La metagenómica facilita la identificación de virus difíciles de diagnosticar en pacientes con enfermedad neurológica

Una investigación liderada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) ha evaluado el uso de una herramienta diagnóstica de última generación, la secuenciación metagenómica viral, para identificar virus en muestras de líquido cefalorraquídeo de pacientes adultos con sospecha de infección en el sistema nervioso central. Esta alternativa permite la detección de virus en los casos en que las pruebas diagnósticas habituales habían resultado negativas. El estudio, cuyos resultados se han publicado en la revista Journal of General Virology, ha sido realizado por un equipo del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII, en colaboración con los hospitales universitarios Puerta de Hierro Majadahonda, en Madrid, y Reina Sofía, en Córdoba, además de otros grupos de investigación nacionales e internacionales.   La investigación forma parte de la tesis doctoral que Ana Donoso, primera autora del trabajo, desarrolla en el CNM-ISCIII bajo la dirección de María Dolores Fernández-García, que ha liderado el estudio como responsable del grupo de Gastroenteritis Víricas e investigadora del Área de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP) del Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER-ISCIII).   Las infecciones víricas del sistema nervioso central pueden causar meningitis, encefalitis, mielitis y otras enfermedades neurológicas. Sin embargo, en una proporción importante de los casos no se consigue identificar el agente causante mediante las técnicas diagnósticas convencionales. Esto puede ocurrir porque existen muchos virus capaces de causar estas infecciones, porque el virus está presente en cantidades demasiado pequeñas para ser detectado, o porque en los paneles habituales de diagnóstico de los hospitales no se incluyen todos los virus posibles, entre otras posibilidades. Para abordar este problema, el equipo investigador del ISCIII ha aplicado técnicas de secuenciación metagenómica viral con enriquecimiento mediante captura por sondas, una metodología que permite buscar simultáneamente miles de virus conocidos directamente en las muestras clínicas. Esta estrategia se ha empleado en 40 muestras de líquido cefalorraquídeo procedentes de pacientes con sospecha de infección del sistema nervioso central que habían mostrado resultados negativos en las pruebas diagnósticas previas.  Pegivirus humano, virus Toscana y herpesvirus Esta metodología ha permitido detectar secuencias virales en 6 de los 40 casos estudiados. En concreto, se ha identificado pegivirus humano en tres pacientes, virus Toscana en uno, virus herpes simple tipo 1 en otro y virus varicela-zóster en el sexto paciente. Todos los resultados se han confirmado mediante técnicas moleculares específicas y, en varios casos, ha sido posible recuperar genomas virales completos o casi completos, lo que ha facilitado el estudio de la diversidad genética de los virus.   María Dolores Fernández-García, Ana Donoso y María Cabrerizo, tres de las firmantes del estudio, en el exterior del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII. La investigadora del CNM-ISCIII destaca la citada identificación de pegivirus humano en tres pacientes con diferentes síndromes neurológicos. Según explica, este virus, relativamente frecuente y capaz de persistir en el organismo, no se ha asociado claramente con una enfermedad concreta. Su presencia en el líquido cefalorraquídeo aporta una pista para futuras investigaciones, pero no demuestra que fuera la causa de los síntomas. En cuanto a la detección del virus Toscana en una paciente con meningitis, este resultado sugiere la conveniencia de investigar este virus en los casos de meningitis de origen desconocido que se producen durante los meses de verano, coincidiendo con el periodo de mayor actividad de los flebotomos -insectos similares a mosquitos- que lo transmiten. Finalmente, se ha identificado virus herpes simple tipo 1 y virus varicela-zóster en dos pacientes que habían obtenido resultados negativos en el panel diagnóstico inicial, lo que refuerza el valor de emplear pruebas moleculares complementarias cuando persiste la sospecha clínica. María Dolores Fernández-García concluye: "La secuenciación metagenómica ofrece una herramienta complementaria de gran valor en pacientes con sospecha de infección neurológica que permanecen sin diagnóstico después de las pruebas rutinarias. Encontrar un virus no significa necesariamente que sea la causa de la enfermedad, pero puede aportar una pista importante para orientar el diagnóstico y futuras investigaciones. Con esta tecnología podemos detectar infecciones relevantes que pueden haber pasado inadvertidas con las pruebas convencionales". - Referencia del artículo: Donoso A, Pérez AB, Lopez-Dosil M, et al. “Human pegivirus, Toscana virus and herpesviruses identified in cerebrospinal fluid from adults with unexplained neurologic disease, Spain, 2022–2023”. Journal of General Virology. 2026;107:002302. DOI: 10.1099/jgv.0.002302.   

