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Publicaciones destacadas
Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019.
• Muñoz-Chimeno M, Bartúren S, García-Lugo MA, Morago L, Rodríguez A, Galán JC, Pérez-Rivilla A, Rodríguez M, Millán R, Del Álamo M, Alonso R, Molina L, Aguinaga A, Avellón A. Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019. Euro Surveill. 2022 Jun;27(23):2100542.
PUBMED DOIHepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe
• Adlhoch C, Avellón A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér A, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16.
PUBMED DOIEmergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit
2. Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.
PUBMED DOIHorizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.
3. Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.
PUBMED DOIEmergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis.
4. Emergence of cfr-Mediated Linezolid Resistance in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Epidemic Clone Isolated from Patients with Cystic Fibrosis. de Dios Caballero J, Pastor MD, Vindel A, Máiz L, Yagüe G, Salvador C, Cobo M, Morosini MI, del Campo R, Cantón R; GEIFQ Study Group. Antimicrob Agents Chemother. 2015 Dec 14;60(3):1878-82.
PUBMED DOIThe dynamic changes of dominant clones of Staphylococcus aureus causing bloodstream infections in the European region: results of a second structured survey.
5. The dynamic changes of dominant clones of Staphylococcus aureus causing bloodstream infections in the European region: results of a second structured survey. Grundmann H, Schouls LM, Aanensen DM, Pluister GN, Tami A, Chlebowicz M, Glasner C, Sabat AJ, Weist K, Heuer O, Friedrich AW; ESCMID Study Group on Molecular Epidemiological Markers; European Staphylococcal Reference Laboratory Working Group. Euro Surveill. 2014 Dec 11;19(49).
PUBMED DOIPeptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii.
6. Gil-Marqués ML, Moreno-Martínez P, Costas C, Pachón J, Blázquez J, McConnell M.J.* Peptidoglycan recycling contributes to intrinsic resistance to fosfomycin in Acinetobacter baumannii. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2018 Nov 1;73(11):2960-2968.
PUBMED DOIImmunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection.
7. Pulido MR, García-Quintanilla M, Pachón J, McConnell M.J.* Immunization with lipopolysaccharide-free outer membrane complexes protects against Acinetobacter baumannii infection. Vaccine. 2018 Jul 5;36(29):4153-4156.
PUBMED DOIInformación adicional
Tesis doctorales
“Expresión y funcionalidad de tlr2 y tlr4 en las poblaciones linfomieloides presentes en el pulmón y órganos linfoides durante la vida embrionaria y neonatal en modelos de ratón”. Carolina Ruiz Sánchez. Universidad Complutense de Madrid, 2022
Trabajos de fin de máster
Detección y caracterización de vesículas extracelulares de origen plaquetario en sobrenadantes de pulmón de animales infectados por SPN. Marta París, Universidad Alcalá, 2024
Estudio de la activación TLR-dependiente en la línea de macrófagos RAW 264.7. Iñigo Merino de Saracho, Universidad Alcalá, 2023
Estudio de la funcionalidad de los receptores TLRs en el pulmón y en otros órganos linfoides en poblaciones de células B utilizando el modelo neonatal de ratón. Yolanda Campanero, Universidad Alcalá, 2023
Estudio exploratorio de progenitores linfoides T en el pulmón neonatal de ratón. Alejandro Arrabal, Universidad Complutense de Madrid, 2022
Estudio de la diferenciación linfoide B en ratones deficientes para las moléculas CD5 y CD6. Cristina Martín, Universidad Alcalá, 2022
Papel de las plaquetas y sus células progenitoras en dos modelos animales de infección: SPN y RSV. Ana de Lucas Rius, Universidad Alcalá, 2020
Estudio piloto de la infección por RSV en el modelo de ratón: fenotipo celular de poblaciones mieloides y linfoides en el pulmón en dos modelos animales de infección: SPN y RSV. Juan Antonio Martín Quesada, Universidad Alcalá, 2020
Respuesta de las células B durante la infección por Streptococcus pneumoniae. Eva Castro, 2020
Estudio del potencial hematopoyético de células neonatales de pulmón en el modelo de ratón. Ana Cogollo García, Universidad Alcalá, 2018
Innate immune response to S. pneumoniae in the lung. Rodrigo Sánchez, Universidad Complutense de Madrid, 2018
Inmunidad neonatal en el modelo de ratón: localización y función de la respuesta innata y adaptativa. Alba Ezequiel Fernández, Universidad Alcalá, 2017
Caracterización de la diversidad de genes de inmunoglobulinas en el modelo de ratón en homeostasis y activación de TLR4 por lipopolisacárido bacteriano. Cristina García Caballero, Universidad Alcalá, 2017
Altered lymphopoiesis and splenic B cell subsets on Telomerase Activity Deficient Mice (TERC-/-). Juliana Manosalva, Universidad Complutense de Madrid, 2017
Estudio de la Respuesta Inmunitaria en Lavados Nasofaríngeos de Lactantes con bronquiolitis. Isabel Martín Barrios, Universidad Complutense de Madrid, 2016
Dinámica de los linfocitos B1-REL en el modelo de inmunización in vivo con DNP-LPS. Inmaculada Sanz Ramos Universidad Alcalá, 2015
Vías de diferenciación de megacariocitos en el modelo de ratón. Marta Cobos Briz, Universidad Alcalá, 2015
Papel de los megacariocitos en procesos infecciosos. Melania Guerrero Hue, Universidad Complutense de Madrid, 2015
Trabajos de fin de grado
Estudio de nuevas vacunas bacterianas en el modelo de infección en ratón (Mus musculus) por Streptococcus pneumoniae. Alejandro Arrabal, Universidad Politécnica de Madrid, 2021
Megacariocitos y plaquetas en infección respiratoria por SPN: Papel del TLR4. Óscar González Hervás, Universidad Complutense de Madrid, 2021
Estudio de la respuesta inmune mediada por linfocitos B pseudo-innatos frente a modelos de inmunización TLR4-dependientes. Rodrigo Sánchez, Universidad Complutense de Madrid, 2017.
