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Investigación

Genética Bacteriana

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Taxonomía Bacteriana .

Taxonomía Bacteriana

Los objetivos de investigación se focalizan en los ámbitos de la Taxonomía Bacteriana y de la Microbiología en Salud Pública: 
• Asignación taxonómica bacteriana de especies emergentes, inusuales, de difícil identificación implicadas en infección humana
• Descripción de nuevas especies
• Estudio de la biología poblacional bacteriana mediante diferentes técnicas de tipificación: genes conservados (gyrB, secA, rpoB, tuf, etc), MLST (Multilocus sequence typing), MLVA ( Multiple Locus Variable-number Tandem Repeat Analysis) y/o secuenciación de genoma completo
• Epidemiología de la resistencia frente a antimicrobianos y factores de virulencia para determinados patógenos bacterianos en diferentes escenarios nosocomial/comunitario. 

Estos objetivos se abordan desde la perspectiva de la taxonomía polifásica (taxonomía feno- y genotípica) combinada con el estudio del genoma completo para la asignación de género/especie y análisis filogenéticos. Conjuntamente se realizan análisis de viruloma y resistoma para determinadas especies bacterianas (ver publicaciones) y para contextos de brote en Salud Pública. 

La investigación de la infección invasiva por Streptococcus pyogenes y otros estreptococos beta-hemolíticos, se realiza a través del Programa de Vigilancia del Centro Nacional de Microbiología con el estudio de los linajes circulantes en nuestro país.  


Líneas de investigación

• Descripción de nuevos géneros y especies bacterianas con repercusión clínica. 
• Estudio del entorno taxonómico, de virulencia y resistencia a antimicrobianos de bacterias anaerobias multirresistentes de interés clínico.
• Filogenia, caracterización de mecanismos moleculares de resistencia y plataformas genéticas en Nocardia spp y géneros afines. 
 • Streptococcus pyogenes: elementos genéticos móviles protagonistas en la evolución de serotipos pandémicos M1 y M89 causantes de infecciones invasivas. 
• Identificación de los genotipos circulantes en España de Brucella melitensis y de nuevas líneas clonales.
• Caracterización genética de las neurotoxinas responsables de botulismo humano en España.

Proyectos de investigación

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- Título: Desvelando la genómica de las bacterias anaerobias procedentes de bacteriemias
Referencia Proyecto: PID202-1127477OB-I00-MPY 302/22.
Entidad financiador: Agencia Estatal de Investigación.
Fechas de ejecución: 2023-2026
Financiación 108.900 €.
Investigadora principal: Sylvia Valdezate


 

- Título: Plataformas MALDI-TOF/CMI SENSITITRETM Personal Técnico Apoyo
Referencia: PTA2019-016623-I. 
Entidad Financiadora: Agencia Estatal de Investigación. 
Fechas ejecución 12/2020-11/2023
Investigadora principal: Sylvia Valdezate

- Título: Elementos genéticos móviles protagonistas en la evolución de los serotipos pandémicos M1 y M89 de Streptococcus pyogenes en el síndrome del shock tóxico y otras infecciones invasivas
Referencia: (MPY 377/18).
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Agencia Estatal de Investigación en Salud Intramural (AESI). 
Fechas de ejecución: 11/2018-12/2022. 
Financiación: 40.000 €.
Investigadoras principales: Pilar Villalón. Co-IP Sylvia Valdezate. 

- Título: Plataformas genéticas y su influencia en la resistencia a co-trimoxazol, macrólidos y tetraciclina en Nocardia spp.
Referencia: MPY 1278/15
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Agencia Estatal de Investigación en Salud Intramural (AESI).
Fechas de ejecución: 2015-2017.
Financiación: 88.141,8 €. 
Investigadora principal: Sylvia Valdezate

- Título: Filogenia y caracterización de mecanismos moleculares de resistencia en Nocardia spp. 
Referencia: MPY 1446/11
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III. Fondo de Investigación Sanitaria (AES). () 
Fechas de ejecución: 04/2012-10/2015
Financiación: 115.457 €. 
Investigadora principal: Sylvia Valdezate.

- Título: Iberian network of laboratories of biological alert. Accreditation of methods for detection highly pathogenic agents (IB-BIOALERTNET). 
Entidad financiadora: COMISIÓN EUROPEA HOME/2012/ISEC/AG/CBRN/4000003810. (Instituto de Salud Carlos III (VISAVET, IVIA, INSA, INIAV))
Referencia: SAFI 1132/13-7. 
Fecha de ejecución: 2013-2015.
Financiación: 699.175 €. 
Tipo de participación: Miembro del equipo investigador.

- Título: EQUATOX Project Establishment of Quality Assurances for theDetection of Biological Toxins of potential Bioterrorism risk. 
Entidad financiadora y convocatoria: Seven Framework Programme for Research FP7-SECURITY. (Robert Koch-Institut Berlin Alemania). 
Referencia: SEC-2011.5.4-1. 
Fechas de ejecución: 2012-2014.

