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Investigación
Taxonomía Bacteriana
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Taxonomía Bacteriana
Los objetivos de investigación se focalizan en los ámbitos de la Taxonomía Bacteriana y de la Microbiología en Salud Pública:
• Asignación taxonómica bacteriana de especies emergentes, inusuales, de difícil identificación implicadas en infección humana
• Descripción de nuevas especies
• Estudio de la biología poblacional bacteriana mediante diferentes técnicas de tipificación: genes conservados (gyrB, secA, rpoB, tuf, etc), MLST (Multilocus sequence typing), MLVA ( Multiple Locus Variable-number Tandem Repeat Analysis) y/o secuenciación de genoma completo
• Epidemiología de la resistencia frente a antimicrobianos y factores de virulencia para determinados patógenos bacterianos en diferentes escenarios nosocomial/comunitario.
Estos objetivos se abordan desde la perspectiva de la taxonomía polifásica (taxonomía feno- y genotípica) combinada con el estudio del genoma completo para la asignación de género/especie y análisis filogenéticos. Conjuntamente se realizan análisis de viruloma y resistoma para determinadas especies bacterianas (ver publicaciones) y para contextos de brote en Salud Pública.
La investigación de la infección invasiva por Streptococcus pyogenes y otros estreptococos beta-hemolíticos, se realiza a través del Programa de Vigilancia del Centro Nacional de Microbiología con el estudio de los linajes circulantes en nuestro país.
Líneas de investigación
• Descripción de nuevos géneros y especies bacterianas con repercusión clínica.
• Estudio del entorno taxonómico, de virulencia y resistencia a antimicrobianos de bacterias anaerobias multirresistentes de interés clínico.
• Filogenia, caracterización de mecanismos moleculares de resistencia y plataformas genéticas en Nocardia spp y géneros afines.
• Streptococcus pyogenes: elementos genéticos móviles protagonistas en la evolución de serotipos pandémicos M1 y M89 causantes de infecciones invasivas.
• Identificación de los genotipos circulantes en España de Brucella melitensis y de nuevas líneas clonales.
• Caracterización genética de las neurotoxinas responsables de botulismo humano en España.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- Título: Desvelando la genómica de las bacterias anaerobias procedentes de bacteriemias
Referencia Proyecto: PID202-1127477OB-I00-MPY 302/22.
Entidad financiador: Agencia Estatal de Investigación.
Fechas de ejecución: 2023-2026
Financiación 108.900 €.
Investigadora principal: Sylvia Valdezate
- Título: Plataformas MALDI-TOF/CMI SENSITITRETM Personal Técnico Apoyo
Referencia: PTA2019-016623-I.
Entidad Financiadora: Agencia Estatal de Investigación.
Fechas ejecución 12/2020-11/2023
Investigadora principal: Sylvia Valdezate
- Título: Elementos genéticos móviles protagonistas en la evolución de los serotipos pandémicos M1 y M89 de Streptococcus pyogenes en el síndrome del shock tóxico y otras infecciones invasivas
Referencia: (MPY 377/18).
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Agencia Estatal de Investigación en Salud Intramural (AESI).
Fechas de ejecución: 11/2018-12/2022.
Financiación: 40.000 €.
Investigadoras principales: Pilar Villalón. Co-IP Sylvia Valdezate.
- Título: Plataformas genéticas y su influencia en la resistencia a co-trimoxazol, macrólidos y tetraciclina en Nocardia spp.
Referencia: MPY 1278/15
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Agencia Estatal de Investigación en Salud Intramural (AESI).
Fechas de ejecución: 2015-2017.
Financiación: 88.141,8 €.
Investigadora principal: Sylvia Valdezate
- Título: Filogenia y caracterización de mecanismos moleculares de resistencia en Nocardia spp.
Referencia: MPY 1446/11
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Fondo de Investigación Sanitaria (AES). ()
Fechas de ejecución: 04/2012-10/2015
Financiación: 115.457 €.
Investigadora principal: Sylvia Valdezate.