Las aguas de sistemas de riego agrícola pueden ser un reservorio ambiental de la bacteria causante de la legionelosis

Un estudio dirigido por el Laboratorio Nacional de Referencia para la Legionelosis del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) ha analizado el papel de los sistemas de riego agrícola por aspersión como posibles reservorios ambientales y fuentes de dispersión mediante aerosoles de la bacteria Legionella pneumophila, y el riesgo de infección por inhalación de estos aerosoles.   Esta bacteria es responsable de la mayoría de los casos de legionelosis, una enfermedad infecciosa que cursa con neumonía y que, en los casos más graves, puede provocar el fallecimiento del paciente. El estudio confirma que estos sistemas de riego generan aerosoles contaminados con esta bacteria que, en determinadas condiciones meteorológicas, puede dispersar los aerosoles generados hasta el entorno urbano, favoreciendo el posible contagio.     La investigación se ha realizado en colaboración con el Centro Nacional de Epidemiología (CNE-ISCIII) y con la participación del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (CSIC-Universitat de València). El artículo que describe estos resultados, publicado en la revista Journal of Environmental Management, tiene a los investigadores del CNM-ISCIII Fernando González Camacho y Juana González Rubio como autores principales.  Los autores destacan que la identificación de L. pneumophila en aguas de sistemas de riego agrícola se ha complementado con una reevaluación retrospectiva de un brote de legionelosis ocurrido en 2015 en la misma zona donde se ha hallado ahora la bacteria -una región rural del noreste de España-, cuyo origen ambiental no había podido determinarse en su momento. También señalan que el análisis genético de las variantes de la bacteria halladas en las balsas y acequias indica que comparten un origen común con la variante encontrada en los pacientes del brote. "La integración de los datos microbiológicos, genómicos, epidemiológicos y meteorológicos apunta a los sistemas de riego por aspersión como una posible fuente de exposición que no había sido considerada anteriormente”, señalan. Según explican, la investigación muestra la elevada diversidad microbiana presente en estas infraestructuras agrícolas y la presencia de distintos microorganismos potencialmente patógenos, “lo que plantea la necesidad de prestar mayor atención a estos sistemas desde el punto de vista de la vigilancia ambiental y la salud pública".   Fernando González Camacho y Juana González Rubio, del Laboratorio Nacional de Referencia para la Legionelosis del CNM-ISCIII y autores principales del estudio. Los resultados del estudio permiten abrir nuevas vías de investigación, al identificar un posible foco ambiental hasta ahora poco considerado en el contexto de la legionelosis en entornos rurales y los planes de prevención de esta enfermedad. Además, confirman la importancia de integrar la microbiología, la epidemiología y las condiciones ambientales para facilitar la prevención e identificación de posibles brotes en estos entornos, y comprender mejor la relación entre medio ambiente, organismos patógenos y salud.   •  Referencia del artículo: Agricultural sprinkler irrigation systems as environmental reservoirs and airborne dissemination sources of Legionella pneumophila. González-Camacho, Fernando; Ruiz-Rodriguez, Paula; González, Irene; Guerrero-Vadillo, María; Coscollá, Mireia; González-Rubio, Juana María. Journal of Environmental Management. Vol. 416. 130797, 2026,  0301-4797. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2026.130797.