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Investigación

Inmunopatología del SIDA

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Inmunopatología del SIDA .

Líneas de investigación:

1.    Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).
2.    Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.
3.    Caracterización de la memoria inmunitaria frente a SARS-CoV-2 en población mayor de 65 años.
4.    Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.
5.    Estudio de la entrada viral y el tropismo del VIH en virus de especial relevancia epidemiológica en España. 
6.    Mecanismos genéticos de protección y control de la infección del VIH-1 en poblaciones con fenotipos extremos.

Estudios clínicos:

1.    Ensayo clínico de fase 1 para evaluar la seguridad e inmunogenicidad de la vacuna 763SIP8/MPLA-5 basada en la envoltura del VIH-1 como vacuna preventiva en adultos sanos no infectados. 
2.    ENE-COVID-Senior: Estudio observacional prospectivo en una cohorte de personas residentes en residencias de mayores para establecer su estado inmunológico después de recibir una pauta completa de vacunación.

Implementación de nuevas tecnologías:

1.    Identificación de sitios de integración del VIH-1 mediante secuenciación masiva
2.    Transcriptómica de célula única con secuenciación simultánea del TCR/BCR
3.    Inteligencia epidemiológica para la predicción de variantes de SARS-CoV-2 con probabilidad de emerger en diferentes contextos de vacunación.
 

Proyectos de investigación

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1.    Respuesta inmune frente a la infección por SARS-CoV-2: Efecto en vacunados naive y en seropositivos frente a las variantes más transmisibles y relevancia de la genética del hospedador. 
Investigador principal: Javier García Pérez. 
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2021(ISCIII)
Financiación: 135.000 €
Duración: 2022-2025. 
Nº de Expediente: PI21CIII/00025.
2.    Diseño y generación de stocks virales de las nuevas variantes de SARS-CoV-2 (subvariantes ómicron) y análisis de su susceptibilidad a la neutralización por anticuerpos. 
Investigador principal: Javier García Pérez.
Organismo financiador: Hipra Scientific S.L.U.
Financiación: 103.771 €
Duración: 2023-2025.
Nº de Expediente: MVP 198/23.
3.    Caracterización de una mutación en transportina 3 que protege de la infección por VIH: mecanismos moleculares y descubrimiento de nuevos fármacos. 
Investigadores principales: José Alcamí y Javier García Pérez.
Organismo financiador:     Proyectos de I+D+I, Generación de Conocimiento y Retos Investigación de la Agencia Estatal de Investigación.
Financiación: 240.000 €
Duración: 2022-2026. 
Nº de Expediente: Proyecto PID2021-125978OB-C21financiado por MICIU/AEI/10.13039/501100011033 y por FEDER, UE



4.    Generación de inmunógenos basados en envueltas de VIH-1 procedentes de individuos con infección aguda y respuesta neutralizante amplia frente a virus fundadores. 
Investigador principal: Nuria González Fernández.
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2023 (ISCIII)
Financiación: 82.000 €
Duración: 2024-2026. 
Nº de Expediente: PI23CIII/00039.
5.    Ensayo clínico de fase 1 para evaluar la seguridad e inmunogenicidad de la vacuna 763SIP8/MPLA-5 basada en la envoltura del VIH-1. 
Investigador principal: Josep Mallolas Masferrer.
Organismo financiador: Proyectos de Investigación Clínica Independiente, Acción Estratégica en Salud 2021-2023 (ISCIII).
Financiación: 173.200 €
Duración: 2024-2026. 
Nº de Expediente: ICI23/00025.
6.    Servicio de determinaciones inmunológicas del protocolo ENE-COVID SENIOR II. 
Investigador principal: Mayte Pérez Olmeda y Javier García Pérez. 
Organismo financiador: fundación para la investigación biomédica del Hospital Universitario La Paz
Financiación: 185.037 €
Duración: 2024-2025. 
Nº de Expediente: MOTR 219/24.
7.    Caracterización de la memoria inmunitaria frente a SARS-CoV-2 en población mayor de 65 años mediante transcriptómica de célula única. Investigador principal: Javier García Pérez y Francisco Díez Fuertes.
Organismo financiador: Acción Estratégica en Salud Intramural 2021(ISCIII)
Financiación: 152.000 €
Duración: 2025-2027. 
Nº de Expediente: PI24CIII/00058<
8. Evaluación de rimonabant y análogos de cannbinooides en la infección por VIH y la latencia viral. Investigador principal: Luis Miguel Bedoya del Olmo. 
Organismo financiador: Universidad Complutense de Madrid
Financiación: 12.000 €
Duración: 2024-2025. 
Nº de Expediente: PR12/24-31553.
9. Descubrimiento de nuevos inhibidores de la biogénesis del ARN del VIH-1 basados en el bloqueo de la ribonucleoproteína RRE-Rev.
Investigador principal: José Gallego Sala. Investigador Asociado: Luis Miguel Bedoya del Olmo
Organismo financiador: Consellería de Innnovación, Universidades, Ciencia y Sociedad Digital. Generalitat Valenciana.
Financiación: 543.683,84 €
Duración: 2025-2027. 
Nº de Expediente: PROMETEO/2021/036.
 

