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Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS

Información general

Las infecciones relacionas con la asistencia sanitaria (IRAs) y la resistencia a antibióticos (RA) son problemas de Salud pública prioritarios, que se enmarcan en las líneas de vigilancia y control definidas por la Comisión Europea y el Centro Europeo de Control de Enfermedades (ECDC).


La RA, sobre todo la resistencia combinada a múltiples familias, supone una grave amenaza para el tratamiento antibiótico eficaz. Todas las Agencias internacionales de salud tales como ECDC, Organización Mundial de la Salud (OMS) y “Centers for Disease Control and Prevention” (CDC) consideran la RA como una emergencia sanitaria. En el informe publicado en mayo de 2016 por O´Neil establece que las infecciones causadas por bacterias resistentes estaban produciendo más de 700.000 muertes al año, y estima que esta cifra llegará a 10 millones de muertes anuales en 2050, si no cambia la tendencia actual (Final Report: Tacking Drug-Resistance Infections Globaly).


El laboratorio desarrolla actividades de Diagnóstico, Referencia e Investigación orientadas a mejorar el conocimiento de RA e IRAs y está formado por dos grupos de investigación, uno de ellos dedicado al estudio de la RA y el otro al estudio de IRAs.


El laboratorio dispone de un Programa de Vigilancia en el que se analizan bacteria multi-resistentes procedentes de los diferentes hospitales del SNS, priorizando los problemas de multiresistencia a vigilar en función su impacto clínico, microbiológico y en salud pública. El estudio de los brotes nosocomiales debido a este tipo de patógenos es un objetivo esencial del citado programa. En la actualidad uno de los servicios disponibles es la identificación de clones de alto riesgo y su implicación en brotes mediante la caracterización y estudios de trazabilidad basados en el análisis de secuencias de genomas completos (WGS) junto con los datos epidemiológicos.


La ubicación del laboratorio es la planta -1 del edificio del CNM (53.S1.306) y cuenta con un equipamiento propio que incluye: termocicladores convencionales y de PCR en tiempo real, equipos de electroforesis de campo pulsado y lineales, espectrofotómetros, centrifugas, congeladores (4 ºC, -20 ºC y -80 ºC), inoculadores de placas y equipamiento de mesa adicional. Además, se dispone de equipos compartidos como MALDI-TOF (espectrofotómetro de masas) y sistemas de detección de sensibilidad antibiótica (“Sensititre Antimicrobial Susceptibility Testing System”).

Referencia
El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de tres programas de Vigilancia, estudio de brotes y diferentes ensayos en su cartera de servicios que se muestran en detalle en las subsecciones:

Investigación

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones relacionadas con la Asistencia Sanitaria está formado por dos grupos de Investigación:

Investigación en Resistencia a Antibióticos

Este grupo es uno de los líderes a nivel nacional e internacional en la investigación en las resistencia a antibióticos, y para ello, lleva a cabo diferentes líneas de investigación.
 

Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria

La Unidad de Infecciones intrahospitalarias incluye las siguientes líneas de investigación:
  • Caracterización molecular de los estafilococcus
  • Investigación en infecciones multirresistentes

Servicios

El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).

Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).

Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno. 

Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez  y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.

Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.

Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.

Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.

Programa de vigilancia de Haemophilus
Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos.

Identificación bacteriana

Patógeno: Haemophilus sp., Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp
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Determinación, detección y análisis: Identificación bacteriana
Métodos:
Bioquímicos, MALDI TOF, Secuenciación de RNAr​​​​​​​

Identificación capsular

Patógeno: Haemophilus influenzae
Determinación, detección y análisis: Identificación capsular fenotípica y genotípica
​​​​​​​Métodos:
Aglutinación serológica en latex, PCR ind/multiplex

Determinación de Sensibilidad

Patógenos: Haemophilus sp., Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
Determinación, detección y análisis: Determinación de Sensibilidad
​​​​​​​Métodos:
Microdilución, Tiras epsilon, Kirby Bauer

Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Patógeno: Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,
Determinación, detección y análisis: Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia
​​​​​​​Métodos:
Discos y tabletas combinados con inhibidores, Tiras combinadas, Test de Hodge modificado, CabaNP, Inmunocromatografía CBP

Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia

Patógenos: Haemophilus sp., Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
Determinación, detección y análisis: ADN, PCR y secuenciación
​​​​​​​Métodos:
PCR ind/multiplex, Análisis comparativo de las secuencias

Tipificación molecular/análisis filogenéticos

Patógenos: Haemophilus sp., Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
Determinación, detección y análisis: Corte enzimas de restricción, electroforesis, ADN, PCR y secuenciación, preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos ​​​​​​​
Métodos: PFGE, MLST, WGS