El área de Unidades Centrales Científico-Técnicas (UCCTs) del ISCIII está integrada por 9 Unidades:

• Unidad de Veterinaria. 
• Unidad de Bioinformática.
• Unidad de Genómica.
• ​Unidad de Microscopía Óptica Avanzada. 
• ​Unidad de Microscopía Electrónica. 
• Unidad de Citometría de Flujo.
• ​​Unidad de Proteómica. 
• Unidad de Microcirugía Experimental y Micromanipulación de gametos (UME-MiG)​.
• Unidad de Histología.  

Las actividades de las distintas unidades se dirigen a dar soporte a los investigadores de los centros del ISCIII que así lo solicitan, fundamentalmente mediante asistencia científico-técnica y la prestación de servicios de alta calidad. En este sentido, las Unidades de Veterinaria, Microscopía Electrónica y Confocal y Citometría tienen la certificación por AENOR del Sistema de Gestión de Calidad según la Norma ISO: 9001-2015. A su vez, las unidades de Genómica y Microscopía Electrónica tienen acreditados ensayos según la norma ISO 15189.

Así mismo, el área de UCCTs está muy implicada en la formación de investigadores y personal técnico, participando tanto en actividades propias, como en las encuadradas dentro del programa de formación del ISCIII.