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9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Ca

9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Carmen M, Zakikhany K, Dyrdak R, Nielsen X, Madsen T, Paul J, Moore C, von Eije K, Piralla A, Carlier M, Vanoverschelde L, Poelman R, Anton A, López-Labrador FX, Pellegrinelli L, Keeren K, Maier M, Cassidy H, Derdas S, Savolainen-Kopra C, Diedrich S, Nordbø S, Buesa J, Bailly JL, Baldanti F, MacAdam A, Mirand A, Dudman S, Schuffenecker I, Kadambari S, Neyts J, Griffiths MJ, Richter J, Margaretto C, Govind S, Morley U, Adams O, Krokstad S, Dean J, Pons-Salort M, Prochazka B, Cabrerizo M, Majumdar M, Nebbia G, Wiewel M, Cottrell S, Coyle P, Martin J, Moore C, Midgley S, Horby P, Wolthers K, Simmonds P, Niesters H, Fischer TK. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol. 2018 Apr; 101:11-17. doi: 10.1016/j.jcv.2018.01.008. Epub 2018 Feb 6. PMID: 29414181.

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii. García-Quintanilla M, Caro-Vega JM, Pulido MR, Moreno-Martínez P, Pachón J, McConnell MJ. Antimicrob Agents Chemother. 2016 Jul 22;60(8):5076-9. doi: 10.1128/AAC.00407-16.

PUBMED

New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections.

4. Valero C, de la Cruz-Villar L, Zaragoza O, Buitrago MJ. New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections. J Clin Microbiol. 2016 Dec;54(12):2910-2918. doi: 10.1128/JCM.01580-16. Epub 2016 Sep 14. PMID: 27629898.

DOI

A Multiplex Real-Time PCR Assay for Identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in Samples from AIDS Patients with Opportunistic Pneumonia

6. Gago S, Esteban C, Valero C, Zaragoza O, Puig de la Bellacasa J, Buitrago MJ. A multiplex real-time PCR assay for identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in samples from AIDS patients with opportunistic pneumonia. J Clin Microbiol. 2014 Apr;52(4):1168-76. doi: 10.1128/JCM.02895-13. Epub 2014 Jan 29. PMID: 24478409.

PUBMED DOI

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Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Inmunopatología del SIDA ha sido coordinada desde el año 2000 por el Dr. José Alcamí, agrupando durante toda su historia a más de 20 investigadores independientes que estudiamos de manera colaborativa distintos aspectos de la infección por el VIH. Durante esta etapa, han pasado por la unidad más de 30 investigadores visitantes y más de 50 estudiantes nacionales e internacionales. Desde principios del año 2025, Javier García Pérez y Francisco Díez Fuertes asumen la coordinación de la unidad de Inmunopatología del SIDA, con el objetivo de proyectar su competitividad científica siguiendo aproximaciones multidisciplinares y mediante el mantenimiento de las estrechas colaboraciones actuales, así como el fomento de la participación en nuevas redes nacionales e internacionales de investigación. 

Históricamente, los actuales integrantes de la unidad nos hemos centrado en diferentes líneas de investigación básica que incluyen el estudio de anticuerpos y el desarrollo de vacunas frente al VIH-1, el estudio de la entrada viral y el tropismo del virus o al estudio del huésped mediante la caracterización genómica de poblaciones con un fenotipo extremo. Actualmente, la actividad de nuestra unidad en el campo del VIH-1 se centra en tres líneas principales:

1.    Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).

2.    Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.

3.    Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.

A partir del año 2020, nuestra unidad se vuelca con la investigación sobre COVID-19, participando y liderando diferentes proyectos de investigación aplicada y clínica. Fruto de esta fuerte implicación en el campo, en la actualidad se mantienen diferentes estudios sobre la caracterización de la respuesta inmune frente a SARS-CoV-2, integrando diferentes técnicas de virología molecular, estrategias de inteligencia epidemiológica y tecnologías de célula única.

