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Investigación

Legionella

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Infecciones Bacterianas Transmitidas por Agua y Alimentos .

Legionella

Desde su creación hasta la actualidad, La Unidad de Legionella tiene como principal función dar apoyo científico-técnico a la Administración General del Estado, a las Comunidades Autónomas y al Sistema Nacional de Salud en el campo de la prevención y control de la legionelosis, así como llevar a cabo investigaciones científicas en el contexto de la legionelosis. Además, la Unidad de Legionella también actúa como Laboratorio de Referencia de España frente al European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), siendo miembro de la red europea de vigilancia de la legionelosis, “European Legionnaires’ Disease Surveillance Network (ELDSNet). Finalmente, la unidad también realiza una actividad docente, participando en cursos de formación especializada, así como en Máster Universitarios.

 

Principales líneas de investigación

Vigilancia microbiológica

Búsqueda de marcadores moleculares con capacidad de predecir el riesgo de una instalación de provocar legionelosis. Factores de virulencia de Legionella spp.

Estudio de la capacidad formadora de biofilms de Legionella spp. Colonización y dispersión.

Búsqueda de marcadores fenotípicos capaces de discriminar especies del Género Legionella; grupos y subgrupos de Legionella pneumophila.

Diferentes estructuras de biofilms en función de la cepa formadora de Legionella pneumophila. En verde la biomasa bacteriana, en rojo el exopolisacárido de la matriz extracelular.

Apoyo al Sistema Nacional de Salud de la Unidad de Legionella

 

La Unidad de Legionella tambien desarrolla actividades con el fin de proporcionar asistencia al sistema nacional de salud a traves de la oferta disponible en la cartera de servicios del CNM, así como a través de programas de vigilancia microbiológica.

Enfermedades bacterianas transmitidas por agua y alimentos

• Epidemiología molecular: estudios de contactos, brotes nosocomiales, familiares y comunitarios mediante la aplicación de marcadores moleculares de última generación. Atribución de riesgo.

• Análisis fenotípico y genotípico de la resistencia a antimicrobianos: identificación y caracterización del entorno genético de los determinantes de las resistencias. Estudio de tendencias mediante análisis de series temporales.

• Identificación de factores de patogenicidad.

• Desarrollo de nuevos métodos de caracterización: diseño, validación y transferencia al Sistema Nacional de Salud.

• Análisis espacio-temporales y desarrollo de algoritmos para la detección automatizada de brotes a partir de la información temporal, espacial y de cepa recogida en las actividades de referencia.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Infecciones Bacterianas Transmitidas por Agua y Alimentos .

1: Título del proyecto: Búsqueda de biomarcadores de patogenicidad en Legionella spp con interés predictivo de riesgo de infección.
Investigador principal: Fernando González Camacho
Entidad financiadora: ISCIII (AESI). Referencia:  MPY 341/22
Periodo: 01/01/2023 - 31/12/2025

Publicaciones destacadas

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Immunogenicity of a third dose with mRNA-vaccines in the ChAdOx1-S/BNT162b2 vaccination regimen against SARS-CoV-2 variants.

García-Pérez J, Borobia AM, Pérez-Olmeda M, Portolés A, Castaño L, Campins-Artí M, Bertrán MJ, Bermejo M, Arribas JR, López A, Ascaso-Del-Rio A, Arana-Arri E, Fuentes Camps I, Vilella A, Cascajero A, García-Morales MT, Castillo de la Osa M, Pérez Ingidua C, Lora D, Jiménez-Santana P, Pino-Rosa S, Gómez de la Cámara A, De La Torre-Tarazona E, Calonge E, Cruces R, Belda-Iniesta C, Alcamí J, Frías J, Carcas AJ, Díez-Fuertes F. iScience. 2024; 27(9):110728

PUBMED DOI

Longer intervals between SARS-CoV-2 infection and mRNA-1273 doses improve the neutralization of different variants of concern

García-Pérez J, Bermejo M, Ramírez-García A, De La Torre-Tarazona HE, Cascajero A, Castillo de la Osa M, Jiménez P, Aparicio Gómez M, Calonge E, Sancho-López A, Payares-Herrera C, Layunta Acero R, Vicente-Izquierdo L, Avendaño-Solá C, Alcamí J, Pérez-Olmeda M, Díez-Fuertes F. J Med Virol. 2023; 95(3):e28679

PUBMED DOI

Maca (Lepidium meyenii Walp.) inhibits HIV-1 infection through the activity of thiadiazole alkaloids in viral integration.