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9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Ca

9: Harvala H, Broberg E, Benschop K, Berginc N, Ladhani S, Susi P, Christiansen C, McKenna J, Allen D, Makiello P, McAllister G, Carmen M, Zakikhany K, Dyrdak R, Nielsen X, Madsen T, Paul J, Moore C, von Eije K, Piralla A, Carlier M, Vanoverschelde L, Poelman R, Anton A, López-Labrador FX, Pellegrinelli L, Keeren K, Maier M, Cassidy H, Derdas S, Savolainen-Kopra C, Diedrich S, Nordbø S, Buesa J, Bailly JL, Baldanti F, MacAdam A, Mirand A, Dudman S, Schuffenecker I, Kadambari S, Neyts J, Griffiths MJ, Richter J, Margaretto C, Govind S, Morley U, Adams O, Krokstad S, Dean J, Pons-Salort M, Prochazka B, Cabrerizo M, Majumdar M, Nebbia G, Wiewel M, Cottrell S, Coyle P, Martin J, Moore C, Midgley S, Horby P, Wolthers K, Simmonds P, Niesters H, Fischer TK. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol. 2018 Apr; 101:11-17. doi: 10.1016/j.jcv.2018.01.008. Epub 2018 Feb 6. PMID: 29414181.

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii

Inhibition of LpxC Increases Antibiotic Susceptibility in Acinetobacter baumannii. García-Quintanilla M, Caro-Vega JM, Pulido MR, Moreno-Martínez P, Pachón J, McConnell MJ. Antimicrob Agents Chemother. 2016 Jul 22;60(8):5076-9. doi: 10.1128/AAC.00407-16.

PUBMED

New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections.

4. Valero C, de la Cruz-Villar L, Zaragoza O, Buitrago MJ. New Panfungal Real-Time PCR Assay for Diagnosis of Invasive Fungal Infections. J Clin Microbiol. 2016 Dec;54(12):2910-2918. doi: 10.1128/JCM.01580-16. Epub 2016 Sep 14. PMID: 27629898.

DOI

A Multiplex Real-Time PCR Assay for Identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in Samples from AIDS Patients with Opportunistic Pneumonia

6. Gago S, Esteban C, Valero C, Zaragoza O, Puig de la Bellacasa J, Buitrago MJ. A multiplex real-time PCR assay for identification of Pneumocystis jirovecii, Histoplasma capsulatum, and Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii in samples from AIDS patients with opportunistic pneumonia. J Clin Microbiol. 2014 Apr;52(4):1168-76. doi: 10.1128/JCM.02895-13. Epub 2014 Jan 29. PMID: 24478409.

PUBMED DOI

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Listado de personal

Información adicional

Streptococcus pneumoniae es un patógeno humano que, a pesar del desarrollo de vacunas, continúa siendo una importante causa de mortalidad y morbilidad. Nosotros investigamos los mecanismos de resistencia a antibióticos en esta bacteria. Por una parte identificando nuevas dianas terapéuticas y por otra investigando las bases moleculares de la acción de antibióticos ya utilizados en clínica (las fluoroquinolonas levofloxacina y moxifloxacina) o todavía no utilizados (seconeolitsina). Para ello utilizamos un análisis multidisciplinar implicando genómica, transcriptómica y proteómica para conocer la organización del cromosoma de S. pneumoniae y la identificación de los factores que estabilizan dicha organización, incluyendo ncRNAs. Cambios en el nivel de superenrollamiento global, bien por inhibición de la girasa (disminución) o por inhibición de la topoisomerasa I (incremento) altera el transcriptoma. Los genes modulados se localizan en dominios, cuyos genes muestran características funcionales específicas. Se pretende identificar nuevos factores esenciales para la fisiología de S. pneumoniae y caracterizar la regulación de la transcripción en respuesta a estrés topológico. Además, se utilizará la tecnología del RNA de interferencia y sistemas CRISPR como nuevos antibacterianos. Estos estudios sentarán las bases para una investigación translacional dirigida al desarrollo de nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades neumocócicas.

Streptococcus pneumoniae es un patógeno humano que, a pesar del desarrollo de vacunas, continúa siendo una importante causa de mortalidad y morbilidad. Nosotros investigamos los mecanismos de resistencia a antibióticos en esta bacteria. Por una parte identificando nuevas dianas terapéuticas y por otra investigando las bases moleculares de la acción de antibióticos ya utilizados en clínica (las fluoroquinolonas levofloxacina y moxifloxacina) o todavía no utilizados (seconeolitsina). Para ello utilizamos un análisis multidisciplinar implicando genómica, transcriptómica y proteómica para conocer la organización del cromosoma de S. pneumoniae y la identificación de los factores que estabilizan dicha organización, incluyendo ncRNAs. Cambios en el nivel de superenrollamiento global, bien por inhibición de la girasa (disminución) o por inhibición de la topoisomerasa I (incremento) altera el transcriptoma. Los genes modulados se localizan en dominios, cuyos genes muestran características funcionales específicas. Se pretende identificar nuevos factores esenciales para la fisiología de S. pneumoniae y caracterizar la regulación de la transcripción en respuesta a estrés topológico. Además, se utilizará la tecnología del RNA de interferencia y sistemas CRISPR como nuevos antibacterianos. Estos estudios sentarán las bases para una investigación translacional dirigida al desarrollo de nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades neumocócicas.

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