Asimismo, participamos en diferentes consorcios y redes rnacionales de investigación, como el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBER-INFEC), en el que participamos como investigadores en diferentes líneas de trabajo y paquetes de trabajo dentro de los programas de investigación “Salud Global, infecciones emergentes y reemergentes” así como en “VIH/SIDA e infecciones de transmisión sexual”.

 

Tesis doctorales dirigidas

1.    ANÁLISIS GENÓMICO Y FUNCIONAL DE PARÁMETROS DE PROTECCIÓN FRENTE AL VIH-1 EN PACIENTES CON PROGRESIÓN LENTA DE LA INFECCIÓN
Estudiante: Erick de la Torre Tarazona.
Directores: José Alcamí y Francisco Díez Fuertes.
Entidad académica: Universidad Autónoma de Madrid.
Fecha de defensa: 14 de julio de 2020.

2.    ANÁLISIS DE LOS PERFILES DE EXPRESIÓN DE MIARN Y CARACTERIZACIÓN FUNCIONAL EN INDIVIDUOS VIH-POSITIVOS CON DISTINTA PROGRESIÓN A SIDA Estudiante: Rubén Ayala Suárez.
Directores: José Alcamí y Francisco Díez Fuertes.
Entidad Académica: Universidad de Alcalá.
Fecha de defensa: 12 de junio de 2023.
 

La Unidad de Inmunopatología del SIDA ha sido coordinada desde el año 2000 por el Dr. José Alcamí, agrupando durante toda su historia a más de 20 investigadores independientes que estudiamos de manera colaborativa distintos aspectos de la infección por el VIH. Durante esta etapa, han pasado por la unidad más de 30 investigadores visitantes y más de 50 estudiantes nacionales e internacionales. Desde principios del año 2025, Javier García Pérez y Francisco Díez Fuertes asumen la coordinación de la unidad de Inmunopatología del SIDA, con el objetivo de proyectar su competitividad científica siguiendo aproximaciones multidisciplinares y mediante el mantenimiento de las estrechas colaboraciones actuales, así como el fomento de la participación en nuevas redes nacionales e internacionales de investigación. 

Históricamente, los actuales integrantes de la unidad nos hemos centrado en diferentes líneas de investigación básica que incluyen el estudio de anticuerpos y el desarrollo de vacunas frente al VIH-1, el estudio de la entrada viral y el tropismo del virus o al estudio del huésped mediante la caracterización genómica de poblaciones con un fenotipo extremo. Actualmente, la actividad de nuestra unidad en el campo del VIH-1 se centra en tres líneas principales:

1.    Mecanismos moleculares asociados a la protección de la infección por VIH-1 en pacientes con distrofia muscular de cinturas dominante D2 (LGMDD2).

2.    Generación de anticuerpos neutralizantes de uso terapéutico basados en la respuesta neutralizante de amplio espectro frente a virus fundadores.

3.    Cribado y caracterización de nuevos fármacos anti-latencia frente al VIH-1.

A partir del año 2020, nuestra unidad se vuelca con la investigación sobre COVID-19, participando y liderando diferentes proyectos de investigación aplicada y clínica. Fruto de esta fuerte implicación en el campo, en la actualidad se mantienen diferentes estudios sobre la caracterización de la respuesta inmune frente a SARS-CoV-2, integrando diferentes técnicas de virología molecular, estrategias de inteligencia epidemiológica y tecnologías de célula única.

Asimismo, participamos en diferentes consorcios y redes rnacionales de investigación, como el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBER-INFEC), en el que participamos como investigadores en diferentes líneas de trabajo y paquetes de trabajo dentro de los programas de investigación “Salud Global, infecciones emergentes y reemergentes” así como en “VIH/SIDA e infecciones de transmisión sexual”.

 

Tesis doctorales dirigidas

1.    ANÁLISIS GENÓMICO Y FUNCIONAL DE PARÁMETROS DE PROTECCIÓN FRENTE AL VIH-1 EN PACIENTES CON PROGRESIÓN LENTA DE LA INFECCIÓN
Estudiante: Erick de la Torre Tarazona.
Directores: José Alcamí y Francisco Díez Fuertes.
Entidad académica: Universidad Autónoma de Madrid.
Fecha de defensa: 14 de julio de 2020.