Estudio de la diversidad en el repertorio de Inmunoglobulinas en individuos sanos. Isabel Martín, Universidad Francisco de Vitoria, 2015.
Dinámica de las poblaciones hematopoyéticas en el bazo perinatal. Inmaculada Sanz, Universidad Alcalá, 2014
Docencia en cursos de formación
Curso de formación: Iniciación a la Citometría de Flujo (desde 2015 hasta la actualidad)
Curso de formación: Análisis de datos de Citometría de Flujo (desde 2018 hasta la actualidad)
Divulgación / Ciencia Ciudadana
• Colaboración en programa de la CAM de 4º+Empresa.
• Colaboración con la Unidad de Cultura Científica del ISCIII en La Semana de la Ciencia en el ISCIII
• Proyecto de Divulgación Científica "Hablando de Ciencia", realizado en los centros docentes de Majadahonda de primaria, ESO y Bachillerato, desde el año 2015 en colaboración con la Concejalía de Educación y Juventud del Ayuntamiento de Majadahonda: “Cómo Funciona tu Sistema Inmunitario y hábitos de vida saludables para cuidarlo”
Tesis doctorales
“Expresión y funcionalidad de tlr2 y tlr4 en las poblaciones linfomieloides presentes en el pulmón y órganos linfoides durante la vida embrionaria y neonatal en modelos de ratón”. Carolina Ruiz Sánchez. Universidad Complutense de Madrid, 2022
Trabajos de fin de máster
Detección y caracterización de vesículas extracelulares de origen plaquetario en sobrenadantes de pulmón de animales infectados por SPN. Marta París, Universidad Alcalá, 2024
Estudio de la activación TLR-dependiente en la línea de macrófagos RAW 264.7. Iñigo Merino de Saracho, Universidad Alcalá, 2023
Estudio de la funcionalidad de los receptores TLRs en el pulmón y en otros órganos linfoides en poblaciones de células B utilizando el modelo neonatal de ratón. Yolanda Campanero, Universidad Alcalá, 2023
Estudio exploratorio de progenitores linfoides T en el pulmón neonatal de ratón. Alejandro Arrabal, Universidad Complutense de Madrid, 2022
Estudio de la diferenciación linfoide B en ratones deficientes para las moléculas CD5 y CD6. Cristina Martín, Universidad Alcalá, 2022
Papel de las plaquetas y sus células progenitoras en dos modelos animales de infección: SPN y RSV. Ana de Lucas Rius, Universidad Alcalá, 2020
Estudio piloto de la infección por RSV en el modelo de ratón: fenotipo celular de poblaciones mieloides y linfoides en el pulmón en dos modelos animales de infección: SPN y RSV. Juan Antonio Martín Quesada, Universidad Alcalá, 2020
Respuesta de las células B durante la infección por Streptococcus pneumoniae. Eva Castro, 2020
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Estudio de la Respuesta Inmunitaria en Lavados Nasofaríngeos de Lactantes con bronquiolitis. Isabel Martín Barrios, Universidad Complutense de Madrid, 2016
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Trabajos de fin de grado
Estudio de nuevas vacunas bacterianas en el modelo de infección en ratón (Mus musculus) por Streptococcus pneumoniae. Alejandro Arrabal, Universidad Politécnica de Madrid, 2021
Megacariocitos y plaquetas en infección respiratoria por SPN: Papel del TLR4. Óscar González Hervás, Universidad Complutense de Madrid, 2021
Estudio de la respuesta inmune mediada por linfocitos B pseudo-innatos frente a modelos de inmunización TLR4-dependientes. Rodrigo Sánchez, Universidad Complutense de Madrid, 2017.
Estudio de la diversidad en el repertorio de Inmunoglobulinas en individuos sanos. Isabel Martín, Universidad Francisco de Vitoria, 2015.
Dinámica de las poblaciones hematopoyéticas en el bazo perinatal. Inmaculada Sanz, Universidad Alcalá, 2014
Docencia en cursos de formación
Curso de formación: Iniciación a la Citometría de Flujo (desde 2015 hasta la actualidad)
Curso de formación: Análisis de datos de Citometría de Flujo (desde 2018 hasta la actualidad)
Divulgación / Ciencia Ciudadana
• Colaboración en programa de la CAM de 4º+Empresa.