- Título: Iberian network of laboratories of biological alert. Accreditation of methods for detection highly pathogenic agents (IB-BIOALERTNET).
Entidad financiadora: COMISIÓN EUROPEA HOME/2012/ISEC/AG/CBRN/4000003810. (Instituto de Salud Carlos III (VISAVET, IVIA, INSA, INIAV))
Referencia: SAFI 1132/13-7.
Fecha de ejecución: 2013-2015.
Financiación: 699.175 €.
Tipo de participación: Miembro del equipo investigador.
- Título: EQUATOX Project Establishment of Quality Assurances for theDetection of Biological Toxins of potential Bioterrorism risk.
Entidad financiadora y convocatoria: Seven Framework Programme for Research FP7-SECURITY. (Robert Koch-Institut Berlin Alemania).
Referencia: SEC-2011.5.4-1.
Fechas de ejecución: 2012-2014.
Publicaciones destacadas
Immunoescape of HIV-1 in Env-EL9 CD8 + T cell response restricted by HLA-B*14:02 in a Non progressor who lost twenty-seven years of HIV-1 control
Moyano A, Blanch-Lombarte O, Tarancon-Diez L, Pedreño-Lopez N, Arenas M, Alvaro T, Casado C, Olivares I, Vera M, Rodriguez C, Del Romero J, López-Galíndez C, Ruiz-Mateos E, Prado JG, Pernas M. Retrovirology. 2022 Mar 26,19(1):6
PUBMED DOIThe Characteristics of the HIV-1 Env Glycoprotein Are Linked with Viral Pathogenesis
Pérez-Yanes S, Pernas M, Marfil S, Cabrera-Rodríguez R, Ortiz R, Urrea V, Rovirosa C, Estévez-Herrera J, Olivares I, Casado C, Lopez-Galindez C, Blanco J, Valenzuela-Fernández A. Front Microbiol. 2022 Mar 24, 3:763039.
PUBMED DOIAnalysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps.
Ramón Lorenzo‐Redondo, Soledad Delgado, Federico Morán, and Cecilio Lopez‐Galindez. Analysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps. (2014) PLoS One. 9(2): e88579.
PUBMED DOICharacterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread.
1. Characterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread. Dahdouh E, Gómez-Marcos L, Cañada-García JE, de Arellano ER, Sánchez-García A, Sánchez-Romero I, López-Urrutia L, de la Iglesia P, Gonzalez-Praetorius A, Sotelo J, Valle-Millares D, Alonso-González I, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Cercenado E, Aracil B, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M; Spanish Eco-Carba Study Group. Revista: Front Cell Infect Microbiol 2024 May 16;14:1390966.
PUBMED DOIAn increase in erythromycin resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus from blood correlates with the use of macrolide/lincosamide/streptogramin antibiotics. EARS-Net Spain (2004-2020).
4. An increase in erythromycin resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus from blood correlates with the use of macrolide/lincosamide/streptogramin antibiotics. EARS-Net Spain (2004-2020). Autores: El Mammery A, Ramírez de Arellano E, Cañada-García JE, Cercenado E, Villar-Gómara L, Casquero-García V, García-Cobos S, Lepe JA, Ruiz de Gopegui Bordes E, Calvo-Montes J, Larrosa Escartín N, Cantón R, Pérez-Vázquez M, Aracil B, Oteo-Iglesias J. Revista: Front Microbiol. 2023 Sep 26;14:1220286.
PUBMED DOIWidespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands.
11. Widespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands. Autores: Jati AP, Sola-Campoy PJ, Bosch T, Schouls LM, Hendrickx APA, Bautista V, Lara N, Raangs E, Aracil B, Rossen JWA, Friedrich AW, Navarro Riaza AM, Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M, García-Cobos S; Dutch and Spanish Collaborative Working Groups on Surveillance on Carbapenemase-Producing Enterobacterales; Sánchez AMF, Pulido MA, Armas M. Revista: Microbiol Spectr. 2023 Aug 17;11(4):e0471622.
PUBMED DOIClinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak.
2. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. Autores: Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Revista: mSphere. 2024 Mar 26;9(3):e0072923.
PUBMED DOIPhenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii.
5. Phenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii. Autores: Cañada-García JE, Grippo N, de Arellano ER, Bautista V, Lara N, Navarro AM, Cabezas T, Martínez-Ramírez NM, García-Cobos S, Calvo J, Cercenado E, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; Spanish IMP Study Group. Revista: Front Microbiol. 2022 Sep 28;13:1000787.
DOICARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3.
6. CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3. Autores: Cañada-García JE, Moure Z, Sola-Campoy PJ, Delgado-Valverde M, Cano ME, Gijón D, González M, Gracia-Ahufinger I, Larrosa N, Mulet X, Pitart C, Rivera A, Bou G, Calvo J, Cantón R, González-López JJ, Martínez-Martínez L, Navarro F, Oliver A, Palacios-Baena ZR, Pascual Á, Ruiz-Carrascoso G, Vila J, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; GEMARA/GEIRAS-SEIMC/REIPI CARB-ES-19 Study Group. Revista: Front Microbiol. 2022 Jun 30;13:918362.
DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types.
3. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types. Autores: Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Jiménez-Orellana M, Viedma E, Sánchez A, Alhambra A, Villa J, Delgado-Iribarren A, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Aracil B, Cercenado E, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J. Revista: Antibiotics (Basel). 2023 Jan 6;12(1):107.
DOIInterregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes.
7. Interregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes. Autores: Moure Z, Lara N, Marín M, Sola-Campoy PJ, Bautista V, Gómez-Bertomeu F, Gómez-Dominguez C, Pérez-Vázquez M, Aracil B, Campos J, Cercenado E, Oteo-Iglesias J; Spanish Linezolid-Resistant Enterococci Collaborating Group. Revista: Int J Antimicrob Agents. 2020 Jun;55(6):105977.
PUBMED DOICarbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high-risk clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2.
8. Carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high-risk clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2. Autores: Pérez-Vázquez M, Sola-Campoy PJ, Zurita ÁM, Ávila A, Gómez-Bertomeu F, Solís S, López-Urrutia L, Gónzalez-Barberá EM, Cercenado E, Bautista V, Lara N, Aracil B, Oliver A, Campos J, Oteo-Iglesias J; Spanish Antibiotic Resistance Surveillance Program collaborating Group. Revista: Int J Antimicrob Agents. 2020 Jul;56(1):106026.
PUBMED DOIMultidrug-resistant gram-negative bacteria in Spanish ICU patients: clinical and microbiological characterization (MURAN-UCI Project).
9. Multidrug-resistant gram-negative bacteria in Spanish ICU patients: clinical and microbiological characterization (MURAN-UCI Project). Autores: Ramirez de Arellano E, López-Causapé C, Delgado-Valverde M, Arroyo Muñoz FJ, Alemparte-Pardavila E, Arca-Suárez J, Ayestarán I, Calvo Montes J, Cañada-Garcia J, Garcia-Cobos S, García-Fernández S, Gijón Cordero D, González-López JJ, Mir-Cros A, Nuvials X, Pérez-Vázquez M, Pomares-de la Peña A, Pampín-Garcia M, Riazzo C, Rodríguez-Gómez J, Rojo-Molinero E, Ruiz-Garbajosa P, Soriano C, Suberviola Cañas B, Taltavull B, Garnacho-Montero J, Oliver Palomo A, Oteo-Iglesias J; MURAN-UCI Spanish group. Revista: Microbiol Spectr. 2026 Feb 3;14(2):e0298725.
PUBMED DOIGenomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study.
10. Genomic analysis of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) causing infections in children-a Spanish multicenter study. Autores: García-Cobos S, Seco Alberca N, Bravo-Queipo-de-Llano B, Casquero-García V, Ramírez de Arellano E, Calvo C, Ruíz-Carrascoso G, Falces-Romero I, Larrosa Escartín N, Viñado-Perez B, Martínez-López MÁ, Melendo Pérez S, Ruíz de Gopegui E, Pérez Vázquez S, Carrasco-Colom J, Aracil García B, Pérez-Vázquez M, Méndez-Echevarría A, Oteo Iglesias Revista: J. Front Microbiol. 2025 May 9;16:1534840.