2.    ANÁLISIS DE LOS PERFILES DE EXPRESIÓN DE MIARN Y CARACTERIZACIÓN FUNCIONAL EN INDIVIDUOS VIH-POSITIVOS CON DISTINTA PROGRESIÓN A SIDA Estudiante: Rubén Ayala Suárez.
Directores: José Alcamí y Francisco Díez Fuertes.
Entidad Académica: Universidad de Alcalá.
Fecha de defensa: 12 de junio de 2023.
 

El centro está dirigido por el Dr. José Miguel Rubio Muñoz.

El Dr. José Miguel Rubio es licenciado en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid (1986) y doctor en Ciencias Biológicas por la misma universidad (1992). Realizó su tesis doctoral en el Departamento de Genética de la Universidad Autónoma de Madrid, en calidad de Profesor Asociado de Universidad (1988-1989), y en la Facultad de Biología de la Universidad de East Anglia en Norwich, Reino Unido, como Senior Research Assistant (1989-1992).
Durante su etapa postdoctoral obtuvo una Beca de la Comisión Europea dentro del Programa Human Capital and Mobility  a desarrollar en la Universidad de “La Sapienza” de Roma, Italia y el Instituto de Biología Molecular y Biotecnología en Creta, Grecia (1993-1994). Con posterioridad realizó una nueva estancia subvencionada por la OMS y la propia universidad en el departamento de Entomología de la Universidad de Wageningen, Países Bajos (1994-1996).

Desde 1997 es miembro del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), donde se incorpora al Departamento de Parasitología del Centro Nacional de Microbiología, como postdoctoral UE-INCO y posteriormente con una beca de la Comunidad Autónoma de Madrid (CAM). Formo parte del grupo fundador del Centro Nacional de Medicina Tropical (2003-2006)  y de la Unidad de Alertas y Emergencias 24/7 (2006-2018) y actualmente es Responsable de la Unidad de Malaria y Parasitosis Emergentes del Centro Nacional de Microbiología y forma parte, como personal investigador, del Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC/ISCIII).

En su carrera científica ha sido Científico Visitante del Centro Leonidas e Marie Dean (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaos, Brasil) y es Consultor Externo de los Departamentos de Parasitología de la Universidad del Cairo (Egipto) y del Centro de Investigación Médica (MRC) de Kuala Lumpur (Malasia).  Además, pertenece o ha pertenecido a diferentes comités nacionales e internacionales:  Miembro del grupo de expertos para el control de malaria del Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2011; Experto-Evaluador para los programas de salud de la Comisión Europea desde 2004; Representante español (comisionado por el ISCIII y el MSC) en el Comité Científico Técnico del TDR (OMS) 2007-2008; Adjunto Focal Point  español para microbiología en el Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2012 hasta 2020; y, miembro del Comité de Ética para la Investigación del ISCIII hasta 2019.

En este periodo ha publicado más de 100 artículos en revistas indexadas internacionales, 10 capítulos de libros y ha sido coeditor de dos libros dentro del área de malaria, medicina tropical y enfermedades olvidadas. Ha participado en 58 proyectos de investigación de financiación competitiva, 20 de ellos internacionales, habiendo sido el investigador principal en 8 nacionales y en 11 internacionales como IP del proyecto o líder de WP. Además, ha dirigido cinco convenios con empresas. Actualmente tiene concedidos cuatro sexenios de investigación, presentándose este año 2025 al quinto. En el ámbito docente participa en distintos programas de postgrado en las áreas de microbiología y parasitología, habiendo dirigido siete tesis doctorales y más de 20 trabajos fin de Master o Grado, tanto a nivel nacional como internacional. 

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.

PROGRAMAS NOMBRE CARTERA SERVICIO PATÓGENO DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS MÉTODOS

Programa de vigilancia de Haemophilus

Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

 Identificación bacteriana

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp

 Identificación bacteriana

Bioquímicos

MALDI TOF

Secuenciación de RNAr
​ Identificación capsular

Haemophilus influenzae

 

 Identificación capsular fenotípica y genotípica

Aglutinación serológica en latex

PCR ind/multiplex
​ Determinación de Sensibilidad

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 Determinación de Sensibilidad

Microdilución                

Tiras epsilon               

Kirby Bauer
​ Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,

 

 Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Discos y tabletas combinados con inhibidores                

Tiras combinadas     

Test de Hodge modificado

CabaNP                               

Inmunocromatografía CBP
​ Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

 ADN, PCR y secuenciación

PCR ind/multiplex

Análisis comparativo de las secuencias
​ Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Haemophilus sp.

Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus

 

Corte enzimas de restricción, electroforesis

ADN, PCR y secuenciación

Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos

 

PFGE

 

MLST

 

WGS