• Colaboración con la Unidad de Cultura Científica del ISCIII en La Semana de la Ciencia en el ISCIII
• Proyecto de Divulgación Científica "Hablando de Ciencia", realizado en los centros docentes de Majadahonda de primaria, ESO y Bachillerato, desde el año 2015 en colaboración con la Concejalía de Educación y Juventud del Ayuntamiento de Majadahonda: “Cómo Funciona tu Sistema Inmunitario y hábitos de vida saludables para cuidarlo”
El centro está dirigido por el Dr. José Miguel Rubio Muñoz.
El Dr. José Miguel Rubio es licenciado en Ciencias Biológicas por la Universidad Autónoma de Madrid (1986) y doctor en Ciencias Biológicas por la misma universidad (1992). Realizó su tesis doctoral en el Departamento de Genética de la Universidad Autónoma de Madrid, en calidad de Profesor Asociado de Universidad (1988-1989), y en la Facultad de Biología de la Universidad de East Anglia en Norwich, Reino Unido, como Senior Research Assistant (1989-1992).
Durante su etapa postdoctoral obtuvo una Beca de la Comisión Europea dentro del Programa Human Capital and Mobility a desarrollar en la Universidad de “La Sapienza” de Roma, Italia y el Instituto de Biología Molecular y Biotecnología en Creta, Grecia (1993-1994). Con posterioridad realizó una nueva estancia subvencionada por la OMS y la propia universidad en el departamento de Entomología de la Universidad de Wageningen, Países Bajos (1994-1996).
Desde 1997 es miembro del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), donde se incorpora al Departamento de Parasitología del Centro Nacional de Microbiología, como postdoctoral UE-INCO y posteriormente con una beca de la Comunidad Autónoma de Madrid (CAM). Formo parte del grupo fundador del Centro Nacional de Medicina Tropical (2003-2006) y de la Unidad de Alertas y Emergencias 24/7 (2006-2018) y actualmente es Responsable de la Unidad de Malaria y Parasitosis Emergentes del Centro Nacional de Microbiología y forma parte, como personal investigador, del Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC/ISCIII).
En su carrera científica ha sido Científico Visitante del Centro Leonidas e Marie Dean (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaos, Brasil) y es Consultor Externo de los Departamentos de Parasitología de la Universidad del Cairo (Egipto) y del Centro de Investigación Médica (MRC) de Kuala Lumpur (Malasia). Además, pertenece o ha pertenecido a diferentes comités nacionales e internacionales: Miembro del grupo de expertos para el control de malaria del Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2011; Experto-Evaluador para los programas de salud de la Comisión Europea desde 2004; Representante español (comisionado por el ISCIII y el MSC) en el Comité Científico Técnico del TDR (OMS) 2007-2008; Adjunto Focal Point español para microbiología en el Centro de Control de Enfermedades Europeo (ECDC) desde 2012 hasta 2020; y, miembro del Comité de Ética para la Investigación del ISCIII hasta 2019.
En este periodo ha publicado más de 100 artículos en revistas indexadas internacionales, 10 capítulos de libros y ha sido coeditor de dos libros dentro del área de malaria, medicina tropical y enfermedades olvidadas. Ha participado en 58 proyectos de investigación de financiación competitiva, 20 de ellos internacionales, habiendo sido el investigador principal en 8 nacionales y en 11 internacionales como IP del proyecto o líder de WP. Además, ha dirigido cinco convenios con empresas. Actualmente tiene concedidos cuatro sexenios de investigación, presentándose este año 2025 al quinto. En el ámbito docente participa en distintos programas de postgrado en las áreas de microbiología y parasitología, habiendo dirigido siete tesis doctorales y más de 20 trabajos fin de Master o Grado, tanto a nivel nacional como internacional.
El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).
Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).
Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno.
Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.
Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.
Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.
Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.
En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.
| PROGRAMAS | NOMBRE CARTERA SERVICIO | PATÓGENO | DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS | MÉTODOS |
|
Programa de vigilancia de Haemophilus Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos. |
Identificación bacteriana |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp |
Identificación bacteriana |
Bioquímicos MALDI TOF Secuenciación de RNAr |
| | Identificación capsular |
Haemophilus influenzae
|
Identificación capsular fenotípica y genotípica |
Aglutinación serológica en latex PCR ind/multiplex |
| | Determinación de Sensibilidad |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
|
Determinación de Sensibilidad |
Microdilución Tiras epsilon Kirby Bauer |
| | Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,
|
Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Discos y tabletas combinados con inhibidores Tiras combinadas Test de Hodge modificado CabaNP Inmunocromatografía CBP |
| | Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
|
ADN, PCR y secuenciación |
PCR ind/multiplex Análisis comparativo de las secuencias |
| | Tipificación molecular/análisis filogenéticos |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
|
Corte enzimas de restricción, electroforesis ADN, PCR y secuenciación Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos |
PFGE
MLST
WGS |