PUBMED DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types.
13. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types. Autores: Cañada-García JE, Ramírez de Arellano E, Jiménez-Orellana M, Viedma E, Sánchez A, Alhambra A, Villa J, Delgado-Iribarren A, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Aracil B, Cercenado E, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J. Revista: Antibiotics (Basel). 2023 Jan 6;12(1):107.
PUBMED DOIHypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management
12. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: Epidemiology outside Asian countries, antibiotic resistance association, methods of detection and clinical management. Autores: García-Cobos S, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2025 Feb;43(2):102-109.
PUBMED DOIRapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022
15. Rapid cross-border emergence of NDM-5-producing Escherichia coli in the European Union/European Economic Area, 2012 to June 2022. Autores: Linkevicius M, Bonnin RA, Alm E, Svartström O, Apfalter P, Hartl R, Hasman H, Roer L, Räisänen K, Dortet L, Pfennigwerth N, Hans JB, Tóth Á, Buzgó L, Cormican M, Delappe N, Monaco M, Giufrè M, Hendrickx AP, Samuelsen Ø, Pöntinen AK, Caniça M, Manageiro V, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M, Westmo K, Mäkitalo B, Palm D, Monnet DL, Kohlenberg A. Revista: Euro Surveill. 2023 May;28(19):2300209.
PUBMED DOICharacterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017.
18. Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017. Autores: Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Sola-Campoy PJ, Carrizo-Manzoni H, Bautista V, Lara N, Aracil B, Alhambra A, Martínez-Martínez L, Campos J; Spanish Antibiotic Resistance Surveillance Program Collaborating Group. Revista: Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24;63(6): e02529-18.
PUBMED DOICarbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1.
16. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae From Transplanted Patients in Brazil: Phylogeny, Resistome, Virulome and Mobile Genetic Elements Harboring blaKPC-2 or blaNDM-1. Autores: Raro OHF, da Silva RMC, Filho EMR, Sukiennik TCT, Stadnik C, Dias CAG, Oteo Iglesias J, Pérez-Vázquez M. Revista: Front Microbiol. 2020 Jul 15;11:1563.
PUBMED DOIDissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023
17. Dissemination of extensively drug-resistant NDM-producing Providencia stuartii in Europe linked to patients transferred from Ukraine, March 2022 to March 2023. Autores: Witteveen S, Hans JB, Izdebski R, Hasman H, Samuelsen Ø, Dortet L, Pfeifer Y, Delappe N, Oteo-Iglesias J, Żabicka D, Cormican M, Sandfort M, Reichert F, Pöntinen AK, Fischer MA, Verkaik N, Pérez-Vazquez M, Pfennigwerth N, Hammerum AM, Hallstrøm S, Biedrzycka M, Räisänen K, Wielders CC, Urbanowicz P, de Haan A, Westmo K, Landman F, van der Heide HG, Lansu S, Zwittink RD, Notermans DW, Guzek A, Kondratiuk V, Salmanov A, Haller S, Linkevicius M, Gatermann S, Kohlenberg A, Gniadkowski M, Werner G, Hendrickx AP. Revista: Euro Surveill. 2024 Jun;29(23):2300616.
PUBMED DOISpread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024.
19. Spread of the FAR-MRSA clone, a fusidic acid- and meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST121, Europe, 2014 to 2024. Autores: Roer L, Yin N, Denis O, Vendrik KE, Zwittink RD, Notermans DW, Perrin M, Khonyongwa K, Tristan A, Youenou B, Layer-Nicolaou F, Werner G, Enger H, Eikrem ECH, Darenberg J, Mäkitalo B, Paulsson M, Björkman J, Fang H, Hallbäck ET, Sundqvist M, Lindholm L, Moganeradj K, García-Cobos S, Cañada-García JE, Holzknecht BJ, Eriksen HB, Hoppe M, Bartels MD, Samaniego Castruita JA, Urth TR, Larsen AR, Petersen A. Revista: Euro Surveill. 2025 Jul;30(28):2500452.