Apaza-Ticona L, Beltrán M, Moraga E, Cossio D, Bermejo P, Guerra JA, Alcamí J, Bedoya LM. J Ethnopharmacol. 2024; 335:118613

PUBMED DOI

Immune response and reactogenicity after immunization with two-doses of an experimental COVID-19 vaccine (CVnCOV) followed by a third-fourth shot with a standard mRNA vaccine (BNT162b2): RescueVacs multicenter cohort study

Ascaso-Del-Rio A, García-Pérez J, Pérez-Olmeda M, Arana-Arri E, Vergara I, Pérez-Ingidua C, Bermejo M, Castillo de la Osa M, Imaz-Ayo N, Riaño Fernández I, Astasio González O, Díez-Fuertes F, Meijide S, Arrizabalaga J, Hernández Gutiérrez L, de la Torre-Tarazona HE, Mariano Lázaro A, Vargas-Castrillón E, Alcamí J, Portolés A; RescueVac study Group. EClinicalMedicine. 2022; 51:101542

PUBMED DOI

Immunogenic dynamics and SARS-CoV-2 variant neutralisation of the heterologous ChAdOx1-S/BNT162b2 vaccination: Secondary analysis of the randomised CombiVacS study

García-Pérez J, González-Pérez M, Castillo de la Osa M, Borobia AM, Castaño L, Bertrán MJ, Campins M, Portolés A, Lora D, Bermejo M, Conde P, Hernández-Gutierrez L, Carcas A, Arana-Arri E, Tortajada M, Fuentes I, Ascaso A, García-Morales MT, Erick de la Torre-Tarazona H, Arribas JR, Imaz-Ayo N, Mellado-Pau E, Agustí A, Pérez-Ingidua C, Gómez de la Cámara A, Ochando J, Belda-Iniesta C, Frías J, Alcamí J, Pérez-Olmeda M; CombiVacS study Group. EClinicalMedicine. 2022; 50:101529

PUBMED DOI

Elite controllers long-term non progressors present improved survival and slower disease progression

Capa L, Ayala-Suárez R, De La Torre Tarazona HE, González-García J, Del Romero J, Alcamí J, Díez-Fuertes F. Sci Rep. 2022; 12(1):16356

PUBMED DOI

Transcriptomic Evidence of the Immune Response Activation in Individuals With Limb Girdle Muscular Dystrophy Dominant 2 (LGMDD2) Contributes to Resistance to HIV-1 Infection

Diez-Fuertes F, López-Huertas MR, García-Pérez J, Calonge E, Bermejo M, Mateos E, Martí P, Muelas N, Vílchez JJ, Coiras M, Alcamí J, Rodríguez-Mora S. Front Cell Dev Biol. 2022; 10:839813

PUBMED DOI

Immunogenicity and reactogenicity of BNT162b2 booster in ChAdOx1-S-primed participants (CombiVacS): a multicentre, open-label, randomised, controlled, phase 2 trial

Borobia AM, Carcas AJ, Pérez-Olmeda M, Castaño L, Bertran MJ, García-Pérez J, Campins M, Portolés A, González-Pérez M, García Morales MT, Arana-Arri E, Aldea M, Díez-Fuertes F, Fuentes I, Ascaso A, Lora D, Imaz-Ayo N, Barón-Mira LE, Agustí A, Pérez-Ingidua C, Gómez de la Cámara A, Arribas JR, Ochando J, Alcamí J, Belda-Iniesta C, Frías J; CombiVacS Study Group. Lancet. 2021; 398(10295):121-130

PUBMED DOI

A Founder Effect Led Early SARS-CoV-2 Transmission in Spain

Díez-Fuertes F, Iglesias-Caballero M, García-Pérez J, Monzón S, Jiménez P, Varona S, Cuesta I, Zaballos Á, Jiménez M, Checa L, Pozo F, Pérez-Olmeda M, Thomson MM, Alcamí J, Casas I. J Virol. 2021; 95(3):e01583-20

PUBMED DOI

The Characteristics of the HIV-1 Env Glycoprotein Are Linked with Viral Pathogenesis

Pérez-Yanes S, Pernas M, Marfil S, Cabrera-Rodríguez R, Ortiz R, Urrea V, Rovirosa C, Estévez-Herrera J, Olivares I, Casado C, Lopez-Galindez C, Blanco J, Valenzuela-Fernández A. Front Microbiol. 2022 Mar 24, 3:763039.

