT, Sanchez J, Brander C; J Transl Med. 2011 Dec 7;9:208
PUBMED DOIShortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species
Carrasco G, de Dios Caballero J, Garrido N, Valdezate S, Cantón R, Sáez-Nieto JA. Shortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species. Front Microbiol. 2016 21;7:542.
PUBMED DOIWidespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands.
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PUBMED DOIBroadly cross-neutralizing antibodies in HIV-1 patients with undetectable viremia
Medina-Ramirez M, Sanchez-Merino V, Sanchez-Palomino S, Merino-Mansilla A, Ferreira CB, Perez I, Gonzalez N, Alvarez A, Alcocer-Gonzalez JM, Garcia F, Gatell JM, Alcami J, Yuste E; J Virol. 2011 Jun;85(12):5804-13.
PUBMED DOIEffectiveness of a Meningococcal Group B Vaccine (4CMenB) in Children
Castilla J, García Cenoz M, Abad R, Sánchez-Cambronero L, Lorusso N, Izquierdo C, Cañellas Llabrés S, Roig J, Malvar A, González Carril F, Boone ALD, Pérez Martín J, Rodríguez Recio MJ, Galmés A, Caballero A, García Rojas A, Juanas F, Nieto M, Viloria Raymundo LJ, Martínez Ochoa E, Rivas AI, Castrillejo D, Moreno Pérez D, Martínez A, Borràs E, Sánchez Gómez A, Pastor E, Nartallo V, Arteagoitia JM, Álvarez-Fernández B, García Pina R, Fernández Arribas S, Vanrell J, García Hernández S, Mendoza RM, Méndez M, López-Tercero MM, Fernández-Rodríguez Á, Blanco Á, Carrillo de Albornoz FJ, Ruiz Olivares J, Ruiz-Montero R, Limia A, Navarro-Alonso JA, Vázquez JA, Barricarte A. N Engl J Med. 2023 Feb 2;388(5):427-438
PUBMED DOIIncrease in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis.
Medina-Pascual MJ, Valdezate S, Carrasco G, Villalón P, Garrido N, Saéz-Nieto JA. (2015) Increase in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis. Clin Microbiol Infect. ;21(2):150-6
PUBMED DOIContenidos con Investigacion .
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Javier García Pérez
Investigador Doctor
Código ORCID: 0000-0001-7551-7803
Licenciado en Bioquímica (1999) y Biología Molecular (2000) por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), consiguió una beca predoctoral “ISCIII” en el laboratorio de Inmunopatología del SIDA, donde desarrolló nuevas técnicas basadas en virus recombinantes. Su tesis doctoral se centró en la aplicación de este desarrollo tecnológico al estudio de la capacidad replicativa del VIH-1 y su resistencia a los fármacos antirretrovirales, obteniendo el grado de doctor en Ciencias por la UAM en 2007.
Gracias a un breve postdoc en 2008 y varias estancias entre 2009 y 2015 en la Unidad de Patogenia Viral del Instituto Pasteur de París amplió su formación en el estudio de la envoltura y el tropismo del VIH-1. Entre 2015 y 2019 se reincorpora a la unidad de Inmunopatología del SIDA del ISCIII, centrando su trabajo en el estudio de la capacidad funcional de virus fundadores, así como de variantes del virus con interés en Salud Pública por su reciente expansión en nuestro país. Actualmente lidera un proyecto sobre el estudio de una mutación en transportina 3 observada en pacientes con una distrofia muscular muy rara (LGMDD2) y que confiere protección frente a la infección por el VIH-1.
Durante los últimos 5 años compagina esta actividad en VIH-1 con la participación y liderazgo de diferentes estudios y ensayos clínicos que investigan la inmunidad generada en personas vacunadas contra la infección por SARS-CoV-2.
Desde 2024 es Investigador Doctor fuera de convenio en el Centro Nacional de Microbiología y actualmente coordina junto al Dr. Francisco Díez Fuertes la unidad de Inmunopatología del SIDA.