DOICarbapenemase-producing Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high risk-clones ST175 and ST244 carrying blaVIM-2, blaVIM-1, blaIMP-8, blaVIM-20 and blaKPC-2
14. Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding blaNDM-like genes as determined by WGS. Autores: Pérez-Vázquez M, Sola Campoy PJ, Ortega A, Bautista V, Monzón S, Ruiz-Carrascoso G, Mingorance J, González-Barberá EM, Gimeno C, Aracil B, Sáez D, Lara N, Fernández S, González-López JJ, Campos J, Kingsley RA, Dougan G, Oteo-Iglesias J; Spanish NDM Study Group. Revista: J Antimicrob Chemother. 2019 Dec 1;74(12):3489-3496.
PUBMED DOIContenidos con Investigacion .
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Noelia Castrillo Garrido
Técnico de Laboratorio. Contratada de Proyecto PID2021-127477OB-I00 (AEI)
Código ORCID: 0000-0003-1676-9693
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Mónica Valiente Novillo
Técnico de laboratorio. Convocatoria empleo juvenial (PEJ-2021-TL_BMD-21100)
Listado de personal
Información adicional
Los objetivos de investigación se focalizan en los ámbitos de la Taxonomía Bacteriana y de la Microbiología en Salud Pública:
- Identificación de bacterias patógenas de difícil asignación taxonómica
- Descripción de nuevas especies
- Estudio de la biología poblacional bacteriana mediante tipificación
- Epidemiología de la resistencia frente a antimicrobianos y factores de virulencia para determinados patógenos bacterianos en diferentes escenarios nosocomial/comunitario.
Estos objetivos se abordan desde la perspectiva de la taxonomía polifásica (taxonomía fenotípica y genotípica) mediante del estudio de dianas para la asignación de género/especie y análisis filogenéticos. El análisis del viruloma y resistoma de determinadas especies se aborda desde la perspectiva de la secuenciación de genomas completos.
La investigación de la infección invasiva por Streptococcus pyogenes y otros estreptococos beta-hemolíticos, se realiza desde 1994, a través del Programa de Vigilancia del Centro Nacional de Microbiología. La tipificación de las cepas invasivas de S. pyogenes que circulan en España incluye determinación de: el serotipo (emm-tipo); el perfil genético de exotoxinas pirogénicas estreptocócicas; el fenotipo de resistencia a antimicrobianos; y los genotipos de las cepas epidemiológicamente relacionadas y/o brotes.
Los objetivos de investigación se focalizan en los ámbitos de la Taxonomía Bacteriana y de la Microbiología en Salud Pública:
- Identificación de bacterias patógenas de difícil asignación taxonómica
- Descripción de nuevas especies
- Estudio de la biología poblacional bacteriana mediante tipificación
- Epidemiología de la resistencia frente a antimicrobianos y factores de virulencia para determinados patógenos bacterianos en diferentes escenarios nosocomial/comunitario.
Estos objetivos se abordan desde la perspectiva de la taxonomía polifásica (taxonomía fenotípica y genotípica) mediante del estudio de dianas para la asignación de género/especie y análisis filogenéticos. El análisis del viruloma y resistoma de determinadas especies se aborda desde la perspectiva de la secuenciación de genomas completos.
La investigación de la infección invasiva por Streptococcus pyogenes y otros estreptococos beta-hemolíticos, se realiza desde 1994, a través del Programa de Vigilancia del Centro Nacional de Microbiología. La tipificación de las cepas invasivas de S. pyogenes que circulan en España incluye determinación de: el serotipo (emm-tipo); el perfil genético de exotoxinas pirogénicas estreptocócicas; el fenotipo de resistencia a antimicrobianos; y los genotipos de las cepas epidemiológicamente relacionadas y/o brotes.