PUBMED DOI

Analysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps.

Ramón Lorenzo‐Redondo, Soledad Delgado, Federico Morán, and Cecilio Lopez‐Galindez. Analysis of HIV-1 “in vitro” evolution through 3D real fitness landscapes constructed by Self Organizing Maps. (2014) PLoS One. 9(2): e88579.

PUBMED DOI

Influence of Mutation and Recombination on HIV-1 in vitro Fitness Recovery

Ramón Lorenzo-Redondo, Miguel Arenas, and Cecilio Lopez-Galindez. (2015) Mol Phylogenet Evol. Sep 7. pii: S1055-7903(15)00259-6

PUBMED DOI

Permanent control of HIV-1 pathogenesis in exceptional elite controllers: a model of spontaneous cure

Casado C, Galvez C, Pernas M, Tarancon-Diez L, Rodriguez C, Sanchez-Merino V, Vera M, Olivares I, De Pablo-Bernal R, Merino-Mansilla A, Del Romero J, Lorenzo-Redondo R, Ruiz-Mateos E, Salgado M, Martinez-Picado J, Lopez-Galindez C. Sci Rep. 2020 Feb 5,10(1):1902

PUBMED DOI

Prevalence of HIV-1 dual infection in LTNP-Elite Controllers

María Pernas, Concepción Casado, Virginia Sandonis, Carolina Arcones, Carmen Rodríguez , Ezequiel Ruiz-Mateos , Eva Ramírez de Arellano , Norma Rallón , Margarita Del Val , Eulalia Grau, Mariola López-Vazquez , Manuel Leal , Jorge del Romero , Cecilio López Galíndez . (2013). J.of AIDS. 64, 3, 225-231. IF 4.262

PUBMED DOI

Improved antibody cross-neutralizing activity in HIV-1 dual double infected LTNP patients.

María Pernas, Concepción Casado, Victor Sanchez-Merino, Alberto Merino-Mansilla, Isabel Olivares, Eloisa Yuste, Cecilio Lopez-Galindez. (2015) PLoS One. Aug 10; 10 (8):e0134054

PUBMED DOI

A Genome-to-Genome Analysis of Associations between Human Genetic Variation, HIV-1 Sequence Diversity, and Retroviral Control.

Istvan Bartha Jonathan M Carlson, Chanson J Brumme, Paul J McLaren, Zabrina L Brumme, Mina John, David W Haas, Javier Martinez-Picado, Cecilio López Galíndez, Andri Rauch, Huldrych F Günthard, Enos Bernasconi, Pietro Vernazza, Thomas Klimkait, Sabine Yerly, Jennifer Listgarten, Nico Pfeifer, Zoltan Kutalik, Todd M Allen, Viktor Müller, P Richard Harrigan, David Heckerman, Amalio Telenti, and Jacques Fellay, for the HIV Genome-to-Genome Study and the Swiss HIV Cohort Study. (2013). Elife. 2013;2:e01123

PUBMED DOI

Evidence of Ongoing Replication in a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Persistently Infected Cell Line

Isabel Olivares, Carmen Sánchez-Jiménez, Catarina Reis Vieira, Víctor Toledano, Mónica Gutiérrez-Rivas, and Cecilio López-Galíndez. Journal of General Virology. 94, 944-954.