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Francisco Díez Fuertes
Investigador Doctor Indefinido
Código ORCID: 0000-0003-2413-9229
Licenciado en Biología por la Universidad de León, Doctor especializado en virología molecular por la Universidad Complutense de Madrid en 2010 y magíster universitario en bioinformática y biología computacional por la misma universidad en 2012. Ha realizado estancias de investigación en University of Illinois at Urbana Champaign (EEUU) en 2010, Nebraska Center for Virology (EEUU) en 2011, Institut Pasteur (Francia) en 2013 y J. Craig Venter Institute (EEUU) en 2015-2016.
Se incorpora a la Unidad de Inmunopatología del SIDA en 2013 con un contrato del programa postdoctoral “Sara Borrell”. Tras una etapa en el Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer de Barcelona se reincorpora en la Unidad de Inmunopatología del SIDA en 2020 como investigador doctor.
Sus líneas de investigación se han centrado en la caracterización genómica y transcriptómica de fenotipos extremos en la infección de VIH-1, incluyendo pacientes no progresores a largo plazo y controladores de élite. Colabora con otros laboratorios del centro en el análisis de brotes causados por virus con interés en Salud Pública, así como en estudios evolutivos sobre epidemiología genómica. Desde el año 2020 ha liderado diferentes estudios clínicos sobre COVID-19. En la actualidad, combina las ciencias ómicas con diferentes herramientas bioinformáticas para dar respuesta a diferentes preguntas científicas en el ámbito de la virología, especialmente en la investigación en VIH-1 y SARS-CoV-2. Actualmente coordina junto con el Dr. Javier García Pérez la unidad de Inmunopatología del SIDA.
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Nuria González Fernández
Investigadora Contratada indefinida
Código ORCID: 0000-0002-0087-5144
Completó su tesis doctoral en 2007 (Universidad Autónoma de Madrid), dedicada al desarrollo de un sistema de virus recombinantes en la envoltura para caracterizar el tropismo del VIH-1, así como al estudio del papel de la quimiocina CXCL12 en la propagación del virus en la sinapsis infecciosa. Parte de este trabajo lo realizó en el laboratorio del Dr. Quentin Sattentau en la Universidad de Oxford.
Durante su etapa postdoctoral, amplió su investigación sobre los mecanismos de entrada del VIH y se especializó en el estudio de la respuesta neutralizante. Desarrolló un sistema para medir la actividad neutralizante, que ha sido utilizado en ensayos clínicos de prototipos de vacunas frente al VIH. Durante una estancia en el Vaccine Research Center, NIH (EEUU), adquirió experiencia en diversas técnicas para la caracterización de anticuerpos neutralizantes de amplio espectro, lo que derivó en nuevas colaboraciones y proyectos de investigación, que continúa desarrollando en la actualidad en la Unidad de Inmunopatología del SIDA del Instituto de Salud Carlos III.
Ha participado en redes de investigación como EAVI2020 (co-IP), CIBERINFEC, RIS y EUROPRISE (UE). Desde 2014 es profesora del máster en Microbiología aplicada a la Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas de la Universidad de la Universidad de Alcalá y, desde 2023, del máster sobre infección por el virus de la inmunodeficiencia humana de la Universidad Rey Juan Carlos.
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Mercedes Bermejo Herrero
Investigadora post-doctoral contratada
Código ORCID: 0000-0001-9909-8578
Licenciada y doctora en ciencias Biológicas (Bioquímica y Biología Molecular) por la Universidad Autónoma de Madrid. Su tesis doctoral estudió la expresión de CXCR4 y SDF-1/CXCL12 en linfocitos y células dendríticas y sus implicaciones en la Infección por el VIH-1.
Ha realizado estancias en distintos laboratorios: Servicio de Inmunología del Hospital Universitario Gregorio Marañón de Madrid, Centro de investigación del Hospital Universitario 12 de octubre de Madrid (donde fue responsable del servicio de citometría de flujo) y en la actualidad en el CNM del instituto de Salud Carlos III.
Sus líneas de investigación se han centrado en el estudio de la biología del VIH y su interacción con el sistema inmune. Actualmente ha participado en ensayos clínicos, CombiVacs y ENE-Covid Senior, y la colaboración con Hipra.
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Rubén Ayala Suárez
Técnico Superior Especializado OPI
Código ORCID: 0000-0002-1271-646.
Graduado en Biotecnología por la Universidad de Cádiz (2015), Máster en Microbiología de Enfermedades Infecciosas (2016) y Doctorado en Biología Funcional por la Universidad de Alcalá (2023). Realizó su Tesis Doctoral en el laboratorio de Inmunopatología del SIDA (CNM) sobre mecanismos epigenéticos postraduccionales del control natural de la infección por VIH. En el mismo período, realizó un Diploma de Bioinformática en la Universidad Pablo de Olavide (2021).
En 2023 se incorporó como investigador postdoctoral en el grupo de investigación en VIH y SIDA del Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer (Barcelona), donde trabajó sobre la relación de VIH y la senescencia hasta su incorporación como Técnico Superior Especializado en la unidad de Inmunopatología del SIDA del Centro Nacional de Microbiología (ISCIII) en 2025.
Los principales proyectos de investigación en los que participa se centran en la resistencia y el control natural a la infección por VIH, así como la evaluación de la respuesta inmunitaria en ensayos vacunales, utilizando principalmente técnicas bioinformáticas centradas en la secuenciación masiva (RNA-Seq, single-cell, genome sequencing), la aplicación de bioestadística y el machine learning en el manejo de los datos.
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Almudena Cascajero Díaz
Técnico de laboratorio
Código ORCID: 0000-0002-9654-3100
Técnico Superior de Actividades Técnicas y Profesionales (Unidades de Inmunopatología del SIDA y Legionella, Centro Nacional de Microbiología).Técnico Superior de Laboratorio de Diagnóstico Clínico por IES Renacimiento de Madrid.
Experiencia en técnicas de clonaje y caracterización de anticuerpos neutralizantes y participación en diferentes proyectos sobre la patogénesis del VIH mediante el estudio de la envoltura del virus y de los mecanismos de resistencia a fármacos antirretrovirales. Esta experiencia me ha permitido participar posteriormente en 5 estudios clínicos multicéntricos estudiando la respuesta inmune frente a diferentes variantes de SARS-CoV-2.
Desde 2021, participo también como técnico de laboratorio en la Unidad de Legionella como apoyo al Sistema Nacional de Salud a través de la vigilancia microbiológica de la enfermedad para contribuir a la prevención y control de la legionelosis.
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Manuela Beltrán Vicente
Técnico de Laboratorio Indefinido
Código ORCID: 0000-0001-6185-2280
Técnico Superior de Actividades Técnicas y Profesionales (Unidad de Inmunopatología del SIDA, Centro Nacional de Microbiología). Técnico Especialista de Laboratorio de Análisis Clínico por el IES Las Musas (Madrid, 1996).
Experiencia demostrada en el desarrollo de estrategias frente al VIH, enfocada en el cribado de compuestos tanto de origen natural como sintético con actividad antiviral e identificación y evaluación de potenciales agentes terapéuticos, así como el cribado de muestras serológicas para el estudio de la inmunidad para la identificación de posibles estrategias para el desarrollo de vacunas contra el VIH.
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Silvia Jara Herrera
Técnico de Laboratorio Contratado CIBERINFEC
Código ORCID: 0009-0001-2842-2040
Técnico de Laboratorio de Diagnóstico Clínico y Biomédico.Actualmente se encuentra trabajando en la Unidad de Inmunopatología del SIDA del Centro Nacional de Microbiología (ISCIII) con contrato a través del Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBER-INFEC).
Trabajó desde marzo del 2020 hasta septiembre del 2024 en el departamento de Sanidad Animal (Facultad de Veterinaria) de la Universidad Complutense de Madrid.
Experiencia en técnicas serológicas (ELISA, Western Blot e IFI), cultivos celulares y biología molecular.
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Paloma Jiménez Santana
Técnico de laboratorio contratado
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Irene Díaz Marín
Técnico de laboratorio contratado
Técnico Superior de Laboratorio en Diagnóstico Clínico y Biomédico por CIFP Politécnico de Murcia-CESUR y graduada en Periodismo por la Universidad Complutense de Madrid.
Actualmente se encuentra dentro de la Unidad de Inmunopatología del SIDA del Centro Nacional de Microbiología (CNM) con un contrato de Garantía Juvenil de la Comunidad de Madrid, donde realiza tareas técnicas en diferentes proyectos de investigación sobre VIH-1 y COVID-19.
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Laura Capa Muñoz
Investigadora post-doctoral contratada
Código ORCID: 0000-0002-0234-331X
Licenciada en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid y Doctora por la Universidad Complutense de Madrid, ha realizado un máster en sida (Universidad Complutense de Madrid) y un máster de actualización en la infección por el VIH (Universidad Rey Juan Carlos de Madrid).
Actividad profesional desarrollada fundamentalmente en el campo de las enfermedades infecciosas, tanto en el ámbito de la investigación básica en centros públicos de investigación y en la industria farmacéutica, como en el ámbito de la salud pública y la gestión científica. Ha trabajado en la respuesta internacional a la pandemia del VIH, representando al Ministerio de Sanidad en calidad de experta en reuniones de la Comisión Europea y colaborado con la OMS. En el Instituto de Salud Carlos III, ha llevado la gestión científica de proyectos nacionales y europeos en la Unidad de Inmunopatología del SIDA y ha formado parte del Grupo de Trabajo de Protección de Datos del Instituto. Actualmente, sigue coordinando la Cohorte de Pacientes No Progresores a Largo Plazo creada por la Red Española de Investigación en SIDA (RIS), forma parte del equipo de coordinación del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII y del Grupo de Trabajo de Igualdad del Instituto.
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José Alcamí Pertejo
Profesor de Investigación
Código ORCID: 0000-0003-0023-7377
Licenciado en Medicina por la Universidad Autónoma y Doctor en Medicina por la Universidad Complutense de Madrid. Especialista en Medicina Interna en el Hospital 12 de Octubre (1982-1986). Formación en inmunología mediante una beca de Personal Investigador (1986-1988). Investigador asociado en la Unidad de Inmunología Viral del Instituto Pasteur de París (1988-1992) donde obtuvo el Master en Inmunopatologia por dicho Instituto. Profesor de Investigación desde 2015, dirigió la Unidad de Inmunopatología del SIDA en el Centro Nacional de Microbiología desde el año 2000. Coordinador desde el año 2003 de la Red Española de Investigación en SIDA, participa como líder de grupo en redes europeas de excelencia cuyo objetivo es el desarrollo de nuevas vacunas, fármacos y microbicidas frente al VIH/SIDA: EUROPRISE, AIM-HIV, CHAARM y EAVI2020. Desde el año 2019 ejerce la Dirección Científica de la Unidad VIH en el Hospital Clinic de Barcelona. Ha sido profesor de inmunología y virología en la Universidad Europea de Madrid entre 2012 y 2014 y director del Master en Salud Pública e Investigación en Enfermedades Infecciosas de la Universidad de Alcalá de Henares desde 2014 a 2023.
>Autor de más de 200 artículos científicos en revistas de alto impacto como Nature, Nature Reviews in Microbiology, Nature Medicine, Lancet y Journal of Clinical Investigation y más de 80 capítulos en libros. Divulgador científico a través de su canal de YouTube y en la plataforma X. Ha sido investigador principal de más de 50 proyectos de investigación, incluyendo proyectos europeos y un proyecto del NIH americano.
Consultor del FIS y la ANEP desde 1992, miembro del consejo científico de la Agencia Francesa de Evaluación en SIDA entre 2008 y 2014, evaluador de los programas FP6, FP7 y H2020 de la UE, miembro del consejo científico externo del Instituto de Salud Global (Hospital Ramón y Cajal), colaborador científico de la EMA y la AEMPS en las que ha formado parte de los comités de biotecnología, antivirales y vacunas. Miembro científico del consorcio Vaccelerate de la UE y editor asociado de Journal of Virology, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology y HIV medicine.
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