PUBMED DOI

Immunoescape of HIV-1 in Env-EL9 CD8 + T cell response restricted by HLA-B*14:02 in a Non progressor who lost twenty-seven years of HIV-1 control

Moyano A, Blanch-Lombarte O, Tarancon-Diez L, Pedreño-Lopez N, Arenas M, Alvaro T, Casado C, Olivares I, Vera M, Rodriguez C, Del Romero J, López-Galíndez C, Ruiz-Mateos E, Prado JG, Pernas M. Retrovirology. 2022 Mar 26,19(1):6

PUBMED DOI

HIV-1 envelope glycoproteins isolated from Viremic Non-Progressor individuals are fully functional and cytopathic

Cabrera-Rodríguez R, Hebmann V, Marfil S, Pernas M, Marrero-Hernández S, Cabrera C, Urrea V, Casado C, Olivares I, Márquez-Arce D, Pérez-Yanes S, Estévez-Herrera J, Clotet B, Espert L, López-Galíndez C, Biard-Piechaczyk M, Valenzuela-Fernández A, Blanco J. Sci Rep. 2019 Apr 3,9(1):5544

PUBMED DOI

HIV-1 Dual Infected LTNP-EC Patients Developed an Unexpected Antibody Cross-Neutralizing Activity

Pernas M, Sanchez-Merino V, Casado C, Merino-Mansilla A, Olivares I, Yuste E, Lopez-Galindez C. PLoS One. 2015 Aug 10,10(8): e0134054

PUBMED DOI

Listado de personal

Información adicional

El centro está dirigido por el Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

El Dr. José Miguel Rubio es licenciado en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid (1986) y doctor en Ciencias Biológicas por la misma universidad (1992). Realizó su tesis doctoral en el Departamento de Genética de la Universidad Autónoma de Madrid, en calidad de Profesor Asociado de Universidad (1988-1989), y en la Facultad de Biología de la Universidad de East Anglia en Norwich, Reino Unido, como Senior Research Assistant (1989-1992).
Durante su etapa postdoctoral obtuvo una Beca de la Comisión Europea dentro del Programa Human Capital and Mobility  a desarrollar en la Universidad de “La Sapienza” de Roma, Italia y el Instituto de Biología Molecular y Biotecnología en Creta, Grecia (1993-1994). Con posterioridad realizó una nueva estancia subvencionada por la OMS y la propia universidad en el departamento de Entomología de la Universidad de Wageningen, Países Bajos (1994-1996).

Desde 1997 es miembro del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), donde se incorpora al Departamento de Parasitología del Centro Nacional de Microbiología, como postdoctoral UE-INCO y posteriormente con una beca de la Comunidad Autónoma de Madrid (CAM). Formo parte del grupo fundador del Centro Nacional de Medicina Tropical (2003-2006)  y de la Unidad de Alertas y Emergencias 24/7 (2006-2018) y actualmente es Responsable de la Unidad de Malaria y Parasitosis Emergentes del Centro Nacional de Microbiología y forma parte, como personal investigador, del Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC/ISCIII).

En su carrera científica ha sido Científico Visitante del Centro Leonidas e Marie Dean (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaos, Brasil) y es Consultor Externo de los Departamentos de Parasitología de la Universidad del Cairo (Egipto) y del Centro de Investigación Médica (MRC) de Kuala Lumpur (Malasia).  Además, pertenece o ha pertenecido a diferentes comités nacionales e internacionales:  Miembro del grupo de expertos para el control de malaria del Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2011; Experto-Evaluador para los programas de salud de la Comisión Europea desde 2004; Representante español (comisionado por el ISCIII y el MSC) en el Comité Científico Técnico del TDR (OMS) 2007-2008; Adjunto Focal Point  español para microbiología en el Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2012 hasta 2020; y, miembro del Comité de Ética para la Investigación del ISCIII hasta 2019.

En este periodo ha publicado más de 100 artículos en revistas indexadas internacionales, 10 capítulos de libros y ha sido coeditor de dos libros dentro del área de malaria, medicina tropical y enfermedades olvidadas. Ha participado en 58 proyectos de investigación de financiación competitiva, 20 de ellos internacionales, habiendo sido el investigador principal en 8 nacionales y en 11 internacionales como IP del proyecto o líder de WP. Además, ha dirigido cinco convenios con empresas. Actualmente tiene concedidos cuatro sexenios de investigación, presentándose este año 2025 al quinto. En el ámbito docente participa en distintos programas de postgrado en las áreas de microbiología y parasitología, habiendo dirigido siete tesis doctorales y más de 20 trabajos fin de Master o Grado, tanto a nivel nacional como internacional. 

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr

Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS